南澳島深澳鎮臨近鹽場的天后宮，是志書所記，潮汕最早的媽宮之一。明萬曆二年（1574），饒平縣人陳天資所撰《東裡志•疆域志祠廟》中云：「天后宮①。……一在深澳，宋時番舶建，時加修理，晏總兵②移建於海岸。」它也是外國早期史書所記，海航中南澳島之標誌，比創於元朝媽嶼媽宮還早。胡耀邦、秦牧等曾來參觀大加讚嘆。已由臺胞233人次及南澳、汕頭、潮陽等地善信共捐158萬元，於1995年至2012年分三期重建告竣。
清乾隆四十八年齊翀撰《南澳志•卷七廟祀》載：「天后宮。……在城東門外（林註：應是北門外）萬曆四年副總兵晏繼芳建（林註：應是移建），十一年副總兵於嵩重建，康熙二十四年（1685）總兵楊嘉瑞修。」其卷十二雜紀之叢談云：「澳之天后宮，舊有神像，後杜輝③降，徙澳民於蘇灣，天后、關帝神像俱舁升於廣省。及楊嘉瑞④移鎮南澳，澳民往省迎請，廣人不允，互控於官。官令卜之於神，舁回關帝，天后則祀於省之油欄門外。康熙二十七年，天后宮尚未修建，忽夜半雷雨產一靈芝，紫色金莖長約七寸許，時總兵楊嘉瑞以靈芝之瑞，為天后著靈，因建廟，遣人往湄洲，割香刻像祀之。」
從上所記，知其史況。它宋時由外國商船所建（是目前所知潮汕媽廟唯一由外國人所創建者，可見證當時海上絲綢之路之盛），於明萬曆四年由第二任南澳副總兵晏繼芳，從東北側海濱移建於此，十一年副總兵於嵩重建，清康熙二十七年首任南澳總兵楊嘉瑞再建。後多次修葺，從廟內遺存文物，就可知清代重建二次。筆者於1997年4月4日重訪廟時，發現原在後座復蓋於棟梁上一片長角（各長10米，闊0.8米），各用毛筆寫著：「乾隆戊戍歲（四十三年即1778年）臘月穀旦，署閩粵南澳總兵劉夢金、署福建水師提督軍門鎮守閩粵南澳總兵官林國彩、署閩粵南澳總兵官馬琳同捐俸重建。」，並另有一片是記同時重修連牆潮音寺者⑤。又據今遺於第一、二進中間天井牆邊，落款「道光甲午年（十四年即1834年）桂月立石」的《天后宮重建碑記》（碑高2.2米，闊1米，字跡模糊）所載：「自壬辰（十二年即1832年）十月興工經始，至癸巳年（十三年即1833）三月落成告竣。」南澳鎮總兵莊芳機、沈鎮邦，南澳軍民府同知崔炘、易長華及南澳巡檢朱復觀等官兵捐銀。1949年重修。
「文革」十年浩劫中，殿宇全非，香火熄滅。「縣城北門外天后宮鍾一口，鑄有『潮州治子萬永貴、永幀、永祥等薰沐。』」（見1945年陳梅湖《南澳縣誌》）也失。「文革」結束後，古廟獲生機。
1984、1987年，政通人和，萬廢舊興之際，鄉民捐資小修之。1995年成立首屆重建媽宮理事會，會長陳金，副會長（四年後為第二屆會長）李文麟（1931—2004）、李木林，發動各界人士捐資。李文麟之胞兄、回鄉定居臺胞李文龍（1928—2005）先生，率先喜捐人民幣10萬元，加上鄉民也紛紛解囊，共獲23萬元，並義務勞動，從同年農曆八月至越歲農曆六月，重建了主座（升高0.8米），重塑媽祖金身。2003年又匯集眾多臺胞為主捐款30萬元，重建了中座。越載，再用25萬元重修前座。2006年春至2012年冬，以蔡瑞傑為首第三屆理事會，幸獲善信樂捐逾80萬元，換新主龕及全部附龕、案桌、臥房、修妝房，兩根木雕橫桁、兩根不鏽鋼旗杆，加築60多米長刻花草石欄杆圍牆、廟外廚房及衛生間，並修建連牆潮音寺（最早稱「海神廟」） 屋頂及更換其前後佛龕等。至此，全廟重光，美輪美奐，神恩浩蕩，庇國安瀾。
在樂捐重建媽宮中，除南澳籍臺胞近百人捐款外，汕頭市民慷慨解囊十分動人。2001年汕頭信女陳素蓮（1950— ），夢見媽祖叫她到南澳尋最古老媽宮祭拜，便渡海登南澳，經過周折，終於找到深澳媽宮拜之。遇到理事會女副理事會陳明玉（1937—，李文麟夫人），告知媽宮若需款重興可找她，並留下聯繫電話。女副理事長以為貴人從天而降，當2003年至越年重建中，前座大需資金即電告之，她兌現諾言，自己帶頭並發動汕頭善信數十人，共捐約30萬元。她所發動的潮陽貴嶼人李創金先生，於2006年起為首捐三四十萬元，用於建外埕、制寶鼎、換案桌，功德很大。
宮坐東南向西北，分三進，深31米，闊11.14米，建築面積350平方米。
