傅斯年（1896-1950），字孟真，山東聊城人，祖籍江西永豐。著名教育家、歷史學家，五四運動的學生領袖之一，仿效《新青年》創辦《新潮》月刊，宣傳科學和民主思想。1919年底赴歐洲留學，先入英國愛丁堡大學，後轉入倫敦大學，研究實驗心理學、物理、化學和高等數學。1923年進入德國柏林大學哲學研究院，學習語言比較學等。歷任中山大學教授、北京大學教授、中央研究院歷史語言研究所所長等職，抗戰勝利時曾代理北京大學校長，直到胡適到任。1949年以後，他擔任臺灣大學校長。
在中國近代學術史上，傅斯年是一個不應被忽略，但由於特殊原因卻不為更多民眾所熟知的人物。他不僅是著名的歷史學家、教育家、五四運動的北大學生領袖、歷史語言研究所的創始人，還是北京大學代理校長、臺灣大學校長，一生富有傳奇色彩。傅斯年去世後，他的老師胡適一連用了十四個「最」字來表彰傅斯年，說他是「人間一個最稀有的天才。他的記憶力最強，理解力也最強。他能做最細密的繡花針工夫，他又有最大膽的大刀闊斧本領。他是最能做學問的學人，同時他又是最能辦事、最有組織才幹的天生領袖人物。他的情感是最有熱力，往往帶有爆炸性的；同時，他又是最溫柔、最富於理智、最有條理的一個可愛可親的人。這都是人世最難得合併在一個人身上的才性，而我們的孟真確能一身兼有這些最難兼有的品性與才能。」
傅斯年1896年出生於山東聊城一個名門望族，其七世祖傅以漸是清代開國的第一位狀元，官至武英殿大學士、兵部尚書。曾叔祖傅繩勳為清嘉慶進士，官至武英殿協修、軍機處章京等職，後外放為浙江、江西、江蘇等省巡撫，晚年講學於濟南濼源書院和聊城啟文書院；其弟傅繼勳，亦即傅斯年的曾祖，在安徽為官多年，清末名臣李鴻章、丁寶珍等皆是他的門生。祖父傅淦少負才名，博通經史，工詩書畫，又精通醫道。同治十二年拔貢，但他自甘淡泊，不樂仕進，得到貢生資格後，便絕意仕途，終生不參加科試。傅斯年之父傅旭安，光緒甲午年舉人，曾任東平縣龍山書院山長。
傅斯年成人後，從不向人提及他的宰相先祖傅以漸，更不引以為榮，其原因是傅以漸在明清易鼎之際，出仕清朝，傅斯年認為他有違漢族士人的民族氣節。
傅斯年五歲時，祖父傅淦便迫不及待地送他進入當地最好的私塾，放學後又在家督導傅斯年讀書習字，不準其有絲毫懈怠。傅斯年成年後曾對弟弟傅斯嚴深情地說:「祖父生前所教我兄弟的，儘是忠孝節義，從未灌輸絲毫不潔不正的思想，我兄弟得有今日，都是祖父所賜」。傅淦性情友善，重孝悌，且好交遊，樂善好施，赴義唯恐後人，傅斯年一生堅持參政而不從政，為人常懷俠義之心，率直而有豪氣，這些都深受其祖父影響。
據傅斯年同鄉聶湘溪介紹：「孟真四歲即和祖父同床共寢，尚未起床，便口授歷史故事，從盤古開天闢地，系統地講到明朝，歷時四年，一部二十四史，就口授完畢了。在他幼小的心靈裡早就埋下了研究歷史的興趣，其後能成為歷史學家是與其家學淵源分不開的。」
傅斯年9歲時，父傅旭安去世，當時傅斯年的弟弟剛出生7個月，兄弟二人由祖父和寡母李氏撫養成人。傅旭安生前為人仁厚，去世後，其友朋學生共同籌集一部分錢，以維持傅家生計。儘管如此，家用仍入不敷出，生活最窘迫時，傅母只得從房屋中拆一些磚瓦變賣，後來房屋破損無力修補，每逢下雨，李夫人便抱著幼子，頭上撐著一把雨傘遮蓋。儘管家道艱難，傅母仍嚴格督促傅斯年兄弟二人讀書，不使他們失學，而且教子甚嚴，兄弟二人如有過錯，立予責罰。
傅旭安出任龍山書院山長以前，有一次在聊城一家商店內見一青年學徒專心讀書。此人眉清目秀，談吐文雅，傅旭安與之攀談，知其姓侯，名延塽，因家境貧寒，奉後母之命來此當學徒。他酷愛讀書，利用一切空餘時間刻苦自學，傅旭安對侯延塽的遭遇深懷同情，從此二人開始來往。1899年，傅旭安出任龍山書院山長時，讓侯延塽辭去商店差使，隨自己到龍山書院讀書，一切費用由自己代為解決。侯延塽意外得到這樣一個讀書的機會，自然更加刻苦自勵，苦讀了3年之後，參加光緒壬寅年鄉試，得中舉人；次年赴京會試，又中進士；經過朝考，被清廷授予刑部主事。侯延塽對恩師的提攜之恩銘記在心，第一次回鄉省親，便專去龍山書院拜望恩師，得知傅旭安已經去世後，又奔赴聊城看望師母。他在傅旭安墓前發誓，要把斯年、斯巖兄弟二人培養成才，以報恩師當年的知遇之恩。
侯延塽雖然是清末官僚，但思想並不保守，他深刻地意識到當時中國社會已經發生了天翻地覆的變化，新學興起，並且代表著時代的要求和中國發展的方向，聊城地處偏僻，傅斯年如長期呆在家鄉，接觸不到新事物，學不到新知識，因此，只資助他一些錢物是解決不了根本問題的。於是在侯延塽的安排下，1908年冬，12歲的傅斯年告別故鄉，進入天津府立中學堂，這是他人生的第一次轉折。
1913年，傅斯年考入北京大學預科，當時北大預科分甲乙兩部，甲部重數學及自然科學，乙部重文史，傅在乙部學習，由於國學底子好，四年考試三次全班第一。1916年，傅斯年入北京大學國學門。
初入北大時，傅斯年雖然只有十七八歲，但他的治學功底甚至強過了北大當時的某些教授。
北大同學聶湘濱回憶說：「據我了解他（傅斯年）很少上課，成天泡在圖書館裡，博覽群書。當時有些教授就怕給他上課，往往在課堂上，他提出的問題，老師答不上來。使教師更難為情的是，他會當面指責教師講錯了，並有根據地說：這個問題某某書上是怎麼講的，某某先生是怎麼說的，我認為該怎麼理解，經常把老師弄得張口結舌，下不了臺」。
傅的好友羅家倫回憶說：「在當時的北大，有一位朱蓬仙教授，也是太炎弟子，可是所教的《文心雕龍》卻非所長，在教室裡不免出了好些錯誤……恰好有一位姓張的同學借到朱教授的講義全稿，交給孟真。孟真一夜看完，摘出三十幾條錯誤，由全班籤名上書校長蔡先生，請求補救，書中附列這錯誤的三十幾條。蔡先生對於這些問題是內行，看了自然明白……」
可蔡元培不信這是學生們自己發現的，為防教授們互相攻訐，於是突然召見籤名的全班學生。同學們慌了，害怕蔡元培要考，又怕傅斯年一人承擔這責任未免太重。於是大家在見蔡先生之前，一人分擔了幾條，預備好了方才進去。果然蔡先生當面口試，同學們回答得頭頭是道。考完之後，蔡先生一聲不響，同學們也一聲不響，一一鞠躬魚貫退出。過後不久，朱蓬仙果然不再教這門課，而換成了黃侃。
羅家倫
傅斯年的天縱之才為同學極力推崇，甚至有人稱讚這位山東才俊是「孔子以後第一人」、「黃河流域的第一才子」。平日，某若問另一同學是中文系哪班，若對方回答是傅斯年那班的，彼此肯定會心一笑。因為有傅斯年「壓」著，別人休想翻身。後來，傅斯年到歐洲留學，被傅斯年譽為「中國最有希望的兩個讀書種子」 的俞大維竟也趕忙棄學文史而改擇理科，他說：「搞文史的人當中出了個傅胖子，我們就永無出頭之日了！」
當時，黃侃等人皆將傅斯年視為衣缽傳人，傅斯年也以其師為楷模，就連穿著打扮也刻意模仿黃侃：一襲長衫，一把大葵扇，一卷古書。但因為一個人的出現，傅斯年的人生再次發生了改變，這個人就是胡適。
