幾個世紀以來影響歐洲歷史進程（包括智力、文化、宗教等方方面面）的，當然不只是宗教改革與反宗教改革。雖然改革給歐洲歷史發展造成了影響，但這並不意味著改革本身便代表了翻天覆地的新思想，那些歐洲人民一直以來所守護的信仰體系、那些從古希臘羅馬經典文化中傳承下來的精髓、那些野蠻民族在「黑暗時代」留給歐洲人的社會制度，當然還有最為重要的基督教文化，構成了改革時代歐洲歷史的大背景。而與此同時，現代科學的種子已經在歐洲這片古老的大地上生根發芽。
早在16世紀（最晚也是17世紀初），科學作為新興的事物，或者說是復興的事物，其影響已經開始在歐洲顯露頭角。科學徹底改變了歐洲文明的發展方向，這種決定性作用甚至超越宗教，只不過在1800年之前還不是非常明顯。科學之於社會的影響最為深遠，總的來說可以概括為兩個主要方面。
其一是人類開發、利用大自然的能力不斷增強，而有了恰當的方法與資源，很多過去無法想像的事情，現在藉助科學的幫助，已經完全可以實現；其二是不斷變遷的社會現狀讓人們的思想也隨之發生改變，這在無形中具有一種顛覆性，大家開始對傳統思想產生疑問，維繫這種傳統的社會權威也越來越多地受到質疑，很明顯，後者的顛覆性更強。人們將這場變革稱為「科學革命」，並且認為它是應文藝復興的影響而生，事實上無論是科學的興起還是文藝復興，都是一個漸進的過程，而絕不是所謂的「革命」。
雖然學者們的研究還是不能改變多數人的看法，通史中除了細節的改變，基本上也還是堅持以往的論點，但人們對科學之於歷史發展的作用還是有了新的認識。從整體上來看，在現代科學真正出現之前的這300年中，我們已經可以、也應當運用新的視角、從更高的層面上來進行歷史解讀。但與此同時，我們也應當看到，很多現代科學的根源，依然是人們普遍接受的中世紀基督教文化。舉個例子來講，在現代天文學出現之前，中世紀的歐洲人已經認為，宇宙並不是雜亂無序的，其中各個星體沿各自的軌道運轉，而我們人類不過是其中的滄海一粟，命運早已由上帝定下，上帝是宇宙秩序的最高主宰。
那時歐洲的文化階層中不乏很多思想深邃、才能卓著的人，都是在傳統的歐洲教育體制下接受的知識，各派學說百家爭鳴，學者們的眼界也十分開闊。而工匠們也開始製造出更為精密的儀器，歐洲人對自然界的研究水平因此向前邁進了一步。正是由於15世紀的歐洲海上艦船上普遍安裝了指北針，人們才得以發現幾顆新的星體。推動歐洲知識進步的，有些是中世紀歐洲甚至更早時候留下來的遺產，有些則是從其他文化借鑑而來，它們能夠遠渡重洋傳到歐洲實屬不易。
雖然歐洲的知識與技術已經在現代歷史到來之前取得了長足的進步，但現代科學還是中世紀和文藝復興之後的事情，也是歐洲人可以引以為豪的發明。在科學中佔據核心位置的，不僅是人類對自然界的系統研究（這離不開光學儀器等新設備的問世），還包括實驗科學方法。實驗方法能夠最終成為科學研究的標準方法，並非一日之功，不過至17世紀中葉，很多人已經將其視為「自然哲學」（那時候還沒有「科學」一詞）唯一合理的研究方法了，而在「自然哲學家」眼中，實驗也是人類理解「大自然機械運轉法則」（the management ofthis great machine of the world）(4)的必經之路—單是這個說法，便足以讓我們深思。
現代科學所取得的第一批重大成果，要歸功於哥白尼、克卜勒和伽利略這些天文學家和宇宙哲學家，幾位大師也因此獲得了極高的聲譽，但其中伽利略最重要的著述也不過是重複了哥白尼的論點。對於我們普通人來講，他們的重要性並非在於其超凡的才華與科學素養，而是在於他們給後世帶來的巨大影響。亞里斯多德思想與《聖經》理論相結合的世界觀直到1600年依然讓歐洲人甚至是受教育程度最高的文化人深信不疑，卻在今天被這幾位學者的學說徹底否定了。後來，越來越多的學者發布了自己的天文學成果，他們的理論往往比較籠統，闡述不夠詳盡，還經常建立在假設的基礎上，但優點是觀測和實驗運用得更多了，這得益於剛剛問世的望遠鏡。
這些學說打開了歐洲人的思路，人們通過一次又一次的反覆觀測、反覆實驗，已經可以比較科學地對大量的研究目標進行假定推測，因此普遍科學法則的確可以準確地適用於各種來源不同的數據。縱使早期天文學有著多麼深遠的革命性影響，但事實上它在很長一段時間內都沒有得到歐洲大眾應有的關注，反而是介紹16世紀大航海的出版物如潮水般湧來，使得歐洲人趨之若鶩。
不過到了1700年前後，天文學中湧現出來的新思想與實驗方法被很多其他學科借鑑過去，從此徹底改變了歐洲文化階層的視野；而對於那些頑固不化地抵制科學思維的人（很多西班牙大學一直到18世紀都還抱著亞里斯多德的理論不放）來說，他們也絕對沒有辦法對此視而不見。至18世紀初，大批歐洲自然哲學家投身科研，不遺餘力地為人類謀求利用大自然的更好方法。提起大自然，這個概念在當時絕大多數歐洲人的心目中，依然代表著造物主的全知全能，持這種觀點的甚至包括很多人心目中獨一無二的偉大科學家——英國人艾薩克牛頓（Isaac Newton）。
牛頓痴情於宗教研究，尤其對神秘宗教學與數理宗教學最感興趣，他生命中的大部分時間都沒有放在科學研究上面。在他看來，自己的那些科學作品不僅與其對上帝的信仰相比不值一提，甚至無法同他的那些神學著作相提並論。但在牛頓所有的研究成果中，真正具有跨時代意義的正是他的那些科學作品，其中又以數學和物理學方面的著述最為重要。他對宇宙原理的解讀，例如重力概念的提出，是獨具開創性的。
重力學理論奠定了現代物理學的基礎，在其後的兩個世紀中為人類帶來了無法估量的知識，牛頓首次讓人們見識到普遍法則的力量、科學的力量；由他所創立的科研方式，直到今天我們還在沿用。但這些都不是牛頓最為重要的貢獻。從長遠來看，隨著他的思想和學說逐漸被普通大眾接受，他事實上也在向人們證明：我們這個多彩而又複雜的世界其實並不是不可被認知的，藉助科學的力量，我們完全可以揭開她那神秘的面紗。這一結果，恐怕鍾情於神學研究的牛頓本人是無論如何也預料不到的。