建文帝朱允炆削藩逼反了燕王朱棣，朱棣以「清君側，靖國難」為名，發動了「靖難之變」。在靖難軍攻克南京城之際，建文帝火燒皇宮，不見蹤影。太監從火堆中找到一具被燒得面目全非的屍體，有人認為這具屍體就是建文帝的，也有人認為這具屍體不是建文帝的，並認為真實的建文帝是從密道逃出了皇宮。那麼，真相到底如何呢？
傳聞建文帝出家寺廟的樹，至今算起已經600餘年
建文帝自焚了嗎？
建文四年（公元1402年）六月，燕王朱棣率領大軍渡江抵達南京城下，谷王朱橞與曹國公李景隆開金川門投降，南京城被攻陷。就在大軍即將開進皇城之際，朱棣卻突然下令停止進攻。其意不言自明，就是不願背負弒君篡位的千古罵名，同時，他也希望能給建文帝留出一些時間，讓建文帝做出正確的選擇———退位！如此一來，建文帝就可以保命，他也可以名正言順地繼承皇位，這樣豈不是皆大歡喜！
然而讓朱棣萬萬沒有想到的是，正當他躊躇滿志的時候，皇宮卻突然起火。當朱棣趕往皇宮救火時，卻只發現了一具被燒得面目全非的屍體。
據朱棣欽定的《明太宗實錄》記載說，當朱棣攻陷南京城時，諸位藩王以及文武大臣都來朝拜，建文君本來也想出去迎接，但看到左右侍從大多已經逃散，僅剩下幾個人，不禁感嘆道：「我有何臉面去見他呢？」於是點火自焚了。太監從大火中找到一具屍體，當時已經被燒得面目全非。朱棣認定這具屍體就是建文帝的，於是便抱著屍體失聲痛哭道：「你怎麼能這麼糊塗呢？我進京不過是為了幫你懲治奸臣，而你何至於要自尋短見呢？」八天後，將建文帝草草下葬。
朱棣
建文帝有沒有自焚呢？關於「建文帝自焚」之說，有六個疑點：
其一，《明太宗實錄》中稱建文帝為「建文君」，表明當局不願承認建文帝繼位的合法性。對皇帝的稱謂都可以更改，對於其他事件也同樣可以更改，因此，《明太宗實錄》所記載事件的真實性令人懷疑。
其二，屍體被燒得面目全非，根本無法辨認，朱棣怎麼就能確定他就是建文帝呢？
其三，據《明太宗實錄》記載，朱棣曾對大臣說：「朕於宮中遍尋皇考宸翰不可得，有言建文自焚時，並寶璽皆毀矣，朕深慟之。」玉璽是用玉石雕刻而成，大火很難焚毀，即便是被建文帝有意銷毀，也一定會留下殘骸，既然沒有留下殘骸，說明很有可能被建文帝帶出了皇宮，同時，也說明了建文帝很有可能打算東山再起。
其四，《明史·胡胡濙》中記載說：「惠帝之崩於火，或言遁去，諸舊臣多從者，帝疑之。五年遣[插圖]頒御製諸書，並訪仙人張邋遢，遍行天下州郡鄉邑，隱察建文帝安在。」意義是說，對於建文帝被燒死一事，朱棣也有所懷疑，所以他才命胡濙以尋訪張邋遢（張三丰）為由暗中尋找建文帝。如果朱棣認定建文帝早已被燒死，他又豈會派胡[插圖]四處尋找建文帝的下落呢？
其五，據《明神宗實錄》記載說，明神宗曾問宰相張居正關於建文帝一事，張居正回答說：「國史不載此事，但先朝故者相傳，言建文皇帝當靖難師入城，即削髮披緇，從間道走出，後雲遊四方，人無知者。」由此可見，張居正與先朝的大多數人一樣傾向於認為建文帝逃走了。