1916年11月，蔡元培出任北大校長，提出「兼容並包」的辦學方針。次年，胡適從海外歸來後，被聘為北大教授，講授中國哲學史，但其講授的內容和方法與眾不同，當時就讀於北大哲學系的顧頡剛後來說：「覺得他（胡適）講的雖是哲學，不啻講的是學，更不啻講的是治史學的方法。他用實驗主義的態度講學問，處處是出我意外，入我意中。」不過胡的授課方式卻在學生中引起不小的爭議。有人認為胡適遠不如國學大師陳漢章，想把他趕走；有人則認為，胡適讀的書雖然沒有陳漢章多，講課卻頗有新意。顧於是想起在學生中頗有威望的好友傅斯年，想讓傅去聽一聽胡適的課，傅斯年開始以自己不是哲學系的推脫，顧說：「你雖不是哲學系學生，又何妨去聽一聽呢？」傅斯年最終接受了顧的建議，專門去聽了幾堂胡適的課，並且做足功課，在課堂上以請教為名向胡適發問，胡適一一作答，傅則步步緊逼，一問一答之間，胡適的汗就下來了。胡適後來坦白地說，他當時就發現了，這批學生儘管「年輕但是卻相當成熟，而對傳統學術又頗有訓練」，有「幾個學生的學問比我強」。
後來回憶起這段日子時，胡適感慨地說：「那時北大中國哲學系的學生都感覺一個新的留學生叫做胡適之的，居然大膽地想紋斷中國的哲學史；因為原來講哲學史的先生們，講了兩年才講到商朝，而胡適之一來就把商朝以前的割斷，從西周晚年東周說起。這一班學生們都說這是思想造反；這樣的人怎麼配來講授呢？那時候，孟真在學校中已經是一個力量。那些學生們就請他去聽聽我的課，看看是不是應該趕走。他聽了幾天以後，就告訴同學們說，'這個人書雖然讀得不多，但他走的這一條路是對的。你們不能鬧。』我這個二十幾歲的留學生，在北京大學教書，面對著一般思想成熟的學生，沒有引起風波；過了十幾年以後，才曉得是孟真暗地裡做了我的保護人。」
聽過胡適的課之後，傅斯年對胡適的治學方法很是認同，從此之後，便疏遠了黃侃等章氏門生，不時趨訪胡適，請教學問，縱論時局。在胡適的家裡，傅斯年結識了同在北大讀書但並不在一個系裡的羅家倫。對此羅家倫回憶說：
「我和孟真是1917年在北京大學認識的……我們開始有較深的了解，卻在胡適先生家裡。那時我們常去，先則客客氣氣地請教受益，後來竟成為討論爭辯肆言無忌的地方。這時期還是適之先生發表了《文學改良芻議》以後，而尚未正式提出「國語的文學，文學的國語」，也就是未正式以文學革命主張作號召以前。適之先生甚驚異孟真中國學問之博與精，和他一接受以科學方法整理舊學以後的創穫之多與深。適之先生常是很謙虛地說，他初進北大做教授的時候，常常提心弔膽，加倍用功，因為他發現許多學生的學問比他強。（抗戰勝利後的第二年，適之先生於北大校慶之夕，在南京國際聯歡社聚餐時演講，就公開有此謙詞。）這就是指傅孟真、毛子水、顧頡剛等二三人說的。當時的真正國學大師劉申叔（師培）、黃季剛（侃）、陳伯弢（漢章）幾位先生，也非常之讚賞孟真，抱著老儒傳經的觀念，想他繼承儀徵學統或是太炎學派等衣缽。孟真有徘徊歧路的資格，可是有革命性、有近代頭腦的孟真，決不徘徊歧路，竟一躍而投身文學革命的陣營了。以後文學革命的旗幟，因得孟真而大張。」
隨著與胡適交往日深，傅斯年盡棄舊學，轉而投向新文學陣營。1918年，傅斯年與同學羅家倫、顧頡剛等人組織新潮社，通過陳獨秀向蔡元培提出申請，蔡同意從北大每年4萬元的經費中撥出2000元作為辦刊經費，於是新潮社由胡適做顧問，創辦《新潮》月刊，與《新青年》同聲相呼。
周作人在《知堂回想錄》中說：「《新潮》的主幹是傅斯年，羅家倫只是副手，才力也較差，傅在研究所也單認了一種黃侃的文章組的'文』，可以想見一年之前還是黃派的中堅。但到七年十二月，就完全轉變了。所以陳獨秀雖自己在編《新青年》，卻不自信有這樣的法力，在那時候曾經問過我，'他們可不是派來做細作的麼？』我雖然教過他們這一班，但實在不知底細，只好成人之美說些好話，說他們既然有意學好，想是可靠的吧。」
傅斯年在《新潮》上發表了40多篇文章，內容涉及文學語言、社會政治、道德倫理、哲學歷史等領域，隨著新文學運動影響日大，最初銷量不佳的《新青年》、《新潮》發行量大增，傅斯年也隨之蜚聲文壇，成為北京大學著名的學生領袖。胡適在《中國文藝復興運動》一文中說：「《新潮》雜誌，在內容和見解方面，都比他們的先生們辦的《新青年》還成熟得多，內容也豐富得多，見解也成熟得多。」
1919年「五四運動」爆發，北京十三所學校學生3000餘人在天安門集會後舉行遊行，扛著大旗走在隊伍前面的，正是傅斯年。遊行隊伍起初秩序良好，但在東交民巷使館區受阻後，學生的情緒開始失控，有人大喊：「大家往外交部去，大家往曹汝霖家裡去！」傅斯年雖然平時性情急躁，容易激動，但每臨大事卻非常理智，他勸導眾人保持冷靜，不要過激，但他個人的聲音在群情激湧面前已經太過微小，阻擋不了事態的發展。此後的火燒趙家樓和群毆章宗祥，已超出了學生和平遊行示威的初衷，32名學生因此被捕入獄。
在暴力事件上演後，傅斯年離開了鬧哄哄的現場。翌日，北大學生會開會，一位山西籍學生與傅斯年意見相左，由口角紛爭發展到武力毆鬥，對方打掉了傅斯年的眼鏡。傅斯年怒不可遏，向好友賭咒發誓不再參與北大學生會的工作。
趙家樓的沖天火光映紅了古老的京都，朝野為之震動，北洋政府做出了查封北大，懲辦校長蔡元培的舉措。蔡元培一面沉著果敢地與政府官僚周旋，一面安撫學生，勸其複課，同時聯絡組織平津地區的國立大學校長為營救被當局逮捕的學生奔走呼號。當被捕學生全部被釋放，蔡元培於5月8日夜提交辭呈，悄然離京。
而作為五四運動學生領袖的傅斯年，也於這年夏天畢業離校，懷著百感交集的心情回到故鄉山東聊城。同年秋季，山東省教育廳招考本省籍官費留學生，傅斯年赴省會濟南應試，並以全省第二名的優異成績入選。儘管如此，主考方卻以傅是五四運動中的「激烈分子，不是循規蹈矩的學生」，且還是「兇惡多端的學生示威活動的頭頭」等為由，拒絕錄取。在這關乎傅斯年人生命運的緊要關頭，山東省教育廳一位以行俠仗義著稱的科長陳豫挺身而出，據理力爭：「如果成績這麼優越的學生，都不讓他留學，還辦什麼教育！」傅斯年終於涉險過關，1919年冬，他由北京起身去上海，乘輪船赴歐洲，開始了7年的留學生涯。
有人認為傅斯年在「五四運動」中所起的作用有些虎頭蛇尾，之後甚至與之漸行漸遠，但如果我們肯透過表象，更深地向下探尋，就可以看出傅斯年對於學生運動的思想脈絡，以及他最後選擇負笈留學的根源所在，而這也正是傅斯年之所以為傅斯年的地方。
在「五四」前一個月發表在《新潮》上的《白話文學與心理的改革》一文中，傅斯年指出：「凡是一種新主義、新事業，在西洋人手裡，勝利未必很快，成功卻不是糊裡糊塗。一到中國人手裡，總是登時結個不熟的果子，登時落了。」「因為中國人遺傳性上有問題……因為中國人都以'識時務』為應世上策。」傅斯年認為「自從五四運動以後，中國的新動機大見發露，頓使人勇氣十倍」，但是應該吸取此前的教訓，避免重蹈覆轍，使運動很快地興起，又快速地衰落。為了實現這一目的，思想界就要「厚蓄實力，不輕發洩」，通過長期的積累和持久的努力，使發軔的新動機能夠自然生長，結出成熟的果子，而不是再中途夭折。
對於學生動輒罷課，耽誤學業，尤其是使用暴力的做法，傅斯年是不認同的。學生運動的負面因素，如人心浮動，崇尚高談闊論，不肯踏踏實實地做學問，同樣引起了當時社會上的很多有識之士的警覺，如胡適、蔣夢麟等人，北京大學校長蔡元培先生在一年後回顧「五四運動」時也指出：「因群眾運動的緣故，引起虛榮心、依賴心，精神上的損失也著實不少。」
