在佛法中，只有唯識學的認識論、方法實踐論是完整的、有效的，所以玄奘法師才極盡全力弘揚闡發唯識妙理。人不能離開思想進行思維，不能離開邏輯來理解事物，唯識學的種子論就是構成人的思想邏輯的基本要素。學習唯識學種子論，是徹悟唯識奧蘊的玄機。
種子論的意義在於為唯識學的內在認識提供了堅固的基石，唯識學把世界的原理，納入種子的範疇中進行研究與揭示。在某種意義上講，唯識學就是研究種子與現行之原理，講轉識成智。凡人之識有分別、妄想、迷執，轉為智後就消滅虛妄分別，遠離顛倒妄想，消除了我法二執，這樣才能達到轉識成智，證得無上菩提。所以必須要聽聞正法，薰習成為一種清淨種子，達到染汙種子逐步消滅，善法種子逐步增長，最後達到真正轉識成智，完成佛果。
一、何謂種子
種子，就是生起宇宙萬法各別不同現象的功能。此功能是潛伏在第八識中，能夠親生自果的潛在功能。《成唯識論》卷二云：「謂本識中親生自果功能差別。」在阿賴耶識之中含藏產生色、心諸法現行的功能，這就是種子。此功能遇到一定的因緣即可產生行果。如春天各類植物的種子，只要遇到陽光、水分、土壤等緣，就可生根、發芽、開花、結果。此親生自果之功能，即是什麼因產生什麼果，因果不相雜亂。也就是攝藏於第八識中能夠親生自果的潛在功能就是種子。潛在力量可以推動生命的延續，事物的發展。
世間的各種現象均離不開種子。如現代物理學講，沒有「能」事物就不會產生和發展，這種「能」就是相當於唯識學的種子。唯識學講，有種子才有主觀世界和客觀世界，即包括精神、物質界。宇宙萬有，都離不開種子。總之，一切有漏、無漏的色心諸法，無不從第八阿賴耶識中的功能開發而來，這種開發的功能就是所謂的種子。但作為種子必須具足：剎那滅、果俱有、恆隨轉、性決定、待從緣、引自果等六種性質。
一、剎那滅：即種子的自體一定是有為剎那生滅之法，有生滅轉變，才能結果；反之，就無果的產生。假如不是剎那生滅，則不能起變化作用。
二、果俱有：指種子必須要能生、所生二條件的和合方行。即種子現行的時間，其能生的種子和所生的現行，必須同時俱有，不得相離。
三、恆隨轉：即種子恆時一類的相續，沒有間斷，沒有轉易。諸法中恆時相續者，唯第八阿賴耶識。轉易間斷與種子法不相應故。
四、性決定：謂種子要隨其能燻因力的善惡等性各別決定，即善種子決定生起善的現行，惡種子決定生起惡的現行，決不可以混亂。此遮餘部執異性因，生異性果。
五、待眾緣：種子必須待種種助緣的和合始能發生果報，決不能單獨現行。這是針對外道所執的自然頓生的迷執而立的。
六、引自果：指種子必須要色心各自引生自果，即色法由色法的種子生，心法由心法的種子生，絲毫不能差錯。這是針對外道所執的萬法由大自在天一因生的迷妄而立的。
二、種子的起源
據《述記》載：關於種子來源的問題，佛滅後一千年左右，唯識學很昌盛，於十大論師中，曾有過三種不同的觀點。
1、護月論師認為種子，無論有漏無漏種，善惡種都是本有的，所謂本有者就是生性帶來的，先天有的。如中國儒家孟子講，人之初，性本善；荀子講，人之初，性本惡。護月論師說，薰習只是增長養成本有種子而已。
2、難陀論師主張新燻，一切種子都是後天燻的，人生本來是一張白紙，把它塗成什麼顏色就是什麼顏色。如遇邪師惡友就薰習惡法，親近良師益友就薰習善法。他說：能燻與所燻無始以來就同時存在。種子又名習氣，說明由燻而有。
