上古時期的史料，司馬遷主要是摘錄自《尚書》。《尚書》為戰國時人所作，當時三皇五帝的傳說已經深入人心了。
我們知道，司馬遷寫了史記，「究天人之際，通古今之變，成一家之言」，被魯迅稱為史家之絕唱，無韻之離騷。
上古時代的三皇五帝時期距離司馬遷的時代已經隔兩千多年,又經歷了秦始皇焚書坑儒的災難，司馬遷怎麼會知曉得那麼詳細？古代的宮闈密事他是怎麼知道細節的？
所以，一直以來有很多人懷疑司馬遷所寫的不是歷史，而是小說。
日本漢學家宮崎市定認為《史記》的文學性大於史學性，「記述人物時比起事業更喜愛軼事」，而每一個事件都有起承轉合這四個結構，簡直就是一幕幕戲劇。他認為《史記》中越精彩越具有戲劇性的故事，越有背離歷史真相的可能，比如伍子胥、信陵君的故事和荊軻刺秦王的故事。項羽一人砍幾百人更是不可能的「神話」。
這樣看來，太史公簡直是一個成功的歷史小說家。或許，因為司馬遷身為太史令，熱衷於蒐集歷史上不可思議的奇聞秘事。
中華書局1982年版史記
司馬遷的《報任安書》裡說自己「近自託於無能之辭，網羅天下放失舊聞，略考其行事，綜其終始，稽其成敗興壞之紀。」意思是說，我私下裡也自不量力，近來用我那不高明的文辭，收集天下散失的歷史傳聞，粗略地考訂其事實，綜述其事實的本末，推究其成敗盛衰的道理，
1.父親司馬談的著作
司馬遷寫《史記》前，很多史料是父親司馬談收集整理創作的。司馬氏先祖是顓頊時期的天官，在周朝時世為史官，九世祖是秦國的大將司馬錯。
春秋時期司馬氏雖然失去官職，司馬談卻把修撰史書視為自己的神聖職責，一心繼承先人久絕的世業：太史令，重現孔子撰述《春秋》的精神，整理和論述上代歷史。
漢武帝元封元年，武帝進行封禪大典，司馬談身為太史令，卻無緣參與當世盛事，引為終生之憾，憂憤而死。他死前將遺志囑咐兒子司馬遷說：「餘死，汝必為太史，無忘吾所欲論著矣……」
司馬遷於是秉承父親的遺志，準備撰寫一部通史。
2.諸子百家的傳世經典
司馬遷在十歲時已能閱讀誦習古文《尚書》、《左傳》、《國語》等書。
秦始皇焚書坑儒，《尚書》被焚毀。漢文帝時，秦朝博士伏生依靠記憶背誦出28篇，史稱「伏生授經」。堯舜禹湯，大禹治水，武王伐紂，周公東徵，都是司馬遷摘錄自殘缺的《尚書》。
《史記》中《樂書》等篇是司馬遷抄錄自《荀子》和《禮記》等儒家經典。
3.秦國史書
司馬遷作為太史令，可以接觸到漢朝皇家所藏的秦國史書和漢代以來的資料。
秦末戰爭時，劉邦進入鹹陽，別人都在掠奪財富，唯獨富有遠見蕭何將「秦丞相御史律令圖書」收藏起來，不但在楚漢戰爭中幫助了劉邦平定天下，後來更為《史記》的寫作提供了重要的原始史料。
沛公至鹹陽，諸將皆爭金帛財物，蕭何獨先入收秦律、令、圖、書藏之。項王與諸侯燒鹹陽而去，漢王所以具知天下厄塞，戶口多少。強弱之處，民所疾苦，以蕭何具得秦圖書也。
《史記》中的秦國歷史，《秦本紀》、《秦始皇本紀》《白起王翦列傳》等篇，就是司馬遷抄錄自蕭何所收，漢室所藏的秦史。
4.引用口頭史料
司馬遷的時代，距離戰國時代結束已經有一百年的時間。雖然六國史書被毀滅，但人們還對過去的歷史有著直接的記憶。當時的歷史，通過口耳相傳，大致流傳了下來。
有一次，一次漢文帝乘車遇到馮唐，感慨自己沒有廉頗、李牧一樣的將領去抵禦匈奴的侵犯。馮唐直言道：「即使漢文帝有這樣的將領，也不會任用。」後來，匈奴再次進犯，漢文帝向馮唐請教當初言語的原因，馮唐就給他講了戰國時李牧在邊境統帥軍隊，朝廷從不幹預的故事。
馮唐的兒子馮遂是司馬遷的好友，司馬遷很可能把馮遂告訴他的李牧的事跡寫進了《史記》中。
歷史上的名人故地，比如孔子宗廟、信陵君魏無忌、韓信的家鄉，司馬遷都實地探訪過。他親耳聽到韓信的家鄉人說韓信還是布衣平民的時候，他的志向就與常人不同。韓信的母親死後，窮得沒錢來辦喪事，然而他卻尋找又高又寬敞的墳地，要讓那墳地四周可以安頓得下一萬家。於是便把這件軼事寫進了《史記》。