對於中國社會，傅斯年也有著頗有深刻的認識和剖析：「中國一般的社會，有社會實質的絕少，大多數的社會不過是群眾罷了。」在他看來，「凡名稱其實的社會——有能力的社會，有機體的社會——總要有個密細的組織，健全的活動力。若果僅僅散沙一盤，只好說是'烏合之眾』。十個中國人所成就的，竟有時不敵一個西洋人。」而這其中的原因之一就是「西洋人所憑託的社會，是健全的，所以個人的能力，有機會發展；中國人所憑託的社會只是群眾，只是有名無實。所以，個人的能力就無從發展。」
而在傅斯年看來，改造社會必須由下而上地進行。由上而下的改造，總會帶有幾分專制的臭味；而由下而上的改造，因為有社會基礎存在，才能有徹底的覺悟。
而這樣由下而上改造社會的第一步，就是要改造自己。在《歐遊途中隨感錄》中，傅斯年寫道：
「社會是個人造成的，所以改造社會的方法第一步是要改造自己。」又說：「我現在對於青年人的要求，只是找難題目先去改造自己。這自然不是人生的究竟，不過發軌必須在這個地方。若把這發軌的地方無端越過去，後來就有貌似的成就，也未必能倚賴得過。」他對新潮社同仁的期望是：(1) 切實的求學；(2) 畢業後再到國外讀書去；(3) 非到三十歲不在社會服務。而他自己決心要在自然科學和社會科學方面培植根底，認真讀書，認真研究，他在給北大畢業後任教於清華的好友袁同禮的信中說：「要把放洋的那一天做我的生日。」
對於群眾運動，傅斯年也有自己的獨到見解：「我覺得若是青年人只知道有群眾運動，而不知道有個人運動，必有好幾種毛病。」一是，群眾運動雖然一時可以見效，但多因其中個人不健全的原故而不能支持。二是，改善需從個人始，若忘了個人，就是社會一時改得好了，之後也不免發生復舊的運動。三，沒有個人覺悟的群眾運動，其結果只會造就一批「神聖」，他們擁有崇高的威望和巨大的勢力、影響，以致權力集中到這少數人甚至一個人的手裡，所成就的仍然不會是有機的社會，仍只是有群眾而無社會。『』
抵達英國後，傅斯年先入愛丁堡大學，後轉入倫敦大學，研究實驗心理學、物理、化學和高等數學。在傅斯年研究了三年心理學後，很多同學陸續來歐留學，其中陳寅恪、俞大維、徐志摩、金嶽霖等先後聚集到德國柏林大學，他們多次來信勸說傅斯年到柏林。1923年秋，傅斯年終於下定決心，轉入柏林大學哲學院，學習哲學、物理、比較語言學等。
留學生在國外的物質生活大都非常清苦，但在私人生活方面，許多人卻比較放任，而在當時的德國留學生中，陳寅恪和傅斯年被譽為「寧國府大門口的一對石獅子，是最乾淨的」。
趙元任、楊步偉夫婦遊歷歐洲時曾到過柏林，楊在《雜憶趙家》中記述道：「孟真和元任最談得來，他走後元任總和我說此人不但學問廣博，而辦事才幹和見解也深切得很，將來必有大用，所以以後凡有機會人家想到元任的，元任總推薦他，因元任自知不如也。」
一次當地留學生請趙氏夫婦去傅的住處吃茶點，定的下午三點，趙氏夫婦剛吃過午飯，「本以為只有一點點心和茶，豈知到了那兒一看，除點心外，滿桌的冷腸子肉等等一大些，我們雖喜歡，沒有能多吃，看他們大家狼吞虎咽地一下全吃完了。我說德國吃茶真講究，這一大些東西，在美國吃茶只一點糕什麼連三名治都很少的。孟真不憤地回我：趙太太！你知道這都是我們給中飯省下湊起來請你們，你們不大吃所以我們大家現在才來吃午飯。」楊步偉感嘆說：「他們這一班人在德國有點錢都買了書了，有時常常地吃兩個小乾麵包就算一頓飯。」
有意思的是，傅斯年和陳寅恪一樣，學習廣博而刻苦，在國外卻沒有獲得任何學位。在傅斯年離開柏林大學的證明書上寫著：傅斯年，1896年5月26日生於中國聊城，在柏林大學讀到1926年夏季學期止，為哲學系學生。此人修過但在課冊中未被證明的還有人類學、梵文文法、普通語言學。
傅斯年返國後，本想回到北大任教。但就在他回國之前，接連發生了幾件大事。
1926年3月18日，北京高校學生因為日本軍隊派軍艦炮擊天津大沽口，公然侵略、挑釁，紛紛組織起來向段祺瑞執政府請願。當遊行隊伍來到執政府門口時，遭到槍擊和暴力毆打，當場死傷數百人，這就是著名的「三一八慘案」。
慘案發生後，北洋政府擬定了一張通緝當時北京教育、文學界支持學生運動的50餘名人士的名單，北京大學等幾所高校處於風雨飄搖之中，魯迅、劉半農、馬敘倫、高一涵、陳翰笙、馬寅初等被迫離開北平，留下者也多韜光養晦，不再出頭露面。
1926年4月15日，張作霖奉直聯軍從天津進入北平，京城內一時風聲鶴唳，北大的蔣夢麟、朱家驊、李大釗紛紛出逃，7月，胡適出走英國，北大陷入前所未有的凋零局面。7月9日，蔣介石以國民革命軍總司令的名義，在廣州市東校場誓師北伐。
所以同年10月底，當傅斯年乘船返國時，前途還是一片渺茫。但就在他登陸香港時，一份來自廣州中山大學的聘書意外地出現在他面前，邀請他的是經戴季陶推薦，在光復後的廣州主持中山大學校務的朱家驊。接到聘書的傅斯年當即表示同意，但要先回山東拜望老母。 12月，傅斯年出任中山大學文科學長暨國文、史學兩系主任，半年多後，他又創辦了中山大學「語言歷史研究所」。
傅斯年回國之前，因為去北大一事已然無望，曾致信在清華任教的好友陳寅恪，陳極力想要在清華為其謀一職位，11月，梅貽琦在陳寅恪的極力推薦下，決定聘用傅斯年，不料中山大學捷足先登，傅因此與清華失之交臂。
1927年5月9日，國民黨中央政治會議決定設立中央研究院籌備處，由已從歐洲考察歸國的蔡元培負責，中央研究院最初只設了理化實業、社會科學、地質、觀象四個研究所，但作為籌備委員之一的傅斯年認為，既然是中央研究院，就應該設立文史方面的學科，否則將有失偏頗，於是他召集「一部分熱心文史學的先進」，以「歷史語言研究得特別重要，現代的歷史學與語言學科是科學」等說詞，憑著北大時代與蔡元培校長結下的良好關係，對蔡元培與中央研究院籌備處總幹事楊杏佛等幾位決策人物展開遊說，用可「借用在廣州語言歷史研究所已成就及將建設者，以成中央研究院之語言歷史研究所」等說辭，終於說動蔡、楊等人，就這樣，傅斯年以他超人的才幹、智慧和霸氣， 「無中生有」地又創生出一個社會科學方面的研究所——中央研究院歷史語言研究所。
1928年10月14日，中央研究院歷史語言研究所正式宣告成立，傅斯年辭去中山大學教職，出任史語所所長。同時，他先後邀得陳寅恪、趙元任、李濟、羅常培、董作賓、梁思永等一大批著名學者加入，並為後世培養了丁聲樹、夏鼐、周一良、鄧廣銘、傅樂煥、逯欽立等一大批人才。
從傅斯年留學時學習的學科來看，涉及的多是自然科學，並沒有歷史學。但正像傅的朋友羅家倫所說：「他（傅斯年）有了許多科學的方法和理論，又回頭發現了他自己曾經儲藏下的很豐富的中國歷史語文的知識，在此中可以另闢天地。」羅家倫述說他們「這群人的學術心理」裡，有一種「先博後專的風氣。因為當時大家除了有很強的求知慾外，還有想在學術裡求創穫得野心，不甘坐享現成，要想在浩瀚的學海之中，另有會心，'成一家言』」。
為了用新的科學方法開闢出一個史學的新天地，傅斯年首先將目光放在了河南安陽小屯殷墟上。
