安慶商店遭受兵禍最嚴重的還是1938年日軍佔領安慶時的轟炸、搶劫和屠殺。
為了迅速佔領武漢，推翻國民黨政府，安慶成為日軍的必攻之地。1938年5月29日，日軍下達攻擊安慶的命令，日軍侵佔安慶主要用飛機和軍艦轟炸炮擊沿江軍事目標以及民房，沿江商店、住房一半以上被炸毀。進城後，大肆燒殺。
安慶較為繁榮的街道——西門正街被戰火焚毀，在日軍進入城區前，城區市民紛紛逃亡，十室九空，而一些不法分子趁機搶劫商店、住戶，城內一片狼藉。日軍進城時，屠殺百姓達200餘名。之後安慶被日軍控制七年多，從各個方面控制了安慶城區。政治上，推行「以華治華」的政策，通過各種為政府機構來建立為政權。首先通過收羅漢奸組織了「維持會」，招安順民，恢復市場秩序，籌辦軍隊給養等等。
1939年2月，成立了懷寧縣公署，1940年改為汪記懷寧縣政府，其下設立四科，另有警務、稅務、勞工、教育、電話等局。軍事上，除佔領安慶城區外，周邊重要鄉鎮如華陽、望江、樅陽、貴池等地都相繼被日軍佔領。
除了正規部隊外，收編流邁的軍隊組成第一方面軍獨步兵第十一團。這些軍隊多次進行掃蕩，對社會發展造成嚴重阻礙。經濟上，日軍積極推行「以戰養戰」的策略。成立「中日協統委員會」，開設數十家日本洋行，控制安慶市場；發行大量軍用票和聯銀券，用來搶購軍需品，如糧食、土特產、軍事工業原料等，但隨著戰爭的不斷擴大，為了獲得更多的物資，日軍通過濫發這些票券來達到目的，造成通貨膨脹，對市場經濟造成了嚴重的傷害。
並且，為了控制當地人民以及抗日活動，日軍嚴格控制經濟命脈，對人民日常必需品實行軍事管控，對食鹽、西藥、布匹、紙張、五洋百貨等物資進行封鎖禁運。文化上，與其他佔領區一樣，實行奴化教育。設立「宣撫班」、「安慶新報」、「安慶大民會」等文化機構來宣傳和教育。對普通學校和各類文化機構安插日本人士，以日語教員或顧問的身份監視和幹涉這些地方，尤其重視對兒童的奴化教育。
1914年到1938年淪陷之前的安慶得到了一定的發展，也是解放前安慶工商業者的「黃金時代」，但是被抗日戰爭所中斷：日軍進攻安慶前，大量工商業者關歇廠店，丟棄財務，流亡後方或鄉下；日軍進攻安慶時，轟炸造成了沿江商店和民房半數以上被毀，進城後大肆搶劫屠殺，被殺百姓數不勝數，並且偽憲兵隊為了完成日軍的「中國軍」名額和討好日軍獲得更多的利益，時常誣陷普通民眾，以作充數，濫殺無辜。而直到抗戰勝利之前，安慶工商業的命脈，全操縱在日軍特務機關和日本洋行之手，對糧食、食鹽、布匹等日需品，控制的極為嚴格，不許國人擅自經營。這個時期的安慶城市發展幾乎是停滯的，除了日本軍隊掌握的企事業發展外，正常的社會發展和秩序都處於極其不正常的狀態下。
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