儒學最初指的是司儀，後逐漸發展為先秦諸子百家學說之一。中華文明文化史經歷了夏、商、周的近1900年後，到了春秋末期，孔子在總結、概括和繼承了夏、商、周三代傳統文化的基礎上，形成了儒學完整的思想體系。斯時的中國社會處於劃時代的變革，周王室衰微，諸侯坐大，維護封建宗法等級制度的「周禮」遭到極大破壞，諸侯爭霸，社會動蕩，各階級的利益代表和知識分子異常活躍，提出了各自解決社會問題的辦法，形成了諸子百家爭鳴的局面。後來以此為基礎，建立了宏大的儒家體系，形成了中國傳統文化的主流。
儒學是一種學說，儒家是一個階層，儒教是一種信仰，三者有同有不同。儒家思想從淺層來說，是維護統治階級的等級區分；從深層來說，其對中華民族文明發展作了極大補充和豐富。《漢書·藝文志》記載：「昔仲尼沒而微言絕，七十子喪而大義乖。」「微言」就是深奧微細之語，就是儒學的深層奧義，是儒家思想最有價值的精華方面，也是儒學與中醫學「契合動昭融」（杜甫語）之處。鐘響磬鳴，醫學與儒學，有其天然的內在聯繫，而且歷史證明了二者有八個方面的相互補充和相互促進。
天人合一
《靈樞·刺節真邪》說：「與天地相應，與四時相副，人參天地。」《靈樞·歲露》云：「人與天地相參也，與日月相應也。」《靈樞·經水篇》云：「此人之所以參天地而應陰陽也。」《素問·咳論篇》記載：「人與天地相參。」《素問·脈要精微論》曰：「與天地如一。」古代醫學家們認為天是自然的規律，人應順應自然的規律而行事。
「天」是中國文化哲學中最古老的範疇，甲骨卜辭中就有「天」的概念。其後，《尚書》《詩經》《左傳》《國語》及諸子著作中更是頻繁出現。在儒家來看，天是道德觀念和原則的本原，人心中天賦地具有道德原則，這種「天人合一」乃是一種自然規律的外現。人類修行的目的，便是去除外界欲望的蒙蔽，「求其放心」，達到一種自覺地履行道德原則的境界，這就是孔子所說的「七十從心所欲而不逾矩」。熱愛生命，熱愛大自然，能夠領會所有生命的語言，時時處處感受到生命的存在，與大自然的旋律交融相和，與大自然和諧共存，這就是「天人合一」。著名學者季羨林先生說：「天人合一論，是中國文化對人類最大的貢獻。」 《易經》謂：「仰則觀象於天，俯則觀法於地，觀鳥獸之文，與地宜，近取諸身，遠取諸物。」「以通神明之德，以類萬物之情。」儒學的這些思想深刻地影響了中醫基本理論。歷代名醫都認為「萬物悉備，莫貴於人」（《內經》）。
同重「仁」「德」
「仁」是儒家倫理思想的結晶，也是儒家醫德的核心，總的觀點是「愛人、行善、慎獨」。《論語》說：「弟子入則孝，出則悌，謹而信，泛愛眾而親仁。行有餘力，則以學文。」儒家稱醫學為「仁術」，仁者愛人。仁是德的表現，是對人的體貼、關心、憐憫和幫助。歷代名醫都把「仁」作為行醫的前提和出發點，唐代孫思邈首先提出了「仁愛救人」的醫德基本原則：「凡大醫治病，當安神定志，無欲無求，先發大慈惻隱之心，誓願普救含靈之苦。」清代吳鞠通在《醫醫病書》中說：「天下萬事，莫不成於才，莫不統於德，無才固不足以成德，無德以統才，則才為跋扈之才，實則以敗，斷無以成。」近代名醫冉雪峰先生謂：「士先曰識而後文章，醫先品德而後學問。」
「德」的觀念，影響中醫學非常之深。「為天地立心」，使生之為人，秉博愛濟眾，廓然大公。歷代名醫，惻隱之心，不忍人之心，便是中國現代思想家馬一浮先生總結的：「學者之事，莫要於識仁求仁，好仁惡不仁，能如此，乃是為天地立心。」近代有「但願人常健，何妨我獨貧」「何必我千秋不老？但求人百病莫生」的名醫範文甫；還有畢生以病人為第一，無分炎暑，無分風雨，無分日夜，以病人為先的名醫門純德。
「天地有正氣，雜然賦流形。下則為河嶽，上則為日星」，無數中醫人的大醫精誠，醫德醫風，救死扶傷，醫者仁心，都是中醫對「仁」「德」的崇尚。仁德自古以來就是中醫的重要價值取向。
致中和為思維基本取向
《中庸》謂：「天命之謂性，率性之謂道，修道之謂教。道也者，不可須臾離也；可離，非道也。」「是故，君子戒慎乎其所不睹，恐懼乎其所不聞。莫見乎隱，莫顯乎微，故君子慎其獨也。」「喜怒哀樂之未發，謂之中；發而皆中節，謂之和。中也者，天下之大本也；和也者，天下之達道也。致中和，天地位焉，萬物育焉。」
中醫的最高境界，就是致中和。寒者熱之，熱者寒之。中和，即寒就要熱，熱就要寒，結就要散，逸就要勞，勞就要逸，微者逆之，甚則從之，上之下之，摩之浴之，薄之劫之，適事為故，恰到好處就好。以平為期，以和為重，這是一種最高境界。中和是世界萬物存在的理想狀態，通過各種方法達到這一理想狀態就是致中和，天地就各得其所，萬物便生長發育。中醫學所闡明的「陰陽和合」「陰平陽秘」生理機制也正是儒家致中和思想的最佳體現。