3、護法論師，主張即本有又親燻，種子即有先天的，又有後天的。如佛性本有，眾生都具，一直延續在佛果，佛種都保持著，只因眾生無始以來，被無明障蔽不顯，若學佛修行多聞薰習，淨種增長，惡種逐步消滅，佛性種就可顯發，這就由於新燻。其中有「理佛性」和「行佛性」。理佛性就是本有的，行佛性就是後天薰習的。「行」即修行，修行就是必須多聞薰習，佛性若本來沒有就無從開發。如開金礦、銀礦，礦裡本身沒有金銀，你怎麼再開發也沒有。可見眾生本來有佛性，但由於無明障蔽了，所以不顯，一旦經明師善友指點，精進修行，佛性就能開發出來，使佛果靈珠(真性)放光。若遇邪師惡友，聽了邪教，惡教變燻成了惡種子，佛性被越蓋越厚，流轉的時間也就越來越久。本有種子叫本性住種，新燻種子名習所成種。
這三種觀點之間有過激烈的爭認，最終結果是，護法的觀點得到大多贊同，甚至後來還一直被視為「唯識正義」。其中的原因是，一方面因為護法那種既主張「本有」又強調「新燻」的觀點相對於其他說法的確圓融得多，並且可以說是一種卓見慧識；另一方面，護法本人又是唯識思想嫡傳後學，種子說由此而來。
三、種子的種類
種子可分為二類：一是本有種子，二是新燻種子。本有種子是無始以來就在第八阿賴耶識的自體中具足，而能開發萬法的功能勢力。功能就是種子的別名，同時，也是表其特性的，也叫性能，是含有力量和作用的意思。如一芥子中含藏無量種子的功能一樣，有龐大的性能。因它是先天固有的，所以名本性住種。新燻種子與本有種子相反，不是原來就有的，而是通過互相薰習而來的。這是由於七轉識的作用，在第八識的自體中，再為薰習現行的習氣，故又名習所成種。諸法的生起，除了見道初剎那的無漏智，是從本有種子生起外，其作的一切法，無不由本有、新燻二種子的和合而生。
按其性質，（一）從有漏無漏分，流轉生死的有為法就是有漏種子；屬於解脫法門燻成的就是無漏法種子。有漏即有煩惱，有變化的；無漏即清淨不變的。（二）以三性分，1，善性有人天善、解脫善、菩薩善。人天善即修五戒十善法；解脫善即修戒定慧的解脫行，菩薩善就是以悲願心修六度四攝等。2，惡性就是造五逆十惡，如殺父、殺母、出佛身血、焚毀寺廟、破和合僧等，為五逆；十惡即、殺、盜、淫、妄等。3，無記,就是非善非惡的中性。（三）名言種子和異熟種子，凡是可以用語言文字了解的，屬第六意識的範圍所燻成的種子，叫名種子。此限於第六意識，叫表義名言。另有顯境名言，指前七轉識有緣外境的作用、由緣境所燻成的種子可由名言顯示就叫顯境名言。異熟種子又名業種子，是有漏善惡的前六識所薰習的種子。此種子性能很強，作為增上緣能助長將來感各種異熟果，引生總別二報。即於第六識相應心所，依身、口、意三造作善惡等業，燻自識心所種子於阿賴耶識。引遠果使業力不絕為牽引因。
由此可以看出我們人之所以流轉生死，並有種種不同的果報，就是因為七轉識對外境起攀緣，執有實在的我法，致使身口意造作種種業，由此業種聚集在第八識中，因緣成熟又感未來的果報體。都是因為我們所種的業種子不同，若種善種即得善報，種惡種即得惡報，若多聞薰習，持戒修行即可轉染成淨，轉識成智，(即轉染汙的前五識為成所作智、轉第六識為妙觀察智、轉第七識為平等性智、轉第八識為大圓鏡智)，出離生死輪迴，得到人生的解脫，成就大菩提果。
四、種子與識及現行因果的關係
