二、人類學家視野下的番情、番物與番史
《臺灣番族之原始文化》共分「番情概說」、「標本圖說」、「遊蹤紀要」和以附錄形式收入的「中國古書所載臺灣及番族之沿革考略」四個部分。全書綜合考古資料，從臺灣總督府與博物館所得文獻材料，古書所述之夷州（漢至三國）、流求（隋至元）之記載，再結合實地考察材料加以對照印證，兼顧歷時性與共時性，併兼具人類學、考古學和歷史學三個面向的研究範式。
引言中，林惠祥對臺灣番族研究的價值作了概述。他指出臺灣番族相對封閉，與外界文化接觸較少，觀察此一族，可望知曉未開民族狀況之一斑，可窺見人類文化史上之原始狀態。且臺灣作為世界之一大島，而番族之住地又佔大半，且基於與中國的歷史關係，在歷史、地理方面均有研究的必要性。儘管引言中他進行標本採集的著眼點有著進化論的深遠影響，仍將原住民族的物件視為人類文化演進史的一個物證，但他也指出，不能盡信進化論之言，不可盡信「心性一致」或文化類同。
第一部分為番情概要，分為總述、各族分述、生活狀況、社會組織、馘（guo）首及戰爭、宗教、藝術、語言、智識九大部分。總述中林先生首先理清了幾個稱呼臺灣番族的概念。漢人稱臺灣番族為「生番」，原為對未開化民族的通稱。日據時期以懷柔政策治理臺灣，將少數民族改為「蕃族」，而日本學者稱之為「高砂族」（TAKASAGO）。林先生本書統一使用「番族」二字。在隨後大部分敘事中，林先生基本將「臺灣番族」視作一個與漢人相對應的未開化的整體，將其生活的區域視為一整個文化區，記述其生活狀況、社會組織、宗教、藝術、語言等各種文化事項。
林先生同意番族南來之說，認為其傳說、體貌特徵、語言等方面都能加以驗證。而根據語言風俗和體質的族內差異，林先生採納了將臺灣番族分為七大支系的方式，即：太麼、薩衣設特、蒲嫩、朱歐、阿眉、派宛和野眉。從體質上來看，林先生引用日本學者對番族各支系身長、頭型、鼻型的測量數據，認為大體上番族體質有三種，即高身長頭狹鼻型、低身廣頭低鼻型、高身長頭低鼻型。而關於其源流與遷移歷史，林先生藉助考古發現、貝類貨幣，並綜合歷史記載，認為番族在石器時代已遷移進入臺灣，並且歷史上與大陸漢族也有聯繫。總論「理番事業」部分，記述了自明鄭以來，先是南部番族受到漢文化影響，隨後清代也在番族引發國際事件後，
先後派沈葆楨、劉銘傳前來治理臺灣番務，由此番族與漢人接觸日益頻繁。日本佔據臺灣實行殖民統治，並漸漸收剿番族。
「各族分述」區分了七個不同的支族。林惠祥首先分別概述其體貌特質、衣著、居住、飲食、家族制度、族群特性、生計方式以及漢化程度，隨後詳細介紹番族的生活狀況、社會組織、戰爭、宗教、藝術、語言與智識。番族分居於山地、平地和海島，所以生產方式有農耕狩獵，也有漁業畜牧，不過生產工具多因地制宜，較為原始。番族也有木工、編織工、揉皮、藤工、竹工、紡織與裁縫、陶工等手工技藝。經濟多為自給自足，少數為物物交換或中介交換。在住所、食物、衣服裝飾等方面，番族也較為原始。林惠祥的分析中常兼雜與漢文化的比較，並多有互動的分析。如林惠祥認為與漢族接觸較多的族群，其農業、工藝、技術和智識方面都較為先進。而得益於林惠祥在南亞歷史與考古方面的造詣，文章中也常將某一器物、某一語音與南洋同類工具比較分析，魚荃即為南洋式的。
