萬曆四十八年七月，萬曆帝病逝。當年八月，太子朱常洛登基，是為光宗。豈料在位僅僅不到一月，光宗便隨父親駕鶴西去了。
據說在光宗剛剛上位的時候，先帝寵妃鄭貴妃為光宗進獻了八個絕色美人，光宗得到美人後縱慾過度。在即位之後，沒幾天就病倒了，後來病情越來越嚴重。宮裡的御醫為光宗診療，幾天之後一直看不到好轉。所以光宗病急亂投醫，竟然擅自斥退太醫院的御醫，讓內侍崔文升來給他看病。崔文升只是一個小小的內侍，並非醫官，但是他給光宗開了一劑方子。光宗服用過後大瀉不止，一夜之間去廁所跑了三四十次。到了現在還昏迷不醒，所以這一切的事物都由身為首輔的方從哲處置。方從哲被召進宮中，看到了宮眾已經亂為一團。皇帝昏迷不醒，大臣們舉足無措，太醫束手無策。首輔方從哲就問了一下在龍榻側的那幾位御醫，因為方從哲是擔任首輔的七年老官，與太醫院的御醫交情不淺，所以就為方從哲解答了疑問，說道：「皇帝的病已經不是一天兩天形成的，本來就比較虛弱的身體，結果縱慾過度不加以節制，生病之後的調理也不是一天兩天能夠完成的。現在太醫院給開的藥方都是生精固本的藥方。這些藥出來的效果很慢，所以皇帝埋怨藥並沒有效果，從而病急亂投醫，沒有任何根據的來服用瀉藥。以至於我們之前給開的調理的藥方以及已經調理一個月之餘的身體就此功虧一簣。」方從哲說道：「皇帝現在才四十餘歲，如若正如閣下所說，是不是就沒有救了？」老太醫嘆了口氣，說道：「如果皇帝不再濫用藥物，還是以生精固本之藥來調理，還是有望能調理好的。」
首輔方從哲聽後，便委託御醫們對皇帝的身體多加關照，並且留心了御醫的話，就想要去勸誡皇帝要注意保養並且由御醫開藥方來調理身體。方從哲正想要去進宮面聖，沒想到皇帝的宣方從哲面聖，到了宮裡，才發現同行的還有朝中幾位舉足輕重的大臣，這讓方從哲感覺皇帝頗有託孤的跡象。
而後，鴻臚寺丞李可灼說有靈藥要呈獻給皇上，此藥為神仙所煉的仙丹，吃後能夠藥到病除，長命百歲。內侍不知道該怎麼辦，便把這件事情告訴了首輔大人。因首輔方從哲謹記太醫院御醫所說的話，不能再盲目用藥，就把這件事情壓下來。但是世上沒有不透風的牆，已經在為自己安排後事的光宗得知了這枚「仙丹」的存在，遂問首輔方從哲仙丹在哪裡，自己想要試一下。首輔方從哲推脫著說，太醫院的御醫為聖上開的藥是調理藥房，是能夠將聖上的身體調理好的。但是光宗認為自己已經是強弩之末，如果「仙丹」奏效，還能夠延續自己的生命，何樂而不為呢。方從哲拗不過皇帝，而且知道在整個皇朝從嘉靖帝開始就十分信奉道教，求不老仙丹，這種風氣到現在已經有幾十年的歷史了，他看到光宗也是比較迷信這些仙丹妙藥，就只能將李可灼帶來面聖。
李可灼得到宣召，就帶著自己「仙丹」來面聖。光宗吃了李可灼的仙丹，瞬時感覺神清氣爽，本在床榻躺著，吃過以後都可以直立行走了，遂讓李可灼再進仙丹一枚，才能得以完全康復。雖然當時大臣極力反對光宗的做法，但是無能為力。所以在第二天光宗又服了一顆仙丹，在服藥之後的光宗與服用第一顆藥沒有其他反應，只是更加舒適了，病好像是好了一樣。但是讓人想不到的是，當夜光宗就暴斃了。
這仙丹所引發的皇帝暴斃的大案就是明朝三大疑案之一的「紅丸案」。「紅丸案」發生後，朝野譁然。首輔方從哲因為沒有阻止李可灼進獻紅丸，而遭到嚴厲的批評。他原來想上給李可灼銀子五十兩，被迫改成將李可灼免職。那麼「紅丸案」的幕後主使到底是誰呢？光宗的死到底歸結於誰呢？滿朝文武正在感到驚愕的同時，都將懷疑的目光轉移到了鄭貴妃的身上。新皇帝登基一個月以來。鄭貴妃不是給他送美女，就是知識崔文升進藥，行跡十分可疑。而且最重要的是，鄭貴妃早在光宗為太子的時候，就多次謀害過太子。光宗的父皇萬曆帝非常寵愛鄭貴妃，並且想將他與鄭貴妃的兒子立為太子，從而廢掉朱常洛。但是在多方壓力下，並沒有如願。於是鄭貴妃對朱常洛很是不滿，所以伺機謀殺。「梃擊案」就是一個最典型的例子。「梃擊案」最後不了了之，鄭貴妃就更加恃寵而驕。失去了萬曆帝這個大靠山之後，她依然恣意妄為，所以光宗的死是人們再一次將目光對準了她。
這一次，鄭貴妃就沒有那麼幸運了。經過追查，她確實參與了謀劃，而且是主謀。最後，方從哲也被迫辭職，李可灼被充軍，崔文升被貶放到了南京。「紅丸案」就此落下了帷幕。