漢魏六朝時期，是《史記》的傳播和初步研究時期。受時代潮流的衝擊，本時期的《史記》研究處在艱難的暇涉之中。司馬遷《史記》完成之目，正是漢武帝「罷黜百家，獨尊儒術」思想確、立之時，以至於整個兩漢時期，儒家思想都是佔據統治地位，各種異端思想消聲匿跡，戰國時代「百家爭鳴」的局面不見了，就連漢初那種比較自由的學術氣氛也蕩膝無存。這是中國古代思想發展史_仁一次重大轉變，這種定孺京思想於一茸的做法，無疑嚴重地束縛了人們的思想。
《史記》既是大一統社會的產物，又是這個大一統社會所不容的「謗書」，因為它敢於衝出為尊者諱的藩籬，把如椽之筆伸向統治階級內部，揭露其醜惡行徑，甚至把至高無上的皇帝頭上的神聖光圈剔除乾淨。又由於它敢於把熱情洋溢的筆墨付諸下層人物，對刺客、遊俠表示極大的同情，敢於儒家罕言之「利」挑戰，表現出卓越的經濟思想，所以，在正統思想家眼裡，《史記》又成了叛經離道之作。從另一方而看，當時的文人學士，舞文弄墨，喜歡的是鋪張揚厲、對偶工整、語言華麗的辭賦，而司馬遷的《史記》則是用一種自由奔放、參差不齊的散體長短句與世相爭。這就決定了它在當時文化氛圍中的命運，正如司馬貞所嘆:「《史記》比於班書，微為古質，故漢晉名賢未知見重所以魏文侯聽古樂則唯恐臥，良有以也。」(《史記索隱序》)又說:「其人好奇而詞省，故事核而文微，是以後之學者多所未究。」(《史記索隱後序》)同時，史學在兩漢對期還沒有它應有的獨立的地位，它被作為經學的附庸而列入《春秋》類中。這兒股勢力的融合，使《史記》的流布和研究都很難邁開大步。
魏晉以後，強大的思想解放潮流衝擊著儒家的傳統思想，人們從禁錮中解放出來，在新的文化氛圍中，人們的認識、思想都有了新的特色。與此同時，學術上的一大變化就是:史學擺脫了經學附庸地位，在學術領域內形成一門獨立的學科。西晉秘書監苟勗《中經新薄》把史學從經學的附庸中劃分出來，列為丙部，體現出史學的獨立性。東晉著作郎李充《晉元帝書目》又把史部提升到僅次於經學的地位。
史學本身也取得了輝煌成就，數量繁多，甚至出現了「一代之史，至數十家」的局面。人們對史學認識的提高，尤其是「正史」地位之尊，也使《史記》的身價得到相應的提高。儘管《史記》有時也被視為洪水猛獸，但更多的人是站在贊同的立場上去評價《史記》，一反過去「尊班抑馬」而為「尊馬抑班」，並有人仔細研讀，乃至於出現了《史記集解》這樣的著作，為後代的研究開了一個先河。從另一個方面看，文學和史學原為一家，這時開始分道揚鐮。因此，相對而言，《史記》身價的提高只是從史學方面得到了提高，而它在文學上的成就還很少有人問津。