「九·一八事變」後，日軍侵佔了東北三省，北京故宮博物院所藏文物岌岌可危。為避免故宮文物落入日寇之手，1933年，國民政府決定將故宮館藏文物南遷。但北平各界及普通市民，大多反對南遷，他們召開集會，上街遊行「誓與國寶共存亡」。最後，行政代理院長宋子文代表政府作出承諾"北平安靜,原物仍運還"，此後，近百萬件故宮文物從故宮運出。
這批國寶最先存放在上海法租界內，1936年南京的朝天宮文物保存庫建成後，這批文物由遷入南京。
1937年7月7日，抗日戰爭全面爆發。八·一三事變後，日本進攻上海，南京局勢緊張。這批文物再次踏上徵途，為防不測，這批文物一分為三，分別存放。「南線」經重慶轉運到貴州安順存放，「中線」經水路運到重慶，後轉移到樂山存放。「北線」經鐵路卡車輾轉運至四川峨眉存放。途中歷盡艱辛坎坷，險象環生，所幸文物完好無損。
早在文物運出北京之時，故宮的專家們就找古玩商人學會了文物裝箱的方法：他們選用長三尺、寬高各一尺半的木箱來裝文物，每件文物在裝箱前都用紙、棉花、稻草層層包裹，再用繩子緊緊捆住，避免路途顛簸剮蹭造成損毀，對於字畫這類文物，還需要油紙包裹以防進水。
負責護送文物的部隊，是國民軍精銳部隊改編的二十九師某營，營長陶堅民。1940年陶奉調抗戰前線，繼任營長劉建國。1941年春，該營調走，接任部隊為中央軍委特別工作服務團第五連，連長馮昌運。兩支部隊軍紀嚴明，裝備精良，責任心強，有力地保證了故宮文物轉運安全。
抗戰結束後，三地存放的文物陸續運回南京。本計劃將文物運回北京，但隨著徐蚌會戰結束，人民解放軍取得決定性勝利，國民黨政權已經搖搖欲墜了。
1948年12月21日，經蔣介石批准，故宮南遷的文物開始運往臺灣，第一批文物由海軍部中鼎輪運送，共計320箱。第二批於1949年1月6日起運，由招商局的海滬輪載運，共運走1680箱，第三批由海軍部崑崙號運輸艦載運，於同月29日出發，共運走972箱。
另外還有中央博物館籌備處852箱文物一併運往臺灣。
雖然運到臺灣的國寶只佔故宮南遷文物中的四分之一，但大部分都是清宮收藏的精華，包括歷代名畫、書法，清宮內的全部藏書和最精美的宋瓷。其中的翠玉白菜、玉香爐、玉荷葉杯，美輪美奐，精美絕倫，另外還有晉王羲之快雪時晴貼、戰國龍形佩、北宋，都是國寶中的國寶。
本來還有一千餘箱文物待運，但1949年1月21日，蔣介石通電下野，李宗仁擔任代總統後，下令停止文物運臺。至此，故宮文物總共運往臺灣三批2972箱。
這批文物運臺後，一時找不到足夠大的地方存放，只好先存放在臺中糖廠內。20世紀50年代初，這批珍寶被轉移到臺中霧峰鄉一個叫北溝的小山村存放。
這一放就是15年。直到1962年，臺灣當局才記起這批國寶，在臺北近郊陽明山腳下的外雙溪破土興建了臺北故宮博物院。1965年，新建的博物院落成後，存放在霧峰鄉北溝的文物全部搬往新館。
至此，這些顛沛流離大半個中國的國寶，才算有了一個落腳之處。
故宮文物南遷運臺，形成了今天一個故宮，兩個博物院的局面。兩岸文物大多來自清宮舊藏，雖然分隔兩岸，但隔斷不了兩岸博物院同根同源的聯繫。兩岸藏品都是中華民族文化的遺產，兩岸故宮博物院都堅持弘揚中華文化，在歷史轉折關頭，道路不同，信念卻一樣。
1933年從北京故宮分5批運出的13427箱又64包的文物，經歷南遷、西遷、東歸的顛沛流離後，最終「一分為三」。一部分運往臺灣；一部分建國後回歸北京故宮；另外一部分，至今仍滯留南京。