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朱允炆是明朝第二位皇帝，年號「建文」，明太祖朱元璋的孫子，懿文太子朱標第二個兒子，但朱標的長子朱雄英早故，朱標原配常氏死了以後，朱允炆的母親呂氏也得以扶正，所以明太祖朱元璋就視朱允炆嫡長孫。
朱允炆從小聰明好學，極其孝順。十四歲時，朱標生病，朱允炆小心侍候，晝夜不離開一步。這樣持續了兩年，洪武二十五年（1392年）朱標病死，朱允炆被立為皇太孫。朱允炆守孝時因過度哀傷而消瘦，朱元璋安慰說：「而誠純孝，顧不念我乎」。
朱允炆由於自幼熟讀儒家經書，所近之人多懷理想主義，性情因此與父同樣溫文爾雅，即長皆與寬大著稱。洪武二十九年，朱允炆曾向太祖請求修改《大明律》，他參考《禮經》及歷朝刑法，修改《大明律》中七十三條過分嚴苛的條文，深得人心。
1368年2月，朱元璋開始為王朝定下傳統，即立朱允炆的父親朱標為太子，因為朱標是他的長子。朱元璋的目標是為皇位的合法繼承樹立一個正式的原則，希望以此杜絕將來在皇位繼承問題上的紛爭。朱標在許多方面都不像他的父親：他性情溫和而有教養，但不很勇武。明太祖雖然對他的第四子朱棣的軍事才能有很深的印象，但為了王朝的利益，他仍把朱標看作最恰當的繼任人選。使皇帝震悼不已的是，朱標在他的盛年37歲時（即1392年5月17日）死去，諡號懿文太子。按照原則，嫡長子不在則應立嫡長子嫡長孫，但是朱標大兒子早夭，而朱元璋看到嫡長子次孫朱允炆表現的十分孝順而很是喜歡，後來立其為太孫。
朱元璋死前密命駙馬梅殷（寧國公主之夫）輔佐新君，遺詔命皇太孫朱允炆繼位。朱元璋駕崩幾天後，朱允炆於1398年6月30日在南京即位，時年21歲。他確定下一年為建文元年，並尊封他的母親二皇妃呂氏（1402年死）為皇太后。關於朱允炆的個性和他在位時的國內發展情況現已無可信材料，因為朱允炆時期的檔案文獻和起居注全遭毀滅，而私家記述又概遭禁止。
年輕的建文皇帝書生氣十足而又溫文爾雅，他繼承了他父親的溫和和好思考的脾性。他靦腆，且又毫無國政經驗；且不說和他的前皇祖考相比，甚至比起他的雄才大略的叔父們，他也沒有那種自信心和堅強的性格，甚至也沒有那種能力。這位年輕皇帝的溫順性格和儒家教育，因此他衷心嚮往的是實行理想的仁政。他在政府的言論和行事上努力實行一些較大的變革，但這些變革卻招致了災難性的後果。
朱允炆把三位儒家師傅引為心腹，他們是黃子澄、齊泰和方孝孺。這幾位老者對朱允炆關於君之為君的概念起了強有力的作用。黃子澄（1402年死）是一個很受人尊敬的儒家學者，他在1385年舉進士第一名。他在明太祖時代擔任過很多官職，現在被朱允炆任命為翰林學士，並參與國家政事。齊泰（1402年死）也是1385年的進士，是一位對經書學有大成的學者，特別精於禮和兵法。他在洪武帝彌留之際受顧命，以護衛皇太孫和嗣君，被新皇帝任命為兵部尚書，參與國政。方孝孺（1357—1404年）早在四十來歲的初年就已經是聲名卓著的學者，以文章家和政治思想家聞名，未中過舉，在他很晚的歲月才開始進入仕宦生涯。朱允炆即位以後被召為翰林侍講。
這三位儒家學者以各種不同方式影響皇帝。黃子澄和齊泰變成了皇帝的心腹，用儒家的修齊治平理論教育他。他們負責研究一些新政策並付諸實施，目的在改組帝國的行政和加強皇帝的權威。方孝孺是《周禮》，一部關於烏託邦式政府的經典著作——專家，他發覺他所見到的是個人專制統治的缺點，因此他建議皇帝應該根據古代經典所提出的理想和形式來實行仁政。所有這三個人都勇敢、正直和滿懷著理想。但是，他們都是書呆子，缺乏實踐意識和從事公共事務的經驗，也沒有領導才能；他們對於問題的分析往往限於紙上談兵，不切實際。
1399年8月，燕王朱棣誓師抗命，下諭將士，打著「清君側」旗號起兵「靖難」。史稱「靖難之役」。朝廷和燕王之間開始了一場血腥的、持續三年的軍事對峙。在叛亂開始的時期，燕王尚不佔兵力上的優勢。他的軍隊只有十萬人；除了他的封地北京之外他也沒有能夠控制任何其他領土。南京的建文朝廷有一支三倍於燕王軍隊的常備軍，擁有全國的經濟，並且已經廢除了幾個藩國。但燕王的領導能力、高素質的軍隊卻非朱允炆可比。隨著戰爭時間的延長，朝廷指揮不當、兵力孱弱、內部鬆懈的缺點嚴重影響了戰局。直至節節敗退，許多將領投降了燕王。
建文朝廷曾從朝鮮輸入許多戰馬，想以此增強它的戰鬥力，因為朝鮮國王李芳遠公開表示支持朱允炆打燕王。但是這些辦法未能影響一敗塗地的戰爭結局。
建文四年六月，燕軍渡江直逼南京城下，谷王朱橞與曹國公李景隆開金川門迎降，京師遂破。燕兵進京，在燕王軍隊抵達後的一場混戰中，南京城內的皇宮大院起了火。當火勢撲滅後在灰燼中發現了幾具燒焦了的殘骸，已經不能辨認，據太監說它們是皇帝、皇后和他的長子朱文奎的屍體。朱棣登位後，將忠於建文的諸臣剝皮的剝皮，下油鍋的下油鍋，把他們的女眷罰到教坊司當官妓，實行殘酷的「轉營」，有被摧殘至死的，朱棣就下聖諭將屍體餵狗吃了。
但朱允炆的下落終成為一件懸案。誰也不能肯定他是否真的被燒死了；後來對他的帝業抱同情心的歷史學家們都說他喬裝成和尚逃離南京。當時官方的記載當然只能說皇帝及其長子已死於難中；否則，燕王就不可能名正言順地稱帝了。朱允炆最後的真正命運仍然是一個謎。