芒果乾是在正常情況下是呈金黃色的，如果芒果乾的顏色變了，或變深或變淺，首先應考慮是否有變質，有無黴菌在表面，有的話這種芒果乾就不能吃了。如果芒果乾表面看起來無異常，而且也沒有臭味，這可能是因為天氣變化引起氧化導致的，如果味道上並無差別，是可以吃的。
另外，除了顏色變了之外，如果芒果乾變溼了，看起來粘乎乎、軟趴趴的，這種芒果乾也不建議吃了，因為已經受潮了，建議把芒果乾放在陽光下曬乾，曬乾後也可以繼續吃。前提是芒果乾沒有變質的情況下。
一般芒果乾都是有保質期的，如果是自製的芒果乾，沒有添加任何添加劑，保存合適的話，可以存放1-2個月左右。如果是購買散裝的芒果乾，也能存放2個月左右。如果是袋裝的芒果乾，可存放在保質期以內，一般保質期在1年以內，如果袋裝芒果乾已經開袋了，也應在一周內儘快吃完，比如小谷熊芒果乾。
那麼芒果乾要想儲存得久一點，真空乾燥保存無疑是最好的選擇，其次就是冷凍處理，杜絕細菌的滋生。那麼這兩種方法都不太現實，一般芒果乾都建議存放在乾燥、陰涼、通風的地方，同時要做好密封處理。自己做的芒果乾偶爾還可以把芒果乾再拿出去曬一曬，延長存放時間。
如果自己做的芒果乾發現顏色並不是均勻的金黃色，而是一塊深一塊淺，這可能是選擇的芒果乾熟的並不均勻，也就是那種半生不熟的芒果，使用這類芒果就比較容易出現這種情況。所以做芒果乾應使用成熟80%以上的芒果，如果芒果不夠成熟，可以在芒果旁邊放幾個蘋果催熟。