最早蒙古領袖成吉思汗統一了蒙古帝國，然後他通過蒙古鐵騎橫掃歐亞大陸，我們選擇說以忽必烈為首的元帝國，元帝國的建立在中國歷史上地盤是空前絕後的，隋唐以來歷代皇帝都要徵服的新羅遼東地區都在版圖之內，但是相對於蒙古帝國版圖來說，還是挺小的。
1368年，朱元璋在南京建立明朝，同年，徐達，常遇春兩路大軍會師在北京，當時的元帝就倉皇北上，到了另一個都城，元上都，元朝時期設計是兩都制的，史稱北元。就和明王朝形成了一個長期對峙，形成了一個以上都為中心的北元政權，除此之外，在中原各地還有大量來不及北歸的蒙古軍隊，在河南周邊就有河南王王保保統帥的大軍十幾萬，就是《倚天屠龍記》裡面趙敏的哥哥，這個人是明初出名的驍勇善戰，和太祖纏鬥良久，太祖喻之為，＂天下奇男子＂。遼東一塊勢力後來被明軍所滅，還有雲貴也有大量蒙古軍，也被明軍所滅，現在雲貴那邊還有蒙古族的同胞，應該就是那時候遺留下來的。
明朝雖然是推翻了元朝，但是日子過的緊巴巴的，一直面臨著蒙古鐵騎的威脅，明太祖和明成祖兩代皇帝主要的精力就是和元朝的殘餘部隊在打仗，後期就基本肅清了蒙古軍隊。在公元1387年到1388年，明成祖帶領大軍15萬大軍深入蒙古腹地和元軍在貝爾湖附近決戰，明軍大勝，俘虜七萬元軍，但是可汗和太子西逃，但是被忽必烈弟弟阿里不哥的子孫殺了，理論上講就是被堂兄弟殺了，也算報了當初忽必烈和阿里不哥爭奪汗位敗北的前恥吧！因為阿里不哥當初爭奪汗位落敗以後，當時是赦免了死罪，幾年後還是不明不白的死了。
按理講，明朝肅清了中原腹地的元軍，擊潰了北元的殘餘勢力，但是歷史的詭異就在於，蒙古這個民族是一個草原民族，它活動的範圍和漢人不一樣，空前巨大，它打不過就跑吧，所以終明朝一朝也沒有辦法把蒙古勢力徹底降服，這個重任由清朝完成的。
蒙古至此也就再次走向分裂，分成四個部分，第一部分，北元的繼承人，韃靼部，在蒙古東邊，就是直接大汗直接的血統，地域也最大，第二就是瓦剌部，到清朝就是漠西蒙古，位置在準噶爾盆地，阿爾泰山附近，是元朝的臣屬為主體的。在明朝時期和明朝名義上是和平相處的，明朝也對他們三個部落分別封了王。在遼東也有一股勢力範圍，還有一部分就是滯留在中原的蒙古大軍，這一部分就被明朝分散到各地，被各民族就同化了。
初期明朝把韃靼部作為主要對手，就在明朝和韃靼纏鬥期間，瓦剌部乘機做大，先統一了瓦剌各部繼而在此統一蒙古韃靼部和遼東的勢力，於是這個瓦剌部就成為明朝的敵人，最有名的事件就是＂土木堡之變＂中俘虜了親徵的明英宗。但由於瓦剌不是黃金家族的正傳，所以諸部落並不服他，所以最高統治者被殺，統一局面被迅速打破，再次為汗位爭奪起來。
此時成吉思汗的第15世孫巴圖猛克，又再次統一了蒙古，他就把整個蒙古按照蒙古老規矩分封給他的兒子們，在明後期和整個清朝所涉及到的部落基本就是由此發端了，一共分成六個萬戶，左翼三個，察哈爾萬戶，大汗就住在察哈爾，是嫡子嫡孫，喀爾喀萬戶等，右翼三個，鄂爾多斯萬戶，土木特萬戶等。
等到這個巴圖猛克去世，老規矩，蒙古再次分為六個部落各自為政，後期經過一點小規模爭奪，形成了漠北蒙古，漠西韃靼蒙古，漠南蒙古。
現在的外蒙就是喀爾喀萬戶在這次鬥爭中分裂出去的，到十六世紀的時候就向多林，阿爾泰一帶遷徙，中間又經過內部混戰，後有三個勢力比較大土謝圖汗，車臣汗，扎薩克汗，那這三個多後裔慢慢就佔據了外蒙這個地方，這個應該就是外蒙人的主要來源，所以說外蒙人自稱是黃金家族後裔有沒有錯，應該沒有錯，就是濃度或者含金量也不是最高的那種。含金量最高的是察哈爾部，嫡子嫡孫。整個外蒙在康熙大帝的時候歸順了清朝，但是到1911年獨立，1919年，北洋政府談判下取消了獨立，到1921年在俄國的支持下又獨立了，最後在1946年，國民黨政府就承認外蒙獨立，到1950年的時候，新中國也承認了外蒙獨立，因為當時怎麼說，新中國國力太弱，國際社會已經承認獨立，蘇聯的強烈幹預幾大因素之下，才承認獨立的。
右翼的三個萬戶在後期一個領袖俺答汗領導下，相當於就統一了右翼三個萬戶。這樣蒙古就形成了左翼，大汗最正宗的一脈察哈爾萬戶再加上喀爾喀萬戶一部分，還有就是俺答汗土木特萬戶加起來就是所謂的漠南蒙古部落，漠北蒙古就是喀爾喀分出去的一部分，還有就是西部的漠西蒙古部落。俺答汗在明朝時期也被明朝封了王，另外達賴的尊稱也是他所賜，後來他的曾孫就是四世達賴，這個說清楚有點複雜，以後有機會再說，大意就是俺答汗後為了鞏固勢力和西藏的教派力量結合起來了，當然這裡面血雨腥風是少不了的，蒙古深刻參與西藏的事務。
這樣基本局面維持到後金髮跡，後金為了打敗明朝，通過很多手段，和親啊諸如此類就把蒙古的勢力爭取到他一起，到後期除了察哈爾以外，漠南蒙古已經全部和後金結盟了，到1604年，林丹汗做了察哈爾的大汗，他單打獨鬥打不過皇太極，在1634年就跑到青海，本想以佔領西藏對抗後金，但是沒有成功，後因為天花死於今天甘肅境內，蒙古就失去了再次團結和統一的可能性了。至此，大清朝基本和蒙古是相互依存的，中間有點插曲就是葛爾丹的搗蛋，大局還是比較穩定的。