在此之前，殷墟甲骨片的出土已有30多年的歷史。19世紀末葉，安陽一帶的農民在耕地時偶然發現了一些甲骨片，藥材商人將其當做龍骨收購，後來金石學家王懿榮在北京發現中藥店所售龍骨上刻有一些很古老的文字，於是開始重金收購。1900年，王懿榮的甲骨轉歸劉鶚所有，劉的親家羅振玉得知這些甲骨來自於河南安陽的小屯村，於是多次派人去那裡收購甲骨，並對其上文字做了一些考釋，認為小屯就是文獻上所說的殷墟。其後，王國維利用甲骨文研究商朝歷史，寫出《殷周制度論》等名作。這樣一來，安陽小屯出了名，古董商、藥材商、外國人蜂擁而至，他們一面搜購，一面聚眾私掘，殷墟受到嚴重破壞。
傅斯年對這一切看在眼裡，放在心裡，他首先呈請中央研究院院長批准，由史語所考古組正式組織人員去小屯發掘。同時傅斯年憑藉自己出色的辦事才幹，取得了上至中央政府、下至地方勢力的支持，排除重重阻礙，使得發掘工作得以順利進行。
在傅斯年的主持下，從1928~1937年，史語所對河南安陽殷墟先後進行了了15次大規模的發掘（後因抗日戰爭而停止），殷墟考古成果震驚了世界。由於對殷墟的發掘，一個有別於傳統史學與金石學的中國現代考古學時代由此開創。著名宋史學者鄧廣銘先生說：「可以說，中國沒有個傅孟真，就沒有二三十年代的安陽殷墟發掘；沒有當初的殷墟發掘，今天的考古學就完全是另一個樣子了。」
雖然傅斯年此後擔任的社會職務越來越多，但他任中央研究院史語所所長22年，直至辭世。
在史學方面，傅斯年受到德國史學大師蘭克的影響很深。蘭克認為歷史是超然物外，不偏不倚的，他不同意「歷史學的任務是判斷過去並且為了將來的世代利益而教導現在」，而是認為它只在「希望說明真正發生過的事情。」
傅斯年則說：「凡一種學問能擴張它所研究的材料便進步，不能地便退步。」「我們反對疏通，我們只是把材料整理好，則事實自然顯明了。一分材料出一分貨，十分材料出十分貨，沒有材料便不出貨。兩件事實之間，隔著一大段，把它們聯繫起來的一切設想，自然有些也是多多少少可以容許的，但推論是危險的事……材料之內使它發見無遺，材料之外我們一點也不越過去說。」甚至直截了當地說：「近代的歷史學只是史料學。」而「後人想在前人工作上增高，第一要能得到並且能利用前人不曾見或不曾用的材料。第二要比前人有更細密、更確切的分辯力。」他提出的研究歷史就應該「上窮碧落下黃泉，動手動腳找東西」的觀點影響深遠。
不過，對史料的發掘始終是一個艱苦的過程。一年後，史語所遷至北平北海靜心齋，傅斯年同時兼任北大教授。一次傅斯年在靜心齋研究明清檔案時對李濟說：「沒有什麼重要的發現。」李濟問：「什麼叫重要發現？難道說先生希望在這批檔案內找出滿清沒有入關的證據嗎？」傅斯年聽後哈哈大笑
傅斯年是北京大學培養出來的，對北大有很深的感情，而他對北大也貢獻良多。
蔣夢麟回憶說：「當我在民國十九年（1930年）回北京大學時，孟真因為歷史語言研究所搬到北京，也在北京辦公了。'九?一八』事變後，北平正在多事之秋，我的參謀就是適之、孟真兩位，事無大小，都就商於兩位。他們兩位代北大請到了好多位國內著名的教授，北大在北伐成功以後之復興，他們兩位的功勞實在太大了。」
溫梓川在《文人的另一面》中記述說，傅斯年是「一個肥頭胖耳的大塊頭，他有一頭蓬鬆的頭髮，一副玳瑁的羅克式的大眼鏡。他經常穿那時最流行的大翻領ABC襯衫，不打領帶外面罩上一套卡其西裝，那幅形容，說起來就是那類不修邊幅的典型，但卻顯示了與眾不同的風度。他似乎永遠是那麼滿頭大汗，跟你說不上三句話，便要掏出一方潔白的手巾，揩抹他的汗珠。」
一次羅家倫問傅斯年：「你這個大胖子怎麼能和人打架？」傅斯年答：「我以體積乘速度，產生一種偉大的動量，可以壓倒一切！」
中國現代考古學之父——李濟
有一次，傅斯年、李濟還有裘善元同在重慶參加一個宴會。宴會結束，主人特意為他們仨人僱好了滑竿，六個抬滑竿的工人守在門前。第一個走出來的是裘善元，工人們見他是一個胖子，都不願意抬，於是互相推讓。第二走出來的是李濟，剩下來的四個工人看比剛才出來的還胖一些，於是又彼此推讓一番。等到傅斯年走出來的時候，剩下的兩個工人一看，嚇了一大跳，因為傅斯年比先前的兩個人都胖得多。
傅斯年有個綽號叫「傅大炮」，意思是說他敢說敢幹羅家倫曾勸傅斯年不要總是像好鬥的蟋蟀一樣，「被人一引就鼓起翅膀」，胡適則稱傅斯年「無論在什麼地方，總是一個力量」。
李濟與傅斯年
傅斯年和胡適亦師亦友三十年。傅斯年在北大第一次聽胡適講課時，把胡適問得頭冒冷汗，但在此後的日子裡，傅斯年卻很維護胡適，一直恭恭敬敬地敬重並且保護著胡適。胡適說：「若有人攻擊我，孟真一定挺身出來替我辯護。他常說：'你們不配罵適之先生！』意思是說，只有他自己配罵我。」而傅斯年也確實說過：「誰都沒有資格罵胡適之，只有我可以罵，只有我才有資格罵。」
北伐勝利時，傅斯年正任教於中山大學。有一天，他和幾位同學在蔡元培先生家吃飯，大家興致勃勃，個個都喝多了。傅斯年豪情勃發：「我們國家整理好了，不特要滅了日本小鬼，就是西洋鬼子，也要把它趕出蘇伊士運河以西，自北冰洋至南冰洋，除開印度、波斯、土耳其以外，都要'郡縣之』。」在座的同學聽了都覺痛快，唯獨蔡元培越聽越不耐煩，出言呵斥道：「這除非你做大將！」聽到蔡先生的當頭棒喝，傅斯年的酒勁醒了一大半，頓覺羞愧難當。
蔣夢麟記述了一段去臺後的佚事：「12月27日為北京大學52周年紀念。他（即傅斯年）演說中有幾句話說他自己。他說夢麟先生學問不如蔡孑民先生，辦事卻比蔡先生高明。他自己的學問比不上胡適之先生，但他辦事卻比胡先生高明。最後他笑著批評蔡、胡兩位先生說：'這兩位先生的辦事，真不敢恭維。』他走下講臺以後，我笑著對他說：'孟真，你這話對極了。所以他們兩位是北大的功臣，我們兩個人不過是北大的功狗。』 他笑著就溜走了。」
傅斯年性情剛烈、率真，眼裡揉不得沙子，愛憎極其分明。
傅斯年在國外時，因為丁文江與張君勱的論戰，對丁的筆力和學養極其讚賞，後丁文江出任軍閥孫傳芳治下的淞滬商埠總辦，傅斯年對其大感失望，數次表示：「我若見了丁文江，一定要殺了他！」回國後，胡適介紹兩人認識，此時傅已了解丁為做實業的一番苦心，他們於是成為莫逆之交。丁文江在長沙病危，傅斯年第一個從北京趕去看護。
對於民族大義，傅斯年更是絕不含糊。
在抗日戰爭爆發前，傅斯年就數次撰文指出中日問題決無和平解決的希望，想與日本謀和乃是做夢，要中日和平，除非滿足日本的欲望。傅斯年認為對日只有降和戰兩條路，而實際上可以選擇的只有一條路，就是以人人當求必死的決心奮起抵抗。這樣雖不能打敗日本，卻可以長久支持。這其中不僅體現出傅斯年的史學家眼光，更體現出他強烈的愛國情懷。
1945年8月15日，日本宣布無條件投降，傅斯年人在重慶，他寫信給夫人俞大綵說：一聽到日本投降的消息，他欣喜欲狂，衝出寓所，飛奔上街，手舞足蹈，見人便摟抱，狂呼大叫，直到聲嘶力竭。等回到寓所，帽子沒有了，鞋也丟掉一雙。
抗戰勝利後，國民政府教育部長朱家驊找傅斯年談話，原來是蔣介石授意讓傅斯年擔任北京大學校長，傅斯年以「賦質愚憨，自知不能負荷世務」，以及身體狀況「逐年迫切，醫生告誡，謂如再不聽，必生事故」為由，推薦身在海外的胡適，最後蔣同意了傅的請求，但在胡歸國之前，由傅暫時代理北大校長，而傅最後之所以同意也有自己的考慮。