其六，清人龍文彬在《明會要》中說：「棣遣中使出後屍於火，詭雲帝屍，越八日壬申，用學士王景言，備禮葬之。」《明會要》認為，當時只找到了馬皇后的屍體，但並沒有找到建文帝的屍體，於是謊稱馬皇后的屍體就是建文帝的屍體，然後以天子之禮將其安葬了。
綜合以上所述，我們可以推斷建文帝極有可能是逃出了皇宮。
建文帝劇照
建文帝是如何逃出皇宮的呢？
關於建文帝是如何逃出皇宮的，清代學者谷應泰編撰的《明史紀事本末》內有詳細記載。
建文四年，建文帝聽說金川門失守，知道大勢已去，想要自殺。翰林院編修程濟勸諫說：「與其自殺便宜了燕王，還不如逃走，另尋時機，謀求東山再起呢！」
這時，太監王鉞對建文帝說：「高皇帝（朱元璋）賓天前，曾留下一個匣子，藏在奉先殿，並告誡我說：『只有大難臨頭的時候才能拿出來！'」不一會兒，王鉞從奉先殿左側取出一個紅色匣子，匣子四周用鐵封死，兩把鎖也被鐵澆灌。建文帝看到祖父給自己留下的遺物，不禁慟哭起來，等回過神，他連忙命人放火焚燒皇宮。馬皇后赴火而死。
隨後，程濟砸破匣子，得到三張度牒，度牒上分別寫著「應文」、「應能」、「應賢」。匣子內還放著袈裟、鞋帽、剃刀、十錠白金以及一封信，信上寫道：「應文當從鬼門出，其餘人從水關御溝出，傍晚時分，在神樂觀的西房會合。」
建文帝仰天長嘆道：「這難道不是天意嘛！」程濟立刻為建文帝剃度。由於建文帝的名字中帶有「文」，所以便自稱「應文」。
吳王教授楊應能說：「我的名字中帶有能，應當就是應能了！我願剃度追隨陛下！」
監察御史葉希賢說：「我的名字中帶有 『賢』，應當就是應賢了！我也願意剃度追隨陛下！」
隨後，建文帝、楊應能和葉希賢三人喬裝打扮成僧人的模樣準備逃出皇宮。當時，大殿內還有五六十人，都表示願意追隨建文帝逃亡。建文帝認為，人多容易引起懷疑，所以僅僅帶了九個人打算從鬼門逃走。當建文帝等人來到鬼門時，神樂觀道士王升早已在鬼門等候建文帝。一見到建文帝，王升連忙叩頭說：「臣之所以知道陛下會來，是因為高皇帝託夢給臣，令臣在此恭候陛下！」隨後，眾人乘船來到太平門，在王升的引領下，來到了神樂觀。就這樣，建文帝逃出了皇宮。
朱允炆影視照
不過，《明史紀事本末》的記載有多處疑點：
其一，朱元璋留下匣子的目的是為了讓建文帝逃命。面對生死攸關之事，朱元璋為什麼僅將匣子的秘密告訴一個太監而不告訴建文帝呢？
其二，按常理說，建文帝拿到匣子後，應當先打開匣子，看看裡面有什麼錦囊妙計，然後再見機行事，但建文帝和諸位大臣並沒有這樣做，而是先放火燒宮，然後才打開匣子，不合常理。
其三，馬皇后赴火而死可謂死得離奇。建文帝既然可以帶著九個隨從逃脫，馬皇后也同樣可以逃脫，她為何要赴火而死呢？有人或許會認為，馬皇后是替建文帝而死，她想用自己的屍體迷惑朱棣，讓朱棣誤認為建文帝已死。但男人和女人的屍體特別容易分辨，所以這種說法不成立。
其四，建文帝是先放火，然後才逃走的。但事實上宮中一旦起火，朱棣就會立刻派兵救火，建文帝又將如何逃脫呢？
其五，朱元璋給道士王升託夢一事純屬小說家之言，不足為信。
