北京師範大學李建會教授主持完成的國家社會科學基金項目《理解生命——生物學哲學前沿問題研究》（項目批准號為03BZX019），最終成果為同名專著。課題組成員主要有：馮留建、郭菁、張曉榮、洪帆、郭華慶、項曉樂、蘇湛。
生物學哲學是科學哲學的一個重要的組成部分。在當代科學哲學研究中，生物學哲學受到越來越多的學者的關注，在國外可以說是一個熱點領域。21世紀是生物學的世紀。生物學的最新發展和成就將對人類的思維方式和社會發展產生越來越大的影響，生物學因此將成為越來越多的哲學家的關注對象，生物學哲學也逐步成為越來越重要的哲學學科，開展生物學哲學前沿問題的研究對科學哲學的發展和生物學的發展具有重要的理論意義和現實意義。
生物學哲學是關於生物學成果的哲學蘊意及生物學的理論結構、概念框架、解釋方式、一般方法等問題的哲學學科。歷史上，生物學曾經對哲學產生重要的影響。古希臘時，亞里斯多德基於生物學的哲學思想影響了思想史兩千多年。近代以來，由於物理科學首先得到發展，因此，近代哲學主要建立在物理科學之上。19世紀，生物學開始走向成熟，但遺憾的是，在科學哲學領域，19世紀佔主流地位的仍然是基於物理科學的實證主義哲學。進入20世紀，以量子力學和相對論的建立為標誌的現代物理學革命深深地影響了當時的思想家們。當時的主流哲學家——邏輯實證主義者仍主要以物理科學為依據建立他們的新哲學。然而，從20世紀中葉開始，越來越多的人開始關注生物學的哲學問題，這一方面是邏輯實證主義衰落的結果，另一方面也是以DNA雙螺旋結構的發現為標誌的分子生物學革命的結果。生物學革命使生物學成為繼相對論和量子力學革命以來發展最快，成就最多的學科之一。因此，生命科學自然成為越來越多哲學家關注的對象。於是，有關生物學的哲學思考成為西方科學哲學討論的一個熱點的領域。在這種討論中，生命科學哲學作為一門學科逐步成熟，關於生命科學哲學的論文和著作大量出現。
從事生命科學哲學研究的主要有兩類人員，一類是對哲學問題感興趣的生物學家，他們帶有哲學性分析的生物學著作成為今天生物學哲學領域的重要的經典文獻；另一類是對生物學感興趣的哲學家，他們對生物學的關注和分析使生命科學哲學成為科學哲學的重要分支。我國的生命科學哲學研究自1949年以後，經歷了學習引進、曲折發展、開創新局面和面向世界四個階段。雖然我國生物學哲學研究有了一定的進展，但相對國際上的研究，我們的研究還有很大差距，因此，追蹤國外生物學哲學最新進展，並在此基礎上，對生物學哲學前沿問題提出自己的觀點具有重要的學術意義。
近來西方出版的幾乎所有生物學哲學的著作都以生物學與物理科學相比有什麼不同這個問題作為開始。圍繞這個核心問題，當代生命科學哲學研究有兩種主要的理論傾向：一種可稱之為分支論，認為，生物學在原理和方法上與物理科學並沒有什麼不同，而且未來的研究到了一定的時候會將整個生物學還原為物理科學；另一種可稱之為自主論，認為生物學是一門自主的科學，因為它研究的對象、概念結構和研究方法與物理科學根本不同。本課題圍繞分支論和自主論爭論的主線，從不同方面展開了我們的研究和論述。
功能解釋或目的性解釋被很多學者看作是生命科學區別與物理科學的重要的標誌，也被看作是生命科學自主性的根源。生物學中的功能解釋和目的論解釋有其合理性嗎？本研究在分析的基礎上說明了生物學中功能解釋和目的論解釋的合理性，並從生物系統的複雜性、決定論和非決定論等哲學視角說明功能解釋和目的論解釋與因果解釋的關係，以及生物學自主性的原因。
傳統科學哲學把規律（或定律）看作是科學理論結構的核心，可是當代生物學的理論現實卻告訴我們在生物學中很少用到規律（或定律）二字，沒有任何一門生物學學科可表述成類似牛頓力學和愛因斯坦相對論那樣的規律體系。一些思想家因此認為生物學中不存在規律，因為生物客體具有歷史性、特異性和複雜性等特點；另一些思想家則竭力為生物學中存在規律辯護，因為特異性中有一般性。本課題從不同方面較詳細地論述了正反兩方面論證的依據，並對各種觀點進行了比較分析，認為生物客體的歷史性、特異性、複雜性等特徵雖在理論根基上不能否定生物學規律的存在，但卻為生物學理論與物理學理論相比較少表述為規律形式提供了說明。