抗戰勝利後，北京大學的恢復和整頓面臨一大堆難題，其中最大的就是對偽北大教員的錄用問題（日本佔領北平期間，利用原北大校舍成立了一個偽「國立北京大學」）。傅斯年行事果敢而有魄力，素有殺伐決斷，而胡適則心慈面軟，所以傅斯年在給妻子的信中說：「大批偽教職員進來，這是暑假後北大開辦的一大障礙，但我決心掃蕩之，決不為北大留此劣跡。實在說這樣局面之下，胡先生辦遠不如我辦，我在這幾個月給他打平天下，他好辦下去。」
傅斯年在重慶發表聲明，為保持北京大學的純潔，堅決不錄用偽北京大學的教職員。但學生經過甄別和補習，可以接受。
11月中旬，傅斯年到達北平，陳雪屏等人到機場迎接。傅斯年走下飛機的第一句話就是問陳雪屏與偽大學的教師有無交往，陳回答說僅限於一些必要的場合。傅斯年聽後十分不滿，強調說：「'漢賊不兩立』，連握手都不應該。」
傅斯年說：「如果這些人受不到譴責，那麼就太對不起那些跋山涉水到了重慶和昆明的教授和學生了，他們為了民族大義而拋家別子去了大後方，吃不上喝不上的，容易嗎？」
北平的偽教職人員聽說傅斯年堅決不錄用他們，便四處活動，並向北平行營主任李宗仁請願，還有人在報紙上發表致傅斯年的公開信。傅斯年於12月再次發表聲明，說「專科以上學校，必須要在禮義廉恥四個字上，做一個不折不扣的榜樣，給學生們、下一代的青年們看看。」傅斯年承認由於長期戰亂，高校師資缺乏，但是認為不能因此放棄最基本的原則。他說：「人才缺乏是事實，從別的方面考慮徵用未嘗不可，但學校是陶冶培植後一代青年的地方，必須要能首先正是非，辨忠奸。否則下一代的青年不知所取，今天負教育責任的人，豈不都成了國家的罪人？聽說燕京大學對於原校教授參加偽北大者一律解聘，個人非常佩服。假如我們北大尚不能做到這一步，那真沒有臉見燕京的朋友了。」
對於出任偽北大圖書館館長、文學院院長及汪偽政府教育總署督辦等偽職的昔日老師周作人，傅斯年也同樣是毫不容情，絕不聘用。周受審時，胡適、俞平伯等人紛紛為其開脫說情，傅曾為此責問胡適，「到職之後，放下北大校務盡可不管，首先第一要務，急急忙忙地替他辦證明文件」，並問這是憑「啥個哲學觀念作為依據」。
在四川李莊時，傅斯年曾經大病一場，他後來在給胡適的信中說：「病中想來，我之性格，雖有長有短，而實在是一個愛國之人，雖也不免好名，然比別人好名少多矣。心地十分淡泊，喜歡田園舒服。在太平之世，必可以學問見長。只是凡遇到公家之事，每每過量熱心。此種熱心，確出於至誠，而絕非有所為。遇急事膽子也大，非如我平常辦事之小心。有時急得強鳴不舍，簡直是可笑。平日好讀老莊，而行為如此。有此性情，故遇有感情衝動之事，心中過分緊張。這種感情衝動，私事甚少，而為公者極多。性情如此，故得此病，更不易治……近日又讀莊子，竭力自己為自己想開，何必一人懷千古之憂，一身憂國家之難。……古人有以天下事為己任之說，一個人如此想，多半是誇大狂，我向不以此言為然。但自己不自覺之間，常在多管閒事，真把別人的事弄成自己的事。此比有此意識者更壞事，以其更真也。我本以不滿政治社會，又看不出好路線來之故，而思遁學問，偏不能忘此生民，於是在此門裡門外跑來跑去，至於咆哮，出也出不遠，進也住不久。」
生活在李莊古鎮時期的林徽因
雖然傅斯年對自己認識得甚為清醒，但正所謂「江山易改、本性難移」，他一生都保持著這種個性。
傅斯年的好友王芸生說：「傅孟真先生有一次對我說，他想寫一篇'中國官僚論』。他說，中國向來臣妾並論，官僚的作風就是姨太太的作風。官僚的人生觀：對其主人，揣摩逢迎，諂媚希寵；對於同儕，排擠傾軋，爭風吃醋；對於屬下，作威作福，無所不用其極。」王說：「這道理講得痛快淋漓。這段官僚論，的確支配了中國歷史上大部分的人事關係。」
正是因為深知此情，痛惡其害，傅斯年在做事上表現出了與此截然相反的風格。
1938年，傅斯年擔任國民參政員。他兩次上書蔣介石，揭露行政院長孔祥熙貪汙腐敗，蔣未做反應。為了徹底扳倒孔祥熙，傅斯年開始收集孔祥熙假公濟私的資料，準備在國民參政會上公開予以揭露和抨擊。據參加過這次參政會的當事人程滄波回憶：「在重慶時期，有一次在參政會開會前，我好幾次到聚興村他（傅斯年）住的房內，看他拿著一小箱子，藏在枕頭下面，寸步不離。我問他裡面是什麼寶貝，他很緊張地說，這是他預備檢舉某大員的證件。」
有了這些證據，傅斯年在1943年的國民參政會上對孔祥熙提出了質詢，這讓蔣介石大為緊張。為了平息此事，他親自請傅斯年吃飯。在宴會上，蔣介石問傅斯年：「你信任我嗎？」傅斯年回答說：「我絕對信任。」蔣介石又說：「既然你信任我，那麼就應該信任我任用的人。」傅斯年一聽這話，馬上回答說：「委員長我是信任的，至於說因為信任你也就該信任你所任用的人，那麼砍掉我的腦袋我也不能這樣說！」
蔣介石無奈，免去了孔祥熙行政院長的職務，由宋子文接任。幾年之後，當傅斯年發現宋子文的種種劣跡後，又將炮口對準了宋子文。
傅斯年在1947年1月3日的《觀察》雜誌上發表題為《論豪門資本之必須剷除》的文章，尖銳地指出：「今天的官僚資本當然推孔宋兩家」，「古人說'化家為國』，現在是'化國為家』。」「他（宋子文）的作風是極其蠻橫，把天下人分為二類，非奴才即敵人。」蔣介石又一次請傅斯年吃飯，傅毫不客氣地對蔣說：「宋與國人全體為敵，此為政治主要僵局之一。」
2月15日，傅斯年在《世紀評論》上發表了《這樣的宋子文非走開不可》一文，開始對宋子文展開猛烈攻擊。文中寫道：「政治的失敗不止一事，而用這樣的行政院長，前有孔祥熙，後有宋子文，真是不可救藥的事。」因此必須「請走宋子文，並且要徹底肅清孔、宋二家侵蝕國家的勢力」。文章最後，傅斯年激憤地寫道：「我真憤慨極了，一如當年我在參政會要與孔祥熙在法院見面一樣，國家吃不消他了，人民吃不消他了，他真該走了，不走一切就垮了。」
文章一出，議論蜂起，「各地報章紛紛轉載，舉國注目」。胡適在日記裡記道，成舍我主辦的《世界日報》當天甚至用了「傅斯年要革命」這樣聳人聽聞的標題，可見傅斯年文章引起的爆炸性效應。
這之後，傅斯年再接再厲，又寫了兩篇文章繼續炮轟宋子文，引起更大的轟動。在強大的輿論壓力下，宋子文只好黯然下臺。
在「倒孔」過程中，中央銀行國庫局是孔祥熙的致命把柄，事情鬧得最厲害的時候，中央銀行國庫局內部給傅斯年提供秘密材料的人，聽說蔣已為孔祥熙向傅說情，便給傅斯年寫信抱怨，傅斯年在信中勾出「委員長已與先生說情」一句，大筆一揮，在旁痛批道：「不成話」。
也許正是因為深知傅斯年的個性，當傅斯年到臺灣後，大刀闊斧整頓臺大時，有人向蔣介石告狀。蔣介石一聽是臺大的事情，連連擺手說：「別和我說，別和我說，那裡的事情我管不了。」
傅斯年有金剛怒目的一面，但也有謙和退讓的一面。
傅斯年反對中醫。一次為中醫問題，傅斯年反對孔庚的議案，兩個人激烈辯論，孔庚辯不過傅斯年，於是在座位上開始辱罵他，說了很多粗話，傅斯年氣得說：「你侮辱我，會散之後我要和你決鬥。」等到散會之後，傅斯年真的攔在門口要和孔庚決鬥，可是他一見孔庚七十多歲的年紀，身體又非常瘦弱，便立刻垂下雙手說：「你這樣老，這樣瘦，不和你決鬥了，讓你罵了罷！」
