自然農法（英語：Natural farming）是日本農民和哲學家福岡正信建立一種的生態農業手法，他在1975年出版的《一根稻草的革命》一書中，對此進行了介紹。福岡正信使用日語將他的耕作方法描述為自然農法（shizen nōhō），不需耕作，不需肥料，不需農藥，不需除草，仍然帶來豐收，驚異的〈自然農法〉。儘管自然農法被認為是有機農業的一個子集合，它與有機農業仍有相當差異。
起源
福岡正信在1937年因肺炎住院，養病期間頓悟無的哲學，並辭去工作。1938年返回故鄉當農民，以種植柑橘、稻米來證明自己「一切無用論」的想法，從此開始實踐自然農法；同年種植柑橘失敗，被父親趕下山另找工作。1939－1946年間，任職高知縣試驗農場，從事病蟲害防治，並繼續研究自然農法，1947年再回故鄉全心投入自然農法研究，並應用在水稻、小麥和柑橘的種植上。1961年開始採用不耕地直播、冬季播種、培植綠肥等耕作法。
由於《一根稻草的革命》一書在歐美的地位，在海外當提到自然農法，大都認為是福岡正信的自然農法，反倒是在日本，當提到自然農法，大都認為是岡田茂吉或是川口由一的自然農法。
福岡正信的自然農法並沒有被日本社會接納，就連他的著作都要設法自行出版，因為沒有出版社願冒風險為這種偏離主流的人出書。即使在福岡兒孫輩農場，也沒有採用他的自然農法，而是一般有機農法。《無III自然農法─實踐篇》一書是福岡正信在1972年，實踐自然農法25年後自費出版。直到1985年，日本春秋社才替他編成《無》三部曲：《無Ⅰ神的革命─宗教篇》、《無Ⅱ無的哲學─哲學篇》、《無Ⅲ自然農法─實踐篇》。1978年，大陸學者黃細喜、顧克禮合譯簡體中文版，並黑龍江人民出版社出版。
「我花了五年的時間進行實驗，來證實鋪撒未加處理的稻草是安全的。我又用了五年的時間，請土壤、肥料學家研究土壤、地力的變化、未加處理的稻草的成分分解、肥效、脫氮現象、還原問題、與微生物的關係等等。另外，我還花了五年的時間，得出這樣一個結論：覆蓋稻草的不耕作直播要比以前的插秧法，收穫量要大。」—— 福岡正信, 《一根稻草的革命》
福岡正信曾表示：「自然農法雖然稱為『農作法』，但是不能單純以農業的角度來看它，而必須以宗教、哲學、及生命永續的角度來看它。農業是為侍奉神，接近神而存在的；神便是自然，自然就是神。」福岡認為，人類真正的生活，存在於類似原始生活的小農生活之中，在這樣的生活中，才能夠進行大道理的研究。他所描述的理想生活是：立足在某個地方，耕種一小塊土地，最大限度地享用每一天中的空閒時間，這才是理想的農業。
福岡正信說明，現代農業所以能夠獲得高產量，主要是靠多施化肥、多用農藥、施以除草劑和勤於機械作業等技術。但是，這種科學農業法其實是一種病態農業。福岡正信看到了現代科學農法的問題，以及它會帶來的災難，他希望推動一場農業的革命，最終目的是要確立一種不僅能生產農作物，而且還有助於人類自我完善的農作法。福岡正信從日常農作中感悟出如同老子般的哲思以及對簡單生活的肯定，他的農業哲學及對地球生命科學的思考，使得他發明將植物種子放入黏土中並製成糰子的種植法，在控制沙漠化方面的努力，於日本與世界各地獲得極大迴響。
與樸門的淵源
福岡正信與樸門其實有一段淵源，1986年他參加一場在美國華盛頓州奧林匹亞舉行的樸門聚會，在這裡遇見了比爾·莫裡森。比爾·莫裡森是樸門的創始人，在其著作《樸門概論》（Introduction to Permaculture）中，多次提到福岡正信，對於福岡的理念深表認同。樸門擷取了許多福岡正信的自然農法觀念，例如：旱地直接播種、不耕地的穀物耕作方式（稻麥混種法）、食物森林（多層式植栽）、把蔬菜當野生植物一樣種植、粘土糰子等。
除了農業技巧之外，樸門還學到了以自然模式去設計它的實務策略。自然農法的哲學思想提供了樸門一個實質的精神基礎，這是它在早期的教學中所缺乏的。自然農法的理念和樸門似乎相契合，但是在做法上卻又相對立。樸門強調適切的科技運用，以人的智慧去規劃符合自然而且能自給自足的永續生活；福岡則將人的智慧視為助紂為虐的工具，認為它只會讓人與自然漸行漸遠。
