天京事變是太平天國運動史上的一大悲劇。在天京事變發生前，太平天國打破了清朝的江南和江北大營，天京得以解圍。而在西徵戰場上，太平軍節節勝利，奪取了武昌。曾國藩的湘軍只得困守湖南，一籌莫展。可是，由於天京事變，使得太平天國的實力遭到了很大的削弱。同時，由於思想信念的破滅，太平軍的軍心士氣遭受了極大的打擊。從此，太平天國運動走上了下坡路。
在天京事變中，太平天國遭受的最大損失，不僅僅是楊秀清的死亡，還有跟隨太平天國的骨幹兩萬多人的死。這些人，大部分都是楊秀清東王府的屬下。他們是太平天國政權中樞的組成部分，他們的死直接導致了太平天國政權運轉不靈。從此，太平天國政令不通，各個地方的將領自行其是，對太平天國的衰亡影響很大。
後人評價說，東王楊秀清在的時候，太平天國有日闢千裡之勢，但是，楊秀清一死，太平天國，疆土日促。這就是這個危害的顯露。
那麼，韋昌輝發動天京事變，殺死楊秀清就可以了，為什麼還要殺死他的這麼多的下屬？甚至石達開回到天京的時候，譴責韋昌輝的時候，韋昌輝還要殺死石達開。石達開逃走後，韋昌輝殺了石達開一家，使得石達開率軍回來勤王。這一切究竟是怎麼回事呢？
這一切都要從太平天國的政權架構說起。太平天國的政權架構是和封建王朝的不一樣，它採取的是「負責制」。洪秀全作為天王，他主要掌管精神層面的事務，是一個國家的精神領袖。而具體的各種事務，由各個軍師負責。在永安封王的時候，就建立了這種政權的組織架構。
當時，在永安封的五個王，在王號之外，還有軍師的稱號。這個軍師稱號，就是他們在處理世俗事務中的地位。他們分別為：封原中軍主將楊秀清為「左輔正軍師」東王，稱九千歲，封原前軍主將蕭朝貴為「右弼正軍師」西王，稱八千歲，封原後軍主將馮雲山為「前導副軍師」南王，稱七千歲，封原右軍主將韋昌輝為「後護又副軍師」北王，稱六千歲，封原左軍主將石達開為翼王，稱五千歲。還專門規定，東王以下都歸東王節制。
我們從這裡看到，王號之外的軍師稱號才是最重要的，它代表著這些人的世俗權力的大小。在當時整個太平天國中，只有東、西、南、北四王擁有軍師的稱號。分為正、又正、副、又副這個四個軍師名號。這也代表了四人在太平天國中的位置排序。
在進軍南京的戰爭中，蕭朝貴和馮雲山都先後戰死，這使得四位軍師只剩下楊秀清、韋昌輝兩人。原來太平天國的行政權力中心變成了他們兩人負責。但是，由於永安封王的規定，楊秀清的權力太大，無法制約，引發了後來的一系列後果。
在太平天國建都天京後，整個行政流程是這樣的。所有各地的報告先歸總到韋昌輝的北王府，在北王府進行分類整理後，一般性的事務，北王府就處理了。剩下比較重要的事務，則上交到東王府處理。東王府有一個龐大的行政機構，最重要的事務交給東王親自處理。東王再上報給洪秀全告知。楊秀清處理事務果斷敏捷，曾經一上午就處理了五十件重要事務。
這樣，太平天國的政務在楊秀清的掌握下，和韋昌輝相互配合，得以快速的運轉。可是韋昌輝發動天京事變，殺死了楊秀清和他的部下，就破壞了這一切。
這件事的起因還是因為楊秀清權力欲膨脹，想要逼洪秀全封自己萬歲造成的。本來，洪秀全是萬歲，是太平天國的最高領袖。如果再有一個楊秀清當萬歲，和洪秀全平起平坐，就破壞了整個太平天國的組織架構。如此下去，洪秀全的地位岌岌可危。
在這個時候，韋昌輝也出於對權力的欲望，對洪秀全推波助瀾。韋昌輝當時是僅次於洪秀全和楊秀清的人物，如果除掉了楊秀清，那麼整個太平天國的權力就落入了韋昌輝的手中。因此，韋昌輝才會積極向洪秀全建議除掉楊秀清。
本來洪秀全對於殺楊秀清還心裡存有疑慮。但是，一方面楊秀清逼之太甚，另一方面，韋昌輝積極進言。最根本的原因還有楊秀清手下的親信陳承瑢向洪秀全告密，說楊秀清有圖謀殺害洪秀全的意圖。這幾個方面的原因夾雜在一起，使得洪秀全下了殺死楊秀清的決心，並派韋昌輝去執行。
韋昌輝於是將自己的三千軍隊調回，在陳承瑢的配合下，進入天京，對毫無防備的東王府發動了進攻。在一場大屠殺過後，楊秀清和東王府的人員都死於非命。但是，天京是楊秀清的老巢，還有很多他的親信漏網，他們集結起來和韋昌輝的軍隊發動了火拼。
現在的韋昌輝是騎虎難下，他只能一條路走到黑。反正消滅了楊秀清的勢力，自己就是太平天國僅存的軍師，也是太平天國除了洪秀全之外的老大。但是，雖然他想盡辦法，殺死了兩萬多楊秀清的部下，可是終究無法收場，落得個身首異處的下場。
至於說，楊秀清對韋昌輝的虐待，這只是引發事變的一個原因。不過，這個原因並不是主要原因。最主要的原因還是楊秀清和韋昌輝對權力的爭奪。但是，這樣一來，太平天國中央的行政系統北王府和東王府全都毀滅。太平天國陷入了政令不通的局面，而且這個局面愈演愈烈，直到太平天國滅亡也沒能改變過來。