在種蛋孵化期間定時翻轉蛋的放置位置，對胚胎正常生長發育有利。
(1)為什麼翻蛋
黃因密度比蛋白低，它會自稀蛋白中上浮，而胚胎密度又比蛋黃輕，所以胚胎一般都處於蛋的上面部位。如果長時間處於同一個位置不動，蛋黃就會同外層的濃蛋白接觸，時間長就會發生粘連，造成胚胎死亡。通過翻蛋可以改變胚胎位置，防止粘連。
翻蛋還可以使胚胎各部位受熱均勻。通過翻蛋改變胚蛋的位置，起到一定的溫度調控作用，可以使胚蛋的各個部位均勻受熱，促進胚胎的正常發育，提高孵化率和雛鴨品質。
(2)如何翻蛋在孵化過程中， 因胚胎密度小，其發育位置會是靠近蛋內最高位置，並將頭部靠近氣室，可以通過大頭高於小頭的方式完成此過程。如果蛋的小頭位置高於大頭，就會出現很多胚胎頭部位於蛋小頭部位發育，在出雛破殼前，其喙部無法進人氣室進行肺呼吸，所以翻蛋也需要遵循此規律。
傳統孵化都是採用人工翻蛋，在種蛋擺放時一般採用平放、大頭向上立放或者斜立放。通過翻蛋改變蛋的擺放位置，晝夜需要翻蛋4次以上，每次翻蛋要輕、快、穩，短時間內完成，確保胚胎溫度的穩定。
立體式自動孵化機自帶翻蛋裝置，在蛋上盤時大頭向上或者略傾斜放置，沿蛋的長軸前後或左右傾斜完成翻蛋過程。在孵化過程中，只要將機器設定好翻蛋的時間間隔和角度即可。鴨蛋孵化每2小時翻蛋1次，到移盤後停止翻蛋。翻蛋的角度應大於459，一般控制在90。翻蛋角度大，翻蛋次數可以適當少些；翻蛋角度小，翻蛋次數需要多一些。
涼蛋是指鴨種蛋孵化一定時間後 ，蛋中脂肪代謝增強會產生大量餘熱，導致蛋內溫度急劇上升，容易導致胚胎溫度過高，也加大了對氧氣的需要量。由於蛋表面積相對較小，散熱能力差，這就需要通過涼蛋將蛋內溫度降至正常的孵化溫度，然後再繼續孵化。通過涼蛋還可以完成孵化機內外空氣的快速更換，刺激胚胎發育，一定範圍內可以提高種蛋的孵化率。
涼蛋時間從人孵後15天開始，每天上、下午各進行一次。涼蛋常用的方法有機器內涼蛋和機器外涼蛋。機器內涼蛋是將孵化機加熱電源關閉，打開機門，通過通風換氣，將蛋表面溫度降至30~33C，然後重新關閉機門繼續孵化。該法操作方便，一般用於孵化機外界環境溫度偏低的情況。機器外涼蛋是將整個蛋車從孵化機中拉出，利用外界溫度比機器內溫度低的原理進行自然涼蛋，也可以通過噴灑25C左右的溫水降溫。當蛋溫略低於眼皮溫度時(30~33C)，再將蛋車推回孵化機內，繼續進行孵化。此方法操作相對繁瑣，而且在移動蛋車時會造成蛋的破損。機器外涼蛋一般用於外界環境溫度過高，通過機器內涼蛋達不到效果的情況。涼蛋的時間一般為20~30分鐘，具體應根據孵化機外部環境溫度和胚胎發育的情況來確定。如果是剛開始涼蛋、外界環境溫度偏低，可縮短涼蛋時間。