跑步雖然不能起到深蹲的鍛鍊效果，但跑步和深蹲對於增肌和塑形來說都是必不可少的鍛鍊。如果鍛鍊的目的是增肌，在增肌階段要以深蹲為主，跑步為輔，在塑形階段要以有氧運動減脂為主，深蹲等動作為輔。
跑步和深蹲是完全不同的兩種運動，運動目的和效果區別很大，基本不具備可比性。跑步按照距離分為短跑和中長跑，短跑一般是無氧運動，中長跑一般是有氧運動。如果跑步時身體主要依靠無氧代謝為身體提供能量，跑步就是無氧運動，如果跑步時身體主要依靠有氧代謝為身體提供能量，跑步就是有氧運動。通常情況下，大家所說的跑步指慢跑，距離都是中長距離。區別有氧運動和無氧運動，主要看給身體供給能量的方式。
深蹲，不管是徒手深蹲還是負重深蹲，不管是哪個具體深蹲動作，基本都是無氧運動。
有氧運動的鍛鍊目的一般是減脂、提高心肺功能、提高免疫力、提高耐力，提高乳酸耐受力，無氧運動的目的一般是提高肌肉力量、爆發力、提高肌肉維度。對身體而言，有氧運動可以看作是給體重，尤其是給脂肪做減法，無氧運動可以看作是給肌肉和脂肪做加法，兩者鍛鍊目的和最終結果有很大差別。
有氧運動和無氧運動雖然在一些鍛鍊的作用上有重合的地方，比如都能在一定程度上提高力量、耐力、肺活量，但兩種運動都有各自的側重點，其它作用只是兼而有之，這些兼而有之的鍛鍊目的和作用，都不如對方的鍛鍊效果好。比如跑步對腿部力量的提高救援不如深蹲的鍛鍊效果。
1.對於增肌者來說，在增肌階段要多做器械鍛鍊，控制有氧運動時間。器械鍛鍊一般45-60分鐘，而有氧運動時間一般控制在10-20分鐘，最多25分鐘。
鍛鍊腿部，除了深蹲，還要鍛鍊膕繩肌、大腿內收肌、臀部肌群和小腿肌肉，一次鍛鍊的肌肉數量比較多，動作也比較多，鍛鍊時間比較長，鍛鍊非常累。新手可以多做不同動作，有一定鍛鍊經驗後可以對臀腿部肌肉進行分化鍛鍊。
在減脂塑形階段器械鍛鍊時間基本不變，或者比增肌階段略有減少，但一般不要低於45分鐘，有氧運動時間可以增加到45-60分鐘，最少30分鐘。
2.對於以提高耐力為主要鍛鍊目的的鍛鍊者來說，跑步是最佳鍛鍊方式，跑步時間可以根據體力酌情調整，45-60分鐘，60分鐘以上，甚至1-2小時都可以，喜歡長跑的鍛鍊者甚至可以以全馬為鍛鍊目標進行針對性鍛鍊。
耐力鍛鍊者也要做適當的器械鍛鍊。具體又可以分為以提高肌肉力量和以提高肌肉耐力為主的器械鍛鍊。鍛鍊的動作、組數是相同的，不同的是每組次數。提高肌肉力量時每組動作一般做1-6次，也可以做6-10次，最多12或15次，此時除了能提高肌肉力量，也能達到增肌的目的。腿部肌肉是大肌群，增肌時做到10-12次即可，很少做到15次。提高肌肉耐力時每組動作做25-30次，最少20次，20-25次也是塑形時的每組動作次數。
但通過器械鍛鍊提高整體肌肉耐力，遠不如通過跑步提高的整體肌肉耐力效果好。
對喜歡長跑的鍛鍊者來說，要想只通過跑步提高臀腿力量和耐力，不做針對臀腿等部位做專門的器械鍛鍊，在力量、耐力上的提高幅度要小於針對臀腿等部位做器械鍛鍊的鍛鍊者。也就是說即使是只跑步，也要專門針對臀腿等部位做去器械鍛鍊，兩者缺一不可。
3.對於以塑形為目的的鍛鍊者來說，有氧運動和無氧運動是相輔相成的關係，不存在替代關係。對於臀腿來說，不管是腿太粗或太細，針對腿部的塑形鍛鍊都必不可少。
腿粗的鍛鍊者先做徒手深蹲或其它徒手動作，先消耗掉體內的一部葡萄糖、肌糖原和肝糖原，再做有氧運動，這樣在跑步或做其它有氧運動的時候才能更多的消耗掉脂肪，最終達到瘦腿的目的。此外還要做一定的拉伸鍛鍊，尤其是小腿比較粗的人更要做拉伸鍛鍊。
腿太細的鍛鍊者需要必須先做負重深蹲或其它負重增肌動作，女性更要做增肌鍛鍊，千萬不能忽略，更不能排斥器械鍛鍊。肌肉是好身材的基礎，也是力量、耐力的基礎。腿太細的鍛鍊者主要以增肌為主，要限制有氧運動時間。
4.跑步和深蹲主要都依靠臀腿發力，都需要強大的核心力量，都需要控制好呼吸節奏。都要保護好膝、髖、踝等關節，都要注意骨盆前傾或後傾，都要保證骨盆中立位，保護好腰椎。
對於身體激素來說，深蹲等器械鍛鍊能增加雄性激素分泌，跑步能消耗一部分雄性激素，但是這個觀點也存在一點爭議。
5.每周鍛鍊次數，跑步作為有氧運動，每周鍛鍊3次以上，深蹲主要鍛鍊臀腿肌肉，每周鍛鍊一次即可，不能頻繁鍛鍊。
總之，跑步和深蹲的鍛鍊目的和結果不同，不能相互替代，但可以相輔相成，都不能忽略。這也是無氧運動和有氧運動之間的關係之一。