1581年，荷蘭擺脫了西班牙的統治，贏得國家獨立。雖然當時並沒有得到西班牙的承認，但是他們已經開始行駛一個國家的權力了。
獨立後的荷蘭也急於像葡萄牙、西班牙那樣，發展自己的海外貿易，由於發生搶奪資源等貿易摩擦，荷蘭同西班牙交惡，西班牙所有港口對荷蘭人關閉。別無選擇的荷蘭人，只好自己重新尋找一條通往亞洲的新航路。
東方的貿易之路也不平坦，它是在爪哇和馬六甲海峽兩次打敗葡萄牙艦隊之後，就此壟斷了此處的貿易的。
買賣做大了，就得有專門的管理部門才行，於是，1602年3月20日，荷蘭東印度公司（Dutch East India Company）成立了，簡稱VOC。
這個公司可不是普通的貿易公司，雖然它形式上是一個股份有限公司，但它有自己的僱傭軍，可以發行貨幣，也可以與其他國家訂立正式條約，並具有對該地實行殖民與統治的權力。
做貿易得有基地，為了在東亞地區找到一個可供船隻補給的長期據點，他們開始苦苦找尋，終於找到澎湖這一帶。
澎湖地理位置十分重要：
「彭湖為漳、泉之門戶，而北港(臺灣)即彭湖之唇齒，失北港，則唇亡而齒寒，不特彭湖可慮，漳、泉亦可憂也。」（《讀史方輿紀要》清·顧祖禹）
作為一個中轉基地，地理位置十分理想。看好這塊地方以後，他們自己一合計，事情就敲定了。
1604年（萬曆三十二年）8月7日，荷蘭東印度公司艦隊司令韋麻朗（Wybrand van Warwijck）一聲令下，艦隊就侵佔了澎湖。
此時是明萬曆年間，雖然明朝的皇帝不著調，20多年不理朝政，但他手下的大臣們還是盡職盡責的。
福建巡撫徐學聚一看自己管轄地來了外人，連個招呼也不打，就反客為主了，於是下令，指派都司沈有容前去交涉。
沈有容得令後，組織50艘戰船，2000餘人，於同年 11 月 18 日抵今日之馬公市。
沈有容在娘媽宮（今澎湖天后宮）會晤了荷蘭的艦隊司令韋麻朗，要求他們撤出澎湖。
韋麻朗談了自己要求建立海上貿易的請求，但遭到斷然的拒絕。韋麻朗一看軟的不行，想要來硬的，但自己兵力亦相差懸殊，這個仗是沒法打的。於是怏怏不樂的於 12 月 5 日離開澎湖，轉往臺灣，再尋找新據點吧。
事件結束後，明朝政府立「沈有容諭退紅毛夷麻郎碑」以示紀念，此碑現存於澎湖馬公鎮。
他們撤退是撤退了，但是心有不甘。
俗話說不怕賊偷，就怕賊惦記，這次沒得逞，下次還會捲土重來的。
果然，隨著東印度公司在東亞的買賣逐漸做大，公司實力強大了，他們又想起這塊地方了。
於是，在相隔18年後，又捲土重來了。
1622年（天啟二年）4月10日，荷蘭東印度公司的顧恩一聲令下，艦隊司令雷爾生率領一支精心準備的荷蘭艦隊，就這樣浩浩蕩蕩出發了。
這支艦隊共由15艘大小戰艦，1000多精銳士兵組成。
其實嚴格說起來，應該算一個聯合艦隊，因為在這個艦隊裡，還包括當時剛剛冒頭，一心要討好荷蘭的英國兩艘戰船。
這麼大的陣勢，在歐洲殖民史上，還是很少見的。
因為在爪哇也好，還是在馬六甲也好，這麼大陣勢的船隊一到，當地人就會乖乖投降了，還何談抵抗？
他們估計得一點不錯，戰事剛一開始，果然把聞訊趕來的明軍打的落花流水。
同時荷蘭派遣艦隊駛至漳州海面，封鎖漳州門 戶，企圖以武力威脅中國同荷蘭通商。
荷蘭人船長威伊邦特庫撰寫的《東印度航海記》中，裡頭描繪當時的情形。
十月十八日， 荷蘭人在漳州「燒毀中國帆船多至六七十艘」，並登陸洗劫；
二月十日，荷蘭人又「縱火焚毀兩個村 莊」；
五月一日，截獲中國商船一艘，「其中載有二百五十人 之多」。 對於中國俘虜，荷人則把他們先集中至澎湖島上，強迫中國人築城，據記載共有1150 多名俘虜， 役死者571 人，所剩下的579 人被遣送到巴達維亞， 然後出售到其他地區作為奴隸……
