萬曆一朝，在五臺山大建寺院，重建和新建的寺院就有10餘處：萬曆七年(1579),修了大塔院寺和大白塔，舉辦了無遮和飯僧大法會。萬曆二十六年(1598),修復了五個臺頂獅子窩等處，在獅子窗興建了洪福萬壽藏經閣舉行了弘福萬壽報國佑民吉祥大齋，並在澡浴池舉行了大施會。萬曆二十七年(1599),在舊路嶺龍泉寺重建了萬聖閣，在五座臺頂作了祝延聖壽道場。萬曆三十四年(1606),敕建了護國聖光永明寺，建了銅殿銅塔，舉行了盛大法會。以後，還多次遣使至五個臺頂進香，敬施茶米等。如前所述，萬曆朝在五臺山大做功德，這和立儲有一定的關係。有意思的是，由於朱常洛和五臺山感情特殊，萬曆四十二年(1614),冊立為太子的他，還專門為北臺照白和尚的《圓通妙道華嚴真經》,寫了御製序。
塔院寺
在萬曆中後期，神宗皇帝和太后之間，似乎確實鬧得有點很不愉快。使人不解的是，神宗瘋狂地報復皇太后尊崇的兩位高僧，以莫須有的罪名使他們遇害，也沒見慈聖皇太后出來說一句話，這以她的性格頗使人難以理喻。早先時有個御史曹學程，因為勸諫被判死刑，太后得知他家有老母時，便出來講情說："忠臣出於孝門，他能孝其母，亦能忠其君。雖然有錯，念其不惡，就免其一死吧!"結果神宗赦免了他的罪。那麼，在憨山、真可遇害時，太后恐怕已經是無能為力了吧，以後也沒見她露面。據說，她晚年只是埋頭燒香，不問朝政。
在五臺山，僧人們倒是尊李太后為九蓮菩薩，還留下了許多關於她的傳說。相傳，李太后曾拜妙峰為師，問他："如何能保江山久長?"妙峰祖師說："一是建寺造塔，二是修橋鋪路，三是供養三寶。"於是太后依照妙峰的開示，在橫隔定襄、五臺兩縣的滹沱河上，架起了濟勝橋。還傳說妙峰祖師建造銅殿時，急需10萬斤生銅，太后遂至三塔寺，拜訪得道高僧了塵和尚。了塵和尚入定，探測到三塔寺下藏有豐富銅礦，妙峰派人開採冶煉，才解決了所用銅料。而塔寺下原先平坦的土丘，就被挖下了一條深溝，也就是今日銅溝的來歷。
大白塔
獅子窩也流傳有一個故事：說那一日，李娘娘在九蓮座上打坐，只覺得飄飄蕩蕩來到一處，見一座玲瓏大寶塔聳立眼前，塔前有兩個綠毛獅子聆聽文殊說法。娘娘從夢中醒來，便親自來五臺山查訪，當尋到獅子窩處，見石獅和大寶塔，和她夢中所見一樣，因此發願重建了寺中的萬佛大寶塔。史料記載的是，萬曆二十六年，朝廷遣官至此，輸銀千兩，新建了萬壽藏經閣，賜額"大護國文殊寺"。寺中的琉璃萬佛大寶塔，為萬曆二十七年興建(1599),為八角十三層，密簷式，高有35米，塔身鑲嵌著琉璃佛像萬尊，故名琉璃萬佛寶塔(五臺山珍貴文物)。獅子窩重建後，慈聖皇太后敬重該寺高僧鎮澄法師，特賜《大藏經》一部，安奉於十方淨土禪院。
獅子窩萬佛塔
鎮澄法師(字月川，號空印)是今北京市人，15歲在山西廣應寺出家，七年寒窗，成就了一位早熟的僧人。萬曆十年，妙峰和憨山舉辦為國祈儲大法會，鎮澄法師被妙峰邀請至山，並在飯僧大法會開講《華嚴》,憨山便勸他留在了紫霞蘭若。萬曆十四年，僧人智光、淨立53人在獅子窩結淨土蓮社，鎮澄法師和道友雪峰光禪師也順應潮流在獅子窩創建了十方淨土禪院。一時大德高僧雲集這裡，大家公推鎮澄法師開講華嚴義理，義學僧人紛紛慕名而至，僧侶多時達數百人。鎮澄法師還撰寫了《獅子窩十方淨土院規約序》,使獅子窩最終成了聞名的十方淨土寺院，五臺山從此形成了十方、子孫廟並居的格局。妙峰祖師在顯通寺安奉銅殿時，鎮澄法師又以第一座主在法會上講解《華嚴》,故而深得李太后的賞識，後來還命他去京都講學弘法。鎮澄法師在五臺山度過了53個年頭，講經弘法，修復了獅子窩、竹林寺、南臺三座寺宇，著有《楞嚴正觀》和具有很高佛學價值的《物不遷正量論》等。鎮澄法師還是一位很有才華的詩人，留下了大量詩作。他對五臺山的最大貢獻，是為五臺山寫下了《清涼山志》10卷，這部資料豐富，記述詳實的志書，對了解、研究和開發五臺山，發揮了巨大作用。這位學有所成、持戒嚴謹的高僧圓寂後，萬曆皇帝為其敕建了應身塔，憨山大師撰寫了碑銘。