1、種子與識的關係：種子是藏於第八識自體中的生果功能，非離了第八識另有異體的存在。二者的關係：從體用上說，第八識是有情的主體，種子是其作用，攝用歸體，其性都為無記，故非異。若體用別說，第八識的體是無記性，而種子為三性諸法所生，又生起三性諸法現行，故非一。從因果上說，第八識是現行，種子是生因，兩者間有因果關聯。相順不相違，其性不異。但種子是隱伏於第八識中的能生作用，現行是其所生果，且已顯現故，其一隱、一顯，故非一。從體用、因果二門看，有不異不一的關係。《攝大乘論講記》亦云：第八識與種子，是不一不異的渾融，有種子識之稱，可見第八識對種子，一方面要保持體用與因果關係，一方面又要為七轉識薰習新生種子的場所——燻處。但種子的薰習，必須要有能燻法和所燻處的和合。所燻是第八阿賴耶識，它是無覆無記性。以其本身力量很薄弱，無抗拒力，所以受燻。能燻是前七識心、心所法，有強有力的活動性，這種活動即是我們的行為動作，心思意想等，由此活動力能燻第八識。總之，這薰習義明顯的說，就是能燻法與所燻法俱時和合，由能燻法擊發所燻法，能令未生的種子，新生起來，令已生的種子，燻令增長。然而，能燻和所燻必須具備四個條件才能進行薰習作用。
(一)所燻四義：
(1)堅住性：即從始至終，其性質一類相續不斷，沒有變易，此簡別不是前七識和色法等，有變易故，非堅住性。
(2)無記性：為所燻的法，一定是勢力庸劣，性是無覆無記的，這樣才能夠不與能燻的善惡法相違，能受燻善惡等習氣，如善法不能受惡法燻，惡法不能受善法燻。此遮善染，勢力強勝，無所容納，故非所燻。
(3)可燻性：即本身是自在，又不是一種常住堅密的實體，因此非自在的假法和常住堅密法就是不能受燻。如依於他起的心心所法、色法和堅密常住的無為法都不能受燻。
(4)與能燻共和合性：此謂所燻與能燻和合，須同時同處，不即不離。若不同時同處，則無關係，不可以言和合。如講經說法，說法者與聽法者合無間才能接受。
(二)能燻四義：
(1)有生滅：即有為生滅法，剎那剎那的轉變，若無生滅轉變就不能產生現行果報。如同種子，要生滅轉變，才有作用生起現行果法，此遮無為法，前後不變無生長作用，故不能為能燻法。
(2)有勝用：謂有能緣而強勝的作用，能緣的作用就是心、心所法，強勝的勝用就是心、心所法的善性、惡性、染汙性，如此就有燻種能力。此遮異熟心心所等勢力贏弱，故非能燻。
(3)有增減：在作用上尚要有增減的性質，方能薰習種子。此遮佛果圓滿的善法，無增無減，不可成為「能燻。」
(4)與所燻和合性：謂前七識現行時必須與根本識同時同處互相相應，這樣才能產生種子。此遮他身相望及前後異時，無和合相應，不能為能燻法。具此四義為是能燻。
2、種子與現行的因果關係
關於種子與現行之因果關係，分為二種：一、同時因果；二、異時因果。
(1)同時因果者：即含藏於第八阿賴耶識中的每一種子，一但與眾緣和合時，頓時現行，生起各自的果法，這種情形是名種子生現行。種子現行之際有一種強盛的勢力，剎那間薰習於第八識自體中是名現行燻種子。這種種子生現行現行燻種子的互為因果的情形，猶如燈炷，能生火焰，故燈炷是能生火焰生因，火焰生起的同時焰能燒炷，所以焰是燒炷之燃因，炷為焰生因，焰為炷燃因，同時間更互相為因果。又如蘆束的三腳互相依持，阿賴耶識所藏的種子，種現燻生，能燻雜染法與所燻第八識同時互為因果亦爾。由此說明種子與現行，沒有後的分別。
(2)異時因果：即一切種子，由無始以來，含藏於第八阿賴耶識中，前剎那種子，生後剎那種子，前滅後生，自類相續，猶如川流，晝夜不息，是為種子生種子。又如我們人的生命體，由前世的業力引生現世的果報體，今生所造的善惡業又將引生未來的果報體。這種前生後滅，自類相續的生滅，就名異時因果。
