皇貴妃賈元春得天子隆恩準備回家省親，雖然是自家的女兒。但進入皇宮成為帝王家的成員後便與娘家人有了君臣尊卑之分，迎接貴妃回家除熱烈隆重外還必須依照很高的規格。周貴妃、吳貴妃也是在同一時間回鄉省親，他們的家人都是早早地動手開始修建省親別院。賈府得到消息後，也忙作了一團，大興土木，耗資巨大，修建了佔地龐大的大觀園，其中亭臺摟閣，假山花園，河流舟輯，奇珍異獸應有盡有。另外還買了十三個年輕的尼姑、道姑來點綴大觀園中的「寺院丹房」的風景。
妙玉是浙江蘇州人，其家原來也是大官僚家庭，富有程度甚至還在賈家之上，但是後來遭大變故，父母獲罪雙雙而亡。她幼時多病，家中就花錢請替身出家，但仍然不見好轉，最後乾脆自己出家帶髮修行，說來也怪，病也居然就此好了。父母在獲罪後自知不能倖免，就讓她帶了許多的奇珍異寶，以及一個丫環，兩個嬤嬤，三個世僕，以入佛門之名，偷偷遠避他鄉，開始孑然一生的人生跋涉。妙玉來到京城後，一直就在西門外牟尼院住著，賈府的僕人向王夫人推薦妙玉，說她「文墨極通，經典也極熟，模樣也極好。」
王夫人考慮到她曾有過的特殊背景，沒有象對待其他十二個小尼姑、小道姑那樣去花錢買，而是專門下了個請貼，並派人用車轎將她主僕三人接進了大觀園來。妙玉極有才華，而且長相漂亮，身雖飄零而尊貴氣度不減，其家雖敗而財富猶存，在進大觀園後，隨身帶著的一些茶具，均是稀世的古玩珍品，連賈府中也是沒有的。她家庭慘遭巨變，自己又亡命天涯，淪落為了寄人籬下的孤苦女子，只能以高傲，清高來掩飾自己內心的痛苦與悲涼，維護自己曾經的尊嚴。
妙玉依然保留著以前貴族小姐的生活習慣，有著嚴重的潔癖，她的泡茶水平是一流的，而且極為地講究。她為賈母奉茶時，用的是「舊年蠲的雨水」，在請寶釵、黛玉喝茶時.黛玉問：「這也是舊年的雨水？」
妙玉冷笑道：「你這麼個人，竟是大俗人，連水也嘗不出來！這是五年前，我在玄墓蟠香寺住著，收的梅花上的雪，統共得了那一鬼臉青的花甕一甕，總捨不得吃，埋在地下，今年夏天才開了。我只吃過一回，這是第二回了。你怎麼嘗不出來？隔年蠲的雨水，哪有這樣清淳？如何吃得？」
連黛玉這樣才華出眾，自視很高得人也被妙玉貶為大俗人，依黛玉的性格竟也沒敢還嘴。寶玉對黛玉一片痴情，可黛玉卻不知珍惜，時常耍小性子與寶玉吵鬧，這讓妙玉未免憤憤不平，所以偶爾會在言語上奚落她一下。
寶玉是個愛玩鬧的人，除去不喜讀四書五經，厭惡功名利祿外，其它方面他都還是喜歡的。自大觀園中有了寺院與道觀後，他常來這裡，與妙玉等人也漸漸熟悉起來。妙玉在如花年華，就不得不被迫開始與青燈古佛、暮鼓晨鐘長相伴，但是雖然如此也無法掩住她那少女的春心萌動，無法擋住她對愛情的朦朧渴望，妙玉是信佛的，而寶玉也討厭人間俗世，這與妙玉有精神上的共鳴，引起了她對寶玉的愛慕和鍾情。妙玉只是一個帶髮修行的居士，並不是嚴格意義上的出家人。她隨時可以還俗。黛玉，湘雲，妙玉三人在最後一年的中秋夜聯詩時，妙玉這樣說了一句：「如今收結，到底還該歸到本來面目上去。若只管丟了真情真事且去搜奇撿怪，一則失了咱們的閨閣面目，二則也與題目無涉了」。「咱們的閨閣面目」？妙玉在聯詩到興頭時和看到寶玉時，就少女心爆棚了。