季羨林在《悼?念?憶》中記述道：「當年在大後方昆明，西南聯大的教師和中央研究院史語所的研究員，有時住在同一所宿舍裡。在靛花巷宿舍裡，陳寅恪先生住在樓上，一些年紀比較輕的教員和研究員住在樓下。有一天晚上，孟真先生和一些年輕學者在樓下屋子裡閒談，說到得意處，忍不住縱聲大笑。他們樂以忘憂，興會淋漓，忘記了時光的流逝。猛然間，樓上發出手杖搗地板的聲音。孟真先生輕聲說：'樓上的老先生發火了。』'老先生』指的當然就是寅恪先生。從此就有人說，傅斯年誰都不怕，連蔣介石也不放在眼中，唯獨怕陳寅恪。我想，在這裡，這個'怕』字不妥，改為'尊敬』，就更好了。」
在昆明跑警報時，每當警報一響，人們都是從樓上往下跑，只有傅斯年不顧高血壓和心臟病，晃動著肥胖的身軀，從一樓跑到三樓，把患有眼疾的陳寅恪攙扶下來，才一起進防空洞。
抗戰後，史語所從北平遷至南京，再遷昆明，後來又遷往四川李莊。六十多年後，《發現李莊》的作者岱峻到此地尋訪舊跡，曾聽李莊村民張漢青講述往事，他父親張海洲當年給傅斯年抬過滑竿：
「傅所長胖得很，恐怕有一百七八，只有我老者張海洲和李伯周抬得起。傅所長經常去鎮上辦事，或者從李莊乘船上南溪下重慶。從板慄坳到李莊，抬滑竿的稍微歪一下，他馬上喊停，下來走。他是怕我老者累倒了。
他對下頭人蠻好。到街上，有時區長張官周、鎮長楊君惠請吃飯。飯碗擺好，他一坐下來，剛捏起筷子他又刷地站起，看轎夫桌子上的菜一樣不一樣。要是不一樣，他馬上站起來就喊我老者他們走。」
和老師胡適一樣，傅斯年自幼也由寡母撫養長大，所以侍母至孝。1911年臘月，傅斯年遵母命與聊城縣紳之女丁馥萃結婚，這一年，他16歲。傅斯年後來說：「胡適之先生曾有一句很妙的形容語，說'我不是我，我是我爹的兒子』。我前年也對一位朋友說過一句發笑的話：'中國做父母的給兒子娶親，並不是為子娶婦，是為自己娶兒媳婦兒。』這雖然近於滑稽，卻是中國家庭實在情形。咳！這樣的奴隸生活，還有什麼埋沒不了的。」
1934年夏，傅斯年與原配夫人離婚，同年8月5日，他與俞大綵女士在北平結婚。俞大綵是傅斯年好友俞大維之妹，是曾國藩的曾外孫女，又是陳寅恪的表妹，傅斯年也因此和陳寅恪成為了姻親。
對於自己和傅斯年的婚姻，俞大綵說：「如果比學問，我真不敢在他面前抬起頭，所以我願意犧牲自己一切的嗜好和享受，追隨他，陪伴他，幫助他。結婚之後他沒有阻止我任何社交活動，但我完全自動放棄了，十幾年來我們的經濟狀況一直非常困苦，但我們仍然過得很美滿很快樂。」
據俞大綵回憶：「孟真侍母至孝，對子侄輩，也無不愛護備至。大夫人體胖，因患高血壓症，不宜吃肥肉。記得有幾次因我不敢進肥肉觸怒阿姑，太夫人發怒時，孟真輒長跪不起。他竊語我云：「以後你給母親吃少許肥肉好了。你要知道，對患高血壓症的人，控制情緒，比忌飲食更重要，母親年紀大了，別無嗜好，只愛吃肉，讓她吃少許，不比惹她生氣好麼?我不是責備你，但念及母親茹苦含辛，撫育我兄弟二人，我只是想讓老人家高興，盡孝道而已。」
1935年，傅斯年與俞大綵的愛子出生，取名「傅仁軌」。這名字有點怪異，連羅家倫也不知典出何處，傅斯年遂笑話他枉學歷史，中國第一個能對日本兵打殲滅戰的就是唐朝的劉仁軌。傅斯年解釋，其子本應「樂」字排行，之所以破例命名，乃以前賢為楷模，希望兒子將來能做一個像劉仁軌那樣的愛國之士。傅仁軌出生在戰火中，即使在那種惡劣的環境下，傅斯年還專為兒子寫「嬰兒日記」。
《史記?商君列傳》中司馬遷曾言：千人之諾諾，不如一士之諤諤。也許正因為如此，1946年初，蔣介石與陳布雷商量，要在北方人士中補充一個國府委員。陳布雷對蔣介石說，北方不容易找到合適人選，蔣介石提議說：「找傅孟真最相宜。」陳布雷了解傅斯年的志向與秉性，對蔣介石說：「他怕不幹吧。」蔣介石很有信心地說：「大家勸他。」結果，任誰說破了天，傅斯年也堅決不肯，並說「斯年實愚戇之書生，世務非其所能，如在政府，於政府一無裨益，若在社會，或可偶為一介之用……此後惟有整理舊業，亦偶憑心之所安，發抒所見於報紙，書生報國，如此而已。」
1947年，蔣介石改組政府，考慮拉胡適入閣擔任國府委員兼考試院長，希望傅斯年能做做說服工作，結果傅斯年勸是勸了，不過勸的卻是胡適不要加入政府，他在給胡適的信中說：「蔣表面上要改革政治，實則缺乏起碼的改革誠意。借重先生您，全為大糞堆上插朵花！只要先生您堅持不可，非任何人能夠勉強。您三十年之盛名，不可毀於一旦，令親者痛，北大瓦解。我們自己要有辦法，一入政府即全無辦法。與其入政府，不如組黨；與其組黨，不如辦報。我們是要奮鬥的，唯其如此，應永遠在野，蓋一入政府，無法奮鬥也。」胡適最終選擇了留在北大。
1945年7月1日，第二次國共戰爭爆發前夕，黃炎培、左舜生、章伯鈞、傅斯年等一行六人乘專機抵達延安，希望促成國內和平。
因為北大的舊緣，毛單獨拿出一個晚上與傅斯年交談。當毛談及傅曾在五四運動中大出風頭，並為反封建與新文化運動做出過貢獻時，傅斯年答道：「我們不過是陳勝、吳廣，你們才是項羽、劉邦。」在傅離開延安之時，毛寫一短箋，並書條幅贈之。條幅上錄的是唐五代詩人章碣詩《焚書坑》：竹帛煙銷帝業虛，關河空鎖祖龍居。坑灰未燼山東亂，劉項原來不讀書。
傅從延安回來之後和羅家倫談過幾次，據羅家倫說：「他（傅斯年）認為當時延安的作風純粹是專制愚民的作風，也就是反自由、反民主的作風。他和毛澤東因為舊曾相識的關係，單獨聊了一夜。上天入地的談開了，談到中國的小說，他發現毛澤東對於坊間各種小說，連低級興趣的小說在內，都看得非常之熟。毛澤東從這些材料裡去研究民眾心理，去利用民眾心理的弱點，所以至多不過宋江一流。毛澤東和他漫步到禮堂裡，看見密密層層的錦旗，各處向毛獻的。孟真諷刺地贊道：'堂哉皇哉！』毛澤東有點感覺到。他（傅）痛恨同去的人沒有出息……把毛澤東送他們的土織毛毯，珍如拱璧，視同皇帝欽賜飾終大典的陀羅經被一樣。」
一次閒聊時，傅斯年對李濟說：「我要是十七八歲的青年，我也許對共產黨發生興趣」，接著他又說：「但我自從與共產黨接觸以後，絕對不會當共產黨！」
1949年11月20日，《自由中國》由胡適、雷震、殷海光等人在臺灣創刊，創刊號上刊出了傅斯年的《自由與平等》一文：「馬克斯派提倡以無產階級專政，先是一個根本不平等。個人專政，是一個人有特殊的權能，寡頭專政，是少數幾個人有特殊權能。一個階級的專政更不得了，乃是這一個階級整個有特殊權能。一個人專政已經吃不消，但一個人同他所用的人，終究力量有限，人民還保有若干'自由』，等到一個階級專政，那麼，到處都是專政者，人民的'自由』固然絕對沒有了，而'平等』又何在？」
12月20日的《自由中國》第三期上，又刊登了傅斯年所做的一個演講。在這篇題為《蘇聯究竟是一個什麼國家》的演講中，傅說：「蘇聯這個國家有兩大特質，第一便是中古的封建主義，加上東正教的御用思想統制。一國之內，有一部分人享有特權。全國人民只許有一種信仰，馬、列、史主義。這種政治不平等，思想不自由的現象，本是16世紀以來，人類要達到的目標。蘇聯的第二個特質是獨佔資本帝國主義。蘇聯現在只有一個資本家，這個資本家就是'國家』，'國家』就是史太林。史太林不僅是全國政治主宰，亦如專制時'朕即國家』的君主。同時，他還是唯一的資本家，從生產到分配，他可以為所欲為。史太林可以要工人'自動』減薪；自動延長工作時間；'自動』增強工作效率；舉凡共產主義國家中，資本家所不敢用不能用的方法，他都用盡了。總而言之，共產黨本是近代文明中變態心理的產物，蘇聯乃是一個集人類文明中罪惡之大成的國家。」
