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公元1368年明太祖朱元璋派遣徐達、常遇春等人率軍北伐攻克元大都（今北京），元順帝逃回漠北草原。脆弱的遊牧經濟不足以支撐忽必烈仿照中原漢制建立的大一統帝國，蒙古貴族對成吉思汗直系後裔黃金家族的離心傾向開始日漸增長。公元1388年四月明將藍玉在捕魚兒海（今貝爾湖）之戰中俘獲蒙古嬪妃公主一百二十三人、官員三千餘、人口七萬七千多、馬駝牛羊十五萬多頭以及大量印章、圖書、兵器、車輛。
捕魚兒海之戰的失敗使黃金家族在蒙古貴族們面前徹底顏面盡失，很快蒙古各部逐漸宣布脫離黃金家族的大元政權而獨立，蒙古草原重新回到了成吉思汗統一之前的諸部割據狀態。在蒙古各部的割據混戰過程中各部落形成了錯綜複雜的聯盟體系。這些部落聯盟經過分化組合逐漸形成了韃靼和瓦剌兩股主要勢力：韃靼由成吉思汗的黃金家族統治，而自稱厄魯特的瓦剌在韃靼人眼中是沒被當成蒙古人的。
遊牧民族和定居民族有一點顯著的不同：沒固定的生活地域，各部族之間的互相融合是相當頻繁的事。其實歷史上的匈奴、突厥等族系很可能並非單一民族，而是由草原遊牧民族組成的共同體。我們今天所說的蒙古族是由成吉思汗的蒙古部統一草原諸部而形成的民族，在成吉思汗統一草原之前蔑兒乞、乃蠻、克烈、汪古等部顯然不會認同自己是蒙古人，只是在成吉思汗統一草原後才形成了蒙古族這一民族共同體。
明朝人所謂的蒙古人是同時涵蓋韃靼人和瓦剌人的，然而韃靼卻以蒙古正統自居而將瓦剌視為異族。韃靼作為成吉思汗黃金家族的嫡系後裔在退回草原之初他們甚至沿襲了「元」這一國號（北元）。瓦剌則起源於葉尼塞河上遊地區，在成吉思汗建立大蒙古國時將他們稱為「林木中人」，成吉思汗以及日後的蒙古大汗通過聯姻來籠絡他們。由此可見瓦剌並非成吉思汗黃金家族的嫡系後裔。
瓦剌作為被蒙古徵服後所同化的部族儘管也冠以蒙古之名，不過在以蒙古正統自居的東部蒙古人眼中瓦剌仍是「非我族類其心必異」。從明太祖朱元璋至明成祖朱棣曾數次興兵驅趕蒙古人遠離自己的邊境線。明初在出塞打擊蒙古勢力時為實現分化瓦解的目標就對瓦剌和韃靼進行分別對待：繼承了成吉思汗黃金家族正統的韃靼仍延續著「元」這一國號，所以在明朝看來這就意味著並沒放棄重返中原的意圖。
相比之下瓦剌只是草原上一個從無顯赫歷史的籍籍無名的部族，和明朝也沒北元政權那麼大的積怨，因此在相當一段時期內瓦剌屬於明朝爭取拉攏的對象。這一時期瓦剌也有意識將自己與黃金家族進行區分，這樣做一方面是彰顯自身的獨立性，另一方面也是向明朝示好，當然名義上瓦剌還是北元的藩屬。當明朝側重於對韃靼用兵時瓦剌正趁機悄然壯大。
明永樂十二年(公元1414年）御駕親徵瓦剌的明成祖朱棣一直打到了土剌河（今蒙古國境內的圖拉河），直到迫使瓦剌首領馬哈木「貢馬謝罪」後才班師回朝。馬哈木死後其子脫歡一舉擊敗了韃靼阿魯臺部。脫歡擁立元朝皇室後裔脫脫不花為可汗，然而這位可汗已實際上受制於自封為丞相的脫歡。至此名義上作為北元藩屬存在的瓦剌實際上已架空了北元的軍政大權。