川口由一的自然農
川口由一被廣泛認為是第二代自然農法的主要實踐者，他是赤目自然農塾的創辦人。NHK節目《心的時代 宗教，人生》曾介紹過川口；他在紀錄片《最後的稻草：食物，地球，幸福》中扮演核心角色後，提高了在日本之外的知名度，他的訪談也被翻譯成多種語言。
1939年，川口由一出生於奈良縣。為日本「自然農」先驅者、指導者。川口氏為農家子弟，經歷了使用大型機械和農藥的時代，他受到福岡正信、藤井平司等人的思想影響，開始實施不耕起，不除草的栽培法，以「自然農」之名在日本廣為流傳，透過在奈良縣、三重縣廣為人知的赤目自然農塾向日本全國發信。川口認為，決定要做自然農的人，大概都是沒什麼錢，面臨人生方向大轉換期的人，如從公司離職的人或學生，所以他不收費，自然農墊的營運，則是靠墊生的自主捐款。
關於自然農，川口由一將它提煉為3個原則：
不需耕作不要把草或昆蟲當成敵人附隨、符合、服從生命，交給自然農
最初因實施慣行農法而導致心身生病，於1970年代後半開始研究自然農：實踐不耕耘、不用肥料農藥的稻麥蔬菜果樹之栽培方式。也主持學習自然農與漢方、中醫學的私塾，包括：奇妙的田園之會、赤目自然農塾、漢方學習會。這開啟了福岡自然農塾…等日本全國的自然農法學習風潮，並遠赴各地指導自然農的思想與實踐方式。曾任教於靜岡大學農學系、愛媛大學農學系等。著作有《自然農：川口由一的世界》（合著，晚成書房）、《站在奇妙的田園中（妙なる畑に立ちて）》（野草社）……等。
木村秋則的自然栽培
2006年，青森縣農夫木村秋則的故事在NHK「Professional～專家的作風」播出後，故事也被寫成一本書《這一生，至少當一次傻瓜》。2011年（平成23年）6月17日，聯合國農糧組織將木村秋則的自然農法栽培列為重要施行方法，簡稱木村法則（A.K. method）。世界首位實施無農藥、無施肥栽培蘋果成功，電影《奇蹟之蘋果》（奇跡のリンゴ）就是以他的人生經歷改編。後來，木村秋則創辦「木村秋則自然栽培農學校」，並擔任該校校長。
「我用木棍戳那本耕耘機的書，結果，旁邊的書也一起掉了下來。我慌忙撿起來，發現旁邊那本書的角摔爛了。地上積著的不知道是雪還是雨，所以書上也沾到了一些泥巴，沒辦法我只好連那本書也一起買回家了，我記得好像要兩千圓。用那麼不值錢的紙，居然那麼貴。書的裝訂品質也很差，光是打開，書好像就快散了。我覺得吃了大虧，把書帶回家後，也丟在那裡沒看。書店把那本書放在那麼高的地方，一定是因為銷路不好。」—— 石川拓治, 《這一生，至少當一次傻瓜》
木村原本使用慣行農法，後來因妻子美千子對農藥過敏，每次噴灑完農藥就會臥床不起，所以希望能找到解決方法。他表示，如果不是因為一個偶然的機緣，或許會放棄種蘋果，而改使用耕耘機種植玉米。那天木村出門找書，前往鎮上的幾家書店。在將近半年至一年後的時間，他才開始看那本書，封面上有稻穗的照片，書的最前面寫著『什麼都不做，也不使用農藥和肥料的農業生活』，而那本書正是福岡正信寫的《自然農法》。
經過10年歉收，終於栽培出無農藥、無肥料蘋果。針對蘋果栽培，木村還導入大豆作為植被，與蘋果共生，利用根瘤菌來增加氮素。除了鋸子和修枝剪，木村一直使用的工具是數位相機，這是為了記錄各種有害生物和病原體的生態。
岡田茂吉
岡田茂吉創立了世界救世教，藉由宗教來傳達自然農法的理念。岡田於1935年（昭和10年）便開始推廣無化學肥料、無農藥栽培。1980年，在美國華盛頓州以他的名字設立岡田茂吉協會（Mokichi Okada Association）這一國際組織，開始對全球推廣。