1948年，國民黨政權在大陸已經走向末日。據史語所陳槃回憶：「當首都倉皇之日，時有陳布雷、段錫朋二氏之歿，師（傅斯年）因精神上大受刺激，悲觀至極，頓萌自殺之念。而師未於此時殉國者，賴傅夫人愛護防範之力也。」陳氏之說後來得到了傅斯年夫人俞大綵的證實。
同年年底，傅斯年找到蔣介石，建議將一批珍貴文物資料運出北平，同時設法勸平津學術教育界知名人士離開北平赴臺灣。蔣介石批准了傅斯年的建議，由傅斯年與朱家驊負責「搶救大陸學人」。傅斯年席不暇暖，茶飯不思，奔走於交通部、教育部、行政院之間，聯繫「搶救學人」需要的飛機，並擬就了要「搶救」的學人名單。
1948年12月14日，傅斯年派飛機去北平接取大學教授，胡適、陳寅恪、毛子水、錢思亮等人隨機飛抵南京。12月21日，飛機接回了梅貽琦率領的第二批被「搶救」的學人，但相當一部分人卻由於各種各樣的原因沒有成行。據季羨林回憶，胡適到南京後曾安排專機到北平，點名要接走幾位老朋友，而他自己親自到南京機場恭候。飛機返航，艙門拉開，他滿懷希望要同老朋友會面，然而除了一兩位以外，他想接的人大多都沒有走出機艙。據說，胡適當時大哭一場。
1949年元旦夜晚，傅斯年與胡適在南京聚會共度歲末，兩人置酒對飲，背誦著陶淵明的《擬古》詩第九首：
種桑長江邊，三年望當採。
枝條始欲茂，忽值山河改。
柯葉自摧折，根株浮滄海。
春蠶既無食，寒衣欲誰待。
本不植高原，今日復何悔！
念及前途之未卜，又兼留戀故土之深情，倆人不由潸然淚下。
1949年1月19日，傅斯年飛往臺北，臺灣省政府主席陳誠親往機場迎接。20日，傅斯年正式就任臺灣大學校長。臺大中文系教授黃得時請他寫幾個字，傅斯年信筆寫下了「歸骨于田橫之島」，沒想到一語成讖。
傅斯年到臺灣後，身體已較為虛弱，但魄力絲毫不減。新官上任三把火，傅斯年的第一把火就燒得特別旺——發一份通知，告知每位教師他會不定時不定人聽公開課，不合格者當被辭退。他公開宣稱：「總統介紹的人，如果有問題，我照樣隨時可以開除。」不到兩年時間，傅斯年從臺大解聘了七十多名教師。
傅斯年上任未久，就在《臺灣大學校刊》上發表文章明確提出：「第一流的大學，不能徒然是一個教育機關，必須有他的重要學術貢獻，但是，也沒有一個第一流的大學，把他的教育忽略了的」。他提議用一年半時間，來改進臺大的各種基礎科目，同時還表示：「一個專是教書的大學，不會把書教得很好，因為學術水準低，自然不會把書教得深入淺出。所以在進行本校的教育建設上，也應該時時不忘學術的標準。」
傅斯年心中的理想模本就是三十年前的北大，學校具有民主、自由的風氣，教授享有學術自由、教學自由，而作為校長的他，就是要保障這些自由。
1949年4月6日，國民黨警備司令部指控臺大14名學生「張貼標語、散發傳單，煽惑人心，擾亂秩序，妨害治安」，進入臺大校園抓人，第二天，警備司令部的名單上又擴大到23人之多，傅斯年對此高度不滿，親自找國民黨最高當局交涉，他甚至向當時警備司令部官員彭孟緝警告：「若有學生流血，我要跟你拚命！」最後傅和臺當局談定，今後沒有確鑿證據不能隨便到臺大捕人，即使有確鑿證據逮捕臺大師生也必須經校長批准，並且相約成為一項制度。
其後，有人在報上發表文章，攻擊傅斯年就任臺大校長後，將自由主義作風帶到臺灣來，在學術自由的掩護下，所聘教授中竟有共黨分子和親共分子，以致學校成為政治上的特區，院系成為共產黨細菌的溫床。傅斯年隨後發表聲明一一予以駁斥，並斷然表示「學校不兼警察任務」、「我不兼辦警察，更不兼辦特工」。
終其一生，傅斯年面對權力，都保持著一種獨立、自由的姿態。李敖在《李敖有話說》中講了這樣一個細節：「到臺灣來以後，有一天，當時的代總統李宗仁到臺灣來，在臺北的松山飛機場要下飛機的時候，蔣介石跑去歡迎李宗仁。在松山機場的會客室裡面，蔣介石坐在沙發上，旁邊坐的就是臺灣大學校長傅斯年。傅斯年怎麼坐的？在沙發上面翹著二郎腿，拿著菸斗，就這樣叼在嘴裡，跟蔣介石指手畫腳講話。其他的滿朝文武全部站在旁邊，沒有人敢在蔣介石面前坐下。憑這一點大家就知道傅斯年在臺灣的地位。」
而對於學生，傅斯年期望他們第一是要立信，在品行上自我修煉。他說：「這一個時代，真是邪說橫流的時代，各種宣傳每每以騙人為目的，在宣傳者不過是想用宣傳達到他的目的，但是如果一個人養成說瞎話的習慣，可就不得了。人與人之間，因為說瞎話不能放心，團體與團體之間，因為說瞎話不能放心，社會上這個風氣厲害了，社會就不上軌道。」在大學裡這一觀念尤其重要，他倡導「知識的誠實」，如果沒有這樣的精神，學問不能進步，發明更談不上。「所以立信是做人、做學問一切的根本，也是組織社會、組織國家一切的根本。」
第二是勵學，「在這個苦難的時候能有這樣一個環境，已經算很有福氣了！這個遭遇，這個環境，是萬萬不可辜負的……這些年來，大學裡最壞的風氣，是把拿到大學畢業證書當作第一件重要的事上，其實在大學裡得到學問乃是最重要的事，得到證書乃是很次要的事。」重要的是「由學術的培養達到人格的培養」，「須知人格不是一個空的名詞，乃是一個積累的東西。積累人格，需要學問和思想的成分很多。」
第三是愛國，傅斯年認為這是一種本能，是對民族文化、歷史的一種認同感。
第四是愛人，「愛國有時不夠，還須愛人。愛國有時失於空洞，雖然並不一定如此。至於愛人，卻是步步著實，天天可行的……克服自私心，克服自己的利害心，便可走上愛人的大路。」
在臺大，諸如新生入學、蓋學生宿舍、學校醫院、接濟大陸來臺學生的「救濟金」、解決困難學生「申請工讀」等等這些問題，作為校長，傅斯年無時不牽掛在心。
臺大學生李亦園回憶說，自己1948年9月考入臺大歷史系，待傅斯年執掌校印後，經其策劃，考古人類學系從歷史系中分出，李想轉入該系，但其原來賴以求學的獎學金將被取消，教務處那裡不肯通融，李只得去找傅斯年。李記述說：「單獨去見他，對於一個二年級的學生來說，確實有點膽怯，不過為了自己的興趣，我終於硬著頭皮去見了。他讀了我的報告，沒有立刻表示可否，卻先問了我三個問題：一是為什麼要轉考古人類學系？我說明了我的興趣與想法後，他點頭表示滿意。在我稍嫌冗長地作著說明時，他一面燃著菸斗，呼呼地抽菸，一面注意地聽，現在想來，以他那樣繁忙的工作，卻肯聽一個初入門的學生訴說志願，實在是不多見的。接著他又問我知不知道讀人類學的人經常要去做田野工作，那是很苦而且要離家很長久的事，估量過自己能忍受得了嗎？我回答說我相信自己能忍受。接著他又問我是否知道讀這一行'冷門』，將來只有教書的前景。我表示對教書或研究都有興趣。傅先生聽完，沒有再說別的，立刻在我的報告上批了準予保留獎學金。」
傅先生關照的學生，遠不止一人兩人。傅先生常說學生是他的兒女，對學生體貼入微。他任臺大校長時，為發掘、鼓勵高才生，舉行全校作文比賽，並親自出題閱卷。據俞大綵在《憶孟真》一文中回憶說：「一日，他回家，非常興奮地告訴我，他看到一篇好文章，約作者面談，極為激賞他的文才；但該學生家境貧寒，又患深度近視。問他何以不戴眼鏡，該生默然不答。孟真去世後不久，衛生署劉瑞恆先生來我家，交來眼鏡一副，說是孟真託他在香港為某生配的。」
