結構生物學家，西湖大學校長、清華大學生命科學與醫學研究院院長、歐美同學會副會長
從小到大，我感性思維多一些，不善於讀書。85至89年在清華生物系讀本科期間，從未讀過任何一種英文專業期刊。我受到的與英文閱讀相關的訓練一共只有兩個。一是我在1986年暑假期間選修的時任系主任的蒲慕明老師開設的《生物英語》系列講座，隱隱約約記得蒲先生讓我們閱讀一些諸如DNA雙螺旋發現之類的科普性英文文章，很有意思。但時間較短，暑假過後也沒有養成讀英文文章的習慣。二是《生物化學》這門課。與現在的清華生命學院形成鮮明對比，我上大學期間的所有基礎課和專業課都是採用中文教材、中文講課，只有鄭昌學老師講授的《生物化學》採用了Lehninger的Principles of Biochemistry，而且鄭老師要求我們每個學生每次課後閱讀10-20頁教材。我們同學大多感覺到專業英文閱讀有所提高。1990年4月至7月初，我在依阿華州Ames小鎮的Iowa State University度過了初到美國的前三個月，其中大部分時間在Herbert Fromm教授的實驗室做輪轉（rotation），跟隨劉峰和董群夫妻兩人做研究（劉峰現在University of Texas Health Science Center做教授）。當時感覺最困難的就是讀專業論文。有一次，Fromm教授要求我在組會上講解一篇Journal of Biological Chemistry的文章，我提前兩天開始閱讀，第一遍花了足足六個小時，許多生詞只能依靠英漢詞典，文章中的有些關鍵內容還沒有完全讀懂，當時的感覺是JBC的文章怎麼這麼長、這麼難懂？！真有點苦不堪言。為了能給Fromm教授和師兄師姐留下好印象，第二天又花了好幾個小時讀第二遍，還做了總結。第三天我在組會上的表現總算沒有給清華丟臉。但是，前前後後，真搞不清楚自己為了這一篇文章到底花了多少時間！90年7月我轉學到約翰霍普金斯大學以後，與本科來自北大的虞一華同在IPMB program。虞一華大我一歲，來巴爾地摩之前已經在夏威夷大學讀了一年的研究生，對於科研論文的閱讀比我強多了。他常常在IPMB的辦公室裡拿著《科學》和《自然》周刊津津有味地閱讀，看得我很眼饞，也不理解其中那些枯燥的文章有什麼意思。他告訴我：他在讀很有意思的科學新聞。科學新聞能有什麼意思？虞一華給我講了好幾個故事：洛克菲勒大學校長諾貝爾獎得主David Baltimore如何深陷泥潭、人類基因組測序如何爭辯激烈、HIV病毒究竟是誰發現的，等等。我還真沒有想到學術期刊上會有這麼多我也應該看得懂的內容！從那時起，每一期新的《科學》和《自然》一到，我也開始嘗試著閱讀裡面的新聞和研究進展介紹，這些內容往往出現在「News & Comment」「Research News」「News & Views」「Perspectives」等欄目，文筆平實，相對於專業的科研論文很容易讀懂。有時，我還把讀到的科研新聞講給我的同事朋友們聽，而同事的提問和互動對我又是更好的鼓勵。除了《科學》和《自然》，我也常常翻看《科學美國人》(Scientific American）。與《細胞》(Cell)、《生物化學期刊》（JBC）等非常專業的期刊不同，《科學》和《自然》裡面有相當一部分內容是用來做科普教育的。《科學》周刊的「Perspectives」和《自然》周刊的「News & Views」欄目都是對重要科學論文的深入淺出的介紹，一般1-3頁，讀起來比較通俗易懂，較易入門。讀完這些文章後，再讀原始的科學論文，感覺好多了！而且可以把自己的體會與專家的分析比較一下，找找差距，有時甚至也能找回來一點自信！從1998年在普林斯頓大學任職到現在清華大學做教授，我總是告訴自己實驗室的所有年輕人（包括本科生、碩士生、博士生、博士後）下面這幾點讀科研論文的體會，也希望我的學生跟我學：1．請每位學生每周關注《科學》和《自然》。（生命科學界的學生還應該留心《細胞》）。如果時間有限，每周花一個小時讀讀這兩種周刊裡的文章標題以及與自己研究領域相關的科研論文的abstract,即可！這樣做可以保證一個學生基本上能夠跟蹤本領域最重要的發現和進展，同時開闊視野，大概知道其它領域的動態。2．