宋代儒者多認同焚香祭祖。比如二程說：「凡祭，灑掃廳事，……焚香請曰：孝孫某，今以仲春之祭，共請太祖某官、高祖某官、曾祖某官、祖某官、考某官，降赴神位。奠酒焚香，……事畢，焚香曰：祭祀已畢。」在其編寫的祭祀儀式中就反覆強調在祭祀祖先中焚香祈禱。其實在宋代諸多的儒家儀式中都用到了焚香。比如朱熹論述的祭祀儀式中也採納焚香，「昔侍先生見早晨入影堂焚香展拜，而昏暮無復再入，未知尊意如何。」也就是進入影堂祭祀先祖的時候是要焚香的。再如：「南北向贊引獻官詣，盥洗之南北向立，盥手帨手升，焚香再拜。」
呂祖謙制定的婚禮祭禮中也採納焚香，「期日壻氏告迎於廟，設酒果香茶，主人北向焚香酹酒俛伏興祝。……賓從主人見於廟，賓再拜上香又再拜，既見廟見女之尊長再拜，致辭又再拜，主人揖賓出賓主各就位酒，三行卒食，興女氏奉女辭於廟，亦設酒果香茶，主人亦北向立，焚香酹酒俯伏興祝。」也就是在迎親的時候告於廟，賓客隨從主人見於廟，女子辭別的時候辭於廟，都需要焚香祝禱。在祭祀中「質明主人以下，皆盛服盥手入廟，升自阼階焚香，告曰孝孫某今以仲春之祭。」呂祖謙主張在仲春祭祀的時候也要焚香禱告。也就是說在儒家的祭祀或者其他重要儀式中基本接受了焚香的習俗。
當然焚香習俗還有現實功效，即是可以清心安神。比如蘇軾的詩詞中涉及焚香安神：「肩輿任所適，遇勝輒留連。焚香引幽步，酌茗開靜筵。」「掃地焚香閉合眠，簟紋如水帳如煙。」朱熹的作品也很多這樣的詩詞，比如：「方丈翛然屋數椽，檻前流水自清漣，蒲團竹几通宵坐，掃地焚香白晝眠。」「客子歸來春未深，祗應寒雨罷登臨，閒窗竟日焚香坐，一假孤明見此心。」「竹間彼何人，抱甕靡遺力。遙夜更不眠，焚香坐看壁。」也就是說，佛教焚香的習俗被儒者接納用來祭祀或者安神。但是宋儒尤其是朱熹在骨子裡又有尊崇經典，否定在祭祀等正式儀式中焚香，認為焚香其實是佛教道教的東西，儒家正式的儀式不應該採納。
他說：「或以為焚香可當爇蕭，然焚香乃道家，以此物氣味香，而供養神明非爇蕭之比也。」又說：「溫公書儀以香代爇，蕭楊子直不用，以為香只是佛家用之。」朱熹主張家廟或者影堂祭祀採納儒家的做法，反對用焚香禱告，而是用茶水果品祭奠，他說「朔旦家廟用酒果，望旦用茶，重午中元九日之類皆民俗節，大祭時每位用四味，請出木主，俗節小祭，只就家廟，止二味。朔旦俗節，酒止一上，斟一杯。」可見朱熹在是否採納焚香祭祀的問題上具有矛盾的特點，既主張焚香祭祀，又批判這是佛老的東西，反對焚香祭祀。張載也反對燒香祭祀，他說：「祭則香茶，非古也。」這說明以朱熹為代表的儒者在宋代宗族文化重建中處於尊崇儒家經典與順應時俗的矛盾之中。宋代民間社會祭祀祖先除了焚香，還有焚紙的問題也為儒者所討論。