劉姥姥二進榮國府時，與眾人都慣了，尤其是得到了賈母的喜歡。一天午飯過後，賈母帶著劉姥姥等一群人去妙玉那裡喝茶。妙玉親手泡了一杯茶給賈母，用的是「成窯五彩小蓋鍾」，這種茶具價值達百金，而且還極難買到.賈母吃了半盅，順手遞給劉姥姥，說：「你也嘗嘗」，劉姥姥便一口吃盡，笑道：「好是好，就是淡些，再熬濃些更好了。」
賈母眾人都笑起來.劉姥姥是一個鄉下農婦，哪裡懂得茶的好壞呀，全當飯後解了渴。妙玉有潔癖，就因為劉姥姥用了一下這個杯子，她就執意要把這個昂貴的杯子扔掉。這潔癖也潔的太過分了吧？可能是劉姥姥那一口的大黃牙讓妙玉覺得很噁心。寶玉看不過去，連忙賠笑勸說與其扔了，還不如送給劉姥姥算了。妙玉這才悻悻地說：「這也罷了，幸而那杯子是我沒吃過的，若是我吃過的，我就砸碎了也不能給他。你要給他，我也不管，你只交給他，快拿了去罷」。至於妙玉自己喝過茶的杯子，她是不會給任何人用的，哪怕是整個賈府中最尊貴最有權勢的老祖宗。妙玉對劉姥姥很反感，因為一個根本不懂茶道的鄉下老婦居然妄加評價她的茶藝。招待一下賈母是可以的，招待劉姥姥妙玉是心有悽涼的。
大家都在一起喝茶時，妙玉悄悄拉了寶釵黛玉去她的耳房內喝「體己茶」。妙玉非常清高，目中無人，她不得不敷衍一下賈母，然後就叫上整個賈府中她唯一看得起的釵黛二人到自己的臥房中喝最好的茶。可巧被寶玉看到了，寶玉是個不講規矩的人，也尾隨著跟了進來。依妙玉的性格，要是別人不經邀請就進來早被趕了出去，何況還是個男子進她的臥室，妙玉給釵黛二人用的是兩個奇珍的古玩茶杯，上面都刻有很久前朝代的古字。那麼給寶玉用的是什麼呢？「將前番自己常吃茶的那隻綠玉鬥來斟於寶玉」，也就是說，她拿她自己用來喝茶的茶具來讓寶玉用，呵呵，這次她可不怕髒了，更不避男女之嫌了，其情其意可謂濃矣，深矣！聊天之中，寶玉隨口誇了一下她的茶具好，她就「十分歡喜」，還和寶玉說笑了幾句，然後板著臉跟寶玉說：「你這遭吃茶，是託她兩個的福，獨你來了，我是不能給你吃的」。嘻嘻，簡直是此地無銀三百兩嘛。清代王希濂評說，這是「假撇清語，轉覺欲蓋彌彰。」
冬日之時，大雪下了一尺多厚，整個天地間都是銀裝素裹，寶玉和眾姐妹們在蘆雪亭烤鹿肉吃，飲酒連句吟詩。一輪下來，寶玉才思不夠敏捷，連句最少，依律該罰。出題限韻的李紈說看到櫳翠庵的紅梅漂亮，想折一枝來插瓶。但是她說她討厭妙玉的為人，從不與之來往，就罰寶玉去妙玉那裡要一枝紅梅回來。因為李紈也清楚，只有寶玉去才能要回來。寶玉就要走時，「湘雲黛玉一齊說道：『外頭冷得很，你吃杯熱酒再去。』於是湘雲早執起壺來，黛玉遞了一個大杯，滿斟了一杯……」。由此可見湘黛二人是多麼的愛寶玉。寶玉取回來後，眾女就以這枝梅花為題作詩，寶玉則作了首名為《訪妙玉乞紅梅》的詩，全詩為：
酒未開樽句未裁，尋春問臘到蓬萊。
