矩陣式組織是指在同一組織結構中，既按職能劃分部門，又按項目劃分部門，兩者結合而產生的一種縱橫交錯的組織形式。縱向代表一個個職能部門，實行專業化分工；橫向代表個個項目組，按項目進行劃分。在矩陣式組織中，各職能部門中與某項目有關的人員被臨時抽調出來，在項目經理的領導下全職或兼職從事項目工作。在矩陣的節點上的員工會有兩個老闆，分別是職能經理和項目經理。
矩陣式組織結構有如下優點：
與項目式組織一樣，擁有全職的項目經理專門管理項目，但是矩陣式組織的項目經理的權力不如項目式組織的大。
可以提高整個公司的資源利用率。由於項目組織是橫跨各職能部門的，它可以臨時從各職能部門抽調所需的人才。當有多個項目時，這些人才對所有項目都是可用的，從而可以大大減少項目式組織中出現的人員冗餘情況。
減少了項目團隊成員對項目結束的焦慮。項目團隊成員不用擔心完工後失業，職能部門使他們有家可歸。
多職能部門的參與有利於項目的技術和管理優化，並可以同時兼顧項目和各職能部門的需要。
應用廣泛。項目式組織和職能式組織是兩個極端的情況，而矩陣式組織具有最廣闊的適用範圍。
矩陣式組織結構的缺點如下：
項目經理與職能經理的責權利不清。在矩陣式組織中，項目經理主管項目的行政事務，職能經理主管項目的技術問題。這說起來簡單做起來卻很難。
項目經理必須就各種問題，如資源分配、技術支持及進度等，與職能經理進行談判權力均衡可能使工作受到影響。在矩陣式組織中，各職能部門都不同程度地參與項目，對項目的相關方面都有一定影響力。各職能部門都設法對項目施加更大的影響，就會使一些工作受到影響。
容易使項目經理之間產生矛盾。職能部門的資源是多個項目共享的，這既是矩陣式組織的優點，又是它的缺點。對資源的爭奪，容易使項目經理之間產生矛盾。
不符合命令單一性的要求。項目成員有兩個上司，即項目經理和職能經理，當他倆的命令有分歧時，項目成員就無所適從。
根據項目組織中項目經理和職能經理的責權利的大小，矩陣式組織可以進一步分為弱矩陣式、平衡矩陣式和強矩陣式三種形式，它們的主要特點如下：
1. 弱矩陣式組織
弱矩陣式組織是偏向於職能式的矩陣組織，權力主要控制在職能經理手中，大多數項目成員在各職能部門兼職為項目服務。項目全職員工的數量少於三分之一。項目經理的地位低於職能經理。
2. 平衡矩陣式組織
項目權力在項目經理和職能經理之間均分，兩者地位平等。項目團隊中約一半成員是全職的，另一半是兼職的。一般來說，平衡矩陣較難維持，可能演變成弱矩陣式或強矩陣式組織。
3.強矩陣式組織
強矩陣式組織是偏向於項目式的矩陣組織，專職的項目經理擁有較大的管理項目的權力，職能經理按項目經理的需要為項目分配人員。三分之二以上的項目成員是全職的。項目經理的地位高於職能經理。
在矩陣式組織中需要特別注意的是，項目經理和職能經理之間的權責劃分。從一般意義上說，項目經理負責「做什麼」、「什麼時候做」、「以多大代價做」和「為什麼要做」等問題，而職能經理則負責「怎樣做」和「由誰來做」的問題。一方面，項目經理要對整個項目的目標負責任，就必然要對項目的範圍、時間、成本和質量等負責任；另一方面，由於職能部門是某一個特定領域專門技術和專門人才的集中地，所以職能經理最清楚某一專業領域的技術問題，也最清楚誰最適合做某項技術作。這種分工可以基本明確項目經理和職能經理在項目工作上的權力和責任，也可以發揮他們各自的優勢。