人們經常把「寺」和「廟」放在一塊說，比如有人會說「去寺廟燒香拜佛了」，其實早期寺和廟區別很大，不是一回事，寺和廟一開始和道教、佛教也根本沒有什麼關係。那麼寺和廟到底有什麼區別？又是怎麼來的呢？
秦朝的時候，通常把官員的工作單位稱之為「寺」，即為官署的名稱，這種說法在很多古文獻裡都有提到，如秦書《三蒼 》：「寺，官舍也。」、唐朝釋慧琳《一切經音義》：「寺，治也，官舍也。」，《漢書·元帝紀》中關於「城郭官寺」的註解：「凡府廷所在，皆謂之寺。」。比如說大家都知道的執掌審核刑獄案件的「大理寺」（又稱「寺棘」），相當於現代的最高人民法院，其最高長官名為大理寺卿，簡稱「寺正」，位九卿之列。還有常見的用法如寺署(官署)、「寺曹」指的是九卿官署、寺省(古時「省」和「寺」均用來指中央行政機構）， 直到漢之前「寺」一直是這麼用的。
廟，本是供祀祖宗的地方或者用來擺放歷代有名望的人的雕塑，前者如宗廟，後者如關公廟和孔子廟等。廟這個稱號是怎麼來的呢？「廟」通「秒」，廟包括聖人廟、宗廟都是敬順仰止之地，得妙法真如之地，人們把希望寄托在他們身上，寸土之間，神聖不可侵犯，敬順即得妙法。
西漢時期，隨著佛教弟子來中國傳教，當時朝廷認為佛學是一種外來先進文化，值得學習，於是就給佛家專門建造了生活傳教的地方，並把佛家人居住的地方稱之為「寺」，寺逐漸就不再用來稱官署，所以後期，寺專門用來指代佛家的寺院，簡稱佛寺。寺裡供奉的是外國神仙，如釋迦摩尼、十八羅漢等。
漢代以後，廟逐漸與土地廟混在一起，逐漸變為祭祀鬼、神的地方，成為人們心中各路神仙掌管山川江河、土地城池的神社，如龍王廟、山神廟。廟是本土產物，是道教文化，供奉的一般都是本地神仙、聖人，都是中國人，是人們對上天的文化寄託。
現在寺和廟除了供奉的神仙不同外，沒有本質區別，所以也有人將佛教之寺院稱為廟，也有了現在「寺廟」連在一起的說法。