日本對琉球的侵略其實早在明朝時就開始了，晚清時候不過是邁出了最後一步，徹底吞併了琉球群島。
日本對琉球的侵略
早在隋唐時期，中國的史書上就有了關於琉球的記載。當時琉球只有一些以村落為單位的部落。後來一些部落逐步強大，形成了控制若干個村落的按司。到宋元時期，按司之間在戰爭中不斷兼併，形成了山北、山南和中山三個王國。
三國之間為了奪取琉球的統治權爭鬥了很久。明朝洪武年間，中山國王察度派人到明朝入貢。山北、山南兩國得知以後，也爭相派人趕往明朝入貢，希望得到明朝的認可和支持。
有趣的是，最後統一琉球的並非三國卻是山南的一個按司巴志。1406年巴志首先奪取了中山國。隨後他派使者去明朝入貢，請求冊封其父思紹為中山王。1430年，明宣宗贈中山王「尚」姓。所以思紹、巴志也被稱為尚思紹、尚巴志，並給予中山國王之印。
此後尚巴志消滅了山北和山南兩國，統一了琉球，並把都城移到首裡。這也就是後來琉球尚氏王朝的開端。
琉球是個群島國家，面積有限，人口稀少，因此以貿易立國，通過與中國、日本和南洋國家的貿易積累了大量的財富。特別是以朝貢名義和中國進行的貿易對於琉球來說極為重要，因此琉球一直奉明朝為宗主國，非常恭順。
每任國王去世，琉球新國王就要派出使者前往中國，請求冊封。而中國會派出正副使者乘船來到琉球，選擇吉日進行冊封儀式。此後新國王才成為真正的君主。
所以在明朝時候，琉球是所有藩屬國中最為恭順的一個，也因此得到了兩年進貢一次的殊榮（後來改為一年一次），遠遠超過其他國家。當時明朝會對各國進貢物品高價收購，琉球的商品往往能賣出十倍高價，因此琉球一度很富有。
不過富有的琉球很快就被別人惦記上了。自豐臣秀吉侵朝失敗以後，明朝因為日本經常發生倭亂，所以決定禁止與日本進行貿易，這對日本打擊很大。因此到了德川幕府時期，薩摩藩在德川家康的默許下，於1609年出兵琉球，很快就擊敗了琉球軍隊，攻佔了首裡城。
日軍進入首裡城以後大肆掠奪，並把包括國王尚寧王在內的一百多名貴族掠回日本，強迫他們割讓了喜界、大島、德之、與論、衝永良部等五島給薩摩藩，並宣誓效忠薩摩藩，每年進貢，尚寧王等人才被放回。
日本肯放回尚寧王，主要是因為擔心被明朝知道以後會加以幹涉。豐臣秀吉的失敗讓德川家康不敢再去觸怒明朝。其次則是希望以琉球為中介，打開和中國貿易之門。
所以此後日本壟斷了琉球和中國的貿易，加上薩摩藩每年收取的巨額貢金，琉球生活日益困苦。
日本對琉球的吞併
琉球王國這種同時歸屬兩國的狀態一直延續到了十九世紀。日本明治維新以後，開始以西方制訂的國際準則為標準行事，而這首先第一條就是要劃定邊界。考慮到邊界對於一個國家的重要性，日本決定終結琉球王國這種特殊的兩屬關係，直接將其吞併。
日本吞併琉球最大的障礙自然是清政府。不過清政府對於國際知識的無知很快幫了大忙。當時在臺灣的生番經常攻擊流落到臺灣的船員。各國向清政府抗議時，清政府怕多事，於是以生番不是清朝管轄範圍為由拒絕接受抗疫。
日本於是以此為藉口，宣稱生番之地不是中國領土，藉口琉球漁民在臺灣被生番所殺出兵臺灣。清政府得知消息以後才明白自己犯錯，匆忙派兵臺灣和日本對峙。最後經過外交談判，清政府承認了日本的「保民義舉」，花錢消災，換取日本退兵。然而這句「保民義舉」又被日本抓住把柄，認為這是清政府承認琉球漁民是日本屬民。
與此同時，日本將往來文書中「琉球國中山王尚泰」的稱呼改成了「琉球尚泰。並把尚泰封為琉球藩王，列為一等官。然後日本政府通知琉球，此後所有和外國打交道的事務全部由日本外務省管轄，並告知各國琉球屬於日本，開始為吞併琉球做鋪墊。
1875年7月24日，日本內務大丞松田道之來到琉球，不僅禁止琉球繼續對清朝朝貢，還要求琉球以後開始使用明治年號，並進行廢藩改縣。儘管琉球國內對並不願意，不過由於國力有限，根本無從抵抗，只能向外求援。而求援的目標自然就是清政府了。
1876年，琉球國王尚泰派遣密使前往中國，通過閩浙總督將日本的野心告知了清政府。總理衙門隨即讓駐日公使何如璋進行交涉。何如璋去向日本政府抗議時，日本以此前清政府承認琉球是日本一部分為由加以拒絕。
1879年3月25日，松田道之率領560士兵、警察抵達那霸。27日松田率軍進入首裡城，並在5月27日將尚泰王一家強行帶往東京。5月18日，日本任命的衝繩縣令鍋島直彬到任。至此，琉球王國事實上已經滅亡。
不過此後中日兩國為了琉球還是進行了長時間的外交交涉。清政府始終拒絕承認日本對琉球的吞併。由於此時日本國力還不夠強，也擔心和清政府爆發全面衝突。因此在1880年3月，日本政府一處可以將琉球最南端的宮古、八重山列島讓給中國，換取清政府對日本吞併琉球的承認。
清政府實際上並沒有出兵的打算，只是為了維持傳統的朝貢體系而支持琉球。在日本提出瓜分琉球的建議以後，清政府認為可以在宮古、八重山列島上恢復琉球王國，因此一度決定接受日本方案。
不過流亡在中國的琉球官員認為宮古、八重山列島地方小，人口少，不足以建國，反對此舉。流亡天津的琉球王族幸地親方親自求見李鴻章，希望他能阻止清日瓜分琉球的打算，最後這個協議未能達成。
此後中日雙方一致各持己見。不過和清政府只能口頭抗議不同，日本政府在琉球採取了強化統治的措施，強力鎮壓反對勢力，對試圖反抗的琉球士族非殺即關。
所以到甲午戰爭前，日本實際已經完成了對琉球的控制。而甲午戰爭後，清政府自顧不暇，自然琉球問題也就不再提起。
至此，日本對琉球的吞併工作徹底完成。