從集中地到港口
據1946年1月5日在上海舉行的中美聯合遣送日俘日僑會議公告，中國戰區（不包括東北三省）等待遣返的日俘日僑共200.16萬餘人。加上後來瀋陽日僑聯絡總處統計的東北待遣返日僑約110萬人，總數在310萬以上。
遣送日俘日僑的全部工作由中國政府負責，中國戰區美軍總部派少數人員協助。遣送共分兩個階段。第一階段：港口輸送和上船之前的檢查，由國民黨陸軍總司令部擔任。第二階段：中國本土與臺灣至日本之間的水運，由美軍第七艦隊擔任。第一階段的具體工作是：日俘日僑檢查登記、衛生檢查、緝查戰犯、監察日俘日僑攜帶錢款限額、行李重量，以及提供航程中的給養、港口調度、人員輸送等。由美海軍擔任的第二階段具體工作是：清掃水雷、調度船隻、負責中國陸軍與美國海軍之間的聯繫。
日俘日僑登船時攜帶行李重量，原定為30公斤，後經盟軍最高統帥麥克阿瑟提議：以一人所能負起之重量為限，不準僱用他人搬運。這個提議得到中美雙方同意。
中國各地區日俘日僑的遣送港口為：基隆、大高、老饒、青島、大沽、上海、廣州灣、海口、三亞、廈門、汕頭、海防等。1945年11月17日，第一艘遣返船從塘沽港啟航。此後，散在中國戰區各地的日俘日僑開始陸續從各港口登船回國。
與八路軍的秘密協定
中美雙方的遣送日俘日僑計劃訂定後，國民黨陸軍總司令部即命令各戰區、各方面軍接收地區的日俘日僑向遣送港口集中，國民黨軍方在各港口附近設立了集中營。
大遣返開始後，在山西、山東、河北等省部分地區，仍有少數日軍部隊拒絕向共產黨軍隊投降，在繼續作戰，從而使一些地段的鐵路被破壞，交通受到阻礙。
那些徒步向鐵路線集中的日俘日僑，白天趕路，夜晚在找不到宿營地的情況下，只得在野外露宿。在濟南及徐州以北津浦鐵路沿線地區的日僑，因鐵路被毀，只得背著行李，扶老攜幼，經過十餘天的艱苦步行，到青島登船。他們有時通過共產黨控制地區，有時經過國民黨守備地區，而每逢走到國共兩軍勢力銜接的地方，都要經過嚴格的檢查。
在山東兗州，曾發生過日軍為運送日僑與八路軍達成秘密協定的事。
當年11月前後，山東八路軍某部向拒絕繳械投降的駐兗州日軍不斷發動進攻。正值此時，該地日軍接到了護送日僑向青島港集中的命令。當時兗州南北鐵路均被破壞，而日軍正不斷受到八路軍的進攻，國民黨政府又嚴令不得向指定以外的部隊投降。日軍旅團長窪田苦無良策，最後抱著僥倖一試的心理，派軍使秘密前往八路軍部隊，與該部協商運送僑民一事。窪田通過軍使向八路軍指揮員陳述了自己的苦衷，以及僑民無罪，遣返日期在即等理由，並以將部分武器繳給八路軍作為條件，要求雙方停火，並共同修復被破壞的鐵路。
八路軍指揮員欣然同意。於是兩軍達成秘密協定：（一）津浦路日共兩軍不再作戰。（二）雙方同意在12月10日前為修路運僑時期。（三）在修路運僑期間，共軍停止對日軍進攻。（四）修路運僑期滿後，日軍對共軍破壞鐵路不得出動幹涉。
協定達成後，窪田旅團解除了後顧之憂，僅留少數部隊守城，大張旗鼓地日夜搶修魯南段鐵路，使棗莊、臨沂、兗州等數千名日僑於12月5日前得以乘火車北上，去青島港登船回國。