龍泉寺
五臺山臺懷鎮西8公裡處，有一座寺院叫鳳林寺，據說也是李太后所建，流傳著一個饒有興味的故事：說在明朝嘉靖年間，祁縣來了一位徹天和尚(名德胤),他為了在此興建一處道場，貪早摸黑，爬山涉溝，每天外出化緣。平日粗茶淡飯，捨不得花掉一個銅子，每有所得，盡數藏於庵中。這時，附近的幾個小毛賊，得知徹天和尚積了很多東西，一日夜裡，闖進庵中，就要行竊。只見正在打坐的徹天和尚笑著說："我知道你們要來，早就給你們準備好了。"幾賊正迷惑不解，徹天和尚站起來，便拿出糧食，分給他們每人一袋，又分贈給他們一些銀錢。幾賊拿了錢糧就要出門，猛見山門左右，各蹲著一隻老虎，嚇得急返回庵裡，連連失聲說："有虎，有虎!"徹天和尚說："聖地佛門，哪有什麼老虎?"便親自送他們出院門，幾賊回頭再看時，見山門左右，原來是兩塊石頭。眾賊覺得奇怪，便問徹天和尚，徹天和尚笑著說："那老虎原來在你們心中呀!"然而自這件事後，人們便說徹天和尚是得道神僧，故有二虎為他守護把門便稱他為"二虎禪師"。附近的一些窮小毛賊，也再不敢來侵擾了。四方百姓紛紛慕名前來布施，徹天和尚便很快建起了寺廟，成為風林寺的開山祖師。這裡需要指出的是，故事中說的小毛賊，實際上是附近窮困已極的山區佃農。徹天和尚久住這裡，深知民間百姓疾苦，故有小賊來偷時，他以佛家弟子的慈善心態，主動拿出克勤克儉節省的錢糧，接濟他們，展示了僧家崇高的濟世情懷。
鳳林寺
徹天和尚的另一個故事，卻與李太后有關。相傳那一年，李娘娘來到五臺山，不慎偶感風寒，患了偏頭痛病，卻是晝輕夜重，吃什麼藥也不見好。當時鳳林寺附近有個巫婆，她見鳳林寺香火相當旺盛，而自家門前卻人跡冷落，欲加害二虎禪師，便向李娘娘進言說："鳳林寺有個妖僧，他經常手敲木魚，口誦邪咒，害人生病遭禍，娘娘此病由此而來。"李太后於是派中使和侍衛到鳳林寺，偵察二虎禪師行動。一進禪房，見二虎禪師正在打坐，頭上冒出一團亮光。正要動手拘押，只見二虎禪師擊了一下木魚，從定中出來說："貧僧在定中得知，娘娘在此偶感風寒，故而患了偏頭痛病。如今貧僧情願為娘娘醫治，若要診治不好，任爾等處置便了。"說完，便開了藥方，並把在山中採集的藥材獻上。中使帶了二虎禪師的藥方，李娘娘連服了兩劑那偏頭痛立即就好了。於是為了答謝二虎禪師，李娘娘舍錢重建了寺宇，還把附近莊田劃歸該寺。李娘娘回到京城，萬曆皇帝聽了這事，立即派人用輦迎請禪師入京，接受皇封供養。不想二虎禪師出了寺門，坐輦沒走多遠就圓寂了。萬曆皇帝母子倆聽到後，非常悲痛，就在禪師圓寂處，建了舍利塔。這個7米高的密簷式磚塔，就在寺東南百餘米處。
三塔寺
且說萬曆三十四年後，李太后為方便人們到五臺山拜佛，曾命妙峰祖師在河北保定建了一個接待院，這個接待院就闢為鳳林寺的下院，額名為大慈宣文寺。據該寺碑記載，萬曆年間，"聖母聖宣文明肅皇太后",在五臺山建成鳳林寺後，以臺山去京千裡，山深數百裡",就在保定府滿城縣方順橋邊，置接待院一所，額名"大慈宣文",憨山大師曾為此作《修大慈宣文寺碑銘》,現錄其中一段：
卓彼清涼，惟聖道場。群靈窟宅，爰枕北方。
外護藩籬，內拱神京。珠宮梵宇，隨處叢林。
惟我聖母，育成帝德。凡所施為，無非為國。
建此名藍，以延梵侶。從十方來，如雲若堵。
從碑銘文字看，這處接待院對傳播佛法來說，確實不可小視，當時五臺山的佛教，也確是出現了僧俗"如雲若堵"的景象。它也從一個側面，證實了李太后在五臺山興佛，煞是費了一番苦心。需要指出的是，李太后還於萬曆二十七年，在五臺山東門的舊路嶺龍泉寺(進入五臺山的山隘口),復建了萬聖閣。如今在菩薩頂的一號大銅鍋(萬曆二十九年鑄造，高1.1米，直徑2.04米),就是從舊路嶺中弄去的。