谷應泰作為一個嚴謹的歷史學家，為何要將如此荒誕的故事寫進史書呢？唯一的解釋就是，建文帝逃出皇宮的方式過於神秘，無人知曉，所以谷應泰便採納了民間傳說。
民國學者黃雲眉先生認為，建文帝有可能是從陰溝中逃走的，所以在其著作《明史考證》中說：「宮中陰溝，直通土城之外，高丈二，闊八尺，足行一人一馬，備臨禍潛出，可謂深思熟慮矣。」
朱元璋卡通形象
建文帝逃向何方了？
谷應泰的《明史紀事本末》記載建文帝逃出皇宮的方式雖然荒誕離奇，但其所記載建文帝逃亡的路線卻得到普遍認可。建文帝到達神樂觀不久，楊應能、葉希賢等十三人便迅速前來會合。
此時，建文帝身邊共有22人：兵部侍郎廖平，襄陽人；刑部侍郎金焦，貴池人；編修趙天泰，三原人；檢討程亨，澤州人；按察使王良，祥符人；參政蔡運，南康人；刑部郎中梁田玉，定海人；監察御史葉希賢，松陽人；程濟，績溪人；中書舍人梁良玉、梁中節，俱定海人；宋和，臨川人；郭節，連州人；刑部司務馮學，黃巖人；所鎮撫牛景先，沅人；王資、楊應能、劉仲，杞縣人；翰林待詔鄭洽，浦江人；欽天監正王之臣，襄陽人；太監周恕，和州人；徐王府賓輔史彬，吳江人。
建文帝看著身邊這些不顧生死追隨自己左右的股肱之臣，感動地說：「今後我們就以師兄弟相稱吧，不必再拘君臣之禮了！」眾人聞言，涕淚不止。
廖平說：「諸位對陛下的忠心日月可鑑，也都願意追隨陛下逃亡，但隨行人員太多容易暴露，沒有家室拖累並且有能力保護陛下的不足五人，就讓他們來護衛陛下，其餘人等都先各自回家，日後可在陛下經過的途中接應陛下。
」建文帝說：「我想去滇南，依附西平侯。」西平侯沐英是朱元璋的養子，深受馬皇后疼愛。沐英對馬皇后特別孝順，與馬皇后的兒子———建文帝的父親朱標的關係比親兄弟還親。朱標英年早逝對沐英的打擊特別大，朱標去世兩個月後，沐英因悲傷過度咯血而死。
沐英死後，沐氏子孫世代承襲西平侯的爵位，鎮守雲南。由於沐氏一向親附建文帝，所以建文帝才會想要投靠西平侯。史彬對建文帝建議說：「我們人多容易引起注意，況且新皇帝還沒有消除疑慮，萬一被人揭發又該如何是好呢？陛下不如以四海為家，往來於名山大川之間。」建文帝對此深表贊同，所以打消了去雲南的想法。
沐英
眾人商定之後，決定讓建文帝在廖平、王良、郭節、王資、史彬、梁良玉、鄭洽七人的家中輪流居住。鄭洽的家族在浦江屬於高門巨族，眾人決定先前往浦江。當夜，建文帝足疾復發，無法行走，只能坐船。天微亮時，史彬便與牛景先到江邊尋找船隻。
在江邊，有一隻小船，船上傳來吳江人交談的口音。史彬一聽是家鄉人，連忙去叩船，一打聽，原來是家裡人專門派來尋找自己的。由於船隻太小，又不想引起注意，所以建文帝僅僅帶了程濟、葉希賢、楊應能、牛景先、馮學、宋和、史彬七人前往史彬家。八月，建文帝到達史彬家。不久，朱棣下令各地追繳建文帝時期任命的官員的誥命。
縣丞到史彬家追繳誥命時，發現史彬在家，便對史彬說：「建文帝就藏在你家吧？」史彬連忙回答：「沒有沒有！」縣丞瞥了史彬一眼，然後哂笑而去。縣丞已經產生懷疑，史彬家不能再待了，於是建文帝帶著兩個和尚和一個道士離開了。
