在清朝，上三旗的說法，從順治帝掌權後才開始出現。正是他，把鑲黃旗、正黃旗和正白旗定為上三旗，並一統上三旗之權。那麼，為什么正白旗能與兩黃旗平起平坐，並列為上三旗呢？
這與八旗制度的演變有很大關係。
簡單來說，旗是一種兵農合一的組織，平時生產，戰時參戰。旗的基本生產作戰單位是牛錄，每個牛錄大概300人，由牛錄額真統領，每旗設一旗主。旗的地位高低，除了看旗主地位外，更重要的是要看每一旗之下牛錄的多寡，牛錄越多，人就越多，兵力就越多，地位也就越高。
努爾哈赤最初起兵時，還沒有八旗，也沒有白旗，只有一旗，也就是黑旗。隨著實力的增強，他又擴充了兩旗，一個是黃旗，一個就是白旗。努爾哈赤自己掌黃旗，把白旗給了褚英，黑旗則給了舒爾哈齊。
後來，褚英被殺，白旗遭到拆分，從中析出了正白、鑲白和正藍三旗，旗主依次是皇太極、杜度和莽古爾泰；而黑旗因舒爾哈齊被殺，也被拆分，從中析出了正紅、鑲紅、鑲藍，旗主依次是代善，嶽託，阿敏。努爾哈赤親掌兩黃旗，這就是最初的八旗。
之後，努爾哈赤開始思索後事。他的兩黃旗一共65個牛錄，他想讓多鐸、阿濟格和多爾袞平均分配45個，一人15個，剩下的牛錄自己留著用，作為親軍，同時指示多鐸為正黃旗主，阿濟格為鑲黃旗主，而自己的親軍交給多鐸，多爾袞沒做具體交待，但努爾哈赤許諾，未來將會交給他15個牛錄。
結果，努爾哈赤死時，並沒有顧得上交代後事，皇太極一舉奪得汗位，然後就開始著手鞏固權力。他把屬於自己的正白旗改色為正黃，所以多鐸的正黃就變成了正白，阿濟格的鑲黃就變成了鑲白。但是，多爾袞的15個牛錄掛靠到了多鐸的正白旗下，所以實力最強的其實是多鐸。於是，皇太極就又把原來的鑲白奪過來，改色為鑲黃，由其子豪格來掌握，用以擴充自己的權力。
接著，正藍旗的莽古爾泰敗落，皇太極把正藍旗揉到自己的正黃旗裡，重組為正黃和鑲黃二旗，又從中拿出8個牛錄給豪格，與他原來的鑲黃旗合併，改色為正藍旗。不久皇太極又廢掉阿濟格的旗主之位，把鑲白旗交給多爾袞，然後又把正白旗鑲白旗重新混編，由多爾袞掌正白旗，多鐸掌鑲白旗。
這樣，皇太極父子就佔有了正黃鑲黃正藍三旗，從實力上壓過了多爾袞、多鐸兩兄弟。
後來，皇太極去世，多爾袞亂中奪權，另立福臨為帝，是為順治帝，又把豪格整倒，奪其正藍旗，編入自己的正白旗中，組成正白鑲白二旗，然後多鐸的原鑲白旗改色為正藍旗，正白旗的實力達到了最強。
但隨著多爾袞死去，順治帝掌權，他先是清算了多爾袞，將其開棺戮屍，又想清算多爾袞的正白旗。但順治帝卻發現，由於多爾袞掌權日久，朝堂上下到處都少不了正白旗的痕跡在，所以順治帝只好做出妥協，對正白旗不做清算，但要將正白旗、鑲黃旗和正黃旗收歸自己所有，自任旗主，並定這三旗為上三旗，而隸屬於這三旗的旗兵只能駐紮在京畿一帶。
實際上，直到康熙年間，正白旗的勢力仍然存在。康熙帝年幼時，四大輔政大臣之一的蘇克薩哈就是正白旗，但很快，鰲拜就參倒了蘇克薩哈，正白旗由此一蹶不振，但仍保有上三旗之尊。