劉備與諸葛亮之間的關係之親密，用劉備自己的話形容說乃是「猶魚之有水也」。不過劉備、諸葛亮君臣之間還有著鮮為人知的另一面，那就是「先主之疑，蓋終身而不釋」以及諸葛亮由此而做出的一系列不同尋常的反應。當初劉備與群雄角逐中原，因實力不濟，接連受挫，屢戰屢敗，在北方難以容身，只得南下投奔宗親劉表，欲想在這兩眼一抹黑之地生存下去並打開新局面，就得尋求與當地勢力合作，因此他於建安十二年（207年）三顧茅廬，恭請荊、襄地區士族集團的代表人物諸葛亮出山，從此開始了他倆之間親密無間的合作。為表器重之心，劉備與諸葛亮形影不離，「情好日密」，卻因此招致其麾下一些老人的不滿，「關羽、張飛不悅」，劉備說：「孤之有孔明，猶魚之有水也，願諸君勿復言」。
關羽、張飛雖不再多說什麼，但仗恃「同起之私思」，對諸葛亮的嫉妒與不滿並未消除。史載，曹操南伐，劉備兵敗長坂後，「諸葛東使，魯肅西聯，遂定兩國之交，資孫氏以破曹，羽不能有功，而功出於亮」。赤壁鏖兵時，諸葛亮協助周瑜大破曹軍，關羽不能建功，因此對諸葛亮的嫉恨更加一層，且由此遷怒於魯肅、周瑜，遷怒於東吳。鎮守荊州時，關羽拒絕了和孫權結親，還出言不遜，辱罵東吳來使，由此得罪孫權，導致兩國交惡，最後發展到荊州之失。劉備不引以為戒，仍以傾國之力討伐東吳，最後慘敗夷陵猇亭，立國不久的蜀漢損失巨大。之前，劉備執意伐吳，企圖奪回荊州，為關羽復仇，身為蜀漢重臣的諸葛亮僅稍作諫阻後便沉默不語了。
明知與東吳結盟的重要性，諸葛亮為何僅僅略微勸阻，劉備不聽後立刻閉嘴保持緘默呢？或許因為諸葛亮有難言之隱吧？史載「（亮）在蜀漢，兄弟分在魏、吳，三國之重望，集於一門」。諸葛亮的兄長諸葛瑾在東吳官至大將軍、左都護、豫州牧。他還與吳主孫權、權臣張昭結了親。族弟諸葛誕在曹魏官至徵東大將軍。正因為有如此複雜的社會關係，劉備對諸葛亮的猜疑也就難以避免了。明末清初大儒王夫之（船山先生）在其著述《讀通鑑論》中說「（劉備）疑公（指諸葛亮）交吳之深，而並疑與子瑜（諸葛瑾）之合。故其信公（諸葛亮）也，不如信羽（關羽），而且不如孫權信子瑜（諸葛瑾）也」。
細究史料，發現王夫之的見解不無道理。這就是劉備為復奪荊州，同時為關羽報仇，空國而出東擊孫吳時，諸葛亮為避嫌不便多言的原因所在。直至劉備在猇亭被陸遜施以火攻、幾乎全軍覆沒時，諸葛亮聞訊也就只能嘆息道：「法孝直（法正）若在，則能制主上，不東行，就復東行，必不頃危矣」。也許，劉備從內心更信任並親近的人是法正，而不是被其形容如魚得水的諸葛亮。如果說一系列錯綜複雜的原因使得劉備與諸葛亮之間形成了隔閡而無法一致對外的話，那麼，蜀漢最高統治集團的內部矛盾亦交織其中，也使劉備、諸葛亮君臣間不能沒有分歧。劉備謀奪益州後，蜀漢統治階層內部大致也分為三大陣營（派系）：一為劉備以及隨他一同南下的舊部，如關羽、張飛等，一為以諸葛亮為首的荊州人士，另一為以法正、李嚴為首的蜀中人士。
諸葛亮與劉備心腹之間的矛盾已不可避免。從各自利益出發，諸葛亮與以法正為首的本土派人士也常有矛盾衝突。據文獻記載，諸葛亮曾說：「……蜀土人士，專權自恣，君臣則道；漸以陵替。寵之以位，位極則賤，順之以恩，恩竭則慢，所以致叛，實由於此」。從他的一席話中可以感覺到他對蜀人「專權自恣」很是不滿，但劉備奪益州時，曾得到當地豪強的支持，並且劉備想以西川為根據地，北攻中原，興復漢室，因而必須依靠蜀中人士的鼎力支持。由此土著蜀人逐漸權大勢重，為劉備所倚重，相對來說，追隨諸葛亮入川的荊襄人士則漸受冷遇。劉備擊走曹操，奪取漢中後，更是封足智多謀的的法正為尚書令。
劉備寵信法正，不僅授予重權，還對其言聽計從，倚為親信，當時法正「外統都畿，內為謀主。一飧之德，睚眥之怒，無不報復，擅殺毀傷達數人。或謂諸葛曰：『法正於蜀郡太縱橫，將軍宜啟主公，抑其威福』。亮答曰：『主公在公安也，北畏曹公之強，東憚孫吳之逼，遠則懼孫夫人（孫權妹）生變於肘腋之下。當斯之時，進退狼狽，法孝直為之輔翼，令翻然翱翔，不可複製，如何禁止法正使不得引其意邪』」？從這番多少有些抱怨的話看，諸葛亮對劉備縱容法正擅權是明顯含有怨憤情緒的。最值得一提的還是「白帝城託孤」一事。從劉備臨終前託孤諸葛亮的那一番話中，可以品出他對諸葛亮有著深深的疑忌。
《三國志》載，劉備病危時，對從成都匆匆趕來的諸葛亮說：「君才十倍曹丕，必能安國，終定大事。若嗣子可輔，輔之；如其不才，君可自取（你的才幹比曹丕強十倍，必能安邦定國，匡復漢室。如果嗣子劉禪是那塊料，你就輔佐他，如果他不成器，你可取而代之，自做成都之主）」。乍一聽，這似乎是劉備對諸葛亮的一番推心置腹之辭，其實不然，他話裡有話，隱含敲打諸葛亮之意。在這番貌似發自肺腑的話裡，其實包含著劉備深深的疑慮，甚至隱藏著兇險殺機，「先主之疑，終身而不釋」說的就是這個意思。一輩子小心謹慎、如履薄冰的諸葛亮聽後急忙涕淚俱下地表示：「臣敢竭股肱之力，效忠貞之節，繼之以死」。
這樣近乎賭咒發誓地表明心跡，諸葛亮急欲釋疑之心是多麼急迫，應該不難想見。從以上分析可以明顯看出，劉備與諸葛亮之間的關係，除了君臣相處融洽、配合默契、對內政外交政策大多相同外，還有很多不太相契、不甚一致甚至相互疑忌、提防的另一面。