第一剪：不堪回首的威尼斯競賽版
《賽德克·巴萊》在北京試映後，魏德聖被記者圍堵在樓梯口採訪，問題不少是關於這個新剪的版本和去年上映過的兩個版本的異同對比，而一提到威尼斯電影節，他就不由得敏感起來，連忙說：「那個版本還是把它忘了吧。」
對後來還沒機會去臺灣觀看四個半小時、上下集完整版的記者來說，去年在威尼斯電影節首映的兩個半小時刪減版留下的印象並不容易磨滅，影片在影展上映後反響不佳，同時遭到了華語媒體和國際媒體的批評，不滿主要來自於尺度非常高的血腥場面和其背後誘因、情感鋪墊的分量不成正比，宣傳材料裡反覆強調的原住民精神沒能感染觀眾，反而生出更多對歷史、甚至創作者在處理歷史事件態度和能力的疑惑。有影評人在網上發表了一片負面評價，招來臺灣網友攻擊指刻意矮化，對片子好壞的討論竟然莫名地上升到政治角度的互相攻殲；而魏德聖和製片人還在影展上硬著頭皮一遍又一遍地跟記者解釋那些沒出現在畫面裡的情緒本該是什麼樣子，一遍又一遍地告訴大家，剪出這個版本甚至不是他們的本意。
採訪多了，魏德聖當時也沒忍住跟記者叫板，在一次群訪裡反問「電影就是電影，幹嘛去糾纏兩個半小時的問題。」後來他也反省自己的心態：「一開始是委屈，到後面就防備、會武裝自己，會想要反抗。可是從威尼斯回來我也努力地想，（它）是真的不好，不是人家評論的問題，我自己摸著良心看也覺得沒有辦法接受。」魏德聖告訴記者，因為威尼斯的版本現在已經銷毀了，現在也算不上一個正式的版本。臺灣電影已經許多年沒有新生力量入圍過三大電影節主競賽單元，本來是挺光榮的一次經歷，他回憶起來倒覺得有點後悔。
「《賽德克巴萊》這個項目斷斷續續熬了差不多十一年人財兩缺的苦日子，才在2009年和臺灣中影公司合作，落實了最後的大筆投資款項，吳宇森也作為監製介入」改成「直到2010年影片快殺青之際，臺灣中影董事長郭臺強願意出資3.5億臺幣補上資金缺口」，吳宇森也作為監製介入，影片能被威尼斯電影節選中，製片黃志明也表示吳宇森是主要的搭線人：「電影節本來就在我們算計裡面，因為我覺得這樣的題材在歐洲影展是可行的，我查過《啟示錄》在歐洲的賣埠都挺好的，梅爾·吉普森是一個因素，歐洲很喜歡少數民族這個題材。片子2010年在9月10號殺青，我算了一下，國際級的影展最適合的就是這個，」製片人黃志明說道，那時影片還有一百多個特效鏡頭在製作，「我就在算怎麼樣才趕到威尼斯。吳宇森女兒在紐約碰到馬克穆勒，當時我就跟吳宇森講，可不可以幫我打個電話或者寫個信給他，『我們這麼部片子你也來當監製，也對小魏有信心，推薦一下，看是不是有可能做第一步的接觸』2011年3月就在香港給馬克·穆勒看了這個片子，其實算是我們去找他。」
黃志明那時拿著還沒剪好、連特效都沒有的毛片，在香港電影節期間和馬克·穆勒見了面：「當時我們用很小的電視，畫面很差，但他看完之後很喜歡，可是說長度是個obstacle（障礙），後來我跟導演說obstacle就是客氣地說不行，給他面臨這個抉擇。當時他很不願意，我硬逼著他：你可以選擇，不去，或者要去，但要剪。」
被告知片子要刪減後才可以參賽的魏德聖進退兩難，「別的電影節我知道可以放那種上下集的電影，但威尼斯就不準，要競賽片就兩個半小時，要堅持五個小時就安排在別的單元都是怪怪的單元，白天也輪不到你放，晚上十點、十一點夜場的那種。對我來講很難取捨，放那種午夜場的意義在哪裡？我那時跟大會溝通，拿上集去就好了，因為上集也是完整的，結局不太血腥，卻也震撼；但他們說，『這樣沒有結尾』。」因為一直在爭取完整版上映，魏德聖沒有主動去動剪刀。「臺灣那時候也要上片，就在大家激烈的討論裡決定，去吧！畢竟是一級影展，又是競賽片，對宣傳會有很大的幫助，臺灣也好久沒參加這種競賽了。」2011年7月20日，馬克·穆勒告訴黃志明片子可以入圍了，一開始還在鬥爭的魏德聖也意識到來不及了，到後面爭取不過來也沒辦法，製作只剩下一個多禮拜，2011年8月初開始弄，弄完還要輸出，中間還要預留一兩個星期時間。「籌備十二年的東西你要我用一個禮拜修掉一半，我怎麼弄？」他也一直強調，那個版本並不是自己親自參與剪輯的。
吳宇森在威尼斯接受採訪時沒有細談縮減版引起的質疑，他曾表示「現在在影展看到的國際版是在國際發行商的要求下才剪出來的版本......這個長度是我的意見。但主要的內容都在裡面，跟長的版本主題、故事都是一樣的，就是多了一些華人才能領略的細節，整體來說毫無影響。」他也透露，往後在海外發行也不會考慮上、下集的形式，「《赤壁》在西方市場也遭遇過同樣的情況：西方的觀眾看亞洲電影都不希望太長，最好是少於兩個小時。如果放四個半小時會很難很難，很多人不願意發行那麼長的電影。」
刺耳的評論和自省沒法讓魏德聖接受這個倉促剪好的版本從一個說文化的題材變成動作片，「沒有累積只有爆發，很多人的批評也在那個地方。說後悔也是有後悔，可是再讓我遇一次的話怎麼取捨還是很難。反正過去就過去了，以後就不要貪心，沒有辦法參加就不要迷戀競賽片，沒有辦法剪出那個水準就寧可不要拿著一個不好的版本參加。」