朱熹就明確指出祭祀祖先不應該焚燒紙幣，「先生每祭不燒紙，亦不曾用帛。先生家祭享不用紙錢，凡遇四仲時祭，隔日滌椅桌，嚴戒辨，次日侵晨，已行事畢。」也就是說朱熹祭祀是不焚燒紙錢的。在朱熹看來，焚燒紙錢是沒有根據的，儒家經典也沒有記載，沒有任何儒家義理作為支撐。「問祭祀焚幣如何？曰祀天神則焚幣，祀人鬼則瘞幣，人家祭祀之禮要焚幣，亦無稽考處。若是以尋常焚真衣之類為是，便不當只焚真衣，著事事做去焚，但無意義。只是焚黃。若本無官方贈初品，及贈到改服色處，尋常人家做去焚然亦無義耳。」而事實上這些論證反映了禮儀制度蕩然，人們不知道如何來處理這些習俗問題。有人就明確追問祭祀的禮儀問題：「或問祖宗非士人，而子孫欲變其家風，以禮祭之祖宗，不曉卻如何。曰如何議論得恁地差異，公曉得不曉得？」可見民間的禮儀制度根本沒有建立起來，民不知所措。
也就是說，民間社會焚燒紙錢祈禱神靈先祖成為了習俗，但是顯然違背儒家禮儀制度，也缺乏理論根據。對此儒者自然要提出反對意見。比如有人表彰呂伯恭不焚紙：「呂伯恭辦喪葬一切如禮經，除朝夕奠之外無一事，不焚紙錢，蓋其自信如此耳。」更有甚者，有儒者向皇帝提出禁止焚燒紙錢的習俗，在《乞禁焚紙札子》中指出：「臣嘗怪世俗鑿紙為緡錢，焚之以徼福於鬼神者，不知何所據依，非無荒忽不經之說，要皆愚民下俚之所傳耳。使鬼神而有之謂之慢神欺鬼可也。……臣願陛下斷然下焚紙之禁，斥其有害於農，無補於教，使愚民頓悟百千年習俗之非，不亦善乎。此臣所謂去之，而民實受其賜，則不可不去者也。若曰凡民之於神鬼孝子之於其先，必欲有以致意焉，則如釋氏經幡之類，量許焚化以貴賤為之限制，亦足以徇其情矣。」儒者對焚紙的習俗反感到了極點，要讓百姓認識到此上千百年習俗的錯誤，提出要皇帝下詔書從法律上禁止這種習俗。
事實上，焚燒紙錢祭祀神靈以及先祖已經是民間通行的習俗，如民間故事就記載焚燒紙幣祭祀死者的案例：「臨江城中金地坊，銀匠陳見負關會過於市者，嘆曰：『我等困苦止欠此馱耳，翼早盜殺負關會人慧力寺後山中。』捕司跡盜急，市荷擔行鬻懊餌者，以所聞陳語告捕司，鞫陳箠楚誣服，將受刑，辭其母曰：『為子不能終養，必宿冤債無可說者，望吾母焚紙錢於吾死處，告土神乞指引我到盜殺人處，又焚紙錢於盜殺人處，告土神乞指引我到殺人正賊之家。』母如其言。」通過焚燒紙錢祭祀死者來達到破解冤案的目的，間接說明焚紙錢風俗的盛行。
再比如有眾多的詩詞中就談論到寒食節等舉行祭祀並焚燒紙錢的民間習俗：「西原百五日，寂寞故松阡。挑飯瘞黃土，酹觴焚紙錢。」「春節前三日，江鄉正小年，歲時有如水，風俗不同天，家廟荒苔滑，誰人燒紙錢。」再如《寒食行》「草間燒紙樹間哭，羅列杯盤烏攫肉，侵晨祭罷薄暮歸。」「燒紙船頭祭水神，杯盤燈火夜青熒。」「細雨如塵復似煙，兩淮渡口各收船，南商北賈俱星散，古廟無人燒紙錢。」「燒紙錢數束，即是上塜。」「寒食家家送紙錢」等大量記載民間生活的詩詞說明這個時代焚燒紙錢與焚香一樣已經成為了民間普遍認可的祭祀先人或者拜祭神靈的儀式部分。
同時民間的習俗也為部分士大夫階層所認可，一些貴族高官認同焚香焚紙，說明這時候焚燒紙錢已經是相當普遍的習俗。比如：「以故事奏用賣故紙錢祠神以會賓客，皆一時知名士也。」士人居然通過在焚燒紙幣祭祀神靈來結交賓客，說明部分士人接受了焚紙這一習俗，部分儒者精英的反對沒有起到引導社會抵制這一習俗的作用。