鄭成功為了開發臺灣島，鼓勵和組織大陸漢族人移居臺灣。鄭成功發現臺灣之所以落後，除了荷蘭殖民統治因素之外，還有其歷史原因那就是土地多、人口少。有鑑於此，他十分讚賞三國以來歷代的移民措施。他一方面鼓勵文武百官動員在大陸的家眷到臺灣定居；又一方面利用清政府當時實行「遷界」、把沿海30裡地區內的民眾遷往內地，以及名禁止商船、漁船出海的政策後群眾的不滿情緒，馳令各處沿海殘民，移將來臺灣，墾荒種地。在鄭成功的號召下，福建漳州、泉州及廣東潮州惠州等地民眾，相率東渡，帶來了農業和手工業技術，促進了臺灣的開發。鄭成功去世後，他的繼承人鄭經繼續推行鄭成功的移民政策。島上逐漸興起了潑海水曝曬為鹽、取土燒瓦、插蔗煮糖、燒木炭、搞紡織等等手工業技術，由此島上地曠人稀、生產落後、群眾生活貧困的狀況逐步得到了改善海上貿易，一向是鄭成功最為關注的大事。鄭成功在大陸時，就繼承了鄭芝龍經營海上貿易的傳統。他的商船，航行於日本、琉球及南洋八群島，並在國內的京師、蘇州、杭州、山東等地，設有五大商埠。經營財貨，是其軍需主要來源之一。鄭成功光復臺灣後，繼續通過各種渠道，與大陸沿海及日本、暹邏、交趾、呂宋等地進行通商和貿易。
鄭成功也十分重視向臺灣民眾傳播漢族先進文化。他把儲賢館、育胄館遷到臺南，又從兩館中抽調大批知識青年在各地設立鄉塾，教土民和百姓兒童讀書識理，高山族的大社多設有較大的鄉塾，兒童讀書聲響徹山谷
鄭成功開發和建設臺灣，總的精神是承認土地私有制，保護私有財產。這在生產低下、地多人稀的臺灣，是促進生產力發展的有效措施在鄭成功的倡導下，當時臺灣的土地關係，出現了寓兵於農的「營盤田」、文臣武將及其家眷的「文武官田」，鄭氏政權所有的「官田」以及土民和百姓私有的「私田」等等多種形式的封建生產關係，這與荷蘭殖民者統治時期實行的單一「王田」制相比，是一大進步，是適合當時生產發展需要的新型的生產關係。不幾年，臺灣生產力飛速發展，逐步接近了大陸的先進水平總之，鄭成功把臺灣的開發和建設推進到前所未有的規模，奠定了清代全面開發臺灣活動的基礎鄭成功頻繁統兵南徵北戰、東徵西討，戎馬生涯16年載，以及煩惱的國事、家事，積勞成疾，損害了他的健康。而他在光復臺灣之後仍然無隙養息，加之件件惱恨之事接踵而至，使他這位鋼鐵巨人再也支撐不住了。
清順治十五年（1658年）十六年，鄭成功從福建率領龐大舟師進攻南京，損兵折將，嚴重受挫之事，對性格倔強的他來說，是一次意想不到的、最為沉重的精神打擊。鄭成功怎麼也想不通，為什麼會失敗得如此之慘？他憂鬱寡歡，長時間內形成一個心病給鄭成功精神上巨大創傷的是他父親鄭芝龍降清之事。起初，鄭芝龍降清，對鄭成功來說覺得不可思議，一個堂堂正正、教子忠君報國的明朝名將，怎麼會暗中勾結清軍，且後來居然投入清廷的懷抱？在鄭清和議」期間，清廷把鄭芝龍作為向鄭成功勸降的王牌，扣押了十多年當鄭成功光復臺灣之後，鄭芝龍在清廷眼中已成為一個廢物。於是，便於順治十八年（1661年）十月初三，下令將鄭芝龍處死了。同時被處死的還有鄭氏一家10人，還掘了鄭氏的祖墳。鄭成功起兵之初，曾經發誓「大義滅親」；但終歸有父子之情，難以割捨；有養育之恩，暫且 未報。