俞大綵還說，傅斯年「常在中午返家時，偕我到各宿舍探視，並查看學生的夥食」。傅斯年每次一進餐廳，「男生必高呼歡迎校長，女生則擁到他身旁」。
許倬雲在《回憶傅斯年》中說：「我的老師們都是聰明人，但是傅斯年先生比所有的聰明人還要高一截。他能作研究，能講演，能辦行政，能跟人來往處理各種事件，真是全才。他辦行政，權術也會玩一點，不是那麼單純的人……一般學者很少像他這樣，蔡元培先生是大菩薩，胡適先生是場面上的人物，傅先生卻是組織健將，才能結合北京大學、清華大學、中央研究院為一體。」
「他經常巡視學校各處，有時候在校園碰見，他到我們宿舍看我們吃什麼飯，嘆口氣。他和司機在門口下棋，我們圍著看。」
「傅斯年矮矮胖胖，他胖並不是因為吃得好，當時他太窮了，難得吃到一片肉，他的體型，天生如此……傅先生脾氣不好，但是愛才，對有才的教授非常器重……但是傅先生對庸才非常不在乎，脾氣跋扈，不怕褒貶。」
傅斯年對部屬管理甚嚴，大學畢業生到研究所，先關門讀三年書，第四年才準許發表文章。一次，傅斯年發現一位年輕助演冬天好曬太陽，不刻苦。某日，傅斯年有意堵在門口，不讓其出門，並且不客氣地說：「你昨日已曬夠了。」
傅斯年曾給遠在法國的李書華寫信嘆道：「弟到此辦此一大學，真正上當，大概說來：（1）辦一新大學容易，改革一個舊大學難。（2）弟在北大任內，多是老朋友，吵架固多，辦事也有甚愉快處，此地是'接受別人雜牌隊伍』。（3）基於政治情形，此地請人大不易也。簡直請誰誰不來。」
每逢臺大缺少經費，傅斯年就會親自上陽明山找蔣介石，在當時臺灣各處都需要用錢的情況下，傅每次都能滿載而歸。傅斯年的侄子傅樂成回憶說：「他（傅斯年）經常每日在校辦公6小時以上，一進辦公室，便無一分鐘的休息，有時還須參加校外的集會……他那希望臺大趕快辦好的意念，竟使他坐臥不安。」在傅斯年的努力下，臺灣大學很快脫胎換骨，迅速崛起。
據朱家驊回憶，傅斯年去世前幾天，閒談時對他說：「你把我害苦了，臺大的事真是多，我吃不消，恐怕我的命要斷送在臺大了。」
雖然身為臺灣大學校長，但傅斯年的個人生活卻相當清苦。
一次，傅斯年拿到一筆報刊文章的稿費，想託衛生署官員劉瑞恆出差到香港時買一套現成的西服，但把稿費和家裡的存款加起來一算，只能買一件上衣。傅斯年只好說：「幸虧我還有沒破的褲子，那就只買件上衣吧。」
俞大綵在《憶孟真》中記述說：「1950年12月19日，他去世的前夕，是一個寒冷的冬夜，我為他在小書室中升炭盆取暖。他穿著一件厚棉袍伏案寫作。我坐在對面，縫補他的衣襪。因為他次日要參加兩個會議，我催他早些休息，他擱下筆抬頭對我說，他正在為董作賓先生刊行的《大陸雜誌》趕寫文章，想急於拿到稿費，做一條棉褲。他又說，你不對我哭窮，我也深知你的困苦，稿費到手後，你快去買幾尺粗布，一捆棉花，為我縫一條棉褲，我的腿怕冷，西裝褲太薄，不足以禦寒。」
過了一會兒，傅斯年起身滿臉疲倦地打了個哈欠，突然指著壁上的書架說：「這些書，還有存於史語所一房間的書，我死後留給兒子。我要請董作賓先生制一顆圖章，上刻'孟真遺子之書』幾個字。」言畢長嘆一聲，又一反常態地對俞大綵說道：「你嫁給我這個窮書生，十餘年來，沒有過幾天舒服的日子，而我死後，竟無半文錢留給你們母子，我對不起你們。」俞大綵後來回憶說：「我一向不迷信，難道這幾句話就是他的遺言？夜深了，窗外吹起一陣寒風，室內盆中的炭已化成灰，我猛然感到一陣透骨的寒冷。」
1950年12月20日，傅斯年出席臺灣省參議會，答覆有關臺大校政校務的質詢，當日提問者是參議員郭國基，人稱「郭大炮」。郭國基提出的主要有兩點：一是要求放寬臺大的招生尺度，認為臺灣大學用的是臺灣人的錢，就應該多聘臺籍教授，多取臺灣土著學生；二是國民黨教育部從大陸運到臺灣保存在臺灣大學的教育器材的失盜事件。後一件事出在臺灣大學，令一向嫉惡如仇的傅斯年深受刺激，他曾在報紙上發表聲明，表示要除惡務盡，現在郭國基再次提起，傅斯年仍然顯得相當激動。解釋完後，傅斯年慢步走下講壇，突然，他臉色蒼白，步履踉蹌，說了一句「不好！」便倒在上前攙扶他的陳雪屏懷中。
許倬雲對此記述說：「他（傅斯年）被質詢，因為臺大的經費是臺灣省的，一個議員非常不講理，問他：「你要這麼多經費幹什麼？」他說：「我要蓋房子給學生住。」又問他：「為什麼一個房間裡只能住六個人？為什麼課堂不能白天晚上分兩班教？」傅先生回答：「你們能不能把學生當人看？」說完，就倒下了。」
蔣介石聞訊後，立即派「行政院長」陳誠前去指揮，動員臺灣所有名醫，不惜任何代價搶救傅斯年，他本人則守候在電話旁，焦急等待陳誠每半小時的匯報。蔣介石的關心沒能挽救他，傅斯年因腦溢血於當日去世，享年54歲。
之後，「參議會副議長」李萬居對外宣布：傅先生棄世了。這位議長的國語不太標準，以致一些記者把「棄世」聽成了「氣死」，這個消息如同一枚炸彈在臺大學生中炸開了。臺大學生打著「痛失良師」的旗幟，圍攻「省參議會」，要收拾郭國基。
遠在海峽此岸的陳寅恪聽聞傅斯年離世，以《〈霜紅龕集?望海詩〉雲「一燈續日月，不寐照煩惱。不生不死間，如何為懷抱」感題其後》為由，賦七絕一首，隱晦地表達了對故友的悼念：「不生不死最堪傷，猶說扶餘海外王。同入興亡煩惱夢，霜紅一枕已滄桑。」
羅家倫
好友羅家倫評價傅斯年是「縱橫天岸馬，俊奇人中龍」，並說「孟真的號召力和攻擊精神，則與伏臺爾（伏爾泰)相似。他們都願意為自由和開明而奮鬥。對於黑暗和頑固有強大的摧毀力，而且愛打抱不平，也是相似之處。不過伏臺爾不免刻薄，而孟真則坦白率真。」
李濟也沉痛地說，傅斯年的個人風格頗類似於法國啟蒙運動大師伏爾泰，兩人「在反對愚昧一點，的確相像。最可惜的是伏爾泰活到84歲，把他要寫的都寫完了，但孟真只活到54歲就死了。他滿肚子的學問，滿肚子的見解，正在成熟的時候，正在開始寫的時候，忽然死去，真是最可傷心的事，不可補償的損失。」
傅斯年逝世後葬於臺灣大學校園，校內設有希臘式紀念亭傅園及傅鍾。其中，傅鍾啟用後成為臺大的象徵，臺大每節上下課會敲響傅鍾二十一聲，因為傅斯年曾說過：「一天只有二十一小時，剩下三小時是用來沉思的。」
1946年，傅斯年出任北大代理校長後不久，曾因高血壓病復發，攜妻子赴美國治病。回國時，夫婦倆把13歲的兒子傅仁軌留在美國讀中學，託付友人和門生照顧。
李莊古鎮——西南聯大的分支
《發現李莊》的作者岱峻說：「我曾向人打聽傅斯年先生的這一血脈的下落。知情者說，傅仁軌在美國再也沒有回來過。與臺灣和大陸都沒有任何聯繫。他在美國缺少教管，書也沒好好念，學嬉皮士，窮愁潦倒，荒蕪一生。他的母親臺灣大學教員俞大綵為此終生後悔。」
2004年８月，岱峻意外地收到一封寄自美國的信。
尊敬的岱峻先生：我幸運地讀到了《發現李莊》，這是一本十分有趣的書，它仿佛把我帶回了過去的時光。願好運賜給你。信是用英語寫的，只有籤名用中文歪歪扭扭地寫了三個大字——傅仁軌。
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