前座即大門石樓，高約7米，設置三門，雕藝精美，別具一格。上方石刻門匾，一反常見橫額，變為直形，高約1米，闊半米，正中刻「天后宮」楷書，邊緣刻飛龍環繞，下面有二石獅作墊，左右刻多位古代人物、麒麟等浮雕。門樓下方之牆皆石浮雕，上有雙龍吐水、對鳳朝牡丹，下有精彩花瓶，加之門柱下方擺兩大石鼓, 使人覺得此石門樓精心設計，刻藝高超。門外側石牆之兩柱，刻聯字美石優，令人讚嘆。大門右石柱刻「淑人蔡門範妙金敬」，左石柱刻「孺人傅門薛淑貴偕男文忠、文華同敬」右側石門牆刻「孺人陳門江順和敬」。門樓左右，各設一房，左房內造萬裡耳泥塑站像，其舉起右手，指著耳朵，傾聽遠音，紅面彩衣；右房內造千裡眼泥塑站像，其左手遮於眼上，眺望前方，青臉彩衣。兩神像皆高達2.3米，形象動人。前、後座屋脊，皆嵌高大彩色的雙龍奪寶，活龍活現。屋頂前端，各嵌一組古代名將，栩栩如生。
走過前門樓，就見一個露天埕，闊五米，深3米餘，全用黑、淺紅、紫等各色小石，巧妙鋪成雙鳳朝牡丹圖案，別具匠心。兩側各為龍井、虎井，石刻龍、虎浮雕。左側牆掛一古碑記，因年久風化，字跡難辨，另一《重建天后宮喜捐碑》尚清晰，系「道光十三年二月吉立」。右側牆也掛「道光甲午年（十四年即1834年）桂月」刻的《天后宮重建碑記》。龍、虎井旁與前座之間，上有遮擋，下各擺鐘、鼓。
第二進，最引人注目者，是兩條大石龍柱，各高約3米，直徑0.4米，石雕精細，形神兼備。1958年3月11日近午，共青團中央書記胡耀邦（1915—1989），興致勃勃來此參觀，連聲稱讚，叮囑身旁的深澳管區黨委會副書記康前得（1926—2011）說：「這是海島重要文物，要好好保護！」1986年12月11日，中國散文大師秦牧（1910—1992，澄海縣籍歸僑），偕夫人、散文家吳紫風（1918—2011，臺山縣人），和大詩人黃雨（1916—1991，今汕頭市鷗汀人）等幾位當代潮籍文豪，在筆者導遊下，到此觀賞，也讚嘆不已。此進兩側牆從頭到尾嵌或掛著詩文。右牆：劉文星先生詩二首及其賀聯，「中華媽祖文化交流協會，第一屆理事會理事單位，中華媽祖文化交流協會，2004年10月。」證書，《深澳天后宮簡介》（書於紙入鏡，南澳縣文管會，2002年12月14日），海神將軍龕（內坐像0.8米），石刻《媽廟豎立旗杆並建附屬房捐資芳名》(2008年)、《重建媽祖土像芳名》（2007年仲夏）、《天后宮重建碑記》。左牆：石刻《重建紀事》（1995年）、《芳名錄》（2003年1月），福德老爺龕（內坐像0.8米），石刻《重建前座捐資芳名錄碑》（2005年10月）。
第三進為主座。懸掛清代木匾，刻「寰海鏡清。鹹豐歲次己未年（1859）桂月穀旦立，賞戴花翎、署廣東水師提督、閩粵南澳總兵陳應運敬」龕內擺前後兩尊媽祖坐像。前者木雕，供外出抬於轎中遊神之用，高約1米，兩侍女站著各約一米，後者泥塑，高約1.4米，龕前地面兩旁，各站泥塑侍女，右者捧印，左者扶劍，皆高1.8米。龕前桌上，右擺「皇封天后聖母」神位牌，高0.6米，邊緣刻雙鳳，前刻兩支小龍柱，左擺0.42米長玉如意。再前一桌，正中擺小型媽祖坐像，高僅0.45米；兩側各放一隻長僅0.53米之小船。第三桌所置一樣。龕頂橫形長匾，木刻通雕古代人物。龕之兩旁，則木雕花鳥。皆雕藝出眾。龕之南側，置媽祖臥房，內放一張眠床。龕之北側，置媽祖修妝房，內放修妝檯、櫥等。
宮外大埕，面對通往吳平寨之環島公路，近在咫尺，往外是鹽場、大海。埕約1000平方米，築有石欄杆圍牆，各小石柱之間置刻花鳥之石板。埕上擺有一對大石獅，各築石臺座高約1.2米，臥獅高0.9米，皆青色，頭相向。據耆老雲，南面者石獅，在日寇侵佔時，於石獅旁搭的篷寮為彈藥庫，夜間因燭倒引起火災，石獅被燒得通紅，倒水滅火時，也向它潑水，結果石裂獅毀。1984年即於「文革」後首次修廟時，請人重刻一尊卻與原存者不相稱，再從莆田購石並請石匠來此現場再刻，其頭部向北，規模、形態等才與原存者配稱。外埕有3株參天大古榕（另一古榕約於1995年八月初八被強颱風拔起，而補種），據說自建廟時栽種至今，被譽為「媽祖梁傘」。
宮門外北側近處，豎立明朝萬曆甲午（二十二年即1594年）正月，南澳副總兵陳璘撰文所立《南澳山種樹記》（碑高2.25米，闊0.96米），為我國古代軍隊綠化海島的珍貴文物，陳璘在韓國的後代曾來參觀。還立有近幾年發現「署粵閩南澳海防軍民府加十級紀錄十次章」，於「道光二十九年六月 日示，發帖深澳天后宮前」，《嚴禁加增販船換證繳費碑記》（高1.1米，闊0.45米）。此是古代文官，以民為本，關注海島民生的重要體現，十分寶貴。媽宮東側數十米近處，有宏大的鄭芝龍（鄭成功之父）石坊，更是粵東明代遺存石坊規模之最。（林俊聰）