1950年6月25日，韓戰突然爆發，可以說這的確改變了一切。不僅是蔣介石沒有想到，孫立人更是沒有想到，因為，此時孫立人正在計劃一場兵變，來徹底改變臺島獨裁、腐敗的現狀。所以，他正在積極準備當中，尤其是得到美方的大力支持。
然而，美國人的態度卻突然來了一個大轉彎，過去承諾持援孫立人的事宜，也都擱置不談。這樣一來，孫立人就像被架在火上烤一樣，進不得，也退不得。因為，孫立人領導的陸軍總部，從師長再到各營級軍官，都已經準備就緒，只需孫將軍的一聲令下。
不過，經驗老到、老謀深算的蔣介石，馬上意識到這可能是自己在美國人那裡，翻身的一個好機會。而他也在之前，一直進行著向美國人示好的努力。雖然，當時美方表現得不是很積極。但現在，由於戰火的點燃，讓老蔣看到自己重獲美方寵信總算來了。
戰爭的突然來臨，使美國人不得不重新衡量臺島的戰略價值。毫無疑問，此時他們當然不再願意看到島內鬧兵變，出現一種不可預知的混亂場面。因為，美國人已經無暇顧及這些。所以，保持現狀是美方分析後的一個最明智的選擇。顯然，孫立人被美國人無情地拋棄了。
另外，蔣介石早先作出的一些「友好」表態，雖然對於當時緊張的東亞局勢，幫不上什麼大忙，但是無疑給危機中的美方吃下了一顆定心丸。畢竟臺島所處的地理位置對於美方來講，他們意識到重新把握住蔣介石，也許是讓臺島這艘航空母艦，永不沉沒的重要條件之一。
況且，就目前而言，這樣的結果是最符合美國利益的決定，也是蔣氏利益集團所期望的一個雙贏的買賣。不過，事態發展到這裡，作為棋子之一的孫立人，其處境就非常不妙了。他知道，老蔣是一個睚眥必報的人，等到其穩定住局面，一定會來個秋後算帳。
正是這一場韓戰的爆發，徹底改變了臺島的歷史軌跡。在韓戰開始以前，美方對臺島的態度已經有了一些微妙轉變。從當初不對臺提供任何軍事援助等，再到總司令麥克阿瑟指出臺島地位的重要性，他形象的比喻臺島有如一艘不會沉沒的航空母艦。
同樣，韓戰的發生也影響到美方對蔣氏父子的態度。根據杜魯門總統圖書館的檔案資料記錄，韓戰爆發的第二天，總統杜魯門在閣員會議裡就提到，說他在一個月以前，收到蔣介石的一封信，信中主要誠懇表達，如果美國有需要他隨時都可以下臺。
據檔案資料記載，總統說：他大約在一個月前收到大元帥（蔣）的來信，大元帥表示，如果有必要的話，他願意下野。我們也許可以考慮這麼做，這樣便於讓中方軍隊幫助我們。另外，如果讓麥克阿瑟接管臺島指揮權的話，大元帥應該願意下臺。
然而，國務卿艾奇遜則認為，不應該將韓戰和臺島的政權問題，混為一談。杜魯門同意，這個問題下個階段在處理，美國還是先將重點放在韓戰上面。但是，杜魯門在會議當中強調，美國不會再給臺島一毛錢。因為，過去的援助都被拿去美國投資房地產。
1952年，由於韓戰的停戰協議一直不籤，這就給蔣氏政府帶來更加積極的一個局面。由於大陸直接介入戰爭，使美國的挫折感越來越重，甚至美國一度想放棄朝鮮半島。相反，臺島的政治、軍事地位在不斷提高，臺島慢慢地變成了一種政治資產。
隨著蔣氏父子頻繁向美國人投懷送抱、暗送秋波，很快雙方之間進入了一段蜜月期。蔣氏政權的地位不斷得到鞏固。相反，孫立人和美國的友好關係，價值則瞬間開始降低。