公元1439年（北元岱總汗十五年、明英宗正統四年）瓦剌部首領脫歡去世，其子也先成為瓦剌部的新首領，同時繼續保持著北元朝廷的軍政大權。也先在北元朝廷的正式職務為中書右丞相、太師、淮王、瓦剌部總兵。實力壯大起來的瓦剌開始進犯明朝的邊境，明英宗朱祁鎮在太監王振的慫恿下於正統十四年（公元1449年）效仿先祖御駕親徵瓦剌，然而朱祁鎮本人卻在土木堡之變中成為了瓦剌人的俘虜。
這場土木堡之變對明朝和瓦剌都造成了重大影響：明朝方面因為于謙的力挽狂瀾得以避免一場亡國之禍，反而是瓦剌在土取得木堡之變的勝利後走向了分裂。土木堡之變後也先本想以英宗朱祁鎮作為人質敲詐明朝，然而以于謙為代表的明朝大臣們擁立了明代宗朱祁鈺。在隨後的北京保衛戰中遭到重創的也先不得不撤兵，在此之後他與自己父親擁立的大汗脫脫不花之間矛盾加劇。
後來也先索性廢黜脫脫不花後自己取而代之：公元1453年（明代宗景泰四年）也先召集蒙古各部召開忽裡勒臺大會。這次大會上蒙古各部迫於也先的壓力將其推舉為蒙古大汗、北元皇帝，稱「大元天聖大可汗」，定年號為「添元」。這在北元歷史上是一次極具象徵性意義的大事件：首先這是自成吉思汗以來汗（皇）位首次被非黃金家族的人佔據；在此之前北元已由一個中國式王朝向遊牧民族政權轉型。
這其中一個典型標誌就是取消了元朝仿照中原漢制確立的年號制度，截至也先上位之時北元取消年號已有65年，如今重新確立與中原相同的年號制度在一定程度上反映了也先的野心。也先的野心就是篡奪北元的皇位並完成一統天下的夙願，如今他已然登上北元的皇位，明朝也已轉為戰略守勢，看起來也先正在向他的既定目標邁進，然而事態的後續發展卻證明他其實是在加速走向覆亡。
也先雖是一個有遠達抱負理想的人，但卻是一個缺乏戰略思想的人，他急於求成的篡位之舉恰恰給自己招來了禍端。儘管身為成吉思汗嫡系的黃金家族退出中原已有百年，但草原蒙古人心中他們仍是蒙古民族的英雄和圖騰，樸實的蒙古人民還無法接受被非黃金家族的人所統治。儘管脫脫不花沒他的祖先那樣的文治武功，但因為擁有正宗的黃金家族血統就被蒙古人民所尊奉。
相比之下也先的瓦剌部本來只是草原上一個籍籍無名的部落而已。也先本人過於維護自己和家族小團體的利益，以致於連他自己所屬的瓦剌本部群眾中都有不少他的反對者，更不用說那些身為黃金家族後裔的諸王了。黃金家族諸王儘管此時正處於衰敗期，不過人家手裡還是有兵馬的，儘管他們單獨任何一個人都無法與也先抗衡，可如果他們全部聯合起來可就是一股不可小覷的力量。
意想不到的是率先對也先發起挑戰的並非黃金家族的成員，而是另一位同樣來自於瓦剌部的酋長。瓦剌本身並不是一個統一的部落，而是由蒙古草原西部的和碩特、綽羅斯、杜爾伯特、土爾扈特諸部所形成的部落聯盟。也先只是瓦剌諸部共同的盟主，在瓦剌諸部中他的實力最強，但在瓦剌這一部落聯盟體系之下各部落仍有自己的酋長。公元1455年瓦剌部中另一位強勢人物阿剌率先起兵反對也先。