竹林寺
關於舊路嶺龍泉寺的興建，還有一段辛酸的故事。《清涼山志》中說，明代五臺山華嚴宗僧人慧定(俗姓邵，字無盡，為今山西長治縣人),因自小不樂俗務，剃度出家。此人生得體貌奇偉，兩眼亮如電光，性格豪爽，力氣過人，故人稱"莽會首"。因他久慕臺山靈境，便來山參謁諸大德長老，不久深悟佛法。一次，慧定巡遊到南臺，他在禮拜智慧文殊菩薩時，曾發下大願說，願供飯僧十萬八千人。他於是親自種菜，作務糧食，供養五臺山僧人。千日滿願後，聲震叢林，眾僧侶十分敬服。以後無論他遊走到何寺，大家都挽留他常住，但莽大師說：」易處不住，住處不易。"原來，這莽大師頗有志向，他想憑藉自身力量，親自建一處叢林。後來莽大師遊走到龍泉關舊路嶺，見當年的龍泉寺已成一片廢墟，遂在廢墟上結茅以居，準備在此重建道場。
那一日，莽大師外出化緣，待他回來時忽見茅庵內狼藉不堪。原來，這舊路嶺在嘉靖初年，已有盜賊。他們聚散無定，常常盤踞關隘要路，凡是過路之人，都要留下買路錢，動輒還要劫掠當地良民百姓。當時駐守龍泉關的官兵，也懶得去得罪他們。因此，使這一公害長期橫行，擾得行路之人性恐害怕，只好等待數人結隊，才敢過關。且說莽大師同幾位僧人，在此立庵而居，這夥盜賊便存了竊心。只是打聽到莽大師力大無比，又見他們剛立灶煙，沒什麼油水，才沒有動手。後來漸漸覺得有利可圖了，便趁大師外出之機，一舉擁入，在庵內的三四個僧人，見強盜來勢兇猛，逃走之間，已被打得煸體鱗傷。
南臺
再說莽大師回到庵中，見庵舍被翻了個一塌糊塗，所積建寺錢物，已盡被劫去。又見一兩個鼻青臉腫的僧人，哭著返了回來，遂大聲說："死生有命，何懼盜賊!"過了不久，那夥盜賊又至，莽大師時手無寸鐵，急忙從地上搬起一個瓦壇，只聽"咣當"一聲，那罈子就在賊群中爆裂，一個盜賊應聲倒下。眾賊抹一把臉上的碎屑，紛紛後退，他們見莽大師隻身一人，身邊沒有任何武器，遂放膽逼了過來。一個盜賊乘機一搶刺中莽大師左脅，莽大師忍痛以腕扼槍，順便飛起一腳踢倒盜賊，奪過槍來刺死一賊。眾賊見了大驚，急忙退避隱匿。莽大師遂入方丈室，見傷口有三寸餘，腸脂俱出，血流不止，便用手將腸脂填人體內。又找來一些棉布，裹纏停當，便持槍復出，厲聲喝道："正想捕滅汝輩，不想今日前來送死!眾賊見莽大師怒不可遏，那裡還敢進前，只是遠遠圍定，並把早積好的片石飛彈齊拋將過來。莽大師躲閃不及，被一塊飛來的流石擊中頭部，倒地滾落澗中。好在這時，龍泉關鄭兵統率兵趕到，才把氣息奄龜的莽大師救了上來。
再說莽大師康復後，決心要除掉這一公害，他從各地集結了53位輕死奇士，大家舞槍弄棒操練一番，遂聯合龍泉關守兵，一舉滅了這個盜賊團夥，後在龍泉寺安立了十方從
林。萬曆五十年，莽大師圓寂(世壽76歲)時，將從林交給北京因明寺的大智宗主(召來滅盜賊的全公)，他承當莽大師重託，先公後私，勵精圖治，使龍泉寺成為當時一大從林。
顯通寺
從這裡可以看出，五臺山在明代，確實湧現出一大批優秀僧人，他們或德載天地，濟世利人，或捨生忘死，捍衛道場，為世為法，業績卓絕。需要提及的另幾位高僧，就是興建普濟寺(碧山寺，代王成煉捐助建造)的詩僧孤月禪師，居於車溝的法兄弟寶印禪師和楚峰、玉堂和尚(後寶印居龍樹庵，楚峰居秘魔巖)。還有大巍淨倫、無邊和瑞峰禪師，他們都是名被四方，對五臺山有貢獻的高僧。其中被稱為中興律祖的如馨律師，在五臺山為神宗替身內臣張然受了菩薩戒，神宗賜號"慧雲禪師"。如馨律師在五臺山顯通寺說法三年，遂使五臺山律學大興。其後，他的弟子(顯通寺僧人)遠清律師接替了師父法席。如馨律師圓寂後，萬曆皇帝非常眷念，令人繪了圖像，供於大內，並作贊曰：
瞻其貌，知其人。入三昧，絕六塵。昔波離，今古心。