岡田茂吉流的自然農法有許多分支，例如：推廣救世自然農法（Kyusei Nature Farming）的岡田茂吉協會，在岡田死後繼續在日本和東南亞繼續推廣各項工作，它被認為是日本技術轉移至農村的主要生態農業系統。像MOA自然農法的源頭是岡田茂吉所創的世界救世教，但是因教團的不同，自然農法也各有不同。
目前，救世教主要分成伊豆能売、東方之光、主之光三大教團，每個教團基本上都是照著他的思想來實施自然農法，但隨著時代改變，也各有不同的變化。源頭基本的核心思想皆是尊重順應大自然，發揮土壤本來的力量，以作物為主體，進行自家採種。
秀明自然農法
提倡秀明自然農法為神慈秀明會的創始者小山美秀子，她原先也是跟隨岡田氏的信徒，但在1970年（昭和45年）脫離，故另稱「秀明自然農法」。總部位於滋賀縣甲賀市，他們沒有固定的研修單位，但能透過介紹到先進農家學習。秀明自然農法幾乎完全照著岡田氏的自然農法論述來做，即無農藥、無肥料、連作、自家採種。重視土壤的清境，因此會透過連作，自家採種來去除土壤和種子裡的肥毒。除了使用落葉或枯草等天然堆肥外，絕不摻入任何不純物質，以淨化土壤，發揮土壤原有力量的農法。
MOA自然農法
MOA是岡田茂吉協會的英文縮寫，該組織以推動自然農法或藝術、文化為宗旨，有著20萬會員家庭。會員皆透過生產、食用、購買、作義工等各種方式，實現他們的生活主張。在組織運作方面，目前以「普及會」取代「產地支部」，參與者有農民、會員和一般愛好者，關注的議題是自然農耕及自然食的推動，也包含和消費者互動的部分。兼業農人則以自己耕作的家庭菜園，親身實施自然農法，並透過分享自然農法收成的方式，吸引了更多人參與購買的行列。
MOA自然農法屬於東方之光教團。關於動物性堆肥，原則上不建議使用，除非其來源是可信任的。關於草，若影響到作物生長還是會除去。除了自然農法的部分，另外還設有《MOA特別栽培》，鼓勵不用農藥就難以栽培的品項，如：蘋果，草莓等，減要量至法定四分之一以下。
MOA追求完全不施肥料與農藥的境界，在標章認證上，除有「自然農法產」、「自然農法轉換期」外，尚有「移行栽培」等級，只要能採取「減農藥栽培」措施（農藥用量在國家標準4成以下），就給予認證，使產品能流通在MOA或市面上其他通路。同時，他們將作物分成「可以做到有機栽培」及「不易進行純有機栽培，但是可以做到『減農藥減化肥』」兩大類，地方政府會給予「特別栽培」標章。
大仁農場
1982年，MOA在靜岡縣伊豆之國市設立佔地100公頃的大仁農場，成為最佳的示範區，區內有農場、牧場、菜園、花園、林地以及超市、餐廳等。園區內自給自足、循環使用。大仁農場已開始不使用任何堆肥，改用綠肥，實施連作，回歸到岡田氏提倡的原點。以及透過科學研究而成立的微生物應用技術研究所；還有專門培養人才的自然農法大學校、培訓全球22個國家的自然農法推廣人員的MOA自然農法研修中心等。例如：針對有機高麗菜，其中土地是否需要輪作的問題，若是一時或單次研究報告，難以得到完整驗證，於是他們便展開一連串的田間實驗，而農場中有不同的區域進行的連作與觀察。根據研究人員表示，他們必須持續觀察十年，才能知道答案會是什麼。
自然農法研究中心的自然農法
自然農法國際研究開發中心屬於伊豆能売教團，位於長野縣松本市波田，其自然農法的特色是在育種，培育能適應低肥環境，並能與雜草競爭的種子。除了獨自開發的自然農法育成F1種，同時還有固定種、在來種、自家採種素材，每年會定期頒布種子的目錄，可以上網瀏覽購買。
根據國際自然農法研究中心的研究員徐會連表示，岡田茂吉的自然農法是基於以下原因：肥毒存在；肥料汙染土壤，而削弱其生產力；過量施肥導致害蟲爆發；對病原體有利的養分易導致疾病；自然農法生產的蔬菜和水果的味道比化學農業更好。
該中心導入了琉球大學的比嘉照夫教授所開發的EM菌（Effective Microorganisms），為酵母菌、乳酸菌、光合菌等多種細菌的共生群。他們將其廣泛運用在育苗用土、基肥、灌溉用水等處。另外，他們也有提供自然農法研修，比起大仁農場的一年或兩年，自然農法中心為八個月，分為蔬菜、水稻、育種三個課程。
