總體上是沒有什麼大的影響，但是如果單位沒有按時為你進行調劑和調薪，養老保險的繳費基數和正常上班的職工有差距，對養老金還是有一定影響的。
事業單位停薪留職是上世紀90年代最為流行的方式，我在90年代初也是辦理過停薪留職手續的，後來由於政策不允許繼續停薪留職了，沒有辦法自己只好辭職離開原來的機關。你到現在還能長期停薪留職是非常幸運的，這說明你們單位的領導對你格外關照，到現在還允許你長期停薪留職，也說明你在停薪留職期間事業發展比較順。停薪留職對你有好處。既然通過停薪留職已經得到了好處，那麼退休前回單位上班，今後養老金受點影響也是可以接受的，畢竟不能所有的好事情都讓你一個人佔了，這對單位其他職工不公平。
退休後的養老金待遇高低，主要是根據繳費年限、繳費基數、個人帳戶餘額、所在地職工社會平均工資、城鎮人口預期平均壽命等因素來確定。如果在停薪離職期間，原單位在2014年10月1日以後，按照你的檔案工資為你按時繳納了養老保險，按時繳納了職業年金，為你定期調整職級待遇和工資等級待遇，並按照新的職級工資待遇繳納養老保險和職業年金，你在退休後的養老金待遇是不受任何影響的。
但是很多單位在對待停薪留職人員時，其管理辦法是不一樣的，有的單位雖然同意了你停薪留職，但是認為你離開後，工作需要其他同志來承擔，在編制有限的情況下，你還要佔著單位的編制，享受著單位的職工待遇，心裡多少有點不平衡，所以在調職調薪時難免會後受到一些影響，再加上由於你是辦理了停薪留職的人員，勞動關係還在用人單位，但用人單位不會為你承擔單位繳納部分的養老保險等五險一金的費用，即使由用人單位按照在職職工的方式來繳納，但這部分費用還是需要你個人來承擔，所以繳納的保險費用可能與在單位正常上班時相比，基數還是要低一些，這對養老金的影響還是比較大的。職業年金部分，由於用人單位繳納的比例是8%，個人繳納部分是4%，你作為停薪留職人員，這12%的職業年金費用都應該由你來全部承擔，如果你沒有承擔的，退休後也就無法享受職業年金。
事業單位繳納住房公積金的比例都是比較高的，按照停薪留職的協議，用人單位也是不會為你承擔住房公積金的繳納的，也會要求你來全額承擔住房公金的繳納費用，單位繳費加個人繳費，每月的繳費金額還是比較高的，所以這一塊的損失也是比較大的，繳費是你全部承擔，不繳相當於你沒有住房公積金，所以交不交你都是有損失的。
綜上所述，事業單位長期停薪留職人員，退休前幾年回去上班，對於退休後的待遇多少還是有一定的損失，主要表現在停薪留職期間的繳費基數、職業年金和住房公金等方面。如果退休前幾年回去上班，有助於減少停薪留職期間的差距，但和沒有辦理過停薪留職的人員相比，多少還是有一定的損失。