在時間充足的情況下，可以細讀《科學》和《自然》裡的新聞及科研論文。如果該科研論文有「News & Views」或「Perspectives」來介紹，請先讀這些文章，這類導讀的文章會提煉問題，就好比是老師事先給學生講解一番論文的來龍去脈，對學生閱讀原始論文有很大幫助。3．在讀具體的科研論文時，最重要的是了解文章的主線邏輯。文章中的所有Figures都是按照這個主線邏輯展開描述的。所以，我一般先讀「introduction」部分，然後很快地看一遍Figures。大概知道這條主線之後，才一字一句地去讀「results」和「discussion」。4．當遇到一些實驗或結果分析很晦澀難懂時，不必花太多時間深究，而力求一氣把文章讀完。也許你的問題在後面的內容中自然就有解答。這與聽學術講座非常相似！你如果想每個細節都聽懂，留心每一個技術細節，那你聽學術講座不僅會很累，而且也許會為了深究一個小技術環節而影響了對整個講座邏輯推理及核心結論的理解。5．對個別重要的文章和自己領域內的科研論文，應該精讀。對與自己課題相關的每一篇論文則必須字斟句酌地讀。這些論文，不僅要完全讀懂，理解每一個實驗的細節、分析、結論，還必須聯想到這些實驗和結論對自己的課題的影響和啟發，提出自己的觀點。6．科學論文的閱讀水平是循序漸進的。每個人開始都會很吃力，所以你有這種感覺不要氣餒。堅持很重要，你一定會漸入佳境。當你有問題時或有絕妙分析時，應該與師兄師姐或找導師討論。7．科研訓練的一個重要組成部分就是科研論文的閱讀。每一個博士生必須經過嚴格的科研論文閱讀的訓練。除了你自己的習慣性閱讀外，你應該在研究生階段選修以閱讀分析專業文獻為主的一至兩門課，在實驗室內也要有定期的科研論文討論（Journal Club）。如果你的實驗室還沒有這種討論，你們學生可以自發地組織起來。8．前面幾條都是討論如何提高科研論文的閱讀能力，但是一旦入了門，就要學會critical reading。不要迷信已發表的論文，哪怕是發表在非常好的期刊上。要時刻提醒自己：該論文邏輯是否嚴謹，數據是否可靠，實驗證據是否支持結論，你是否能想出更好的實驗，你是否可以在此論文的基礎上提出新的重要問題？等等。天外有天，讀科研論文是一件很簡單、但也很深奧的事情。一般的學生常常滿足於讀懂、讀透一篇好的論文，優秀的學生則會舉一反三、通過查找references縱深了解整個領域的歷史、現狀，並展望該領域未來的可能進展。我從1990年對學術論文一竅不通到96年博士後期間的得心應手，還常常幫助同事分析，自以為水平了得。但是有一件事讓我看到了自己的嚴重不足，頗為羞愧。1996年，是SMAD蛋白發現及TGF-b信號轉導研究的最激動人心的一年，哈佛醫學院的Whitman實驗室在十月份的《自然》雜誌上以「Article」的形式發表了一篇名為「A transcriptional partner for MAD proteins in TGF-b signaling」的文章。讀完之後，正好遇到TGF-b領域的著名學者Joan Massague,我對Joan評論說：I’m not so sure why this paper deserves a full article in Nature. They just identified another Smad-interacting protein, and the data quality is mediocre. 完全出乎我的意料，Joan馬上回應我：I disagree! This paper links the cytoplasmic Smad protein into the nucleus and identifies a transcription factor as its interacting protein. Now the TGF-bsignaling pathway is complete. It is a beautiful Nature article! 這件事對我觸動極大：原來大師的視野和品位遠遠在我之上。從那以後，我也開始從整個領域的發展方面來權衡一篇文章的重要性，這件事對我今後為國際重要學術期刊審稿、自己實驗室選擇研究課題都起到了相當重要的作用。如今，我閱讀一篇本領域內的科研論文，非常順利，而且常常可以看出一些作者沒有想到或分析到的關鍵點。回想從前，感慨萬千，感謝蒲慕明、鄭昌學、虞一華、John Desjarlais、Jeremy Berg、Joan Massague等一批老師和同事對我的幫助。我很留心，也很用心。希望所有的學生也能通過努力和堅持對英文科研論文的閱讀得心應手！