第二年正月，亦即光復臺灣不久，鄭芝龍等家人11口被殺的噩耗和鄭氏祖墳被掘的消息，一塊傳到了臺灣，傳到了鄭成功的耳中。頓時，鄭成功如同五雷轟頂，頓足捶胸，悲痛欲絕，一時支撐不住，望著北方痛哭一場。他清醒之後，聽說是黃梧降清後，獻策讓清廷掘了鄭家的祖墳。他又向著黃梧所在的西方咬牙切齒，罵道:「生者有怨，死者何仇？敢如此結不共戴天之仇！倘一日治兵而西，吾不寸磔汝屍，枉作人間丈夫！」鄭成功的胸中堆積的一串串的怒氣，沒有得到宣洩，極大地傷害了他的身心健康，對鄭成功不幸之事，接踵而至。正當鄭軍歡慶光復臺灣之時，吳三桂將永曆帝從緬甸押回雲南，奉清廷之命，用弓弦絞殺致死。南明兵部司務林英，從雲南死裡逃生，越過海峽，來見鄭成功，講述了永曆遇害的經過，鄭成功大吃一驚！
鄭成功到臺灣後，多次催促在金、廈的洪旭、黃廷及兄長鄭泰等第趕快攜家眷遷居臺灣。但因臺灣初開，生活艱苦，水土不服，病者多四死，所以許多已到臺灣者很不安心。消息傳到廈門，許多人就藉故拒絕章遷臺。鄭成功聽了十分氣憤。不久又詐傳南澳鎮將陳豹降清，鄭成功又生氣了，密令周全斌徵殺陳豹。陳豹覺得冤枉，但又無處訴說，此乃鄭成功相逼，非已背恩，果真去投降了清軍，鄭軍失去一員名將。後來鄭成功又聽說兒子鄭經也不聽指揮，居然拘捕周全斌。更令鄭成功不能容忍的是，金、廈留守的諸將給鄭成功寫信，公開申明「報恩有日，候闕無期」，拒不執行他調動將領人臺的命令，為此，鄭成功心中既怨恨又憤怒，他怎能容忍出現如此局面？
更令鄭成功十分惱火的是，他收到了曾在明廷做過尚書的唐顯悅一封密信，信中揭露了鄭經的一件醜聞。鄭經在父親徵臺時，竟然暗中與四弟乳母陳氏私通，並且生了孩子。鄭經還欺騙父親鄭成功，詭稱侍妾為他生了孫子，讓鄭成功高興了一陣。唐顯悅揭穿了這件醜事，並且批評鄭成功「令郎狎而生子，不加飭責，反加賚賞。如此治家不正，安能治國？」鄭成功有口難言，頓時氣塞胸膛。過了半天，他遣人持令箭至金門，令與其兄鄭泰同到廈門，以其妻董氏治家不嚴之罪斬首，亦斬其子鄭經與所生孫子和乳母陳氏。黃廷、洪旭與鄭泰接到令箭後，商量只將陳氏及孫子殺了。鄭成功聽到票報說不行，又解下身上所佩寶劍交給使者，再去金門見鄭泰，要其照令而行。然鄭泰、鄭經等不僅不照令行事，而且還要部署軍隊與鄭成功進行軍事抗衡。鄭成功聞知，更加氣惱
五月初一，鄭成功偶感風寒，渾身乏力。他勉強登上將臺，持千裡鏡，眺望大陸是否有船來。五月初八，他自知病情嚴重，便命人取來冠帶，穿戴好，又登將臺眺望，不見蹤影，便回至書房，請出《明太祖祖訓》。這是朱元璋為子孫規定的禁令，提出的要求，目的是要大明朝萬年永固。鄭成功行禮畢，坐定，命左右進酒，折閱一卷，飲酒一杯。當折閱到第三卷時，他哀嘆道:「吾有何面目去見先帝於地下也！」以兩手抓其面而逝。這一天是公元1662年6月23日，終年只有39歲。中華民族的傑出英雄鄭成功 ，與世長辭了！