不求大士瓶中露，為乞孀娥檻外梅。
入世冷桃紅雪去，離塵香割紫雲來。
槎丫誰惜詩肩瘦，衣上猶沾佛院苔。
這首詩是寶玉口授黛玉執筆寫的。當寶玉念道：「尋春問臘到蓬萊」這一句時，黛玉、湘雲都點頭笑道：「有些意思了」。這是她倆在暗笑寶玉，因為眾人都看得出來妙玉對寶玉有深情。這種真情流露很美好，美好到黛玉都不會吃醋，而是理解與欣賞。寶玉要去取梅之時，李紈要派人跟著，被黛玉攔了下來，說：「不必，有了人反不得了。」寶玉把妙玉的住處比喻成神仙居住的地方，這是易於讓人浮想聯翩的，隨後的一句寶玉說他不是為求觀音大士的妙藥，而是求那孤獨寂寞的嫦娥的「檻外梅」，妙玉在賈府中常稱自己是「檻外人」，而檻外梅無疑暗指妙玉，所以引起黛玉和湘雲地嘲笑。
寶釵是穩重之人，縱然內心知道此事也假作不知。黛玉和湘雲也是與寶玉有感情糾葛的人，黛玉是小性子，湘雲則豪邁，所以二人忍不住出聲而笑，寶玉取回紅梅後笑著說：「你們如今賞罷，也不知費了我多少精神呢。」黛玉作詩就算很好了，但若和妙玉相比還是差了一些，估計寶玉去了之後，妙玉非拽住他和自己聯句對詩，然後才讓他取走紅梅。而且僅這樣還不夠，妙玉約定了寶玉送回紅梅後還得再來第二次。
鳳姐兒也不等賈母說話，便命人抬過轎子來。賈母笑著，攙了鳳姐的手，仍舊上轎，帶著眾人，說笑出了夾道東門。一看四麵粉妝銀砌，忽見寶琴披著鳧靨裘站在山坡上遙等，身後一個丫鬟抱著一瓶紅梅。眾人都笑道：「少了兩個人，他卻在這裡等著，也弄梅花去了。賈母喜的忙笑道：「你們瞧，這山坡上配上他的這個人品，又是這件衣裳，後頭又是這梅花，象個什麼？眾人都笑道：「就象老太太屋裡掛的仇十洲畫的《雙豔圖》。」賈母搖頭笑道：「那畫的那裡有這件衣裳？人也不能這樣好！一語未了，只見寶琴背後轉出一個披大紅猩氈的人來。賈母道：「那又是那個女孩兒？眾人笑道：「我們都在這裡，那是寶玉。」賈母笑道：「我的眼越發花了。」說話之間，來至跟前，可不是寶玉和寶琴。寶玉笑向寶釵黛玉等道：「我才又到了櫳翠庵。妙玉每人送你們一枝梅花，我已經打發人送去了。」眾人都笑說：「多謝你費心。」
寶玉回到蘆雪亭，作完了詩，正好賈母來了，趁著眾人陪老太太，他履行前約，悄悄地溜了出來，又去了櫳翠庵。賈母在蘆雪亭吃了點東西，和眾人「說笑了一回」然後帶著大家去了惜春那裡看畫兒，接著鳳姐又來請吃晚飯，賈母等人出去了惜春房間在去院子的途中，才撞見了寶玉。這中間足有一個時辰，寶玉在妙玉房間呆了那麼長時間，雖然不知他倆幹了些什麼，但妙玉肯定是特別高興的，芳心大悅，不然不會給每個人都分送一枝梅花，與眾人分享自己的喜悅。另外這也是妙玉在掩人耳目，堵眾人之口，不然大家定要追問寶玉去幹什麼了。王希濂評，「可見妙玉心中愛寶玉殊甚。前說不給茶吃是假撇清，此番分送紅梅亦是假掩飾。」