不為良相即為良醫
儒家思想對中國醫學巨大影響的另一重要表現就是醫、儒結合的現象。不為良相，願為良醫是儒者從醫的理論依據，儒醫具有區別於其他醫家的獨特道德理想、思維定式、生活方式和為人風範。歷史上儒醫群體對中國醫學的發展做出了不可磨滅的貢獻，是中醫學的主要助推者和發展者。
自古以來，許多胸懷大志的儒者，把從醫作為僅次於致仕的人生選擇。正是因為醫藥的社會功能與儒家經世致用的思想很接近，所以元代戴良說：「醫以活人為務，與吾儒道最切近。」孟子說：「天下溺，援之以道。」孟子認為，援天下以道，是儒者根本的志向所在。孔子提出儒者行為標準的第一條就是「儒有席上之珍以待聘，夙夜強學以待問，懷忠信以待舉，力行以待取」（《禮記·儒行》）。「席上之珍」是喻六經之所成，「夙夜強學」是儒者的基本條件。《孟子·滕文公下》中記載：「居天下之廣居，立天下之正位，行天下之大道。」「思天下匹夫匹婦有不被其澤者，若己推而納之溝中」，是說我若當政，倘若有人未能得到實惠反而受到損害，那就等於是我把他推到溝壑之中，我就應當檢討所推行的政策是否有偏差，並且要為此承擔責任。這便是儒家「仁者愛人」「以天下為己任」的境界。
治國與醫人，道理相通。醫、儒結合，不為良相，願為良醫，本身凸現的就是一種擔當精神，即「內聖外王」。
儒援醫文
儒家學說運用了很多中醫學的認識和理論。如《詩經》中記載了近千種中草藥和15種病名；《周禮》中記載有周代的醫療醫政制度；《春秋》中記載有醫和的六邪致病思想和醫和許多的醫學活動。《論語》提倡的「仁義」「忠恕」，尤其是中庸之道，不僅是儒家基本理念，還是中醫理論思維的核心。中醫之「中」與儒家的「致中和」思想想通。孔子說：「中庸之為德，其至矣乎！」唐宋諸儒都認為，從舜堯到孔子有「一道得傳」，就是「中」與「和」。中和既是方法也是境界。中醫理論關於人的生理、病理、治法、養生的論述皆以中和為關鍵。陰陽平衡是健康標誌；陰陽失衡是疾病開端；陰陽平衡是治病原則。養生就是要順應自然，法於陰陽，和於數術。儒家學說吸收了這些思想，《禮記·祭義》中記載：「日出於東，月生於西，陰陽長短，終始相巡。」《國語·周語上》記載：「陰陽分布，震雷出滯。」《楚辭·九辯》記載：「四時遞來而卒歲兮，陰陽不可與儷偕。」杜甫的《閣夜》記載：「歲暮陰陽催短景，天涯霜雪霽寒宵。」蘇轍的《冬至日》記載：「陰陽升降自相催，齒發誰教老不回？」
元氣共識
《周易·繫辭》：「易有太極，是生兩儀。」太極被視為宇宙基本存在。還說：「精氣為物，遊魂為變。」漢代董仲舒首先提出元氣之名和天人感應之說，之後元氣說得到王充、柳宗元、張載、王夫之等儒家的諸多闡發。
元氣之說在中醫理論中得到運用。元氣是構成和維持人體的最基本物質；天人一體而人賴養於天地；人體生理賴於元氣；疾病發生在於氣化不暢；辨證論治充分考慮氣機變化；用藥考慮藥性氣味。《靈樞·營衛生會》說：「人受氣於谷，谷入於胃，以傳於肺，五臟六腑皆以受氣。」另外，水谷精微化生的血和津液，也可作為化氣之源。來源於自然界的清氣需要依靠肺的呼吸功能和腎的納氣才能吸入體內。
太極圖促成命門學說
《太極圖》傳是宋朝道士陳摶所著，原名《無極圖》。史書記載，陳摶曾將《太極圖》《先天圖》《河圖》以及《洛書》傳給其學生种放，种放以之分別傳穆修、李溉等人，後來穆修將《太極圖》傳給周敦頤。周敦頤著《太極圖說》加以解釋。今天的太極圖，就是周敦頤所傳。物各具一太極，所以人也必有一太極。找到人身之太極，就抓住了生命活動的根本。於是，各家都紛紛潛心尋找人身主宰一切的太極。歷代名醫如趙獻可、張介賓、孫一奎等人都認為命門就是人身之太極，從而把命門提到人體生理至高無上的位置。
運氣同知
在格物求理，尋求事物背後道理的理學思想指導下，宋代儒醫將《素問》中「運氣七篇」的理論結合臨床進行研讀和發揮，使中醫五運六氣學說始興，「不懂五運六氣，遍檢方書何濟」。宋明理學認為，由對立到統一使事物變化無窮。
五運及六氣皆因時、因盛衰而化，又皆應人、應臟腑。六氣之化為三陰三陽，有開闔樞轉之變。氣在自然及人體中皆有循行。人體營衛諸氣在十二經中依時序而循行。人體之中，氣有食飲之化，有精氣神之化。氣化有亢害承制。氣化之天人相應，有標本中見之別。氣化異常致病有周期，周期可呈現規律性與可預測性，即「順天之時，疾病可與期」。
中醫學受到儒學的廣泛滋養和啟發，在漫長的歷史時期中，逐漸完善了自己對疾病的更深認識，推測出病人生年、患病日幹支、所患何病、病屬何經、遣用何藥等，並以之作為臨床「治未病」的依據。從古至今，這些理論一直有效指導著臨床實踐，推動著中醫學為人類健康做出更大的貢獻。