要了解東亞民族的起源，就要涉及到分子人類學（基因學）。分子人類學是最近才興起的學說，涉及很多生物學的知識，上海的復旦大學走在了這個學說的尖端，從2005年開始迅猛發展，在中國形成一個專業的學科。分子人類學主要的優勢是能科學地解釋人類的形成、民族的起源。基因是不會說謊的，即使你改變了民族身份，但是基因還是可以完整保留你的根源，你的祖先來源。所以，研究分子學的態度是，事實是怎樣我們就承認怎樣，不帶個人的主觀色彩。
在研究分子學的過程中，也經常會出現假設理論，因為分子學這種新興的學科，隨著研究數據的增多而會不斷更新以前的觀點，所以筆者有錯誤的話，也請大家指出。分子學另一個特點是，各種理論也比較多，很多研究者都會形成一種自己的理論，有些領域並沒有權威的主流觀點。筆者是打算統一已知的主流觀點，存疑的地方就保留多方的觀點。
分子人類學的研究還不單止於Y染色體，還有線粒體以及常染色體的研究，需要比較專業的知識。筆者寫作此文的意義，在於將苦澀深奧的學術論文，化為通俗易懂的大眾文章。
分子人類學發展到今天，已經成功測試了曹操的後裔，得出了曹操的Y染色體，還有很多名人等等。這些為解決史料上的爭議問題提供了實質性的幫助，這就是分子人類學的好處，是對我們的 研究有利的，所以質疑分子人類學本身，是大可不必了。首先，分子人類學是可以質疑的，不能經過質疑的科學是偽科學。
話說最早來到東亞的，是Y單倍體為C類型的棕色人種。他們六萬年前到達亞洲，特點是喜歡吃海鮮，以捕魚為生，他們是沿著海邊遷徙的，是一支漁獵的族群。C系人群喜歡吃海洋高蛋白的食物，他們在海岸線上遷徙發展，他們的主力從南亞的島嶼出發，最終走到了澳大利亞。日後他們對華夏的影響約為10%，人群主要集中在東北和西南方。不過當今不存在純種的棕色人了，因為他們是喜歡融合的種群。他們相對應的母系線粒體是古老的M系。在東亞人的母系中，他們佔了60%。另外，他們有一支並沒有到澳洲，而是留在了東亞。
另外還有一批Y單倍體為D類型的族群，見上圖。李輝稱他們為「矮黑人」，顧名思義認為他們的外形是又矮又黑的，但其實不然。他們是C系的近親，日後他們對華夏的影響不到2%，比C系更少，在中國北方，他們被滅絕得差不多了。當今最純種的D系是印度的安達曼人，D系在中國也有後代，主要形成了氐族。和C系人不同的是，氐族是從事農業的，他們住在內陸，活動範圍大致在甘肅、陝西、四川。氐族在現代已經融合進藏族了。
華夏族群應運而生，他們就是O類型，O系在雲南、廣西開始分道揚鑣。他們兵分三路擴張，一路走沿海，一路走丘陵，一路走高原。高原的生存條件最艱苦，所以走這一路的人數最少。但是所謂天降大任於斯人也——走最艱苦的路的人，反而是日後成就最高的，他們成為了華夏的主體。
走沿海的人群是從廣西進入的，率先形成了O1系的百越（包括壯侗）部落。百越沿著海邊發展，他們是構成華夏族群的一員。今天浙江人的母系血緣，是受到百越影響的。百越的語言是古越語，是侗泰語的前身。父系主力是O1a-M119類型，母系是線粒體B。日後他們父系佔漢族的10%以上。百越在八千年前就去到了上海，為越國的建立打下了紮實的基礎。
另外兩支人群從雲南出發，一支走丘陵的人群形成了O2系（現在稱為O1b1）的百濮部落（古代苗瑤系的前身），百濮開創了位於重慶的大溪文化。大溪文化測出有O3-M7（現在稱為O2-M7），而M7在苗瑤、孟高棉人群中高頻，另外，苗瑤還帶有O2a（現在稱為O1b1），所以推斷出部分百濮和苗瑤是同源的，都來自一個體系。將百濮等同於苗瑤雖然不是十分準確，但復旦李輝的命名有他一定的依據，他的原話是——「內陸支的黃種人則形成於緬甸、雲南一帶，並長期居住於此。由於歷史比沿海支稍長，漸漸形成了更多的基因突變。這群人是南亞語系(Austro-Asiatic)的祖先，就是民族學上說的百濮民族。他們帶的Y 染色體特色單倍群為O2 和O3」。
根據史料記載，百濮當時的特產是大象、犀牛、孔雀，這些都是中原所罕有的。古苗瑤部落是百濮向華夏族群進化的過渡產物。百濮使用的南亞語系，是古苗瑤語的前身，他們的主要基因是O2-M268，以後佔到漢族的9%。
另一方面，走西北的人群沿著四川走到了青藏高原，最終進化成O3系（現在稱為O2）的華夏族群，O3系擔當著華夏族群的主角。這個華夏族群是漢族和藏族、古羌族的共同祖先，漢藏是同源的，兩者都說一種古漢藏語系的語言。
這些從雲南北上的黃種人，他們的體質隨著地理氣候而開始發生變化。最開始的時候，他們的頭顱比較圓，額頭有些前突。到了高原之後，為了適應環境。他們面型變得更狹長，鼻梁變得挺拔。不再是闊鼻大嘴的南亞類型。
O系黃種人最終佔領了古亞洲人的土地，並徵服了古亞洲人C、D系。他們之所以能超越古亞洲人，是因為他們會靈活地使用工具，有更好的狩獵能力。有了生存獵食的優勢，導致他們人口迅速增長，遠遠超過了古亞洲人，然後 O系黃種人發展出農耕文明，輕易地打敗了古亞洲人。