同時，也加緊修築防禦設施，碉堡也建起來了，艦隊也擴大了，戰艦達到18艘。
在此站穩腳跟以後，說話底氣也足了，千總陳士瑛前來交涉時，荷方提出三點要求：
第一，允許荷蘭人在中國沿海互市；
第二，割讓澎湖予荷蘭人；
第三，禁止中國與葡萄牙、西班牙二國進行貿易。
提出以上三個條件後，並以武力要挾：「若不允市（指通商），必動幹戈」。
既然對方索要的條件不能滿足，只有用武力說話這一條途徑了。於是，在當年的九月初五，明熹宗 下旨：「紅夷狡詐，為患方深。巡撫官著督率將吏，悉心防禦，作速驅除。」
至此，澎湖之戰已箭在弦上了。
1624年2月（天啟四年正月)， 福建巡撫南居益親自乘船到金門，下令明軍船隊渡海武力收復澎湖，此次出徵的，是200艘兵船，1000萬餘人。
福建總兵俞諮皋、守備王夢熊，率領兵船至澎湖，登陸白沙島，首先與荷軍接火，但荷蘭軍隊依仗堅固的工事與戰艦頑抗，澎湖久攻不下。
「（紅木埕城要塞）炮樓堅緻如鐵，巡撫南宮益，遣兵攻之，賊首高文律拒守不下，官軍以藥轟之，樓傾下海。」（《澎湖廳志》）
海戰情況更糟糕。此次明朝水師雖然出動了自己所有的家底，但都是可憐的中小型戰船，和荷蘭龐大的戰艦相比，簡直就是小巫見大巫。
巡撫在後面督戰，前線也不敢鬆勁，一下打不下來，那就慢慢啃吧，於是幾乎天天發動攻擊。
後來更是改變戰術，既然碉堡這麼堅固，那就不強攻了。在荷蘭人的炮火下，明軍使出了巧勁，用堆滿沙石的戰車抵擋荷蘭人的炮火，一步步完成對荷蘭人的合圍。
在陸地完成合圍的同時，還封鎖海路，斷絕荷蘭人的外援。
等仗打到七月份時，南居益一看總這麼耗著也不是回事，於是派出火銃部隊支援徵討大軍。
明朝的火銃，屬於熱武器了；他們一上來，戰鬥力相當的驚人，一直把荷蘭人打得最後龜縮在據點裡拒城死守。
此時再一次形成了僵持狀態！
等到了八月份，南居益忍無可忍之下，對前線將領發出了死命令：再打不下澎湖，提頭來見！
七月初三，明軍分三路齊攻，七月十一日， 荷蘭人示降。十三日，「（荷蘭人）拆城，起運米下」（《明熹宗實錄·卷47》）。
在雙方激戰七個月，耗費軍資十七萬七千餘兩之後，明軍生擒荷軍守將高文律（Kobenloet）等十二人，其餘荷蘭殘兵倉皇逃往臺灣南部。
至此，明軍終於不辱使命，取得了澎湖之戰的勝利，捍衛了國家主權。
隨後福建巡撫南居益獻俘於北京，天啟皇帝下令把他們全部斬首，傳首九邊以儆效尤！
澎湖之戰的影響：
此戰過後，朝廷才意識到澎湖地理位置的重要性，於是採取了以下補救措施：
一、在澎湖增加駐兵，著兵部「專設遊擊一員，駐紮澎湖，以為久經固圉之」。 同時在原有兵員的基礎上再增加兵力，最終使澎湖地區的駐兵增加到 2104 名。
二、加強福建沿海地區衛所同澎湖地區的聯繫。
三、提升澎湖駐軍等級。澎湖地區原為「南路節制」，故而軍事決定權較低，現今改為 「副總兵衙門兼協守職銜」，大大提高了澎湖守軍的軍事決定權。
四、增加兵餉。澎湖地區每到汛期，駐防人員便會撤防，而如今則增加兵餉，使駐兵常年死守，不許回撤。
五、屯田澎湖，開發漁業。
另外，在軍事上也有所斬獲。
正是通過此戰，明朝才意識到新式火炮的巨大威力，在收復澎湖之後，開始著手仿製荷式火炮，用於裝備自己的軍隊。
經過屢次改進，最終生產出後來令滿洲人聞風喪膽的紅夷大炮。
參考資料：
《明熹宗實錄》
《明史》清·張廷玉
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