生命的本質問題是生物學哲學爭論的重要問題。本課題討論了生命難以定義的各種原因，論述了定義生命的兩種主要方法：實體定義方法和功能定義方法，分析了新陳代謝說、自創生說、靈活適應說等生命定義理論的優點和問題，提出並論證了生命的信息定義。
還原論和突現論是當代生命科學哲學爭論的一個核心問題，因為這個問題可以說是一個「最哲學的哲學問題」，任何涉及本體論和方法論的著作若不涉及這個問題，都可以說是不全面的。因此，本研究討論了還原概念和突現概念的歷史發展，分析了它們各自的認識論和本體論原因，指出了它們各自的優點和局限，最後指出了超越它們的途徑。
進化論的哲學問題是生命科學哲學中爭論最多的問題之一。進化論的哲學涉及很多問題，本研究先討論了西方學界廣泛爭論的進化論理論形式的統計特徵與進化過程的決定論和非決定論的關係問題。我們認為，進化論的統計特徵並不能推導出進化過程是非決定論的，因為微觀層次的決定論的過程也能導致宏觀層次的非決定論。進化論統計特徵主要根源於進化系統的複雜性。
自然選擇的單位和利他主義進化問題是進化論哲學爭論的又一個焦點問題。如果自然選擇的單位是個體，利他對個體就是不利的行為，因此利他主義就不可能存在，但利他主義在生物界的廣泛存在是人所共知的事實。為了解釋利他主義產生的生物學機制，有學者提出選擇的單位不是個體而是群體，也有的學者認為只有基因才是真正的選擇單位。本研究認為，多層次選擇學說才能完好地解釋利他主義的進化問題。
文化進化是生物學哲學討論的又一個重要問題，本研究對社會生物學視野下的文化進化問題進行的討論。社會生物學理論經歷了三個發展階段：遺傳決定論，「基因-文化協同進化」理論，以及「meme-基因共同進化」理論。社會生物學理論利用自然科學方法研究社會文化現象，深入分析了生物進化和文化進化的相互作用機制，具有積極的意義。但是其理論含有生物決定論傾向，即使後期的meme理論把文化進化從生物進化的束縛中解放出來，強調了文化的自主性，但是還不很成熟，面臨著許多目前不能解決的難題。社會生物學自產生以來在國際學界產生了廣泛的影響。作為文化進化的一個範例，本課題還研究了社會生物學在傳入中國的過程中與中國社會的意識形態和文化思想的碰撞和融合的過程。
人類基因組序列的測定是世紀之交的重大科學突破。它不僅可以推動21世紀生命科學的革命性發展，而且具有重大的經濟價值。人類基因組序列的測定和進一步破譯，也給人類提出許多新的社會倫理問題。本研究分析了人類基因組研究的價值及其所可能引起的倫理和法律問題，並就部分問題作了具體說明。
從1997年克隆羊的消息被公布到2005年聯合國大會通過《聯合國關於人類克隆宣言》，關於複製人的爭論的各方觀點此消彼長。雖然「宣言」敦促各國政府禁止一切形式的人類克隆，包括用於幹細胞研究的人類胚胎克隆，但由於這是聯合國在制定全面禁止複製人立法遇到困難時而制訂的一份沒有法律約束力的政治宣言，因此，關於複製人問題還將繼續爭論下去，許多問題還需要人們作深入的和公開的討論。本研究總結了多年來關於人類克隆的主要爭論和觀點，並揭示了這些爭論給我們的啟示。
人工生命是20世紀80年代末90年代初興起的一門富含哲學思想的新科學。本研究先指出了人工生命研究的意義以及人工生命涉及的主要哲學問題，然後從「實體和形式」的關係、生命中的「新陳代謝」的真正意義、多重實現的可能性，「鞋子-蒼蠅謬誤」的條件等角度論證了強人工生命的可能性，還運用分析的方法，論述了數字生命的實在論地位，並在此基礎上進一步提升，提出並論證了計算主義的世界觀。
本課題成果是國內外比較全面系統探索生物學哲學前沿問題的著作，對推動生物學哲學以及一般科學哲學的發展具有重要的學術價值；其中關於生物學中的目的論解釋、生命本質、人工生命、還原論和突現論、進化論統計特性根源的哲學解釋等，對生物學本身的發展也具有重要的方法論價值；關於人類基因組和複製人研究倫理問題的闡述對生物學家遵循科學研究的人本規範也具有重要的實際意義。