推究起來，在大觀園的眾多女兒之中，真正愛寶玉的，除了林黛玉之外，恐怕也只有一個妙玉了。寶玉在生日那天得到了妙玉的拜帖之後，他與刑岫煙議論妙玉時，岫煙笑道：「他這脾氣竟不能改，竟是生成這等放誕詭僻了。從來沒見拜帖上下別號的，這可是俗語說的『僧不僧，俗不俗，女不女，男不男』，成個什麼道理。」寶玉聽說，忙笑道：「姐姐不知道，他原不在這些人中算，他原是世人意外之人。因取我是個些微有知識的，方給我這帖子。我因不知回什麼字樣才好，竟沒了主意，正要去問林妹妹，可巧遇見了姐姐。」
妙玉是「為人孤高，萬人不入她目」的，但卻非常看重寶玉。寶玉是了解其中原因的，就是因為自己「是一個些微有知識的」。這個「知識」與今天的「知識」一詞意義是不同的，指的是一種悟性、覺悟。寶玉和妙玉在精神上是共鳴的，在理想上是一致的，他們的心靈是相通的，他們都蔑視世俗禮教，崇尚自然生活。寶玉是賈府裡唯一能理解妙玉精神世界的人，所以他才說妙玉是「原不在這些人中算，原是世人意外之人。」他兩實際上是同一種人。刑岫煙說她是「妄誕詭僻」，寶玉的日常行為更是荒誕不經，他不學「仕途經濟」，他厭惡鬚眉濁物，他看到燕子，就和燕子說話，看見水中的魚，就和魚說話。
寶玉過生日時，並沒有通知妙玉，但妙玉是惦記著的，特地一大清早就派人送來了一份賀貼，上面寫著：「檻外人妙玉，恭肅遙叩芳辰。」寶玉因不知回帖如何署名才能呼應「檻外人」，他對妙玉用這個詞感到納悶，莫名其妙，於是就去問黛玉，恰在路上碰到了去找妙玉聊天的刑岫煙，岫煙也是蘇州人，曾與妙玉做過十年的鄰居，妙玉還教過她讀書識字，妙玉清高孤傲，「萬人不如她的目」，所以岫煙對妙玉能這樣對待寶玉感到奇怪驚訝，柚煙「聽了寶玉這話，且只管用眼細細打量了半日，方笑道：「怪道俗語說的聞名不如見面，又怪不得妙玉竟下這帖子給你，又怪不得上年竟給你那些梅花。既連她這樣，少不得我告訴你原故，……」
岫煙指點完寶玉該如何在回帖上署名後,就依然沿著原路來找妙玉.通往櫳翠庵外的甬路竹叢青潤,桂花飄香,兩側各色秋菊怒放,一盆藕合色的瀑布菊,從東禪堂門外的山石上瀉下壯觀的花枝; 禪堂內纖塵不染,觀音大士像端坐正中央,供案上的宣德爐中,暹邏細香飄出嫋嫋的如輕煙,有著濃濃的麝香.西廂的書房中,整齊地擺滿著一架的書籍,旁邊還放著一架焦尾琴。此時妙玉身著佛袍，披著滿頭烏髮正閱讀一本詩集，岫煙一進門就笑著對妙玉說：「姐姐猜我剛才和誰聊來？」妙玉說：「看把你樂的，我猜不著。」 岫煙說：「是寶玉，姐姐原來對他一往情深吶。」妙玉臉一變道：「這話豈是能亂說的！」復又低頭想了想，不禁嘆道：「你我自小相識已有十年了，我也不瞞你，我家遭此大難，目前這樣的狀況我也知足了，縱有奢望，也不過是鏡花水月，但求自己心安」。岫煙聽了這話，也不禁想起自己的心事，黯然神傷，二人都不再語，只看著暹邏香一點點的燒完。