黃金家族諸王聞訊也紛紛起兵討伐也先，也先倉皇逃往永謝布部。虎落平陽的也先仍沒改變他飛揚跋扈的毛病——他不是請求永謝布部出兵幫助他，而是幾乎以下命令的口吻讓永謝布部出兵，結果永謝布部首領一怒之下就把也先給殺了。也先死後他的子孫與黃金家族的後裔們展開了長達20餘年的戰爭。在這一過程中也先的兩個兒子瓜分了也先的部眾。
後來成吉思汗異母弟別勒古臺的後裔毛裡孩擁立脫脫不花之子馬兒古兒吉思為蒙古大汗，將瓦刺驅逐到天山一帶的西部地區。到了明末清初的史籍中一般將瓦剌稱為衛拉特。衛拉特主要由杜爾伯特部、準噶爾部、和碩特部、土爾扈特部四大部落以及輝特小部落共同構成。當瓦剌走上下坡路時東部的韃靼在達延汗的統治下開始復興：1506年達延汗徵服亦思馬因、火篩、亦卜剌，統一大漠以南的蒙古諸部。
達延汗之子俺答汗在位時控制了東起宣化、大同以北，西至河套，北抵戈壁沙漠，南臨長城的遼闊地域。俺答汗也曾像也先一樣兵圍北京城，但晚年的俺答汗選擇同明朝修好以集中精力應對西部的瓦剌，隨後韃靼和明朝之間開發了互市貿易。當明朝和蒙古系的瓦剌、韃靼不斷上演結盟和徵伐的大戲時東北山海關外的女真部族正在悄然壯大，而當中原即將發生明清鼎革之時蒙古草原各部已大體形成三部分。
主要生活在如今我國內蒙古自治區的蒙古部族稱為漠南蒙古，生活在新疆天山以北地區的蒙古族稱為漠西衛拉特蒙古，而生活在如今蒙古國境內的蒙古族則稱為漠北喀爾喀蒙古。這其中漠西衛拉特蒙古正是由當年的瓦剌演變而來。長期以來和碩特部始終作為衛拉特聯盟的盟主存在，然而進入17世紀以後準噶爾部在首領哈喇忽剌的領導下日漸強盛起來。
1623年和碩特、準噶爾、杜爾伯特、土爾扈特衛拉特四部一起進攻蒙古右翼土默特部阿拉坦汗王朝，此戰之後哈喇忽剌統治了阿巴坎河至葉尼塞河流域的吉爾吉斯人。1628年準噶爾部又逼迫土爾扈特西遷。1629年哈喇忽剌聯合作為衛拉特盟主的和碩特首領固始汗再次進攻阿拉坦汗王朝，此戰後衛拉特人完全控制了天山草原。1634年哈喇忽剌傳位於長子巴圖爾琿臺吉。
巴圖爾琿臺吉繼位時東面的漠南蒙古諸部和南方的大明王朝在對立了兩百多年後遭到了新興的後金王朝的打擊。1632年漠南蒙古盟主察哈爾部的林丹汗被後金皇太極擊敗，1636年漠南蒙古十六個部族的四十九個王公擁戴皇太極為可汗，同年皇太極仿行漢制稱帝，改後金國號為清、改女真族名為滿洲。儘管這時皇太極的主攻方向是南面的大明王朝，可巴圖爾琿臺吉仍能感受到皇太極志在混一天下的咄咄逼人之勢。
正當東面的清王朝磨刀霍霍之際在準噶爾部的西面也崛起了一個大敵——由莫斯科大公國演變而來的沙皇俄國自1480年脫離蒙古金帳汗國的統治後就走上了持續不斷的擴張道路，當巴圖爾琿臺吉繼位時沙俄的擴張觸角已延伸到西伯利亞和中亞地區，開始和衛拉特蒙古、喀爾喀蒙古地區接壤。巴圖爾琿臺吉面對東西方同時崛起的大敵一方面進行內政改革，一方面主動出擊東徵西戰。