不同地區的差異，與農法的變化
臺灣：根據中華民國有機農業產銷經營協會定義：依有機農業實施準則，完全不使用化學肥料、農藥，且必須完全使用未受汙染之有機肥料，並採行自然方式進行病蟲害防治。1990年4月27日，財團法人國際美育自然生態基金會成立，承辦臺灣地區的有機稽核驗證業務。
韓國：趙漢珪創立了趙漢珪自然農法（CGNF）。他所推行自然農法法則（三氣：水汽、熱氣、空氣；二熱：天熱、地熱；三體：天體、地體、氣體），乃是他師法聖經、自然、四健會及良知，並赴日本向山岸巳代蔵等三位老師學習精神與心靈、酵素與微生物及植物營養循環理論，融會貫通後再加上個人創見所形成。
泰國：KKF自然農法：最主要技術是農民自己選種、育種、留種，並自行採土養菌用以改善土壤，並且利用微生物來分解稻杆，使其成為最便宜而方便的有機質來源。更可用微生物菌水來製作低成本及再生資源的液肥與堆肥。學習適地適種，輪作等觀念。
印度：零預算自然農法（Zero Budget Natural Farming，ZBNF）是印度最受歡迎的自然農法模式，並由帕德瑪·斯裡·蘇巴什·帕萊卡發展此套耕作系統。「零預算」一詞的意思是不使用任何信貸，也不花任何錢購買。ZBNF是一套耕作方法，也是一種基層農民運動，已經擴散到印度的各個邦。
與有機農業之差異
有機農業（organic farming，或稱有機農法）會採用輪作降低病蟲害問題與產量下跌；但自然農法容許單一作物連作，表示產量約在4至5年後恢復。茶樹是自然農法的重要栽培示範，每年透過覆蓋修剪後的茶樹枝葉在表土以維持地力，十多年後仍可維持一定產量。
肥料使用是自然農法與有機農法的另一差異，一般有機農業可以施用有機肥料，但是最嚴格的自然農法完全不施肥；臺灣在1994年至1996年間引進MOA自然農法時，設立了〈自然農法執行基準（臺灣版）〉，允許天然有機肥料使用。在2006年，執行基準再次修訂，修正為推行第三版。
因此MOA雖然是國際有機農業聯盟（International Federal of Organic Agriculture Movement，簡稱IFOAM）的會員之一，但是它採取自己的獨特認證形式。MOA發源於日本，在2001年時曾成為「有機JAS」的驗證機構，不過旋即於2004年退出而自行發行認證。
第三方見解
尼哈·巴拉巴德認為自然農法與有機農業的主要區別有：
在有機農業中，有機肥料和糞肥，像堆肥、蚯蚓糞肥、牛糞肥等，它們從外部來源被添加到農田中。
在自然農法中，化學肥料、有機質肥料都不會添加到土壤中。實際上，沒有在土壤中添加任何外部肥料，或給予本體任何肥。自然農法鼓勵在表土，透過微生物和蚯蚓進行有機物的分解，在此期間逐漸在土壤中增加養分。
有機農業仍需進行基本農業實踐，例如：耕作、整地作畦、施肥、除草等。
在自然農法中，沒有耕作、沒有整地作畦、沒有肥料，也沒有在自然生態系統中除草。
有機農業依然昂貴，由於需要大量糞肥，對周圍環境有生態影響；而自然農法是一種極低成本的農業手法，與當地生物多樣性完全融合。
C-K TABLE在比較不同的耕作制度時，認為其三個主要區別分別是植物：
有機農業始於建設健康土壤，管理地下的生物活動，並種植健康植物；鑑於自然農法不是要建立土壤微生物學，而是要讓土地獨自生存，讓過程自然發生。自然農業是一系列不應該做的事情，讓大自然接管。這是一種心態，而不是一套運作原則。
自然農法是指不耕作，不除草和不修剪植物。相對之下，有機農業無法不做事情，在一系列「不做」中。例如，在有機農業中，犁是農民的基本工具。控制雜草是有機農民面臨的最大挑戰之一。不除草極有可能導致作物歉收，或非常難按時收穫。
在有機農業中，如果需要對蔬菜或果樹進行修剪，可以由農民來完成；因為自然農法是由創造者設定的指導原則，因此不進行修剪，而這是自然界不會發生的。