驅瘟闢邪，是端午節的重要內涵之一。某些特殊植物由於本身的藥效、象徵，而成為端午節具有闢邪意義的物品。其中以菖蒲與艾草最具代表性，兩者常同時並用。
《荊楚歲時記》中記載，將菖蒲切碎入酒飲用，以強身保健，避免惡疾；以艾葉作為人形，叫做「艾人」，將其懸於門戶之上，可禳除毒氣；作為虎形佩戴，稱為「艾虎」，具有驅瘟闢邪的效果。
可見，菖蒲、艾草闢邪意義之由來，主要是其本身的藥效功能。
《本草綱目》中的菖蒲與艾草
華南地區春夏之交，氣候溼熱。這種氣候，容易使人出現風寒溼痺、氣滯難通等病症。此外，溼熱的環境亦容易流行瘧疾、瘟疫等傳染病，以及食物腐壞所引起的腹疾、下痢等病。
而菖蒲原產於長江流域以南各省，在華南地區是常見的藥用植物。
夏季是菖蒲生長最旺盛的季節；艾草雖處處有之，但亦以夏季為採收期。而兩者自然成為端午節的應時節物。
《本草綱目》說菖蒲辛溫香竄，針對風寒溼痺以致四肢無法伸屈的症狀有特別療效，且又解氣悶，通心竅，寧心安神，令人耳聰目明，對防瘟殺蟲亦具作用。
《本草綱目》又說艾草具有保溫、安定神經、諸蟲咬傷、止痢和止血、闢風寒等功效，尤其將陳艾用在炙敷上，藥效最佳。且艾葉也以端午前後二十天採擷者公認品質最優，這段時間的艾葉香氣濃，功效顯著。
菖蒲與艾草的象徵意義
菖蒲與艾草等植物之闢邪功能，除了來自於本身藥效，另一方面則來自於其象徵意義。
《本草綱目·典術》云：
「堯時……感百陰之氣為菖蒲……方士隱為水劍，因葉形也。」
菖蒲之所以有闢鬼驅邪的功能，主要來自於其葉形。菖蒲的葉形尖聳，豎立似劍形。劍，可殺敵衛身，而讓人聯想其可以斬殺百鬼邪氣，保衛己身。
根據「同能致同」、「同類相生」的原理，古人認為相似的東西可以互相感知，因此菖蒲如同寶劍，具有闢邪斬鬼之用。
至於艾草，其葉形似旗，能幫助持劍的將軍招兵買馬，形成闢邪大軍，因此有端午門聯句曰：「蒲劍沖天皇年現，艾旗伸地神鬼驚。」顯示出菖蒲、艾草具有驅邪的功能。
另有一說，則以為艾草形似人掌，配合菖蒲，正如手持寶劍斬鬼闢邪之貌。艾草與菖蒲恰為一組闢邪主題，借著形似而達到象徵斬殺百鬼的意象。
除了菖蒲與艾草，端午節時古人還會用什麼植物？
以菖蒲、艾草作為端午節物，傳至宋代後，隨各地風俗不同，使用的闢邪植物亦不同，有時會互相搭配而發展出諸多樣式。
最一般的方法，是將其懸掛於門戶或佩戴於身上，如《東京夢華錄》云：
「自五月一日及端午前一日，皆賣桃、柳、葵花、蒲葉、佛道艾。次日家家鋪陳於門首……又釘艾人於門上。」
人們相信將菖蒲與艾草懸於門戶或佩戴在身上可以除不祥、怯邪鬼。
除了菖蒲、艾草，有時還會搭配萱、葵、蒜、桃、桃梗、榴、楝葉、柳等植物，以增強闢邪的效果，而其闢邪功能主要來自於本身的藥性及象徵意義。
萱草，《本草綱目》雲「懷妊婦女佩其花，則生男。」由於萱草於五月開花，是應時的植物，而其又具有求子的象徵意義，所以也成為端午節的節物。
葵，《本草綱目》載其功效：「除客熱，治惡瘡，散濃血。」由於夏季溼熱，易導致氣悶積滯、惡瘡等病症，而葵之藥性正好解除這些症狀，故亦成為端午節應時植物。
蒜，我們都很熟悉，因具有「除邪痺毒氣，主溪毒，下氣治蠱毒」的實際藥效，而成為端午節的節物。
關於桃及桃梗，《本草綱目》記載它們皆有一定的藥效，加上桃象徵子孫繁茂，與「羿死於桃棓」的傳說，使桃與桃梗具有闢邪、滅絕百鬼的象徵意義。
石榴花，是五月應時之植物，加上其本身治腹痛、止瀉等藥效，與果實多子的象徵意義，使其成為端午節應時的闢邪植物。
楝葉，主治「溫疾傷寒，大熱煩狂，殺三蟲疥傷。」而且傳說龍懼楝葉，故民間使用楝葉包粽子，可闢不祥。
柳，民間俗信柳枝可以驅邪，因此在巫術儀式中，柳枝常扮演法器的角色。其驅邪的意義，是其成為端午節物的原因。
古人如何使用菖蒲與艾草？
一般方法是懸掛。除此之外，還有更仔細的使用方法。
古人會將菖蒲、艾草及其他闢邪植物，加工成各式形狀。除了闢邪驅鬼的實用功能，也兼具美觀與玩賞功能。如《歲時廣記》中記載：
「作張天師，以艾為頭，以蒜為拳，置於門戶之上。」
「端午刻菖蒲為小人子或葫蘆形，帶之闢邪。」
自宋代，菖蒲、艾草的運用更多樣化，通常結合其他闢邪圖像一起使用。
歸結而論，隨著各地風俗不同，艾草常作為人形、虎形、五毒之形。而菖蒲也常雕刻為葫蘆形、天師馭虎與百蟲之形，與艾草一起懸於門戶或床戶。