其一、國民政府不再需要孫立人作為給美國人看的一件裝飾品，不再需要通過他來取得美國人的支持。而現在，孫立人對蔣介石來說，卻成了一個巨大的潛在威脅。
其二、美國人也不再期望孫立人的具體利用價值，因為孫在政治上的幼稚，實在不是美國人眼中必不可少的人物。說白了，孫立人就是美國人隨時都可以拋棄的棋子。
其實，孫立人跟蔣氏父子所面臨的政治鬥爭，在韓戰前，就已經一步步地出現了。只是，當時孫將軍與美方處在互信階段，並不影響大局。而這一系列的內部鬥爭，隨著臺島國民政府的變遷和沉浮，終於落在了孫立人自己的頭上，造成了他晚年的悲劇。
1950年3月25日，孫立人在總統府宣誓就職陸軍總司令。當天，他的隨從參謀潘申慶，秘書黃正和姐姐黃鈺，統統被保安司令部扣押。隨後，黃氏姐妹被判刑10年，罪名是過失洩露軍事機密。雖然，這個案子已經發生了半個多世紀，黃珏的記憶仍然深刻。
黃珏回憶道，當時她的案子跟李鴻將軍一伙人是同屬一個案子，都是「孫案」裡面的小案。當時，她們都被關在延平南路情報局的一個偵防組裡，其中包括李將軍，還有其部下的師長、團長以及營長等一批軍官。看守都說，這簡直就是陸軍總部的分部。
當時，黃氏姐妹沒想到事情會如此嚴重，她們還以為孫司令只是跟小蔣與彭孟緝鬧意見，所以把大家暫時關起來。可是，隨著時間的推移，陸續不斷有新人進來，而且都是以洩露機密和反叛等罪名。這時，姐妹倆意識到事情的嚴重性，不再幻想明天就能出去。
事實上，在孫立人上任陸軍總司令後，他與小蔣的接觸越來越緊密。但是，相互之間的關係卻越來越緊張。他們二人對於軍隊應不應該有政工制度，看法完全不同。孫立人認為軍事以作戰為主，以打勝仗為主，所以，一軍統帥的指揮權不能夠被分散。
而蔣經國則認為，政工人員完全可以統領軍隊，完全可以勝任軍隊裡的一切職務。另外，加之二人的性格相差較大，孫將軍是一個典型古板的軍人，而小蔣是一個很隨和的人。其次，小蔣是一個性格內向、內省的人，有話不講。而孫將軍是一個粗獷外向的人，有話就說。
由此可見，兩個工作理念和個人性格截然相反的人，因為工作原因不得不被捆綁在一起。就這樣，二人之間是矛盾重重，簡直無法溝通。所以，兩人之間是愈走愈遠，以至於到最後，二人從暗鬥變成了明鬥，經常在不同的場合發生一些激烈的爭吵。
甚至有一次，大年初一，蔣經國與幾個幕僚一起來到南昌街孫立人官邸，例行拜年。不過，孫立人不想見小蔣，就吩咐自己的參謀陳良壎，說我生病不舒服，已經休息。於是，自己就跑上二樓躲了起來。
不過，小蔣一聽孫將軍不舒服，馬上表現出一種很緊張、很關心的樣子，並誠懇地說：嚴不嚴重？要不要去醫院瞧瞧？我還是上樓去看看孫將軍。陳參謀上樓向孫稟報小蔣之意，孫大聲道：不用了，不用了。當然，小蔣也聽到了，這無疑更加深了二人的心結。
我們知道，在孫立人擔任陸軍司令期間，他與小蔣之間的種種摩擦和不快，進一步加深了老蔣對他的戒心和仇恨。當時，孫一心抱著少去碰觸政治糾葛，遇事能躲就躲的心態，他將主要精力放在軍隊整頓和復興上面。但是，這卻反倒讓他捲入了更深的政治糾葛當中。