日本的近代中國留日學生研究，即使是宏觀選題也大多選取某個時段、某個事件或某個側面進行探討，往往把某個人、某件事考釋得較為詳細，彰顯了日本學者的資料搜集和考證能力。但是，他們容易忽略宏觀的時代背景，即近代中日關係的劇烈變動和日本不斷擴大侵華行動的基本史實，較少透過近代中國留日運動的表象，探究留日學生追求國家獨立、民族解放的本質目的，以及日本政府通過接受中國留學生而培植「日中親善」勢力和向大陸侵略擴張的主要目的，往往是就事論事。
首先，原本宏觀的留日學生政策選題，實則以清政府的留日政策為主。具體而言，一是清政府留日政策的形成與調整。日本學者認為甲午戰後中日互有所需，是清政府選派留日學生的真正原因和歷史契機，而矢野文雄的「清國留學生招聘策」，對試圖效仿日本維新變法的康有為、光緒帝具有相當吸引力。戊戌政變後，清政府雖繼續推行留日政策，但1905年的反對「取締規則」事件，以及留日學生在清政府舉辦的考試中效果不佳，導致其調整留日政策，與日本政府在1907年8月籤訂「五校特約」。二是比較中日兩國之留學政策。橫井和彥、高明珠以日本的留學政策為參照，分析清政府的留日學生派遣政策，雖肯定後者的積極意義，但認為當時留日學生與日本留學生的歷史貢獻相比仍暗淡不少。三是清政府留日政策的微觀化研究。如，有學者細究清政府的商業類留日學生的派遣政策與實態。
國民政府乃至偽政權的留日政策和日本政府對中國留日學生政策雖也受到關注，但皆非重點，故無論研究時限還是研究內容均不完整，沒有連續性。如，三好章從七七事變前國民政府的留日政策入手，重點分析偽中華民國維新政府和汪偽政府的留日政策，認為三者的留日政策具有一定連續性，但後者努力將「和平運動理論」加入留日學生選拔規定之中。不過，這項研究未能關照北京政府的留日政策。至於日本政府對中國留日學生政策，不僅時間上存在明治末期、大正時期和日本戰敗前後三個時間段的斷裂，而且內容上主要是接受政策和預備教育政策，對普通教育政策和管理政策並未給予相應重視。
即使日本對中國留日學生的預備教育政策，也大多局限於某所學校的預備教育或日語培訓。如，二見剛史就介紹了東亞高等預備學校對中國留學生的預備教育。近代中國學生蜂擁赴日，其中不少人赴日前沒有日語基礎，但又欲收「速成」之效，因而日本各校對中國留學生預備教育的主要內容多為培訓日語。從事留日學生教育的本田增次郎，最初通過手勢、筆談等方法教授中國學生日語，還有學校利用翻譯或日語程度較好的留日學生擔任課堂翻譯教授日語，不少留日學生學習日語也是一知半解，反而成為中日教育交流「相互誤解」的一個因素。因此，1896年中國首批留日學生的日語學習和宏文學院、東亞高等預備學校等校的日語培訓，以及松本龜次郎的日語教育方法、教育理念、編纂的日語教材，作為解密留日學生學習生活的一把「鑰匙」受到關注。
1923年3月，日本決定「退還」部分「庚子賠款」，興辦「對華文化事業」，資助中日文化交流和中國留日學生。阿部洋從20世紀70年代研究日本「對華文化事業」的變遷，考察資助中國留日學生的一般補給生制度、選拔補給生制度、特選補給生制度，出版《「對華文化事業」研究——戰前日中教育文化交流的展開與挫折》，是其關於「對華文化事業」研究的集大成之作。山根幸夫、熊本史雄闡述了「對華文化事業」的重要內容和主要表現形式——東方文化事業的來龍去脈，以及日本政府的相關決策。日本學界雖有不少人肯定該事業的積極意義，但實藤惠秀認為這是拿著從中國敲詐來的「庚子賠款」公然進行文化侵略。
其次，近代中國留日學生相關資料的搜集、整理和研究，由於時間跨度長、涉及內容範圍廣、史料數量多，屬於留日學生研究的宏觀基礎性課題。據大裡浩秋介紹，外務省外交史料館藏有1898—1922年中日交涉留日學生學費問題的《中國留日學生學費之部》，1899—1921年中國留日學生革命運動、生活狀況、經費來源等方面的《中國留日學生關係雜纂：雜之部，第一至四卷》；1924—1940年中國留日學生情況匯覽——《留日學生關係雜件》（全12冊）；東洋文庫藏有汪偽政權留日學生的資料；東京大學、愛知大學、早稻田大學、明治大學、法政大學、天理大學等校的同學錄、研究紀要、校史中，均有不少中國留日學生的資料；《外事警察報》《外事警察概況》等報刊圖書中，也有中國留日學生活動的記錄，對留日學生史料做了較為系統的梳理。