建文帝四人先乘船到京口，再過六合，於十月到達襄陽廖平家。由於蹤跡敗露的原因，建文帝決定前往雲南。永樂元年（公元1403年）正月十三日，建文帝到達雲南永嘉寺。永樂二年正月，建文帝離開雲南，由重慶抵達襄陽，於六月再次來到史彬家。當時天色已晚，史彬看到建文帝突然來訪，不禁熱淚盈眶。
建文帝對史彬說：「我明天就得離開！」史彬說：「臣打掃房間等待陛下多日，若有所疏忽，還請陛下見諒。臣想請陛下多住些時日，為何陛下卻要匆匆離開呢？」
建文帝痛哭流涕道：「昨天，我路過西安道時遇到一位官員，他瞪著眼睛看我。此人我曾經見過，他一定會向朝廷上奏。我不想連累你，所以必須離開！」君臣相擁而泣，久久無語。史彬見建文帝穿得衣衫襤褸，連忙讓家人給他縫製衣服。
三日之後，君臣二人才依依不捨地分別了。離開史彬家，建文帝直奔浙江，在杭州遊玩23日，在天台、雁蕩遊玩39日。期間，他還拜訪了馮學、牛景先。永樂三年（公元1405年），朱棣派鄭和下西洋。據《明史·鄭和傳》記載：「成祖疑惠帝亡海外，欲蹤跡之；且欲耀兵異域，示中國富強。」
有人認為，朱棣聽說建文帝逃到了海外，所以才派鄭和六下西洋尋找建文帝的下落。事實上，幾年後朱棣就查詢到建文帝在國內活動的痕跡，根本沒有必要六次派鄭和去海外尋找。不過，最初讓鄭和下西洋也不排除有一小部分原因是為了尋找建文帝的下落，但大部分原因還是為了宣示中國的富強。
朱棣
永樂五年（公元1407年），朱棣派戶科都給事中以尋訪張三丰為由，四處搜尋建文帝的下落。建文帝聽說後，便隱居起來。
永樂七年（公元1409年），鄭和與胡濙往來於雲南、貴州之間，尋找建文帝的蹤跡。建文帝聽說後，東行至善慶裡，後又返回襄陽廖平家。得知廖平已舉家遷往蜀地，於是返回雲南。永樂八年（公元1410年）三月，工部尚書嚴震奉命出使安南並秘密尋訪建文帝。
嚴震與建文帝在雲南不期而遇，兩人相對而泣。沉默良久，建文帝問嚴震：「你打算如何處置我呢？」嚴震回答說：「陛下請自便，臣自有辦法！」當夜，嚴震放走了建文帝，然後自縊於驛亭中。隨後，建文帝又回到了浙江，並在白龍山搭建了一間茅草屋。這年夏天，建文帝身患痢疾，面容枯槁，因懷有戒心，不敢出山尋找食物。
不久，史彬、程亨、郭節三人前來探望。建文帝見到三人，不禁悲從中來。由於飢餓難耐，建文帝問三人說：「你們帶有吃的嗎？」三人連忙把隨身攜帶的食物拿了出來。建文帝一番狼吞虎咽，看得三人心痛不已。三人在白龍山逗留數日，建文帝催促他們，讓他們早日回家，以免引起懷疑。
臨別時，建文帝囑咐他們說：「今後不要再來了！一是因為道路不便，二是因為各個關口盤查較嚴。更何況我現在過得很好，你們就不用再為我擔心了。」三人含淚而去。
後來，史彬再次來白龍山尋找建文帝時，發現建文帝居住的茅草屋已經不復存在。到山旁詢問一位老婦人，老婦人告訴他，茅草屋早已被官府拆毀。
永樂十四年（公元1416年），胡濙的母親病故，胡濙請求回家守孝，但不被批准。隨後，朱棣又將胡濙連升三級，提拔為禮部侍郎，繼續尋找建文帝。永樂十七年（公元1419年），胡濙再次踏上尋找建文帝下落的旅程。