【延伸閱讀】
如何提高英文的科研寫作能力作為一個科研工作者，在國際學術期刊上發表科研論文是與同行交流、取得國際影響的必經之路。有些國內的科學家，實驗做得很漂亮，但常常苦惱於論文的寫作力不從心，成為國際交流的一大障礙。本文從博主的親身體驗出發，給博士生、博士後、以及年輕的PI提供一個借鑑。文章最後做簡短總結。 我大學時的同班同學都知道，那時我的英語不算好（英語四級考試僅為「良」），寫作尤其糟糕。初到美國之時，對英文環境適應得很差，讀一篇JBC的文章要五、六個小時，還常常不理解其中一些關鍵詞句的意思,心裡壓力極大。 很幸運，我在約翰霍普金斯大學（Johns Hopkins University）攻讀博士學位時，1991年4月遇到了學兄和啟蒙老師John Desjarlais。聽了我的苦惱後，John告訴我，「Spend 45 minutes every day reading Washington Post, and you will be cruising with your written English in two years」(每天花45分鐘讀《華盛頓郵報》，兩年後你的寫作能力會得心應手)。這條建議正合我意——我原本就對新聞感興趣！於是，我每天上午安排完第一批實驗後，都會在十點左右花一小時的時間閱讀《華盛頓郵報》，主要看A版(新聞版)。剛開始，我一個小時只能讀兩、三個短消息或一個長篇報導，中間還不得不經常查字典看生詞。但不知不覺間，我的閱讀能力明顯提高，1992年老布希與柯林頓競選總統，我跟蹤新聞，常常一個小時能讀上幾個版面的消息或四、五個長篇報導，有時還把剛看到的新聞繪聲繪色地講給師兄師姐聽。 閱讀直接提升了我的英文寫作能力。看完一些新聞後，我常常產生動筆寫自己感想的衝動。92年巴塞隆納奧運會，中國遊泳隊取得了四金五銀的好成績，美國主要媒體紛紛指責這是中國運動員服用違禁藥物，但沒有任何檢測的證據，完全憑美國運動員的感覺。此事讓我很氣憤，我生平第一次給《華盛頓郵報》和《巴爾的摩太陽報》（The Baltimore Sun）各寫了一封信，評論報導的不公平。沒想到兩天後《巴爾的摩太陽報》居然原封不動的把我的信刊登在「讀者來信」欄目，同事祝賀，我也洋洋得意。受到此事鼓勵，我在此後三年多的日子裡，常常動筆，有些文章發表在報刊上（大部分投稿石沉大海），也曾代表中國留學生寫信向校方爭取過中國學生的利益。有時還有意外的驚喜。95年的一天，一位朋友打電話告訴我：今天出版的《巴爾的摩太陽報》上有我的評論文章！我急匆匆趕到街頭買來5份報紙，果然，在A版的倒數第二頁，以15x15釐米的篇幅發表了我一個多星期前寄給報社、本以為不會發表的一篇抨擊吳宏達的文章。 以上是簡述我個人英文寫作提升的一段過程。但是，科研論文不同於讀者來信，有其專業特點、甚至是固定格式。1994年，我第一次完整地寫科研論文，感覺很差。好不容易寫完的文章，連我自己都不願意讀第二遍；勉強修改之後，交給了老闆Jeremy Berg。他拖了三周沒看我的文章，我實在忍不住了、去催他，上午9點，Jeremy告訴我：今天看！11點，我去他辦公室催，秘書攔住我，說Jeremy正在辦理重要事務，兩點前不得打擾。我心裡惴惴，不知Jeremy在幹什麼。下午一點半，Jeremy急匆匆過來找我，拿了一疊紙， 「This is the draft. Please let me know what you think. We can aim for a Science report.」（這是初稿，你看看如何，我們可以試試《科學》）我仔細一看，天啊！一共7頁，四個多小時Jeremy已經把文章的整體寫完了，只是缺少Method和 references。讓我鬱悶的是，他根本沒有用我的初稿。 【其實，寫文章貴在一氣呵成。