總之，以上所說的種子生現行，現行燻種子，種子生種子，有情自無始以來，展轉相續生滅不斷。就是從第八識中的種子所生的七轉識現行諸法；而又薰習種子於第八識中生滅相續；遇緣具足又生現行。中間雖經過百千萬億的變化，而始終沒有超越過這個歷程。
佛法依緣起建立流轉還滅兩大門，就是因為有種子識。流轉是生死往來，還滅是生死解脫；如何解除生死的系縛，獲得涅槃的解脫，可說是學佛的唯一目的，唯有達到這個目的，才能完成學佛者的能事。有情的生命體，是色、受、想、行、識五蘊的組合，但組合的五蘊，不一定要流轉在生死中，只因眾生智慧被無明覆蓋，不明諸法實相之理，執有實在的我法，而貪戀執著，致使殺、盜、淫、妄，由此煩惱系縛的牽引，不得在不生死中流傳。若以智慧通達諸法，離去愛取的煩惱，棄捨惑業所感的五取蘊身，永遠離去五蘊的系縛，入於究意的無餘涅境界，就能真正得到徹底的解脫。《阿毗達磨大乘經》亦云：「無始時來界，一切法等依，由此有諸趣，及涅槃證得。」頌中的「界」字，是指諸法的種子，亦即一切法所依的因體，因無始來有這有漏諸法的種子，所以就有了生死流轉的諸都，等到將諸有漏種子滅去，就可證得清淨還滅的涅槃。
種子識就是染淨諸法之所依。煩惱所知的二障，皆是根本第八識之所執的；菩提涅槃的二果，亦間根本識之所本具的。佛法常舉譬喻說：根本識所執持的煩惱所知的二障，如金礦中惡夾雜了一種粗重的礦垢，有了這種粗重的礦垢夾雜在裡面，那金子就有了雜質而不能稱為純金。當知我們的菩提涅槃也是如此，有了煩惱所知二障的粗重，夾雜在裡面便不能活潑的自由自在困想得到心智的活潑自在，非用猛烈的智慧之火，煉除我們的必垢的轉去向來依住於阿賴耶識中的一切雜染不清淨的諸法種子，而使它成為無漏的，清淨的。如是則須修聞思修之慧，特別是多聞薰習。如《華嚴經》善財童子五十三參，讀誦經典，親近善知識，把世俗之見改為正見，用功辦道。《法句經·多聞品》言：「多聞令志明，已明智慧增，智者博解意，見義行法安。」即說能夠多聞，你的志向就明白了，善惡是非就有比較了，就能走正道，有利於人，有利於己，故說多聞令志明，已明智慧增。既然志明慧增就可體驗一切，了達真理，在行動方面就會如理如法，不單自己身心安樂自在，還可使別人達到身心安樂自在，圓滿自利利他行，成就佛果。
五、唯識學建立種子的理論意義
夢羅萬象的宇宙萬有，是多樣性和變化性的世界，為了在觀念上把這個世界關係闡明，唯識學建立了符合自身理論旨趣的種子論。人是通過心識功能來認識世界和自我的，心識的有意活動，就是一種模擬過程，在某種意義上講，唯識學就是內心模擬思維學，種子是內心虛擬世界的單元。唯識學認為，轉染成淨，轉識成智，首先要對心識內在的功能進行如理認識和向智化方面轉移。唯識學是了別學，是對符號性世界的認識學。不知道唯識學的特殊性，就無法真正得到唯識學的底蘊。唯識學為了說明認識的發生，當然認識與存在是同一規律，對唯識的認識就等於對存在的認識。認識就是世界，世界就是認識。在方法論上，不建立種子論，就無法描述認識存在之過程。
中觀學講發生論只在因緣無性上講，真常學講發生論，全在於一心真如之體上講，唯識學與它們都有不同。唯識學認為中觀學式的因緣論可以把現象實理講出，但無從說明認識的邏輯關係，種子論的提出就是要克服中觀學在認識論上的不足。真常學之發生論是一種一體多用論，在唯識學看來，這違反因果規律，至少在世俗諦上是這樣的。為了說明什麼因得什麼果，或者說什麼果必有什麼因，所以唯識學才建立種子論。