據臺媒報導，臺行政機構欲推動「組織改造」，近日更傳出原隸屬於該機構「二級機關」的臺北故宮博物院，因業務上並無執行「公權力」，未來或改隸屬於臺文化部門，成為「三級機關」。對此，島內許多專業人士深感不解，但只能搖頭嘆息。
追溯歷史，故宮博物院是在明、清兩代皇宮及其收藏的基礎上建立起來的中國綜合性博物館。第二次世界大戰全面爆發前夕，為了保護故宮文物不至遭戰火毀滅或被日本帝國主義掠奪，故宮博物院決定採取文物避敵南遷之策，先後運送至上海、南京、四川省的巴縣、峨嵋和樂山等地。直到抗日戰爭勝利後，文物於1947年運回南京。
自1948年底至1949年初，南京國民黨政府從南京庫房中挑選出2972箱文物運往臺灣，後於臺北市士林外雙溪建立新館，公開對外展出。所以臺北故宮博物院的地位也屬於世界級，是海外遊客赴臺灣旅遊首選，參觀人數的排名亦在全球前十名之列。
臺媒直言，數十年來，臺北故宮博物院就是直屬臺行政機構管轄，在臺灣立法機構、監察機構監督下如常運作。在還沒有文化部門之前，等同一個部門的地位存在，與各單位平起平坐。
26日，臺文化部門於臺立法機構進行項目報告，多位民代針對臺北故宮博物院一事進行質詢。
民進黨籍民代黃國書說，全世界的博物館都屬於文化部門，只有臺北故宮博物院是屬於臺行政機構，現在的編制會讓博物館的配置有問題。消息傳出後，有人擔心此舉會矮化臺北故宮博物院。此外，一旦改制，臺北故宮博物院是否會改名也引起疑慮，還有人說臺北故宮博物院北院可改名為「華夏博物館」，南院可改名為「亞洲博物館」。
「
真的假的？
」
對此，臺文化部門「政務次長」蕭宗煌說，目前沒有任何討論，至於「降級」說法，他稱博物館是文化機構，很難用行政層級論定。
對於臺北故宮博物院被改名降級，國民黨籍民代林奕華表示，25日剛好與臺北故宮博物院院長吳密察會面。吳密察表示，目前尚未接觸此一議題，只是接到臺行政機構的來電，詢問了他關於全世界各個博物館的組織狀況如何的問題。林奕華還認為，臺北故宮博物院應維持現有狀態、不該併入臺文化部門。
26日，臺灣《旺報》報導稱，在傳出臺北故宮博物院擬改隸屬於臺文化部門的消息後，臺北故宮博物院前院長馮明珠希望「『政府』要三思！」馮明珠稱，臺北故宮博物院涉及的專業極廣，編制遠比臺文化部門大，併入文化部門一定縮編，將導致研究動能不足，導致國際地位下滑。
臺灣輔仁大學博物館學研究所所長張省卿表示，以德國為例，博物館皆為政府出資，以基金會形式運作，因此保有文化自主性，在文化策略上也能發展在地特色，她認為臺北故宮博物院若要歸屬臺文化部門，應先著眼於民進黨當局要給其什麼樣的定位，「對館藏賦予什麼概念或價值體系」，至於外傳改名「華夏博物館」，張省卿則持保留態度表示：「故宮雖傳統，但到底是一個招牌和文化形象」。
現任臺南市美術館董事長黃光男也認為，臺北故宮博物院的專業有其特殊性，如何在行政與專業上考量兩者層次性，讓定位能發揮其展覽、教育、專業的功能與定位，需要從長計議。
國民黨文傳會副主委鄭照新則指出，改編不但毫無必要性，更可預見有弊無利，當臺北故宮博物院失去超然的組織地位，極可能淪為施政黨資源運用的宣傳機器。從民進黨一系列破壞機關獨立性的濫權行為，令人難以排除這種可能性。
《中國時報》發文指出，
關於臺北故宮博物院的爭議，經常圍繞在文物歸屬以及文物背後象徵的意義。這次有心人從組織改造下手，想法幼稚且不專業，形同兒戲。此外，總有人千方百計「去中國化」，覺得臺北故宮博物院必須更名，那是頭殼壞去。至於改名「華夏」，這兩字代表的還是中國，又是何必？文章指出，臺北故宮博物院是人類共同遺產，也是華人共同記憶，不懂得珍惜與維護，難怪會被嗆聲乾脆還給大陸。