這一次，胡濙不再在全國漫無目的地尋找了，而是將目標鎖定在江浙、湖湘一帶。永樂二十一年（公元1423年）深夜，胡濙匆匆趕回北京拜見朱棣。當時朱棣已經就寢，聽說胡濙覲見，立刻起床召見胡濙。至於君臣二人談論的內容，由於過於機密，無人得知。不過，《明史·胡濙傳》卻記載說：「漏下四鼓乃出。」
如果朱棣晚上十點就寢，到四點（即四更，凌晨一點至三點），兩人至少談論了三個小時。談完之後，《明史·胡濙傳》又記載說：「至是，疑始釋。」意思是說，到此時，朱棣心中的疑慮才被徹底消除。這句話透露出三層含義：第一，建文帝並未被燒死，而是逃走了；第二，胡濙找到了逃走的建文帝；第三，建文帝已經對朱棣構不成威脅了，也很有可能是建文帝讓胡濙給朱棣帶話，說他並沒有復位之心，讓他放心做他的皇帝。
建文帝的結局如何？
據《明史紀事本末》記載，明英宗正統五年（公元1440年），建文帝來到了貴州金竺長官司羅永庵。平時，建文帝喜歡寫詩，在羅永庵時，曾在牆壁上題了兩首詩：
風塵一夕忽南侵，天命潛移四海心。
鳳返丹山紅日遠，龍歸滄海碧雲深。
紫微有象星還拱，玉漏無聲水自沉。
遙想禁城今夜月，六宮猶望翠華臨。
閱罷《楞嚴》磬懶敲，笑看黃屋寄團瓢。
南來瘴嶺千層迥，北望天門萬裡遙。
款段久忘飛鳳輦，袈裟新換袞龍袍。
百官此日知何處？唯有群鳥早晚朝。
讓建文帝萬萬沒有想到的是，他的詩給他帶來了很大的麻煩。有一天，與建文帝同住的一位老和尚拿著建文帝的詩對思恩知州岑瑛說：「我就是建文帝。如今我已經90歲了，活不了幾天了，我只有一個要求，就是在我死後請將我葬在祖父的陵墓旁！」
讓建文帝萬萬沒有想到的是，他的詩給他帶來了很大的麻煩。有一天，與建文帝同住的一位老和尚拿著建文帝的詩對思恩知州岑瑛說：「我就是建文帝。如今我已經90歲了，活不了幾天了，我只有一個要求，就是在我死後請將我葬在祖父的陵墓旁！」
岑瑛驚駭不已，連忙奏報朝廷。明英宗命人將老和尚以及一同居住的12個人全部鎖拿進京，進行嚴加審問。建文帝和程濟就在這12個人之中。御史對老和尚說：「建文君生於洪武十年，到正統五年，不過64歲，怎麼可能90歲呢！」經過一番審問，老和尚最終不得不老實交代自己是冒牌貨，真名叫楊應祥，是鈞州白沙裡人。
查明真相後，明英宗下令處死楊應祥，並將與其一同居住的12人發配邊疆。此時，建文帝已在外逃亡將近三十九年。他早已厭倦了逃亡的生活，想要南歸，於是便將自己的真實身份告訴了御史。明英宗立刻派曾經服侍過建文帝的老太監吳亮去驗明建文帝的身份。
建文帝看到吳亮來探監，便說：「你不是吳亮嗎？」吳亮矢口否認。
建文帝說：「當年用膳期間，我將一片鵝肉扔在地上，你手執酒壺，像狗一樣地把肉叼了起來，有沒有這回事？」
吳亮聽罷，心中一震。隨後，他伏在地上，脫掉建文帝的鞋子，發現建文帝的左腳上果然有一顆黑痣。吳亮叩頭於地，痛哭不能仰視。
走出監獄後，吳亮上吊自殺了。
建文帝的身份被確定後，被明英宗接入皇宮居住。宮中人都稱呼他為老佛，最終壽終正寢於皇宮。死後，他被安葬在西山。