妙玉當尼姑只是為避難，並且還是帶髮修行，在心理上行為上她都沒有把自己當作入空門的人。但是她畢竟比寶玉還大著好幾歲，互相之間地位懸殊，所以她與寶釵、黛玉的想法並不一樣，她只希望能與寶玉有更進一步的情感交流或能有一段纏綿。賈母看見道觀院中「花木繁盛」，說「比別處越發好看。」寶玉看見櫳翠庵門內有「十數株紅梅如胭脂一般」盛放。妙玉精心護理著紅梅和花木，是她對紅塵的熱望與渴盼。妙玉早在蘇州玄墓蟠香寺住著時，就曾發生過「不合時宜」的事，也就是說她早已有過與他人的情感糾葛。她以各種方式向寶玉顯露自己的愛意，但最終也未能達到自己的心願。寶玉雖然厭惡塵世的一切俗規，但他對女性並沒有多少身體上的需求，他更願意與女孩子作精神上的交流，況且他的感情一心只撲在了黛玉身上。
春去秋來，一年一年過得也很快。妙玉在賈府渡過的這將近五年的時間當中，雖無愛情的滋潤，但吟詩彈琴，遊玩賞花，自己又很富有，所以日子過得也算寧靜悠閒。但是天下沒有不散的宴席，這個時候距賈府遭難被抄家已經很近了，各方面都顯出蕭條與敗落，又是一個大好的中秋月圓之夜，宴席散去之後，唯湘雲、黛玉無親人在身旁，也無法入眠，二人只好在一起互相安慰，互相憐惜，這時她們已終於明白了往日對自己百般呵護，熱情周到的寶姐姐原來一直在暗中排擠她們，這時大局已定，寶釵已成為寶二奶奶的唯一侯選人，寶釵也沒有必要再來應付她們了。
湘雲見黛玉獨自一人在亭子上對景感懷，倚闌垂淚，就安慰道：「你是個明白人，還不自己保養。可恨寶姐姐，琴妹妹，天天說親道熱，早已說今年中秋大家要一處賞月，必要起詩社，大家聯句。到今日便棄了咱們，自己賞月去了。……他們不來，咱們兩個人竟聯起句來，明日羞他們一羞。」黛玉見湘雲這般勸慰自己，也心有不忍，不想負了他們的豪興，就興致勃勃的同意與湘雲聯詩。當湘雲聯到「寒塘渡鶴影」時，林黛玉連贊此句好，就是太悲涼了，正當二人倦意已生，假山之後突然跳出一個人來，把她倆駭了一跳，原來竟是妙玉。妙玉笑道：「我也是一個人很寂寞，出來走走，沒想到碰到了你們，到我那裡喝茶吟詩罷！」
三人同去了櫳翠庵，湘雲、黛玉共作了二十二韻詩，而妙玉一口氣獨作了十三韻，因而湘雲黛玉讚賞不已，說：「可見我們天天是舍近而求遠，現有這樣詩仙在此，卻天天去紙上談兵！」三人這一次熬夜了，整整一晚，天快亮時，黛玉、湘雲才走。妙玉送人，向來人走便閉門，象那一次賈母她們品完茶走出櫳翠庵，妙玉只是「送出山門，回身便將門閉了」。而這一次，妙玉一整夜未睡，卻依然將她們「送至門外，看她們去遠方掩門進來」。她預感到了不祥的兆頭，也許這次分手後就不知哪天才能見到她們了，也許這種寧靜的生活以後將難得再有了。
不久之後，賈府終於事敗獲罪，榮寧二府中所有的人或被處斬，或被賣的，或被押入大牢，昔日繁華鼎盛的大家族一敗塗地。妙玉不是賈府的人，只是個暫居的尼姑，並未受到牽連，她搬出了櫳翠庵，在京城另找一處，悄悄地躲藏起來。
妙玉進賈府之前，在西門外牟尼院住著，她的師傅是一個「精演先天神數」的人，圓寂之時，囑咐她說：「不宜回鄉，在此靜候，自有結果。」林黛玉三歲時家中來了個癩頭和尚，說黛玉以後「除了父母之外，凡有外親，一概不見，方可平安了此一生」。結果她還是違背了和尚的警告，見了外姓親戚，寄人籬下，天天以淚洗面，最終自殺而亡。妙玉和她的情況相似，妙玉的師傅能窺測天機，說妙玉回鄉必不利，所以她謹遵師傅遺言，不返家鄉，滯留在京城。