林惠祥還寫到了番族的社會組織形式。其番社既有氏族形式的，又有因為較開化而減少血統觀念，成為地域、社會與經濟集團的。但同社基本都是統一血統，有共同的祭祀、狩獵和出戰。其領袖既有每社各擁一人的情況，也有數社合擁一個頭目的情況。頭目權力不甚大，通常為外交、裁判或出獵與戰時的統領。而頭目的繼承形式也不相同。家族制度則有大小之分，除阿眉、野眉族行母系之外，其他族為父系。婚姻則多為自由的一夫一妻制。番族中太麼和阿眉沒有姓氏，而他族的姓氏則有圖騰的遺意，如太陽、蟬、狸。番族均推行族外婚，還有交換婚、買賣婚、服務婚和競爭婚等幾種特殊的婚姻形式。
番族大多重視成年禮，太麼族以獵頭成功為成年標誌。成年之後的權利則有參與番社內的事務、獲得結婚權力、獲準嚼檳榔。番族的社會制裁程度和形式與文化的進步程度有關，並且許多是細分對象的。如有些發生於族外的事不被認為是犯罪，而對同族施行的罪惡之事則有數種不成文的懲罰，其中重者斬殺、鞭笞，漸次演化為賠償，斷罪之法則有裁決曲直或神判等方式。
出於對成年禮的重視以及神判的需要，或出於取得名聲、復仇、去除惡疫、祈求豐年、爭婚等等的願望，馘首（即漢人所謂的「出草」）成為番族的特殊風俗。在林惠祥調查的當下，只有太麼和蒲嫩、派宛的一部分還留有該風俗。林在書中甚為翔實地記錄了馘首的過程、前後的儀式與禁忌，分析了其存在的原因，並細述其演變過程。馘首一般針對外族或漢人，通常是到被襲者家中或者藏匿在路邊，伺機斬首，隨後拔去腦髓，洗去血汙，裝在名為「票幹」的網袋裡帶回社內。整個番社因此而歡呼雀躍，甚至慶賀一兩個月。而由於馘首危險而又神秘，故有許多相關儀式與禁忌，也因為其危險性，其成功者可以獲得諸多打破常規的特權，甚至逃脫所犯罪責。馘首之風昔日極盛，而因為教育與宗教的感化、政府的法制化和扶綏、開山交通，以及番族日漸感受人己共存之理，所以也漸漸衰落。林惠祥特別指出，番族馘首並不是單純的殘暴野蠻，實際上是為了多種正當希望，另外番族男子都是戰士，善戰，也有反抗官兵、對戰敵人的傳統。
隨後，林惠祥談及了番族宗教。番族有靈魂觀念與輪迴觀念，認為人生死皆有魂，魂有善惡，善則歸靈界，惡則困為幽魂。男無馘首，女不紡織，將無法進入靈界。番人還崇拜祖先，無論南北番人，都以「人魂是神」為觀念。各路人魂中，祖靈於己關係最為密切，因而是最主要的神。由於番族認為祖先死後靈魂可能轉入動物，或認為本族起源於動物，因此而產生了動物崇拜。此外還有種類不一的多神信仰，還有崇拜頭骨等所謂瑣物崇拜（拜物教）。而其藝術創作與日常器物裝飾則與宗教信仰密切相關，番族多有雕刻蛇、人頭、人像和幾何圖形等變體的，另外他們還有繪畫、刺繡、泥塑以及紋身裝飾。其音樂形式也與信仰關係密切，吟唱的歌曲多有歌頌祖先歷史功績的。林惠祥在音樂方面所作的調查，雖較簡潔扼要，但所列的歌種與樂器，今均留存並繼續使用。此外林惠祥簡要介紹了番族語言的語音與構造。總體上來說，番族語言較為複雜，種類繁多，屬於馬來語系。在智識方面，番族人能夠計數，但日常使用數字一般不超過十。他們一般缺乏時間觀念，以自然現象計時，以慄的收穫周期紀年，所以年齡概念也較為模糊。
