武九九年，即公元626年，是註定腥風血雨的一年，玄武門的變故，既是一場異乎尋常的慘烈流血政變，又是兄弟間陰鬱壓抑已久的手足殘廢。
從古到今，皇位雖未立，但功勳卓著、功勳卓著的長子李建成順理成章地被立為太子，太子雖然資質平平，沒有主見，奈何他有一個非常著名的歷史謀士，就是魏徵，屢次獻策要除掉李世民。李建成在謀士和和他交好的四弟李元吉的慫恿下，也明白自己和李世民已到了無法相處的地步。李建成先後設下毒藥給李世民，並計劃進宮逼高祖退位。然而，東宮前的種種做作，加上李世民麾下謀士能將之諫言，已使李世民痛下決心，提前準備應付。
這天，高祖正與陳淑達、裴寂、蕭瑀等一幫老臣在宮中悠閒遊蕩賞玩，因勞累在亭子裡休息，忽然看見尉遲敬德金盔鐵甲手持兵器前來。「今天有沒有人搞得亂七八糟的？」李淵吃驚地問。為什麼要這樣做呢？」尉遲敬德答道：「因建與元吉起兵反叛，秦王殿下誅殺了他們，秦王怕陛下(還有其他賊)，特派我入宮看守。」
李淵聞之，大吃一驚，一時心中閃過無數念頭，便問裴寂等人：「想不到事情竟鬧到這地步，你們說，現在到底該怎麼辦呢？暗助李世民的陳淑達、簫瑀等人便趕忙出來打圓場：「為陛下打下天下的正是秦王，不料竟遭太子及元吉嫉妒而暗中陷害。現在秦王已將其殲滅，並且功勳卓著，天下歸心，如果陛下能立秦王為太子，把國事任命給秦王，這樣的事情就不會發生了。」
高祖皇帝也明白了現在的形勢，心中百感交集，死了兩個兒子，大臣們也紛紛擇木而棲，只好趁著這個臺階無奈地說：「好吧，這也是我的夙願啊！』』這一天，高祖皇帝就召見了秦王李世民，也看到了他臉上的痛楚，自己產生了深深的自責和悔恨，有一段時間，父子二人抱頭痛哭，至於所哭的內容是否相同，歷史上沒有詳細的記載，也不清楚。』』看起來，玄武門之變應該結束了，但並非如此。血後依然是血，殺後依然是殺。原本根據李世民心軟的性格，擔心天下人的評價，他不願做像斬草除根這樣的事。
此時他的一位謀士房玄齡給他講了一個《淮南王劉安》的故事：講述大漢淮南王劉安的事跡，劉安的父親是劉長，因妒忌兄長而成帝，想謀反，失敗後被漢文帝捉去。漢文帝是一個仁德的君主，不想殺他，只把他流放四川，劉長卻在途中絕食而死。合情合理的謀反之罪，將被誅殺。可是漢文帝心軟了，並沒有責怪自己的弟弟，還封他為淮南王劉安。而且淮南王劉安，在後來的漢武帝時期，也是想要謀反，後被誅殺。
房玄齡的一句話徹底打消了李世民最後的顧慮，李建成、李元吉的所有子嗣，甚至連還沒有斷奶的幼子，無不被李世民的部下殺死。