在藏傳佛教之中，格魯派中的「格魯」一詞漢語意譯為善規，指該派倡導僧人應嚴守戒律。由於此派戴黃色僧帽，又稱為黃教。格魯派是藏傳佛教中出現最晚的派別，但是格魯派吸收藏傳佛教各派思想，後來居上，成為藏地最有影響的宗教派別，並且建立了政教合一的政權。
格魯派是從噶當派發展而來的，也稱新噶當派，創始人是宗喀巴。當時藏傳佛教各派的僧人互相爭權奪利，橫行不法沉迷酒色，僧紀蕩然，對佛教的聲譽和影響力都有很大破壞。
宗喀巴決心改變這種狀態，於是提倡嚴守戒律，並建立了嚴格的管理方法和嚴密的管理組織以及完善的學經制度。他於公元1402年和公元1406分別年寫成菩提道次第廣論和密宗道次第廣論，是格魯派最重要的理論著作。
公元1409年，宗喀巴在拉薩東北興建甘丹寺，並自任住持，標誌著格魯派正式形成。此後格魯派發展順利，勢力逐步擴大，形成了達賴、班禪、章嘉活佛(內蒙古)、哲布尊丹巴(外蒙古)四大活佛轉世系統。
其中，達賴與班禪兩個轉世系統在清代獲得了清廷的扶持確認，格魯派實際掌握了西藏的地方政權。
藏傳佛教中，格魯派影響力最大，所以寺院也最多，在長江流域也不例外。在青海玉樹地區，有位於青海省玉樹藏族自治州稱多縣治南20公裡處的拉布寺，藏語全稱「噶登多昂謝周塔吉林」,於公元1419年由藏傳佛教格魯派創始人宗喀巴弟子旦瑪堪欽·元登巴創建，並受到宗喀巴和明王朝的支持。
宗喀巴曾經將自己的頭髮和衣飾賜給該寺作為佛像的裝藏。此外，還有位於西藏自治區昌都地區芒康縣城駐地嘎託鎮城北的維色寺，是藏區的十八呼圖克圖之一。呼圖克圖是清政府給予活佛的一種稱號，地位僅次於達賴和班禪。
在雲南地區，位於雲南省麗江市寧蒗弊族自治縣永寧鄉的扎美寺，由明代西藏噶瑪巴活佛始建，原屬噶舉派寺院。清雍正年間擴建，改宗格魯派，現屬格魯派(黃教)寺院。雲南地區還有位於雲南省雨江市寧蒗彝族自治縣永寧鄉落水村的裡務比寺。
噶丹·東竹林寺位於雲南省迪慶藏族自治州德欽縣東竹林寺建於公元1667年，原名「衝衝措崗寺」,意為仙鶴湖畔之寺，原為噶舉派寺院，後為格魯派兼併，康熙十五年五世達賴賜寺名為「噶丹·東竹林」。
在甘肅地區，有位於甘肅省碌曲縣東的西倉寺，藏語稱「噶丹曲科林」,始建於公元1839年，由拉卜欏寺著名高僧第三世德哇倉嘉央圖丹尼瑪主持建造。
有坐落於迭部縣城西北的「跋喜電尕寺」,由八思巴大師的四大弟子之一跋喜饒巴爾於13世紀創建。有位於達位鄉崗嶺村東達拉河東岸的迭部恰日寺，約建於公元1867年。
有位於位於甘肅省碌曲縣西南100公裡的甘、川兩省交界處的朗木寺，藏語稱「噶丹雪珠具噶卓衛林」,建於1748年。每年的農曆正月十三是郎木寺的曬佛節，要將寺廟中珍藏的錦織佛像取出晾曬，有很多信眾前來朝拜，是非常熱鬧的節日。
最後在四川地區，還有位於四川西北部德格縣窩公鄉境內的嘉絨寺，創建於公元17世紀。