異端裁判所，中文又譯為宗教法庭、宗教裁判所，是13至19世紀歐洲天主教教會旨在鎮壓反教會、反封建的「異端」活動的司法機構。異端裁判所建立於13世紀上半葉，當時的教皇英諾森三世為鎮壓法國南部阿爾比派異端，建立起教會的偵察和審判機構；霍諾裡烏斯三世繼任教皇后，於1220年通令西歐各國教會建立異端裁判所；此後，教皇格列高利九世又重申前令，強調設置機構的重要，並任命由其直接控制的託缽僧為裁判官，要求各主教予以協助。於是，西歐的天主教國家大多建立起異端裁判所。於是，西歐的天主教國家大多建立起異端裁判所。
按照當時教會的標準，不認同羅馬正統教派的言行和思想即為異端。異端裁判所主要打擊迫害的對象是反教會反封建人士，如進步思想家、科學家，以及被視為旁門左道的民間魔術師、巫士、術士等。異端裁判所一般設在修道院內，偵查、審訊均秘密進行，控告人與見證人的姓名保密。根據異端裁判所制訂的審訊條例，有兩人作證，控告便能成立；證人如果撤回證詞，按異端同謀犯處理；被告如不認罪，可用刑，不僅要自己認罪，還須檢舉同案犯和異端嫌疑犯。異端罪一旦被控告，絕難倖免，輕者被判苦行、齋戒、離鄉朝聖、在公開宗教儀式中受鞭打、胸前或身後縫綴屈辱的黃色十字架等；重者則被處以徒刑甚至死刑，其個人財產全部被收繳教會或世俗政權。由於世俗政權可在處理異端財產中分羹，因而對宗教裁判所所作所為採取縱容和支持的態度，助成當時濫捕無辜、隨意定罪、株連判刑、草菅人命的惡果。
異端裁判所在歐洲前後存在約500年。除英國和北歐國家外，歐洲的天主教國家皆建有異端裁判所，其中影響最大的是西班牙異端裁判所。它不僅鎮壓異端，而且大肆迫害阿拉伯人和猶太人，以黑暗兇殘著稱；1483—1820年間，受其迫害的達30餘萬人，其中三分之一被判處火刑。16世紀中葉，教皇在羅馬建立最高異端裁判所。從18世紀起，西歐各國的異端裁判所先後被撤銷。1908年，教皇庇護十世把羅馬最高裁判所更名為聖職部，其主要職能是監視和處罰參加進步活動的教徒，查禁進步書刊，革除教徒的教籍和罷免神職人員等。隨著其職能的轉變，異端裁判所逐漸退出歷史舞臺。