巴圖爾琿臺吉制訂了《蒙古衛拉特法典》；授命喇嘛咱雅班第達將過去的蒙文改造而制定成「託沁」文字，作為準噶爾的統一文字；與喀爾喀札薩克圖汗共同召開衛拉特、喀爾喀各部領主會議，由此形成了更為廣泛的聯盟；在兩次擊退越境俄軍後開放了和俄羅斯的貿易；向西擊敗了哈薩克汗國。1653年巴圖爾琿臺吉在去世前夕確立第五子僧格為繼承人。
本來根據巴圖爾琿臺吉這一安排而言：他的第6子噶爾丹應該是無緣準噶爾部首領之位了。事實上噶爾丹在10歲時就已前往西藏學佛，不過他並沒安心當一名僧侶——在西藏學佛期間噶爾丹不時返回準噶爾參與政治事務。據俄國檔案記載：1668年4月6日噶爾丹接見了正在準噶爾訪問的俄國使者，甚至向俄國使者表達了和身為準噶爾首領的僧格和不同的意見。事實上僧格並不是一個強有力的統治者。
不僅噶爾丹保持著相當的權力，其他兄弟也都不服僧格，他們甚至公然起兵反叛僧格。17世紀60年代費盡九牛二虎之力的僧格才勉強平定了叛亂，但在1671年他就被自己的兩個哥哥——車臣和卓特巴巴圖爾暗殺。這時僧格的三個兒子都還年幼，根本鬥不過僧格那群如狼似虎又年富力強的兄弟們。噶爾丹徵得老師五世達賴喇嘛同意後在衛拉特盟主和碩特部首領鄂齊爾圖車臣汗的援助下擒殺車臣，將卓特巴巴圖爾趕往青海。
噶爾丹隨即還俗就任準噶爾部首領，西藏的五世達賴喇嘛不僅同意了他的還俗之請，還特意賜加"博碩克圖"之號，使其在普遍信奉藏傳佛教的蒙藏諸部中具有相當的號召力。1676年噶爾丹俘獲其叔父楚琥爾烏巴什，至此在準噶爾部內部再無人能與噶爾丹爭鋒。次年正月二十日噶爾丹擊敗身為衛拉特盟主的和碩特部，昔日鬆散的衛拉特聯盟被噶爾丹變成了事實上的準噶爾汗國。
康熙十八年（1679年）七月噶爾丹領兵3萬迫使吐魯番、哈密臣服，準噶爾勢力已伸展至甘州（今甘肅張掖）一帶。此時由成吉思汗後裔建立的蒙古察合臺汗國在新疆的統治已日漸衰敗，維吾爾族的和卓勢力日益強大並分為白山派和黑山派。黑山派在察合臺後王伊思瑪業勒支持下把白山派首領和卓伊達雅圖勒拉驅逐出喀什噶爾，和卓伊達雅圖勒拉被迫在中亞一帶浪跡近10年。
此後伊達雅圖勒拉從克什米爾輾轉進入西藏找到五世達賴喇嘛，在五世達賴喇嘛的引薦下他前去投奔噶爾丹。康熙十九年（1680年）噶爾丹派出12萬準噶爾騎兵經阿克蘇、烏什等地向喀什噶爾、葉爾羌進軍，準噶爾鐵騎在當地白山派教徒的響應下橫掃南疆，將察合臺後王伊思瑪業勒及其家屬囚禁於伊犁，扶植和卓伊達雅圖勒拉為王，稱阿帕克和卓（意為世界之王）。此後準噶爾貴族統治南疆達80餘年之久。
1682年至1683年噶爾丹率兵進攻哈薩克的頭克汗，次年噶爾丹攻佔塔什幹、撒馬爾罕、布哈拉、烏爾根齊等城市，迫使哈薩克汗國臣服。1683年他又迫使烏茲別克汗國稱臣進貢，噶爾丹由此稱雄西域。這一時期噶爾丹還頻頻展開對沙俄的外交活動，試圖藉助沙俄的力量同清王朝分庭抗禮。這時的北亞已形成了大清帝國、準噶爾汗國和沙皇俄國三足鼎立互動的局面。
康熙二十六年（1687年）底沙俄參加中俄邊界談判的全權代表戈洛文，在伊爾庫茨克專門接見了噶爾丹的代表，策動噶爾丹進攻喀爾喀蒙古。1688年噶爾丹進攻喀爾喀蒙古土謝圖汗部，繼而進軍內蒙古烏蘭布通威逼北京。這一時期準噶爾汗國的疆域囊括了今天的新疆、中亞、外蒙以及內蒙的一部分。在這樣的局勢下葛爾丹順勢將統一蒙古諸部提上議事日程，而這是清朝無論如何無法容忍的。
