就在謝安、王坦之等人千辛萬苦地熬到野心勃勃的桓溫逝世時，來自北方苻堅前秦日益沉重的軍事壓力也使得陳郡謝氏這個東晉最後一個士族領袖不得不重新梳理與譙國桓氏的關係，思索抵禦外敵之道。
公元357年，前秦的苻堅在權力鬥爭中先下手為強，憑藉著殺戮登上了天王的寶座。特別是在苻堅重用漢人王猛之後，前秦的國力在一系列的封建進程中突飛猛進。並先後向南攻佔了東晉的梁（今陝西漢中）、益（今四川成都）二州，向北併吞鮮卑拓跋代國，向西則兼併了前涼、遠徵西域，真正意義上的統一了北方。
儘管王猛生前極力勸諫苻堅不要進攻東晉，但野心勃勃的苻堅仍然將覬覦的目光投向了長江，意圖以揮鞭斷流之勢統一天下。
（值得注意的是前秦的統治根基並不是傳統帝國所擁有的龐大編戶齊民而是以氐羌等部落和以塢堡等形式組織起來的各地豪強。前秦更像是這些地域性、族群性政治集團的盟主，這也是前秦軍事行動大敗後迅速崩潰的根本原因）
哪怕東晉門閥在內部的互相牽制之下難以真正意義上地取得北伐成功，但這些累世公卿、武斷鄉曲的門閥士族絕對擁有著對危機時局的敏銳嗅覺。
就在苻堅對東晉虎視眈眈的同時，長江下遊以由謝氏家族壟權的東晉小朝廷同樣意識到了前秦崛起所帶來的巨大威脅。一方面，哪怕桓謝兩家存在嚴重的利益分歧，作為謝氏家族代表人物的謝安依舊竭力調和桓謝兩大家族關係，為即將爆發的戰爭作準備。而桓氏家族作為頂級門閥士族的一員，出於維護門閥士族本身的利益，同樣也在積極的備戰。另一方面，東晉朝廷陸續派出桓嗣、王蘊、謝玄等世家代表人物外出當任刺史、都督軍事，從而構建起抵禦北方軍事進攻的防線。
但很顯然，東晉朝廷所能依靠的主要軍事力量——世兵制，已經在偏安的太平氛圍和士兵逃籍中走向了衰落，難以對抗前秦南徵北戰的勁旅。意識到這一點的謝安決定任命謝玄招納流民、組建新軍。
綜合考慮之下，新軍採用了傳統的募兵制。並且為了繼續壓制長江南岸原有的江南豪族，在軍隊組建的重大問題上，謝氏等僑姓門閥依舊選擇了僅僅在京口、廣陵等僑姓流民聚居地招納士兵。因為京口在東晉時期被世人別稱為北府，這支新軍也就被世人稱作了北府兵。
而北府兵的優點也是顯而易見的。一方面，逃難而來的僑姓流民與北方政權往往有著血海深仇，作戰效死。另一方面，能夠跨越長江南渡的難民也擁有著強健的體魄和頑強意志，完美符合傳統士兵了的招納要求。就這樣，在駐紮京口的謝玄廣泛地從當地的流民中招納士兵、將才時，流民劉裕劉牢之也就在這個時候開始嶄露頭角。
飽受矚目的北府兵倒也沒有辜負滿朝公卿的期待。公元378年，也就是北府兵成立的第二年，迫切完成統一大業的前秦天王苻堅就開始分三路合圍襄陽，投入高達17萬的兵力。意圖一舉拔掉東晉在長江北岸的各個州郡，為大軍南渡做準備。秦晉淮南之戰就此爆發。然而，有謝玄帶領、自廣陵起兵的北府兵四戰四勝，全殲敵軍，一舉粉碎了前秦的戰略意圖。
但相對於強橫的前秦，一切都還只是世紀大戰的開胃菜。
公元383年，就在桓衝傾十萬荊州兵伐秦，以牽制秦軍、減輕對下遊的壓力的同時，苻堅直接從全國各地抽調共計112萬的龐大軍隊再次發起了進攻。壽陽、鄖城以及硤石相繼的陷落後，自以為勝券在握的苻堅甚至派出了曾經東晉的官員朱序以「大勢所趨」前往勸降。沒成想，朱序卻是「身在曹營心在漢」。到達晉軍營帳的朱序反而為晉軍深刻分析利弊、力勸當時晉軍的水師主將謝石趁前秦的主力未到主動發起進攻。
後來，謝玄在謝石的建議下率先派遣劉裕率領五千北府兵奇襲洛澗，斬獲無數，揭開了淝水大戰的序幕。隨著戰局的僵持後，晉軍與秦軍開始對峙於淝水。也正是在這時，苻堅做出了一個大膽決定：接受晉軍建議，「半渡而擊」。而就在秦軍無序後撤時，朱序等人和晉軍諜報在秦軍陣後大叫：「前線的秦軍敗了！」這支來自北方各處，由各地豪強、部落組成的龐大聯軍就這樣迎來了自己的末路。
喜聞樂見的是，就是這支起於流民武裝的北府兵中最後卻誕生了新王朝的締造者，徹底結束了「皇帝垂拱，門閥當權，流民出力」的東晉王朝。#東晉#