但是隨著賈家案件調查的深入和擴大，將妙玉也牽扯了進來。妙玉送給劉姥姥的那個極為名貴的成窯蓋鍾，被劉姥姥的女婿賣給了古董商冷子興，冷子興又轉賣給了忠順王爺府。而冷子興卻是賈府王夫人的陪房周端的女婿，忠順王爺拷問冷子興，追索此成窯蓋鐘的來歷，牽三掛四，最終累及了妙玉，查出她原來是犯官罪家之女，攜一部分財寶借空門遁身避難。
這時已找不到妙玉，不知她去向，忠順王爺於是以「窩藏欽犯」的罪名將已成為獄街擊柝打更的更夫賈寶玉再次捕入獄，準備治以重罪。此案尚未完結，忽有聖旨下，命忠順王爺為欽差大臣，往浙江沿海驗收海塘工程，忠順王爺不敢怠慢，收拾行裝，沿運河南下到達浙江。
再說妙玉，聞知寶玉因自己而再次下獄，可能將要被流放三千裡，她不顧自己安危，置師傅臨終遺言叮嚀自己「不宜還鄉」於不顧，火速乘船趕到浙江，帶著財寶向忠順王爺自首。忠順王爺審問妙玉時，驚訝於她的容貌與才華，在放了寶玉後，強行將她納為自己的小妾，肆意蹂躪。妙玉萬沒想到自己竟會有此一劫，不過這時想脫身也已來不及了。
一開始她還拼命反抗，但看到這樣做根本無濟於事，就忍耐了下來，假意順從，時間一長，忠順王爺以為妙玉死心踏地地跟了自己，就放鬆了對她的看管。妙玉則做好了充分的準備，一次假借去廟裡上香，從半路上就逃脫了。忠順王爺強佔妙玉是一件違法行為，他也不敢大張旗鼓地去找尋，這個事也就不了了知了。妙玉逃出魔掌，去了西山腳下的一座廟宇中隱居。
後來湘雲也從買她的那家逃出，一路上乞食回到京城，被妙玉發現並收留，然後通知了寶玉使得他們二人重新聚首。寶玉湘雲成婚之後的那年春節的晚上，他們一起來到廟宇裡看望妙玉，三人均是淚流滿面，寶玉和湘雲起身向妙玉深深一拜，妙玉含淚忙將他們扶起。三人回憶起往事來，又是悲又是笑，小小房舍中充面著溫馨的氣息。在大觀園最後一年的中秋夜，妙玉、湘雲及當時還在世的黛玉，他們一起吟詩聯句，是妙玉收的尾，湘雲還一直收藏著妙玉的收尾詩，這時取了出來送於妙玉。詩的內容連妙玉自己都不大記得了，這時再讀舊作，仿佛又回到了昔日那繁華熱鬧的大觀園：
香篆銷金鼎，胭冰膩玉盆。
蕭增嫠婦泣，衾倩待兒溫
空帳懸文鳳，閒屏掩彩鴛。
露濃苔更滑，霜重竹難捫。
猶步縈紆沼，還登寂萬原。
石奇神鬼博，木怪虎狼蹲。
贔屓朝光透，罘罳曉露屯。
振林千樹鳥，啼谷一聲猿。
歧熟焉忘徑？泉知不問源。
鐘鳴櫳翠寺，雞唱稻香村。
有興悲何繼，無愁意豈煩？
芳情只自譴，雅趣向誰言！
徹旦休雲倦，烹菜更細論
妙玉微笑著說：「唉！『徹旦』是真應當前，只是『烹茶』卻是沒有了！」
凌晨，妙玉與寶玉夫婦話別，送他們遠去。至此，妙玉對人世間再無任何的留戀，從此真正的遁入空門與佛主長相伴了。
《世難容》：
氣質美如蘭，才華馥比仙；天生成孤僻，人皆罕。你道是啖肉食腥羶，視綺羅俗厭，卻不知好高人逾妒，過潔世同廉。可嘆這青燈古殿人將老，辜負了紅粉朱樓春色闌！到頭來，依舊是風塵骯髒違心願，好一似無暇白壁遭泥陷，又何需王孫公子嘆無緣？
