內質網（endoplasmic reticulum，ER）是由一層單位膜構成的囊狀、泡狀和管狀的網膜系統。根據其膜外表面有無核糖體存在，可分為粗糙內質網和光滑內質網兩種類型。內質網與核膜相連通，並與高爾基體在結構與功能上有密切關係。粗糙內質網可合成蛋白質。光滑內質網除有運輸由粗糙內質網所合成的蛋白質的功能外，還可合成脂類和固醇。內質網還是細胞內和細胞間物質與信息交流或運輸的通道。
高爾基體（Golgibody）是由許多扁平的囊泡構成、包著單層膜的細胞器，義大利學者C.Golgi於1898年發現，故名。它位於內質網和質膜之間。高爾基體與細胞的分泌機能有關，能夠收集和排出內質網所合成的物質，它也是凝聚某些酶原顆粒的場所。高爾基體還參與多糖和糖蛋白的合成，因此與細胞壁和細胞膜的形成有關。
核膜是細胞核與細胞質之間的界膜，由兩層膜構成。其外膜與內質網有相連部位，可進行物質交換。核膜上有許多核孔，蛋白質。核酸等大分子可從中通過。
液泡膜是包著液泡的單層膜，可控制液泡中溶質的進出，從而調節細胞的水勢。
微體（microbody）是由單層膜包裹成的球狀細胞器，是由內質網的小泡形成的，主要有過氧化體和乙醛酸體。過氧化體與葉綠體和線粒體一道完成光呼吸作用。乙醛酸體能將脂肪酸轉變為糖類。
溶酶體（lysosome）是泡狀結構，外面包著一層單位膜，其內部沒有特殊的結構，含有能夠水解糖類、脂類、蛋白質與核酸等幾十種酸性水解酶類。溶酶體是細胞內溶解大分子物質的細胞器，它既可分解由外界進入細胞的物質，如分解異物，消除病菌等；也可消化細胞內原來存在的物質，如解體的線粒體和其他細胞器的碎片。因此它具有防禦與營養的功能。