康熙帝對太子行事不滿，索額圖也被牽連在內。到了康熙三十九年，則有人告發索額圖，康熙帝暫沒處置。最終，傾陷索額圖的人，就是他的家臣高士奇。因為受辱，高士奇對索額圖懷恨在心，「遂頓忘舊恩，而思剚刃於其腹中」。康熙四十二年，高士奇投靠了明珠，因明珠與索額圖「權勢相侔，互相仇軋」。
康熙帝回京後，於康熙四十二年就將索額圖處死了。
索額圖是康熙皇帝的重臣，服侍康熙皇帝幾十年，為大清立過很多功勳。索額圖既是康熙皇帝的國舅，早年間還協助過康熙除掉權臣鰲拜，因此，受到了康熙的重用。索爾圖手握重權，難免有囂張跋扈的時候，再加上，他跟太子胤礽的關係，使得索額圖不得不參與奪嫡之爭，拼了命也要保住太子的地位。
所以，我們不能輕易得對他下一個結論，但是，可以肯定的是：索額圖肯定是大清的能臣。
這個從撤蕃一事中就可以看出索爾圖的能耐：當時平南王尚可喜向康熙皇帝遞摺子，請求告老還鄉。康熙皇帝覺得可以利用這個契機裁撤三藩，畢竟三藩已經成為大清國的累贅，有「尾大不掉」之勢。康熙撤蕃的號令引來三藩的不滿。三藩以吳三桂為首，公然反叛朝廷。此時，索額圖建議處置主張撤蕃之人，以安三藩之心。可是，康熙皇帝已經鐵了心要撤蕃，非但沒有聽從索額圖的建議，還將他罵了一頓。
索額圖領了一頓罵，他並沒有放在心上。既然，皇帝已決心取締吳三桂等人，他必然要出謀略平定這場叛亂。於是，他積極出謀劃策，幫助康熙皇帝在京城運籌帷幄。史料《嘯亭雜錄》中就說道：「索額圖相當權時，多謀略，三逆叛時，公料理軍書，調度將帥，皆中肯要。」
還有一件事能夠體現索額圖的能耐，那就是與沙俄的談判：清朝初期，中原還不夠穩定，而北方的沙俄藉此機會頻頻侵擾我們的國土。清崇德八年，沙俄將領瓦西裡·波雅科夫就越過大興安嶺，直接來到了黑龍江流域。他們沒有就此停止，後來，又有一夥匪徒侵入了黑龍江流域，他們佔領了雅克薩，還將它改名為阿爾巴津。此時清軍的目光還在中原，無暇他顧。
等到康熙皇帝正式裁撤三藩之後，清政府才有時間去對付沙俄侵略者。康熙二十四年，康熙皇帝發動了兩次對俄戰役，史稱「雅克薩反擊戰」。戰爭中，清軍重挫了沙俄侵略者，將他們趕出了雅克薩。無奈之下，沙俄只能派使臣前來求和，同意跟清政府籤訂平等條約。這個條約就是著名的《尼布楚條約》。當時，康熙皇帝派出重臣與沙俄使臣談判，而這個人就是索額圖。
在談判中，索額圖有如下主張：「察鄂羅斯所據尼布楚，本系我茂明安部遊牧之所，雅克薩系我達呼兒總管倍勒兒故墟，原非羅剎所有，亦非兩界隙地也。」索額圖要求將尼布楚、雅克薩、黑龍江流域等地方都收歸清政府管理，這些地方原本就是清政府的，決不割讓給沙俄。索額圖說明了自己的立場，如果，沙俄不同意，他立即返回，決不議和。所以說，沙俄的使臣明顯遇到了一個狠角色。
談判過程中，西北的準格爾起兵叛亂了。為了能夠專心對付準格爾，康熙皇帝同意做出讓步，使得與沙俄的和談儘快完成。康熙指示索額圖：「爾等初議時，仍當以尼布潮為界。彼使者若懇求尼布潮，可即以額爾古納為界。」索額圖按照他的要求，最終，確認了和談條件。不過，沙俄一直都想侵佔我們的土地。在談判過程中，他們甚至提出了兩國以黑龍江流域為分界線，這個無理要求被索額圖直接否決了。
索額圖答覆：「敖嫩河、尼布楚皆為我茂明安等部原來居住之地，雅克薩為我虞人阿爾巴西等居住之地。」這些地方本來就是清朝的，作為申請議和的一方，沙俄不能提出過分要求。可以說，正是索額圖的努力，才阻止了沙俄的侵略，保證了兩國之後很長一段時間的安寧。
之後，索額圖還隨康熙皇帝親徵準噶爾，準噶爾違反朝廷的要求，侵佔蒙古其他部落的領土。在對戰過程中，索額圖也奉獻了很多實用的計謀，幫助康熙取得了勝利。
索額圖是索尼第三個兒子，在索尼的眾多兒子中，索額圖是明顯享受不到父親的恩澤的。據史料記載，索尼的兒子中，只有索額圖沒有被授予爵位，其他兒子均被授予爵位，比如：他的長子被授予一等公、五子被授予一等伯、六子被授予一等公（他的二子、四子早夭）。興許也是索額圖身世所累，猜想索額圖應不是嫡出。後來，索額圖還是掌握了朝廷大權，這一切都是他自己努力得來的。
雖說，早年是因為父親的關係而進入了官場，但是，後來的一切都是自己努力的結果。他之所以得到康熙的重用，完全是因為他始終支持康熙，這個從早年間協助剷除鰲拜一事就可以看出。後來，由於太子胤礽讓康熙失望，康熙就將罪過推到索額圖身上，認定他為「我朝第一罪人」。但是，這不代表索額圖就是壞人，索額圖有很多拿得出手的功績，這些都足以證明他是一個能臣。
總的評價，索額圖是一個能臣、也一度是一個權臣，但是，最後卻成為了政治鬥爭的失敗者 。
索額圖死後，一說葬在了西直門外的索家墳，另一種說法是索額圖以附逆謀反之名逮捕下獄，以其忤逆的身份是不能埋入祖塋，所以，只好另擇塋地，最後選在了海澱西北旺鎮的唐家嶺村。直到北京解放前，唐家嶺村不僅埋葬著索額圖，村中還有索家的家廟一座，其舊址就在唐家嶺村的村北處。雖然，在這裡索家的蹤跡在唐家嶺村已難找到，但是，在這個地方關於索額圖的傳說還一直在流傳著。
參考資料：
【《清史稿》、《嘯亭雜錄》】