5.親身經歷
司馬遷早年受學於孔安國、董仲舒等大儒，並暢遊各地，採集傳聞。
十九歲時，他從長安出發，足跡遍及江淮和中原地區，並對所到之處的風俗進行考察，採集傳說。二十五歲時，以使者監軍的身份，出使西南夷，擔負起在西南設郡的任務。足跡遍及「邛、莋、昆明」等地。他的一生足跡所及，達到了除長城以北以及兩廣地區的隴山以東的漢朝版圖的整個範圍。這對於他接觸並了解各地的自然風光和物土人情，以及下層民眾的痛苦等，都有極大的好處。從而也增強了他的世事洞察能力，為他後來的寫史創造了有利的條件。
司馬遷一生遊歷所經之處，列表如下：
《五帝本紀》：「餘嘗西至空桐，北過涿鹿，東漸於海，南浮江淮矣。」
《河渠書》：「餘南登廬山，觀禹疏九江，遂至於會稽、太湟，上姑蘇，望五湖；東窺洛汭、大邳，迎河，行淮、泗、濟、傫洛渠；西瞻蜀之岷山及離碓；北自龍門至於朔方。」
《齊太公世家》：「吾適齊，自泰山屬之琅邪，北被於海，膏壤二千餘裡。」
《魏世家》：「吾適故大梁之墟」
《孔子世家》：「餘適魯，觀仲尼廟堂車服禮器」
《伯夷列傳》：「餘登箕山，其上蓋有許由冢雲。」
《孟嘗君列傳》：「吾嘗過薛，其俗閭裡率多暴桀子弟，與鄒、魯殊。」
《魏公子列傳》：「吾過大梁之墟，求問其所謂夷門。夷門者，城之東門也。」
《春申君列傳》：「吾適楚，觀春申君故城宮室，盛矣哉！」
《屈原賈生列傳》：「餘適長沙，觀屈原所自沉淵，未嘗不垂涕，想見其為人。」
《蒙恬列傳》：「吾適北邊，自直道歸，行觀蒙恬所為秦築長城亭障，塹山堙谷，通直道，固輕百姓力矣。」
《淮陰侯列傳》：「吾如淮陰，淮陰人為餘言，韓信雖為布衣時，其志與眾異。其母死，貧無以葬，然乃行營高敞地，令其旁可置萬家。餘視其母冢，良然。」
《樊酈滕灌列傳》：「吾適豐沛，問其遺老，觀故蕭、曹、樊噲、滕公之家，及其素異哉所聞！」
司馬遷作為漢武帝時期的人，曾經隨從漢武帝參加過封禪大典，還隨從武帝巡視黃河決口，和衛青、霍去病、李陵、張騫是同時代人。因此，《封禪書》《衛將軍驃騎列傳》《李將軍列傳》是一個親歷者的可靠記錄。
《史記》中出現過記載錯誤。
由於秦始皇焚書坑儒，導致六國的歷史錯亂嚴重。比如《鄭世家》記載：鄭桓公友者，周厲王少子，而宣王庶弟也。而《左傳》記載，鄭桓公並非是宣王庶弟，而是同母弟。《國語·鄭語》記載：幽王八年而桓公為司徒，九年而王室始騷，十一年而斃。司馬 遷據此認為鄭 桓公是在出兵勤王時被犬戎所殺。而現代有研究指出此處的「十一年而斃」應是指周幽王，因為當時鄭桓公已經東遷，建立了新鄭。
司馬遷主要依據《戰國策》描寫戰國縱橫家蘇秦和張儀四處遊說的活動，蘇秦和張儀一直被說成是戰國合縱連橫鬥爭中的對手，蘇秦大搞合縱，而張儀堅持連橫。但長沙馬王堆出土的戰國帛書《戰國縱橫家書》的內容則表明張儀在蘇秦之前成名，蘇秦是在張儀死後才開始在諸侯間活躍起來的。
當然，我們也不必對太史公太過苛責。我們現在研究一百年前的歷史時，尚且有很多謎團。更不要說司馬遷面對的是漫長的歷史，史料積簡充棟，其中不乏晦澀的，甚至是互相矛盾的內容。司馬遷在寫《史記》時一定是有依據的。
比如說，《殷本紀》中詳細記載了商王世系表，是一個孤例，長期以來被很多人所懷疑。清朝末年殷墟甲骨文出土，證明了司馬遷的記載基本上是正確的。
《史記》是私人著作，其中夾雜了個人感情肯定是有的，但司馬遷並沒有歪曲歷史。
司馬遷討厭衛青、霍去病，在《佞幸列傳》中點了他們的名，但《史記》中也沒有抹去衛霍二人的功勳。
而李廣就幸運多了，司馬遷曾經為李廣的孫子李陵辯護，而在李廣的《李將軍列傳》中，對飛將軍打的敗仗輕描淡寫地一筆帶過，而對體現他的個人魅力的事跡如奪馬出逃、神弓怯敵、力射石虎大書特書。
司馬遷祠
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