早在清軍入關之前努爾哈赤和皇太極兩代君主就對蒙古採取過軍事行動並成功使漠南蒙古各部臣服於自己，清軍甚至組建了蒙古八旗，藉助蒙古各部的力量制衡中原漢人以維持自身統治。準噶爾汗國咄咄逼人的態勢擺明了是要一統蒙古諸部，清朝又怎麼能允許這樣的事發生呢？事實上準噶爾汗國不只具有統一蒙古的野心——被噶爾丹打敗的和碩特部進入青海建立了和碩特汗國。
青海和西藏都位於青藏高原上，歷史上同屬吐蕃王國。吐蕃王國覆滅後藏傳佛教在青藏高原上建立了政教合一的政權，後來藏傳佛教政權先後歸附元、明兩朝。和碩特部在青海建立和碩特汗國後和西藏的達賴政權合作共同統治青藏高原。噶爾丹在追擊和碩特部的過程中也把自己的勢力擴張到青藏高原。就在噶爾丹向青藏高原擴張之時西藏達賴政權與青海和碩特汗國政權卻鬧翻了。
事情的起因是五世達賴時期他的管家桑結嘉措利用自己和達賴的特殊關係掌握了藏傳佛教的教權，鑑於當時這一地區政教合一的客觀現實要想統治青藏高原必須同時具備教權和兵權，然而桑結嘉措的弄權行為使得青藏高原的教權和兵權出現了分離：教權掌握在桑結嘉措手中，而兵權掌握在青海和碩特汗國的拉藏汗手中。五世達賴死後桑結嘉措頗為擔心拉藏汗乘機剝奪自己的管理權。
桑結嘉措在沒知會拉藏汗的情況下自作主張立了六世達賴。拉藏汗自然不承認這位未經自己認可的達賴，桑結嘉措深知自己手中沒有兵權，真打起來絕不是拉藏汗的對手，於是他利用自己掌握藏傳佛教教權的號召力向噶爾丹發出求援結盟的意向。噶爾丹早年在西藏學佛期間深受桑結嘉措優待，在相同的政治利益和昔日的個人感情驅使下噶爾丹率部大舉進入青藏高原。
如果任由噶爾丹吞併青藏高原，那麼大清的西部疆界將完全暴露在準噶爾汗國的威脅之下，考慮到青藏高原的地緣優勢將使準噶爾汗國在面臨清軍時具有居高臨下的巨大優勢。康熙皇帝面對噶爾丹的巨大威脅決定御駕親徵：1690年清軍在烏蘭布通和噶爾丹的軍隊對峙——準噶爾軍隊「以萬駝縛足臥地」組成「駝城」，「士卒於垛隙發射矢銃」；而清軍則「以火器為前列，遙攻中壘，聲震天地」。
噶爾丹被迫主動轉移撤離，八月初四清軍將領福全在追擊過程中誤中噶爾丹緩兵之計，噶爾丹率千餘兵力逃出後以科布多（今蒙古吉爾格朗圖）為基地恢復生機。1696年二月康熙再次御駕親徵，到了這年五月清軍將領費揚古在昭莫多（今蒙古烏蘭巴託以南的宗莫德）大敗噶爾丹，殲滅其主力，噶爾丹僅率數十騎逃遁。正當噶爾丹被清軍一再重創之時他的侄子策妄阿拉布坦起兵反叛。
策妄阿拉布坦成功控制了北到額爾齊斯河上遊、東到烏布蘇湖的整個地區，從背後形成了對噶爾丹根據地科布多的包圍。此時的噶爾丹已陷於兩大強敵的夾擊之中，在此形勢之下他試圖集中兵力先打敗清軍，再回師收拾策妄阿拉布坦，於是在1695年噶爾丹再度進兵喀爾喀。這時喀爾喀各部已歸附清朝，於是康熙再次御駕親徵，這時的噶爾丹已只有3萬人馬，最終不敵康熙的20萬大軍。