我也沿襲了Jeremy的風格。2006年10月，在我們處於劣勢的激烈競爭中，有兩個課題面臨被 scoop的危險，我曾經兩次、一晚上趕一篇文章。10月15日，傍晚8點左右開始寫、通宵，第二天早晨10點完成一篇按照《細胞》雜誌格式的論文，包括abstract, introduction, results, discussion，仔細閱讀一遍後於下午4點半完成網上投稿。這篇文章最終發表在12月份《自然》的子刊《結構與分子生物學》上（電子版於11月10日發表）。另一篇，10月18日，晚6點開始寫、通宵，第二天早晨8點完成，上午9點半完成投稿，最終發表在12月15日的《細胞》上。當然，能通宵完成一篇文章，還有一個重要前提，就是對研究領域非常熟悉，對文章整體的大概思路已經深思熟慮，所有的Figures都事先做好了。這些前期工作即使全身心投入也需要3-4天。】從1994年自己寫第一篇科研論文的艱難到現在寫起來得心應手、駕輕就熟，我總結出如下經驗： 1．要寫好科研論文，必須先養成讀英文文章的習慣，爭取每天30-60分鐘。剛開始可以選擇以讀英文報紙、英文新聞為主，逐漸轉為讀專業雜誌。我會在近期專門寫一篇博客文章介紹一套行之有效的增強讀專業雜誌能力的辦法。 2．寫科研論文，最重要的是邏輯。邏輯的形成來自對實驗數據的總體分析。必須先討論出一套清晰的思路，然後按照思路來做圖(Figures)，最後才能執筆。 3．具體寫作時，先按照思路（即Figures）寫一個以subheading為主的框架，然後開始具體寫作。第一稿，切忌追求每一句話的完美，更不要追求詞語的華麗，而主要留心邏輯（logic flow），注意前後句的邏輯關係、相鄰兩段的邏輯關係。寫作時，全力以赴，儘可能不受外界事情幹擾（關閉手機、座機），爭取在最短時間內拿出第一稿。還要注意：一句話不可太長。 4．學會照葫蘆畫瓢。沒有人天生會寫優秀的科研論文，都是從別人那裡學來的。學習別人的文章要注意專業領域的不同，有些領域（包括我所在的結構生物學）有它內在的寫作規律。科研文章裡的一些話是定式，比如 「To investigate the mechanism of …, we performed …」, 「These results support the former, but not the latter, hypothesis …」, 「Despite recent progress, how … remains to be elucidated …」 等等。用兩次以後，就逐漸學會靈活運用了。在向別人學習時，切忌抄襲。在美國一些機構，連續7個英文單詞在一起和別人的完全一樣，原則上就被認為抄襲（plagiarism）。 5．第一稿寫完後，給自己不要超過一天的休息時間，開始修改第二稿。修改時，還是以邏輯為主，但對每一句話都要推敲一下，對abstract和正文中的關鍵語句要字斟句酌。學會用「Thesaurus」（同義詞替換）以避免過多重複。第二稿的修改極為關鍵，再往後就不會大改了。 6．第二稿以後的修改，主要注重具體的字句，不會改變整體邏輯了。投稿前，一定要整體讀一遍，對個別詞句略作改動。記住：學術期刊一般不會因為具體的語法錯誤拒絕一篇文章，但一定會因為邏輯混亂而拒絕一篇文章。 這套方法行之有效，我對所有的學生和博士後都會如此教導。我的第一個博士後是柴繼傑，1999年加入我在普林斯頓大學的實驗室。繼傑當時的英文閱讀和寫作能力很差。我對他的第一個建議就是，「每天花半小時讀英文報紙」。難能可貴的是：他堅持下來了！經過幾年的努力，2004年繼傑已經能寫出不錯的grant proposal，2006年他的第一篇獨立科研論文發表在Molecular Cell上，隨後相繼在《自然》發表兩篇、在其它一流學術期刊發表十多篇論文。寫作能力開始成熟。 發表論文是一件值得高興的事情，但要明白：論文只是一個載體，是為了向同行們宣告你的科研發現，是科學領域交流的重要工具。所以，在科研論文寫作時，一定要謹記於心的就是：用最簡單的話表達最明白的意思，但一定要邏輯嚴謹！其實，中文和英文論文皆如此！
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