百科中有作者給出了「司令部亦稱參謀部」的錯誤答案，是非常不專業的，注意「司令部」跟「參謀部」絕不是同一個軍事機構。我們舉個最簡單的例子，二戰期間德軍就同時存在陸軍總司令部和陸軍總參謀部，從1941年底莫斯科慘敗開始，「武裝部隊最高統帥」兼任了陸軍總司令一職，知名不具。為什麼小鬍子沒有直接兼陸軍參謀總長呢？因為那不是陸軍一號首長。
而陸軍參謀總長有我們熟悉的貝克將軍、哈爾德、古德裡安等等，是陸軍總司令的作戰指揮助手，也就是說，陸軍總參謀長是陸軍的二號首長（大將軍銜），他雖然有作戰籌謀權，但需要通過陸軍總司令（陸軍元帥銜）下達作戰命令，這是很重要的細節。那麼這兩者的主要區別在哪呢？這就涉及到「軍政」和「軍令」的概念之分：司令部是全面的「軍政」負責機構，而參謀部是單純的作戰指揮「軍令」機構。
一般來說，在早期的戰爭年代有兩種軍事指揮模式，即軍政和軍令合體的司令部制度，以及軍政和軍令分開、然後直接對最高統帥負責的並列制度。當然，兩種模式也可能是動態的，比如1926年建立的「國民革命軍總司令部」（後來改稱陸海軍總司令部），它在組建之初就是「軍政軍令合一」的指揮機構，一切由那位蔣總司令專斷，總司令部下設總參謀長和副總參謀長職務，是總司令的首席和次席作戰幕僚。
但是在1928年以後，總司令部被撤銷並成立「軍事委員會」，實行主席（最初不叫委員長）和常委負責制，則總司令一職也不復存在，於是原司令部的職能和職權被分拆：軍隊的軍政權力屬於「軍政部」領導（何應欽一直把持著這個職務），作戰指揮權則歸屬「參謀本部」（學的日本人）。這就是分拆的模式體系了，到抗日戰爭時期，逐漸發展為軍政部、軍令部、政治部、軍訓部等幾大部門，其中的「軍令部」就是所謂參謀部的職能，徐永昌部長分管作戰。
在軍事委員會之下設各大戰區，每個戰區都有「戰區司令部」而不再有什麼參謀部，但在戰區司令長官以下設「戰區參謀長」為首席作戰幕僚，比如我們熟悉的第九戰區司令長官是薛嶽，其參謀長為同學吳逸志中將，很明顯的上下級關係。戰區司令部內設「參謀處」（處長趙子立後來接任參謀長），屬於司令部的直轄機關，所以顯而易見，簡單地認為司令部等同於參謀部，純粹是外行邏輯。
概括起來說，司令部要負責軍隊所有領域的全面工作，比如軍隊人事、部隊訓練、武器裝備、後勤補給和作戰命令下達等等，無論是和平時期還是戰爭時期，永遠是軍隊的最高領導機關。但「總參謀部」是專司作戰的幕僚機構，在和平時期其權力是有限的，以研究戰爭、戰略和戰術為日常工作，最多組織個演習什麼的，以保持部隊的戰備能力。在歷史上，關於軍政和軍令徹底分開最著名的案例，那得算二戰時期的日本軍隊。
二戰期間所謂日本陸軍的「軍部」，其實主要就是指陸軍省和參謀本部，前者是最高軍政單位，負責陸軍的全面工作，包括各級軍事主官的任命、部隊的動員訓練和編制、武器裝備的研製和列裝等等，但唯一不具備的，就是戰爭時期的作戰指揮權，它歸屬於最高軍令機構「參謀本部」。為了掌握軍隊的絕對統率權，日本陸軍不設「總司令」職務，而以天皇兼陸海軍大元帥，陸軍省的老大「陸軍大臣」、參謀總部的老大「參謀總長」互不隸屬，分別對天皇負責。
日本海軍也是如此，分設海軍省和軍令部（參謀部的意思），性質完全相同，天皇也兼著海軍大元帥。在戰爭期間，日本陸軍在所轄各級部隊都只設立司令部，比如總軍、方面軍、軍等等，司令官由陸軍省提名再由天皇任命，並不存在司令部和參謀部並列的情況，參謀本部是通過各級司令部裡面的參謀長、主任參謀、作戰參謀和高級參謀等，對軍隊的作戰施加控制和影響，但司令官仍然擁有最後決定權。
比較特殊的情況在於，日軍參謀長和參謀們的隸屬關係歸於上一級參謀長，於是才造成了獨特的「參謀體系」：司令官如果在作戰時不同意同級參謀長的意見，後者就會通過上級參謀長壓下來了。久而久之，參謀長和參謀們就基本把持了作戰指揮權，因為司令官最終還是得屈服於上級參謀長的指示，也就逐漸懶得爭了，但是要注意，給部隊下達作戰命令時，仍然得由司令官發布。
那麼在什麼樣級別的部隊才夠資格建立司令部呢？在二戰及其之前的時間段裡，司令部多建於戰役級單位以上，戰略級當然就更不用說了。所謂戰役級單位一般以「師」為標準，也就是各師、各軍、各集團軍、各戰區等等。
因為中國軍隊的「團」和日本軍隊的「聯隊」，都屬於單一兵種最大的「戰術單位」，這是軍界公認的編制，其指揮機關的額定人數、職能分工的細化、合成能力都還不足以稱為「司令部」，中國軍隊最多稱為旅部、團部、營部等等。
日軍由於部隊編制較大，旅團已經是戰役級單位，所以有旅團司令部、師團司令部以及上面的各軍、方面軍和總軍司令部等，1940年前後步兵旅團建製取消後，師團所屬的一些特種兵分隊被下沉到聯隊，所以也有稱謂「聯隊司令部」的情況，多少有點名不符實，因為聯隊級是不設專職參謀長得，這對於日本陸軍來說，是很重要的一個指標。
比如戰爭年代，紅軍和八路軍主要以輕步兵為主，沒那麼多繁雜的兵種體系、後勤體系和參謀體系，一般也就稱為團部。但是在二戰以後隨著軍隊合成化的發展，團級已不再是單一兵種的最大單位，許多國家的「團」也已經是諸兵種合成化的部隊編制，所以團級司令部的建立已經很常見了。