日本學界和留日學生資料保存機構，不斷搜集、考訂、整理、編輯和出版這些資料。1987年，法政大學大學史資料委員會出版該校1904—1909年的「清國留學生速成科」資料，包括留日速成法政學生的招收、教育、畢業，以及社會各界的關注和評價。所澤潤、谷本宗生等在《東京大學史紀要》上，展示該校保存的留日學生的申請書、各類報告等文獻或記錄。川島真介紹了散存於日本和中國臺灣的駐日留學生監督處、外交部、教育部檔案中的留日學生史料。大裡浩秋整理了1927年8月創刊至1945年10月第97號終刊的《日華學報》每期目錄，並與見城悌治、孫安石合作，將含有中國留日學生豐富資料的《日華學報》全部彙編出版，共計16卷，為研究這一時期中國留日學生的學習生活與日常提供了便利。
槻木瑞生以興亞院1940年10月編制的《日本留學中華民國人名調》，興亞院政務部1942年3月製成的《日本留學中國要人錄》，日華學會學報部1935年11月整理的《第9版留日學生名簿》，日本陸軍士官學校印、郭榮生校補的《日本陸軍士官學校中華民國留學生名簿》，日華學會1937年6月出版的《第2版留日學務規程及概況》，東亞同文會於1918年6月、1919年6月相繼提出的《中國人本邦留學情況改善案》《中國留學生狀況調查書》，中國留日同學會1942年9月發行的《中國留日同學會季刊》（第1號）等資料為基礎，於2014年7月出版《日本留學中國人名簿關係資料》（全7卷），是近代中國留日學生資料整理與出版的又一項重要成果，為留日政策和留日學生個案研究提供了方便。
最後，近代或其中某個時段、某個地域的中國留日學生被視為一個整體或群體，屬於整體史的宏觀選題。日本學界大多根據時間順序，分為明治末期、大正時期和戰時三個留日學生群體，其中明治末期的留日學生是重點，內容包括明治末期中國人的留日史實，以及留日學生與日本社會的接觸。他們認為當時中國留日高潮的出現是近代以來西力東漸和中國人思想解放的結果，而日本人對中國留日學生的驚奇、嘲諷、同情、憐憫交織的複雜認識，也是明治末期日本社會現實的反映，強調應以史為鑑，關注當代留日學生問題。大正時期和戰時留日學生的整體研究成果不太多，既有成果也主要是考察戰時特殊環境下的留日教育。
除按時限劃分外，還有宏觀地域的留日學生整體。與歐美各國留日學生相比，亞洲留日學生或東亞留日學生是一個整體。例如，移民研究會編《來日留學生的體驗——北美、亞洲出身者的1930年代》，和田博文、徐靜波、俞在真、橫路啟子編《作為「異鄉」的日本——東亞留學生所見的近代》，既將亞洲或東亞留日學生視為一個整體，也將中國大陸、中國臺灣和朝鮮等地留日學生視為較小範圍的留日學生整體進行研究。由於選派的主體不同，中國留日學生又分為臺灣「內地留學生」、偽滿洲國留日學生及各地域留日學生。這些表面上被視為某個地域留日學生的整體，在日本學界的實際研究中往往選取其中的一個點或某個側面。如，阪口直樹、河口充勇分別介紹同志社、青山學院的臺灣「內地留學生」；阪根慶子從近代留學教育史視角，考證與分析中國臺灣「內地留學生」赴日求學的概況。
偽滿洲國、內蒙古的留日學生雖也受到日本學界特別關注，但相關研究成果除濱口裕子系統地闡述偽滿洲國留日學生的戰時留日、戰後回國和為中日復交、民間交流發揮積極作用外，主要是以地域留日學生群體為名的微觀化研究。如，田中剛分析了偽蒙疆政權的留日學生選派政策、蒙古族留日學生群體；橫田素子重點考察了內蒙古留日學生的「蒙古留日學生會」機關雜誌《祖國》的發行、內容和思想傾向。這些成果雖以某地域或偽政權留日學生為題，但內容相當細緻，反映了宏觀選題微觀化的特徵，這也體現在留日女生群體研究之中。
留日女生作為近代中國留日學生的一個特殊群體，人數不多，但影響不小，是近代中國女性走出國門和思想解放的一個象徵，因而受到重視。日本的中國留日女生研究主要分為四個方面。一是留日女生史料的整理，代表性成果是石井洋子、三崎裕子等人對中國留日女生名簿的整理與考訂。二是留日女生的綜合性研究，包括從中日文化教育交流史的視角和近代中國留日運動、辛亥革命、日本侵華與中日關係的時代背景出發，考察留日女生在留學救國、愛國革命洪流中的知識取向、思想變化、政治動向。三是分析留日女生對近代中國女子教育發展、女性思想解放的積極作用與影響。四是考察留日女生就讀的日本學校，如實踐女校「中國留學生部」、帝國女子專門學校等，以及著名的留日女生教育者下田歌子、坂寄美都子等，還有留日女生代表秋瑾，但這些已非宏觀選題的微觀化研究，而屬於微觀選題的個案研究。