策妄阿拉布坦趁機奪取了噶爾丹控制下的哈密，徹底切斷了他的歸路。在經歷一年的逃亡生涯後噶爾丹於1697年3月13日在阿爾泰的阿察阿穆塔臺服毒自殺。次年9月策妄阿拉布坦遣使清朝，將噶爾丹的屍體獻給清朝以示臣服。噶爾丹的死亡並不意味著準噶爾部的平定——儘管準噶爾部的新首領策妄阿拉布坦向清朝表示了臣服，但這更多的只是一種權宜之計。
事實上策妄阿拉布坦仍延續著噶爾丹時代的對外擴張政策：1699年策妄阿拉布坦派遣自己的弟弟弟策凌敦多布西徵，迫使哈薩克向準噶爾臣服。在康熙五十四年、五十八年他兩次擊敗入侵的沙俄軍隊。隨著實力的提升策妄阿拉布坦不願再臣服於清朝：在康熙五十四年(1715年)他派兵襲擊哈密北境五寨，兩年後他又派遣臺吉大策凌敦多布率6000軍從伊犁河谷出發，經過和田，攻佔拉薩，殺拉藏汗，在衛藏建立統治。
1718年由川入藏的清軍被準噶爾擊敗。1720年清軍再次出兵入藏，這次清軍成功驅逐了準噶爾軍隊，至此清王朝在西藏建立起自己的統治。隨後清軍向位於準噶爾本土的烏魯木齊乘勝進擊，但旋即因康熙皇帝駕崩而撤回。1723年策妄阿拉布坦支持和碩特部右翼首領羅卜藏丹津在青海發動叛亂，清軍在年羹堯、嶽鍾琪率領下平定了青海羅卜藏丹津叛亂，但在乘勝攻打準噶爾本土時損兵折將。
1725年雍正皇帝同策妄阿拉布坦議和——雙方劃分了邊界並商定互相貿易。1727年策妄阿拉布坦去世，其子噶爾丹策零繼位。雍正趁機發軍進攻準噶爾，結果大敗，清軍退出科布多。1735年雍正和準噶爾帝國籤訂和約：規定兩國以漠北杭愛山為界——以東屬清，以西屬準噶爾。策妄阿拉布坦與其兒子噶爾丹策零統治時期（1698年~1745年）是準噶爾汗國的鼎盛階段。
這一時期準噶爾汗國管轄包括今新疆、青海、蒙古高原西部、西伯利亞南部以及中亞地區的哈薩克以及烏茲別克等廣大地區，人口達到五百餘萬，擁有三十萬大軍，數次擊敗清朝軍隊，使哈薩克及烏茲別克等中亞王國成為向其領土的組成部分。這時的準噶爾汗國與清帝國、沙皇俄國、法國、西班牙、荷蘭、奧斯曼帝國、波斯、莫臥兒帝國等國共同躋身當時全球最強的十大帝國行列。
1745年噶爾丹策零死後準噶爾汗國爆發內戰，此後國勢急轉直下，一時間原本已臣服於準噶爾的哈薩克舉兵反抗，東部的清軍虎視眈眈，而沙俄也在這一時期加緊向準噶爾的土地滲透，國力衰頹的準噶爾不得不在各方勢力之間夾縫求生。乾隆十九年（1754年）準噶爾汗國發生內亂，乾隆打算趁機對其用兵。雍正年間的慘敗使滿朝文武對西徵準噶爾一事多持否定態度。
就在清廷上下議論紛紛之際時任戶部尚書兼軍機處大臣的富察·傅恆挺身而出力排眾議並自請辦理此役，早就下定決心開打的乾隆立刻開始準備同準噶爾汗國的戰爭。乾隆二十年（1755年）清軍攻克伊犁並成功俘獲準噶爾大汗綽羅斯·達瓦齊，至此同清朝康、雍、乾三代持續對立的準噶爾汗國終於被平定。此後策妄阿拉布坦的外孫阿睦爾撒納一度舉兵叛亂，但於1757年被清軍平定，至此準噶爾汗國徹底滅亡。