中篇為標本圖說，以博物志的方式，以圖帶解說，翔實記錄所採得的標本資料。導言中，林惠祥提到，番族通常是不願意出售其所有物的。一方面，因文化甚低，故其產物自然稀少，日用器具既甚缺失，藝術的及娛樂的產品更不易見到；另一方面，番族所居荒僻，各族間復少往來，故其器物皆自製自用，不用於交換，而且其技術不精，工具不利，製造需要的時間太久，出售則大為不便。最重要的是，番族禁忌繁多，出賣己力所造、己手所觸之物，會擔心不吉利，也顧慮買者施術。而帶有宗教性及儀式性之物，或者祖先遺留之物，更不敢輕於出脫，懼祖靈見責也。不得已而售物，必作厭勝法。即便儀式花費不菲，甚至可能不亞於賣價，亦要堅持在當晚請巫師舉行宗教儀式，以去除原本器物上被賦予的神聖性。
圖錄所載之物共分「武器、衣服、貨幣及飾物、家具、藝術品、娛樂品、宗教與儀式品、記事繩、舟、石器時代遺物」十大類。以武器為例，林惠祥盡力詳細描述了族屬、使用者身份、原材料、形狀、用途、使用方式、裝飾方式、相關禁忌，部分物件甚至細緻到佩戴方式等。在調查時間有限的情況下，內容仍為後續的實物研究提供了豐富的基礎資料。較為可貴的是，部分物件記錄了其流動的經過，在後續研究中，可以作為民族交往互動的實證。
下篇遊蹤紀要是作者的田野札記，詳述調查路線、資料獲得方法等，並將所購器物的原生環境一一在筆下還原。林惠祥首先在臺北進行了資料收集準備工作，以選定目的地，隨後以臺北為核心開展了部分田野調查，其中包括在臺北市北面的圓山番族石器時代遺址考察貝冢，並採得百餘塊石器時代的物件。接著第一次在烏來社得見番屋與番人，然後自臺北赴桃園，在角板山著名的太麼族番地獲得了大量物件。由於北番器物不甚發達，林惠祥遂奔赴臺東花蓮，並以臺東為根據，四處尋訪周邊番社。先後經漢族的中人與翻譯介紹，在卑南社、馬蘭社了解部分番族的概況，並且在標本收集方面所獲頗豐。接著，林惠祥赴臺東北部近海岸的新港，但由於該地漢化程度較深，並且已經有日本人先行搜集，因此所獲不多。林惠祥折返南方，探訪了哈喇八宛社與大馬武窟，在當地警局日本警察和番人翻譯的協助下，採購了部分包括記事繩結在內的物事，觀看並記載了番人傳統歌舞的形式、歌詞內容與韻律，此外還獲得了部分石器時代的遺存物。在返回臺東與奔赴知本社的路上，林惠祥較為詳細地記載了與幾個番人短暫交流的經歷，概括了對番人一派天真、少詐偽的印象。在知本社，林惠祥遇到了福建同鄉陳君，陳在當地購置田地，並娶了番婦為妻。在其幫助下，林惠祥頗有收穫，購入了鹿角頭冠等重要的標本，並由陳處獲知諸多番族的狀況。
自南方折返後，林惠祥赴臺灣東北部，如北埔、新城、扶西、蘇澳等地，但所獲不多。由於林決意要採購頗具番族文化代表性的獨木舟與音樂杵，於是再度奔赴中部高山湖日月潭附近的水社。在水社中，林惠祥如願發現了獨木舟與音樂杵，卻遭遇番人拒售。林惠祥記錄了番人拒售的原因：獨木舟為湖中往來必需之物，也是生產工具，生活的依仗；而音樂杵為全社共有。在林惠祥的堅持下，終於獲得了部分具有代表性的音樂杵，也成功購得了獨木舟。其臺灣行程至此圓滿結束。
本書第四部分為附錄，是對古書中關於臺灣資料的辨析。林惠祥援引史書中涉及的徐福所抵之地之爭議，並結合關於夷州的風俗記述，與考古資料相對照，認為漢至三國史書中所載的夷州即為臺灣。隋代至元的流求都指臺灣，且記載的地理位置十分明確。明代洪武年間，又有明確的歷史記載將臺灣改稱小琉球。而此後的史書有時稱雞籠山、東番，最終稱臺灣。由於辨明了臺灣歷史名稱的沿革，因此林惠祥認為史書所載皆可取以考究番族古時狀況，為現代研究提供內容清晰的佐證材料。