國民黨第十一戰區副司令長官李延年得知此事後，立即電告國民黨陸軍總司令部。何應欽接電後大為惱火，於12月8日下達誠字第一六六號訓令，命令岡村寧次「希即具報，並防範為要」。然而他的訓令已是馬後炮，當地的日僑已順利運走，八路軍已得到武器。
《告歸國日僑書》
1945年12月3日清晨，上海從滬江大學至虯江碼頭的道路上，二千餘名男女老幼排成零亂的長隊，在幾名國民黨憲兵帶領下徐徐前進。他們是首批離滬回國的日僑。
12月1日晚，虹口區日僑聯絡委員會在高塔路舉行歡送會，送別首批歸國日僑。名演員二葉秋子和協作劇團全體演員，在歡送會上演出了歌謠、舞俑，以及日本戲劇《舌切雀》等節目。12月2日，首批歸國的日僑集中於楊樹浦滬江大學內，接受登船前的檢查，並於此度過在中國的最後一晚。
次日他們登上舶在虯江碼頭的日本輪船「明優丸」。上午八時，當男女老幼從明優丸的前後舷梯上船時，輪船上護送的美軍士兵與日本船員，都上前扶助老幼婦孺和負重日僑。在碼頭警戒線以外站著一些中國人，他們是來為日本朋友或是情人送行的。當日僑登上輪船後，他們向船上的人揮手告別。有的表情哀傷，有的淚流滿面。有的隔著很遠的距離，大聲呼喚著對方的名字，喊著「再見」。
在日僑全部上船之後，國民黨中宣部對日文化宣傳工作委員會和上海日僑管理處人員來到船上，向日僑散發宣傳品。其中有國民黨軍方的一份《告歸國日僑書》：這次日本侵華戰爭結束後，留在中國境內的日本軍民，雖然隨著戰敗投降而成為戰俘、敵僑，而中國方面仍然一本傳統的立國精神，沒有給你們絲毫侮辱和危害。你們想想中國人民，由於日本侵略中國，八年苦戰的結果，還處在水深火熱中亟待拯救的悽慘情形，你們不能不深深地痛自反省，徹底覺悟！……值此交通工具極端困難的今日，首先遣送你們歸國，更應該清楚地認識真理和正義，向建設世界和平，發揚民主精神的大道邁進。日本民族自有他守法重紀的優點，勤勉克制的精神，只要有正確的目標，不再重蹈覆轍，不違反時代主流，一定有遠大的前程。覺醒吧！日本國民前途的光明已在向你們招手了。
下午1時30分，明優丸號運輸輪啟碇東航。
東北百萬日僑返鄉
東北百萬日僑的遣返工作是從1946年5月開始的。美軍葫蘆島海軍基地司令部在極短的時間內，把凡能集中的日本船隻都集中到葫蘆島來接運日僑。同時把他們在太平洋的一小部分運輸艦也調來，共調集船隻三十餘艘，往來運送。遣返工作開始後，美軍通訊部隊迅速架設了葫蘆島－錦西－瀋陽直通專用電話。
八月間，瀋陽日僑俘管理處與抗日民主聯軍達成協議後，即將大部分火車調到長春以北地區，接運由抗日民主聯軍送來的日僑。僅一個月時間，抗日民主聯軍控制地區的20萬日僑就全部轉運完畢。瀋陽日僑俘管理處為了保證日僑在遣送期間的健康，命令總務組在各待運站設置了急診醫療所，選定有經驗的日僑外科醫生擔任治療工作，藥物由各地方政府提供。在錦西待運站，還開辦了重病號醫院和婦產科醫院（可同時接產30人）。由於設置了產科醫院，妥善照顧孕婦，據不完全統計，有120餘人安全生產。
東北百萬日僑大遣返前後歷時七個月，1946年11月底，瀋陽日僑俘管理處處長李修業來到瀕臨遼東灣的葫蘆島港口，為最後一艘遣送日僑的航船送行。應東北日僑聯絡總處負責人村野先生再三請求，他對這批最後離開中國的日僑說：「你們回去以後，要細細地想一想，比一比，你們是怎樣對待中國人的，中國人是怎樣對待你們的，希望你們以後只帶友誼來，不要再帶刺刀來，再見吧。」
