南京大學的前身也為教會大學。
教會大學的出現，在19世紀末。
隨著清政府籤訂喪權辱國的條約，外國教會也湧進國門，一些傳教士開始創辦學校——它們成了教會大學的雛形。
經過幾十年的努力，國內的教會大學數量可觀，例如：燕京大學、聖約翰大學、齊魯大學、滬江大學、金陵大學、東吳大學、嶺南大學、金陵女子文理學院、華南女子文理學院，它們分布在華東、華北、華南、西南各地。
雖然它們規模一般不大，學生數量不多，但辦學質量非常高。
資格較老的聖約翰大學就是一例。
這所大學的前身，是1879年美籍猶太人施約瑟創辦的上海聖約翰書院，1896年改成滬上惟一的高等學府，1905年就在美國華盛頓州註冊，辦的教育比美國還要美國化，有「東方哈佛」之雅稱，學生多是政商名流的後代或富家子弟。這所牛氣沖天的學校，直到1947年才向國民政府註冊，是最晚在中國註冊的教會大學。
聖約翰大學創下了民國教育的多項第一，尤其是體育教育遙遙領先。畢業於聖約翰的林語堂就是一位體育健將，曾經在學校創紀錄地一次上臺領獎四次。還有張愛玲、
鄒韜奮、顧維鈞、宋子文、榮毅仁、劉鴻生、貝聿銘、施肇基……都是該大學的學生。
比聖約翰毫不遜色的還有金陵大學。從這所位於南京的教會大學走出來的著名校友同樣數不勝數，如教育家陶行知、諾貝爾文學獎獲得者賽珍珠、哲學家方東美、文史學者程千帆等。
另外還有東吳大學，它很早就採用模擬法庭教學，所有的課本都是美國大學的原本，培養了一大批法學家。在「二戰」後的遠東國際軍事法庭上，中國法官大部分都出自東吳大學。以至於很多學生都衝著法學報考此校，連金庸也是。這所大學部分校友於1949年遷臺後，其法學一脈香火仍存，依然是全臺翹楚。
這些教會大學，使中國高等教育與西方的差距一下子縮短了幾百年，使中國高等教育迅速融入了現代高等教育的大潮。它們中的佼佼者，水平接近了同時代歐美一般大
學的程度，成為中國高等教育的一支重要力量。
據史料記載，第一批享受庚子賠款獎學金的絕大多數留學生，都曾在教會學校學習過。
不過，教會大學在中國前後遭遇了兩次劫難。
首難是抗日戰爭。日本的侵略對教會大學造成的嚴重衝擊，使學生大量減少，此後這些學校大多跟著中國軍民大撤退，遷往雲南、四川、貴州等後方，在漫長的歲月中承受了戰時的困苦與艱險。
1937年底南京失陷後，金陵大學和金陵女子大學倉促撤離，大部分師生長途跋涉來到成都，避難於華西協和大學校園內；聖約翰大學和滬江大學都搬到租界內繼續開辦；東吳大學與之江大學也分別遷到上海租界，這幾所學校聯合成立了基督教聯合大學。
這次劫難隨著抗戰勝利而結束，教會學校紛紛復校，並迎來了大發展的幾年。
然而，隨著新中國的成立，這些教會大學又遇到致命打擊。
毛澤東在《「友誼」，還是侵略？》一文中強調：「美帝國主義比較其他帝國主義國家，在很長的時期內，更加注重精神侵略方面的活動，由宗教事業而推廣到『慈善』事業和文化事業。」
抗美援朝戰爭爆發，國人反美情緒急劇高漲。新中國首任教育部長馬敘倫稱，今後不再允許外國在中國境內辦學。
1951年1月，中央政府頒布《關於處理接受美國津貼的文化教育機關的指示》，各教會大學宣布與國外教會脫離關係。
即便如此，也沒能挽回它們消亡的命運。
1952年，全國各大高校院系進行大調整，除了合併重組高校系科外，私立大學全部被改為公立，還根據蘇聯教育模式設立大學結構。在這次院系大調整中，所有的教會大學悉數被解散，院系併到相關院校中。原有的美籍校董及他們在校的行政職務均被解除，外籍教師被辭退。
到1952年底，大多數外籍教師和行政管理人員已離開中國。與此同時，最早一批蘇聯教育專家來到中國，其中有98人被聘為大學顧問。
燕京大學的文科、理科併入北大，工科併入清華，校址「燕園」成為北大的校園。
聖約翰大學院系分別併入復旦、交大、同濟、華師大，原址上建起了華東政法學院。
之江大學院系併入浙大、同濟，在原址組建了浙江師範學院（杭州大學前身）
金陵大學相關系科併入南京大學，其校址成為南京大學的校園。
……
據說，在今天中國大陸每一所名校的背後，都能看到當年教會大學的影子。
它們不該被忘卻。