欲潔何曾潔，雲空未必空。
可憐金玉質，終陷掉泥中！
這兩段是《紅樓夢》第五回中，賈寶玉神遊太虛境，在警幻仙子處所看到對妙玉的預言和判詞。
刑岫煙那一次向寶玉介紹妙玉的情況時，其中有一句話說：「（妙玉）又常贊文是莊子的好。」妙玉和莊子一樣，崇尚自然和諧。她對政治和權利沒有興趣，對社會、世俗、名利也都已看破；她不合群，自願在邊緣生存，享受那份孤獨。但因為她能與天、宇宙達到和諧，她又覺得自己很有尊嚴，覺得自己在品味和價值上遠遠高於世俗之人。清代徐瀛在《妙玉贊》中高度評價道：「妙玉壁立萬仞，有天子不臣，諸侯不友之概。」
妙玉雖不得不依附於賈府，但她卻與鐵檻寺的靜虛、水月庵的智通、地藏庵的圓心等人有著本質的區別。靜虛曾挑唆王熙鳳弄權鐵檻寺，謀財害命；智通曾助王夫人讓芳官那樣的美優憐歸於水月，同時圓心也把蕊官和藕官帶到了地藏庵。妙玉則始終保持著閒雲鶴般的高傲姿態，從不對權貴們迎合諂媚。
妙玉在蘇州修行時的居所叫「蟠香寺」，她在賈府的居所叫「櫳翠庵」，一個含香，一個帶色，這都體現了妙玉的「雲空未必空」，她雖身處禁忌之地，卻仍然無法壓制住自己青春萌動的天性，這是早已暗含了他對寶玉的情緣難了之意。
妙玉蔑視權貴，但卻不得依附於賈府，她遁入空門，卻又不自覺地心繫紅塵；她身為尼姑，卻依然保持著貴族小姐的氣度，通過妙玉充分地體現了人的獨立個性與社會束縛之間的強烈衝突。妙玉以極度冷漠的高傲，來壓抑心底的欲望，她活的如冰雪般潔淨，也像冰雪般悽美。妙玉是賈府群芳中最為特殊的人物，她的品茶，贈梅、聯詩和傳遞彩箋等行為，顯示出了文人雅士的高潔志趣，她的言行和她的情感為《紅樓夢》這部巨著增添了靚麗的色彩和雋永的韻味。
金陵十二釵正冊的排名順序是：林黛玉、薛寶釵並列第一、第三賈元春、第三賈探春、第五史湘雲、第六是妙玉，第七是賈迎春、第八是賈惜春、第十巧姐、十一是李紈、十二是秦可卿。這十二個人物，除了妙玉之外，其他的都是四大家族中的顯赫人物，曹雪芹將妙玉列在第六位，甚至還排在了王熙鳳之前，可見作者對這個人物是多麼的鐘愛，而這也說明了妙玉在已丟失的數十回中將有著很重要的戲份。
1、高鄂補後四十回時，就沒有曹雪芹那樣的妙筆深意了。第八十七回中，寫寶玉玉偶與妙玉相逢，妙玉見了寶玉「突然把臉一紅」，「微微把眼一抬，看了寶玉一眼，復又低下頭去，那臉上的顏色漸漸紅暈起來」，「痴痴的問寶玉道：你從何來？」後來回到禪房後，坐到蒲團上還是心猿意馬。
2、對描妙玉最後結局的描述，採用的是周汝昌與劉心武二人的研究.
靖藏本在第四十一回，妙玉不收成窯杯一節的眉批寫有：「妙玉偏僻處。此謂過潔世同嫌也，他日瓜州渡口勸懲不哀哉屈從紅顏。固不能枯骨口口口。」
「哀哉」之後的文字錯亂，周汝昌先生校訂為：紅顏固不能不屈從枯骨。」
這裡為我們提供了一個妙玉在八十回以後的一個情節：妙玉曾被迫嫁給了一個「枯骨」，一個老朽不堪的人。