1、變色的問題
據敦煌研究院保護研究所專家的調查分析，敦煌壁畫所用顏料中，紅色有：土紅、硃砂、鉛丹、密佗僧；綠色有：氯銅礦、石綠；白色主要為：滑石、硬石膏、石膏、白堊、高嶺石和雲母。現在我們看到的黑色，大部分可能是含鉛的顏料變色的結果，當然，古代壁畫中也同樣應用黑色顏料，所以，現存的壁畫顏色存在較複雜的情況，這些都有待於進一步研究。由於一部分顏料中包含了容易變色的成分，在一定溼度變化的條件下，就產生了變色，其中如某些紅色和白色顏料，經過千百年的時間，現在已變成黑色。
莫高窟第263窟北壁供養菩薩復原（段文杰復原臨摹）
壁畫中的石青和石綠色、白色等顏料多為礦物質顏料，穩定性強，歷經一千多年還不變色。尤其是北朝時期的壁畫中，石綠和石青的純度很高，石青類顏料中較多地使用了青金石顏料，穩定性很好，因此歷經一千多年而不變色。而有些紅色和白色卻因為含鉛等物質，就會變黑。其它的顏料經過混合，特別容易變色，今天我們看到的不少壁畫都有較大程度的變色。而不同顏料變色的程度不同，也形成了壁畫變色情況的複雜性。從現存情況來看，古代壁畫中凡是用色較豐富，層次較多的壁畫，變色就比較嚴重，北魏壁畫、隋代壁畫以及唐代部分洞窟的壁畫就是如此。而用色較單純，混合色用得少，或者如唐代部分洞窟重視線描造型，用色較淡的壁畫，變色就相對較少，從而保存了相當部分未變色的壁畫。當然也有人為因素造成變色的，如第156窟壁畫煙燻造成的變色等。
2、褪色的問題
褪色的問題，過去很少有人研究。因為我們無法知道褪掉的顏色到底是什麼樣的。但是這種狀況在敦煌壁畫中是很普遍的。由於莫高窟地處沙漠戈壁，時時受到風沙的影響，風化會使壁畫顏料脫落、變淡。光線照射也是壁畫褪色的最主要原因，同一個洞窟，我們發現在光照較強的位置，壁畫往往就變淡，而在光線很難照射到的位置，壁畫相對來說保存的狀況要好一些。凡是露在洞窟外長期受陽光直接照射的壁畫，就變得很淡，甚至消失了。通過現代科技的測定，也可知光線對壁畫顏料的變色會產生重要的影響。
當然，顏料本身也存在衰變的問題，在畫家所用的顏料中，也可能存在某些易用於揮發的顏料，畫在壁畫中一段時間後逐漸變淡乃至消失。
莫高窟第9窟供養人像復原（史葦湘、歐陽琳 復原臨摹）
壁畫的變化除了以上兩個方面的原因外，還有很多因素，如今天在文物保護中稱為壁畫「病害」的，包括壁畫顏料層起甲；壁畫地仗層酥鹼、鹽化；地仗層空鼓、脫落；顏料層黴變、汙染；以及過去的香火和洞窟居住人造成的對壁畫的煙燻等等。各種各樣的病害都在改變著壁畫的面貌，使我們今天所見的壁畫已不是最初建造時代的原貌。因此，當我們面對古代壁畫時，如果不考慮它千百年來的變化情況，就會產生錯誤的認識，得出錯誤的結論。
來源：敦煌研究院，摘自趙聲良《表像與真實——探索敦煌壁畫之原貌》