在我國，很多老舊房產物業面臨轉讓尷尬的境遇：一方面，許多舊房所有人希望將舊房等投入市場，獲得資金流，而另一方面，出於對舊房轉讓最終收益的考量，舊房所有人又對轉讓舊房望而卻步。作為個中緣由之一，土地增值稅成為老舊房產流轉難以承受之痛。
案例：
A公司系非房地產企業，以土地出讓方式獲得一塊國有土地使用權，支出單價5000元/m2(有合理合法支出憑證),並在土地上建造倉庫，2009年年底建成並投入使用，3年後因為經營業務等原因，A公司將倉庫轉讓給B非房地產企業，作價20000元/ m2，2年後B公司又將倉庫作價30000元/m2銷售給C非房地產公司，2年後，C公司又將倉庫以40000元/m2售與D公司，但是B公司將倉庫轉讓給C公司和C公司轉讓給D公司過程中無法分離土地和地上建築物，故無法提供轉讓時土地使用權支付金額憑證，而且因為種種原因無法取得發票。
依據土地增值稅相關規定，舊房轉讓土地增值稅扣除項目核算首選重置成本評估法，《土地增值稅實施細則》規定：「舊房及建築物的評估價格，是指在轉讓已使用的房屋及建築物時，由政府批准設立的房地產評估機構評定的重置成本價乘以成新度折扣率後的價格。評估價格須經當地稅務機關確認」，顯然，重置成本法僅適用對地上舊房及建築物扣除成本評估，但中國房地產存在形態是「房地合一」，土地與地上建築物難以分割分別獲得成本。根據《財政部、國家稅務總局關於土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅字[1995] 48號）（下文稱「48號文」）第十條規定：「轉讓舊房的，應按房屋及建築物的評估價格、取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用以及在轉讓環節繳納的稅金作為扣除項目金額計徵土地增值稅。對取得土地使用權時未支付地價款或不能提供已支付的地價款憑據的，不允許扣除取得土地使用權所支付的金額。」
依據土地增值稅的規定，案例繳納增值稅的情況如下：
註：以上數據全部是對單位面積的度量；同時計算過程未考慮土地開發成本及轉讓相關稅金等因素。又因重置成本評估法僅適用對舊房及建築物評估，考慮到建築物存在折舊等，故設定重置評估價遞減。
案例是典型的舊房轉讓繳納土地增值稅的情形，因B公司、C公司土地與建築物無法提供取得土地使用權支付憑證，依據「48號文」，地價款成本不能扣除，最終繳納土地增值稅甚至大於實際舊房轉讓增值額！然而，無法提供土地成本合理合法憑證，就不扣除土地使用權成本的操作是否合理？是否違反土地增值稅相關原則？筆者將結合以上案例對此問題進行剖析。
一、土地增值稅立法原意
理論和實務領域普遍認為土地增值稅開徵原則包括抑止投機行為，維護國家利益原則、保護正當創立者利益的原則和普遍徵收的原則。土地增值稅開徵除了抑止炒賣炒買土地投機行為之外，為保障我國土地和房產等市場的發展，土地增值稅還要體現保護正當創立者利益的原則，筆者認為此項原則正是稅收公平原則在土地增值稅的體現。一方面防止納稅人投機行為，另一方面也要保障正常土地增值稅納稅人不偏離稅收公平原則而承擔不合理稅負。
再者，「土地增值稅」，顧名思義，本質是對土地而非地上建築物增值課稅，課稅基礎系轉讓土地收入與取得土地成本之差額，毋庸置疑是土地增值稅應有之義，在計算繳納土地增值稅時，土地成本應該作為必扣項目予以扣除。
另外，《土地增值稅暫行條例》與《土地增值稅暫行條例實施細則》規定的扣除項目包括土地使用權、土地開發成本、新建房屋成本或舊房及建築物評估價格及相關稅金，四項為並列關係，可見，土地增值稅扣除項目的「立法」本意中，土地使用權成本和地上舊房及建築物成本都在扣除範圍內。