李修業言畢，日僑聯絡處代表贈送了一面表示感謝的錦旗。
「高級日俘」踏上歸程
1946年7月2日早晨，在南京鼓樓對面的一座四層樓房前，近四百名穿著日本軍服的人，列隊站在霏霏細雨之中。他們是日本官兵善後總聯絡部（原駐華日軍總司令部）的官兵及文職人員。在樓房門前臺階上，總參謀長小林淺三郎代表全體即將回國的人員，向因戰犯嫌疑而留在中國的總司令官岡村寧次致告別詞。
院門前的馬路上，停著幾輛軍用卡車，司機的任務是將這些原日軍總司令部成員送往下關碼頭，讓這批人乘船去上海。
這幢四層樓房，戰前是國民黨政府外交部，戰時成為日本大使館。1945年11月，原日軍總司令部奉國民黨陸軍總司令部之命遷於此地。今天，百萬駐華日軍的首腦機關將從這裡消逝，並且將從中國大地上永遠消逝！
中國戰區的二百餘萬日俘日僑，經過七個月時間的緊張遣送，至六月末，已絕大部分離開中國。剩下的，就只有南京和各戰區聯絡部的「高級日俘」了。
5月30日，國民黨陸軍總司令部命令日本官兵善後聯絡部一律撤銷，為處理戰犯和善後事務，準許於即日起，在南京、北平、上海、漢口、廣州、青島、太原、臺北等八處留設聯絡班，各班人數限十名以內，存在期限為本年底。
6月29日，國民政府國防部向南京日本官兵善後總聯絡部發布訓令：「總聯絡部（原總司令部殘部約400人），應於7月8日由南京出發，15日由上海起航回國。」這些遣返人員認為距行期還有數日，可以從容做出發準備。不料7月1日下午，國民黨政府國防部又發來緊急命令：「由於上海啟航的最後船隻根據美方強硬主張，提前改於7月4日啟航，限令遣返人員一律由明早由下關乘長興輪赴滬。」全體遣返人員只得徹夜打點行裝。5日，這批「高級日俘」在上海虯江碼頭悄然登船回國。
12月，國民黨政府國防部命令各地日本官兵善後聯絡班一律撤銷。由總聯絡班通知各地聯絡班成員在上海、塘沽等地集中登船回國。最後一批回國的「高級日俘」比上一批日軍總司令部的遣返人員要風光得多。
總聯絡班撤銷時，國民黨軍方曾向他們密示：戰犯審理工作決定到次年六月前一律結束。除判死刑者外，全部在日本國內服刑。」總聯絡班班長今井武夫把這個密示稱作「最後的禮物」。此外，國民政府國防部不僅在總聯絡班撤離南京時給予協助，還特意派兩名少將級軍官和有關人員陪同前往上海，協助他們處理回國事務。同時打破遣返規定，讓他們有一定的行動自由，並以友人名義，再三舉行告別宴會。
國民政府國防部次長秦德純，將一根精緻的紫檀木手杖贈給今井武夫作為紀念。秦德純說，抗日戰爭期間，他曾到緬甸前線視察過戰況，回國時帶回了兩根紫檀木手杖。今天他將其中的一根送給今井武夫，並對今井說明用意：「讓我們用這根手杖，分別負起勿使本國傾覆的重任，為求國運的昌盛而共同努力吧！」
12月28日，南京總聯絡班和上海、漢口、廣州等聯絡班的成員，乘坐一艘美國海軍Q49號坦克登陸艇改裝的遣送船，從上海啟航回國，開始了他們新的人生。
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