三、林惠祥與民族學博物館的早期採集、表述實踐
《臺灣番族之原始文化》一書意義重大、遺澤深遠，至今日亦頗值得稱道。本書系中國學者系統研究臺灣少數民族的奠基之作，也是林惠祥本人研究臺灣少數民族的開端，以此為起點，他開啟了關於臺灣少數民族族源的研究。此後林先後撰寫《馬來人與中國東南方人同源說》、《南洋人種總論》、《南洋民族與華南古民族的關係》等論文。
著作中初步呈現的林惠祥之民族文物調查、收藏、分類等觀念，於今日對中國民族類博物館徵集、陳列、研究文物亦仍有重要參考價值與啟發性。林惠祥所處的時代，並沒有「民族文物」這一概念。根據呂烈丹《中國的博物館》一書，當時博物館在中國尚屬鳳毛麟角，且多為傳教士與知識分子所創辦。蔡元培在委派林惠祥等人類學者出外考察時，使用的是「民族標本」這一詞語。這類物品如何分類、如何收藏、如何闡釋、如何記錄，在中國均史無前例。
20世紀初，博厄斯（Franz Boas）在博物館學界通過與歐提斯·梅森（Otis Mason）之爭，不斷探索分族陳列的體系，以破除進化論的影響。博厄斯認為文明從不孤立，應該拋棄進化論的方式，以分族展示來為大眾提供更佳認知，同時也應該追溯各個文化區的歷史，探究其文化形成的諸多因素與其全貌。他的思想在弟子們中影響深遠，並且在許多博物館沿用至今。林惠祥在菲律賓的導師拜耳即受教於這一思想體系，林惠祥的民族標本採集工作也深受其影響。在其田野中，力求盡臺灣番族之全貌，並深入涉及其體質、語言、知識、宗教、社會組織、年節與時間觀念、性別差異、服飾等諸角度。因此，即便以今日之人類學發展，也難以責難林惠祥訪談時間短，內容也常有漢人、翻譯、日本人轉述的材料或總督府藏書等材料。
林惠祥的田野標本採集，基本在了解番族基本概要，熟悉其原生環境的情況下，通過入戶訪談、田野採集的過程獲得。了解其文化特色後，再專取其代表性物件。田野材料與收藏器物可互為觀照。以南番銀飾刀、繩結和獨木舟為例，上編記其習俗，中編具體描述其器物形狀、用途，下編則略述收藏過程，留存全部徵集手記。
反思今日考古獨大、以重器為導向的民族文物收藏，林惠祥以考古、歷史和人類學田野調查相結合的文物收集與調查方式，反而更具先進性，所有器物皆知其來源、其環境，避免謬誤。
林惠祥的考察與收集工作保留了日據時代及以前的數百件臺灣少數民族標本，其中不乏精品。而他對物之於物主和物之於收集者之差異的思考，對博物館進行物的收藏、書寫與表述亦頗具啟發性。其遊蹤紀要中，毫不迴避人類學者的主體性，完整呈現了與番族互動時的感受，而同時也記載了出讓者與物相關的儀式與為難實狀。而採集者在將這個被原住民族去除了神性的「器物」轉化為博物館中展示文化的「標本」時，通過文本和意義建構，重新賦予其另一種神聖性。今日博物館中之物常是與人割裂的，而本書則完整呈現了物的環境、意義體系，以及物與原環境剝離並流動時，擁有者和徵集者的心理活動與行為。
此外，林惠祥的臺灣番族調研，其考古成就亦頗豐富，在臺北基隆圓山發現的新石器時代的貝冢和在山地所發現的新石器等文物也被帶回，至今仍存於南京歷史博物館與廈門大學，並頗受相關學者的重視。而林本人也以這些石器文物為基礎多次撰文，探討臺灣番族與大陸的關係。