二、舊房轉讓無憑證地價款不可扣除重複徵稅剖析
回顧「48號文」第十條的規定：轉讓舊房的，應按房屋及建築物的評估價格、取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用以及在轉讓環節繳納的稅金作為扣除項目金額計徵土地增值稅。對取得土地使用權時未支付地價款或不能提供已支付的地價款憑據的，不允許扣除取得土地使用權所支付的金額。
案例中，對「48號文」第十條「對取得土地使用權時」可有兩種理解（1）A公司最初獲得土地使用權的時點。因為在中國土地所有權都是國家所有或集體所有，「取得土地使用權時」理解為「首次取得土地使用權時」，無可厚非；（2）「取得土地使用權時」理解為「B公司、C公司獲得房地產『使用權』或『所有權』時」，似乎更符合現實狀況和大眾認知。然而，無論做何種理解，以上案例中的都存在重複徵稅的問題。
（1）「取得土地使用權時」理解為「A公司取得土地使用權時」
案例中A公司取得土地使用權，實際支付地價款，且取得合理合法憑證，A公司轉讓自建倉庫，在計算繳納土地增值稅時，地價款按支出憑證據實扣除，舊房及建築物成本按評估價格扣除，對增值部分課徵土地增值稅，理論和實際操作中不存在任何爭議。
但當B公司、C公司將倉庫對外轉讓時，由於土地和地上建築物不能分離無法提供土地使用權成本，依規地價款不允許扣除。若「取得土地使用權時」理解為「首次取得土地使用權時」，即假設A公司取得土地使用權時成本允許B公司和C公司在計算繳納土地增值稅時扣除：
可見，即使追溯扣除A公司最初的土地使用權支出成本，因為中國土地價格長期處於增長狀態，B、C公司獲得倉庫時實際負擔的地價款通常要高於A最初取得使用權時支付的地價款，故即使追溯扣除A支付的地價款成本，如上圖，仍然有一部分增值額被重複徵稅。
（2）「取得土地使用權時」理解為「B公司、C公司獲得房地產『使用權』或『所有權』時」
基於以上理解，舊房轉讓土地增值稅對無憑證地價款是否可扣的現行操作簡單粗暴——不可扣除！案例中也已呈現，其不合理性顯而易見，如下圖：
設想，若多年之後D公司又將倉庫出售給另一家企業，另一家企業又在多年之後將倉庫出售給下家，以此類推，土地市場價格早已滄海桑田，但轉讓此倉庫允許扣除的地價成本卻因為無法單獨提供取得土地使用權憑證而無法扣除，顯然存在嚴重的重複徵稅問題，違背稅收公平原則。
三、克服舊房轉讓重置成本評估法造成重複徵稅的建議
鑑於舊房轉讓重置成本評估法存在的重複徵稅弊端，也基於土地增值稅計徵原則等考量，筆者認為：（1）舊房轉讓在運用重置成本法時，應將土地使用權成本一併納入評估範圍，對「房地合一」無法分離的土地及地上建築物整體評估，整體評估價格作為扣除項計算繳納土地增值稅，可使舊房轉讓納稅主體稅收負擔合理匹配，避免重複徵稅；（2）如果將土地使用權成本納入重置成本評估法難以踐行，可以參考舊房受讓方購入時點舊房所在地區縣級政府公布的土地使用權基準地價作為土地使用權成本扣除。例如，《廣州市地方稅務局關於印發2014年土地增值稅清算工作有關問題的處理指引的通知》（穗地稅函[2014]175號）第七條規定：「對取得土地使用權所支付的地價款，納稅人應提供國土房管部門出具的相關憑據確定，不能提供的，可參照取得土地使用權時的基準地價確定。」在一定程度上解決了適用重置成本評估法的舊房轉讓無憑證地價款不可扣除產生的重複徵稅問題。
當然，舊房轉讓存在一定的複雜性和特殊性，而且不同省市地區有不同的處理方式，在解決以上問題時需要具體情況具體分析，最終結合舊房轉讓實際情形與相關政策等克服舊房轉讓過程中的重複徵稅問題。